Introduction

SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) merupakan alat yang penting untuk lokalisasi
dan identifikasi gen yang berisiko menyebabkan penyakit dan pemahaman atas mekanisme
mutasi secara molekular serta asal mula populasi manusia modern. Subset dari SNPs dapat
menggambarkan informasi relevan dari seluruh genome berdasarkan sejarah mutasi dan
struktur populasinya. Berdasarkan informasi protein dan sekuens DNA yang dibatasi, awalnya
diperkirakan terdapat sekitar 1 SNP per 1 kb sekuens atau besar keberagaman nukleotida
adalah 10 x 10-4 pada genome manusia. Walaupun jumlah keberagaman nukleotida sudah
diketahui perkiraannya, belum ada studi yang melakukan evaluasi sistematik terhadap
distribusi dan densitas SNPs, kromosm, dan fungsinya (ekson dan intron) pada regio gen
tertentu dalam genome manusia.
Berdasarkan teori netral mengenai evolusi molekular, sebagian besar variasi DNA yang
diobservasi pada populasi terjadi karena random drift atau pergeseran acak dari mutasi netral.
Seleksi alam/natural, seperti seleksi kemurnian, dapat mengeliminasi mutasi yang memiliki
efek buruk terhadap fungsinya dalam tubuh manusia. Hal ini dapat mengurai rasio mutasi
berefek buruk dengan mutasi netral. Selain itu, peningkatan proporsi mutasi dengan alel langka
juga dapat terjadi jika terdapat ekspansi populasi yang cepat.
Pada sekuens pengkodean protein, mutasi non-sinonim (mutasi perubahan asam amino,
nonsense, atau missense) adalah mutasi yang paling mungkin menyebabkan efek buruk pada
tubuh, sedangkan mutasi sinonim (mutasi tanpa perubahan asam amino, silent mutation)
merupakan mutasi netral tanpa perubahan kemampuan gen. pemilihan tekanan pada mutasi
non-sinonim dapat diukur dengan membandingkan pola mutasi non-sinonim dan sinonim pada
genome manusia. Salah satu pengukuran yang dapat dilakukan adalah dengan membandingkan
rasio mutasi nonsense dengan mutasi missense, mutasi missense dengan silent mutation, dan
mutasi non-sinonim dengan mutasi sinonim menggunakan setiap data yang tersedia pada
genome manusia.
Pada artikel dengan judul “Investigating single nucleotide polymorphism (SNP) density
in the human genome and its implications for molecular evolution” ini, hal yang telah
dilakukan adalah pemeriksaan densitas SNP pada region gen dan intergen. Pada region gen,
densitas SNP yang dilakukan evaluasi adalah SNP yang terletak pada region intron, ekson, dan
regio yang menghubungi keduanya. Variasi pada densitas SNP diantara kromosom juga
dilakukan penilaian. Kemudian, dilakukan perbandingan antara pola variasi non-sinonim
dengan sinomin dan dilakukan penilaian atas distribusi mutasi nonsense pada genome manusia.
Data yang digunakan dalam analisis didapat dari Celera’s RefSNP (versi 3.2) dan Celera’s
CgsSNP. Celera’s RefSNP merupakan database yang komprehensif karena di dalamnya
terdapat SNPs dari berbagai asal dan biased terhadap disease-associated genes. Sedangkan
pada Celera’s CgsSNP, SNPs akan diidentifikasi dengan membandingkan sekuensi gen Celera
antara dua hingga sepuluh kromosom. Oleh karena itu, dapat dikatakan bahwa data dari
Celera’s CgsSNP dapat mewakilkan survey yang unbiased terhadap SNPs disepanjang genome
disertai Celera’s RefSNP yang menyediakan database SNPs dari berbagai sumber.