Cara yang paling banyak digunakan adalah cara fisik dengan pemanasan atau dengan freeze driying atau
dapat juga dilakukan fiksasi dengan menggunakan kimia seperti sabun, fenol dan formalin. Fungsi fiksasi
sebelum pewarnaan yaitu:
e. Melepaskan granuler (butiran) protein menjadi gugu reaktif NH3+ yang akan bereaksi dengan gugus
–OH dari zat warna.
f. Mencegah otolisis sel, yaitu pecahnya sel yang disebabkan olehenzim-enzim yang dikandungnya
sendiri
g. Mempertinggi sifat reaktif gugus-gugus tertentu (karboksil amino primer dan sulfhidril).
Pelunturan zat warna adalah suatu senyawa yang menghilangkan warna dari sel yang telah diwarnai. Ini
berfungsi untuk mengahsilkan kontras yang baik pada bayangan mikroskop. Ditinjau dari kekuatan
ikatan anatara sel dengan zat warna, maka dikenal beberapa istilah, misalnya tahan asam, tahan alcohol,
tahan air dan lain-lain. Istilah tahan asam digunakan bila zat warna telah diikat kuat oleh sel sehingga
tidak dapat dilunturkan warnanya oleh asam, begitu juga dengan tahan alcohol dan tahan air masing-
masing tidak dapat dilunturkan oleh alcohol dan air. Ada beberapa macam peluntur zat warna, antara
lain:
a. Peluntur warna bersifat asam yakni HNO3, HCl, H2SO4 dan campuran asam-asam tersebut dengan
alcohol.
b. Peluntur zat warna bersifat basa yakni KOH, NaOH, sabun dan garam-garam basa.
c. Peluntur zat warna lemah, yaitu alcohol, air minya cengkeh, aseton dan gliserin
3. Identifikasi pewarnaan
Zat warna dapat diidentifikasikan dengan beberapa cara misalnya dengan mempertinggi kadar zat
warna, mempertinggi temperature pewarnaan 60-90oC dan menambahkan suatu mordan. Mordan
adalah suatu zat kimia yang dapat menyebabkan zat warna terikat lebih kuat pada jaringan sel bila
dibandingkan dengan cara pewarnaan tanpa diberi mordan. Ada beberapa mordan, yaitu:
a. Mordan basa
b. Mordan asam
4. Substrat
Atas dasar macam zat warna yang diserap oleh sel dapat dibedakan:
a. Sel-sel basofil
Zat warna penutup adalah suatu zat warna basa yang berada warnanya dengan zat warna mula-mula
yang digunakan. Fungsi dari zat warna punutup adalah memberkan warna pada sel yang berbeda
warnanya dengan zat warna mula-mula. Zat warna punutup diberikan pada akhir pewarnaan dengan
tujuan memberikan kontras pada sel-sel yang tidak menyerap zat warna utama.