Terdapat 3 tipe pemotongan intron pada proses transkripsi RNA, yaitu:

Intron precursor tRNA dipotong tepat pada saat pembelahan inti dan reaksi ligasi
yang dikatalisis oleh enzim endonuklease dan ligase.
Intron pada�Tetrahymena�precursor rRNA dipindah ke reaksi khusus dan molekul RNA
itu yang berfungsi sebagai medianya.
Intron dari hnRNA digabungkan melalui dua tahap reaksi yang dipengaruhi kompleks
partikel ribonukleoprotein yang disebut �spliceosomes�.
Penyambungan Precursor tRNA: Keunikan Nuklease dan Ligase
Proses penyambungan precursor tRNA (invitro dan mutan) telah bekerja secara efektif
pada jamur ragi (Saccaromyces sp.). Proses pemotongan precursor tRNA terjadi dalam
dua tahap, yaitu ikatan membran nuclear menggabungkan endonuklease dan menjadikan
potongan tersebut tepat pada ujung intron. Adanya suatu reaksi kompleks, ligase
menggabungkan 2 bagian tRNA, sehingga dihasilkan molekul tRNA utuh. Hampir seluruh
organisme memiliki mekanisme pemotongan intron yang sama. Mekanisme pemotongan
intron pada sel mamalia sedikit berbeda dengan sel yang lain.
Pemotongan precursor ini menghasilkan ujung 5�-OH dan kelompok 2�-3� phospat siklik
pada ujung 3�. Tahap kedua proses ligasi melibatkan 4 reaksi yang terpisah, yaitu
penambahan kelompok phospat pada ujung 5�-OH yang membutuhkan aktifitas enzim
kinase dan donor phospat. Kelompok 5� phospat diaktifkan dengan memindahkan AMP ke
ujung molekul. Ikatan siklik 2�-3� phospat terbuka karena aktivitas enzim�cyclic
phosphodiesterase�yang menghasilkan 2� phospat dan gugus 3� hidroksil. Reaksi
ligasi terakhir memecah gugus 3�-OH dan melepaskan AMP.
Penyambungan Autokatalisis pada Precursor�Tetrahymena�tRNA
Enzim merupakan polypeptida tunggal dan membutuhkan kofaktor yang mempunyai
struktur bukan protein agar bisa berfungsi dengan baik. Beberapa proses
autokatalisis terjadi pada precursor rRNA beberapa eukariot dan precursor rRNA,
tRNA, dan mRNA mitokondria. Pemotongan secara autokatalisis pada intron dalam
precursor rRNA�Tetrahymena�tidak membutuhkan tenaga eksternal dan protein, namun
membutuhkan transfer phospphodiester untuk memotong intron. Intron yang telah
dipotong akan dipindah ke ikatan phosphodiuester yang lain. Aktivitas autokatalisis
ini tergantung pada struktur intron atau struktur sekunder dari precursor tRNA
Penyambungan Pre-mRNA: snRNAs, snRNPs, dan Spliceosome
Intron precursor pada inti sel dipotong melalui dua tahap seperti yang terjadi pada
jamur ragi. Akan tetapi pada precursor inti intronnya tidak dipotong oleh enzim
nuklease atau ligase. Intron tersebut dipotong oleh struktur protein yang
disebut�Spliceosome. Spliceosome mengandung suatu molekul RNA yang disebut snRNA.
Tahap awal pemotongan terjadi pada ujung 5� intron dan 2�-5� phosphodiester
dibentuk diantara posisi 5�-G yang ditempatkan dekat ujung3� intron. Pada tahap
kedua gen digabungkan oleh ikatan 3�-5� phosphodiester dan intron yang telah
dibentuk akan dilepaskan. Tahap-tahap ini terjadi pada Spliceosome dan membutuhkan
hidrolisis ATP. Molekul lain yang terkandung pada spliceosome adalah molekul RNA
yang disebut snRNP. Molekul snRNP akan ditambahkan pada proses pemotongan adar
prosesnya berlangsung secara sempurna. Molekul snRNP U2 diikat pada suatu jaringan
yang khusus dan membentuk percabangan. Kemudian snRNP U5 dan U4 atau U6 ditambahkan
untuk menghasilkan spliceosome yang sempurna. Pada pembelahan ujung 5� intron,
snRNA U4 dilepaskan dari spliceosome. Setelah intron dipotong, dua bagian exon
digabungkan dengan menyambungan 5�-3� phosphodiester sehingga mRNA yang sudah
dipotong siap dipindah ke sitoplasma dan melanjutkan proses selanjutnya.