MEKANISME PERBAIKAN DNA, MUTASI DAN ADAPTASI, MUTASI DAN KANKER, APLIKASI PRAKTIS

MUTASI, SERTA SAKIT GENETIK MANUSIA YANG DITIMBULKAN OLEH KEASALAHAN REPLIKASI DNA
DAN KESALAHAN PERBAIKAN DNA

A. Mekanisme Perbaikan DNA

Sel-sel prokariotik maupun eukariotik mempunyai sejumlah sistem perbaikan atas kerusakan DNA
secara enzimatis akibat melalui mutasi langsung atau melalui pemotongan bagian yang rusak yang
dilakukan dengn cara membuang pasangan basa.

1. Perbaikan kerusakan DNA akibat mutasi secara langsung, terjadi melalui beberapa hal antara lain:

 Perbaikan oleh aktivitas enzim Polimerase DNA

Enzim polimerase DNA tidak hanya mempunyai aktivitas kerja dalam arah 5' -> 3', namun juga
mempunyai aktivitas eksonuklease dalam arah 3' -> 5'. Aktivitas eksonuklease inilah yang
memperbaiki kerusakan DNA akibat mutasi pada bakteri. Bukti dari adanya aktivitas
eksonuklease dari enzim polimerase DNA yang menekan laju mutasi pada bakteri adalah yang
terjadi pada gen mutator mut D pada bakteri E. coli. Mutasi pada gen mut D tersebut
mengakibatkan perubahan pada suatu sub unit epsilon polimerasi III DNA yang mana enzim
pol.III DNA merupakan enzim yang bekerja pada replikasi DNA pertama pada E. coli, sedangkan
mutasi mut D yang menimbulkan cacat pada aktivitas perbaikan dalam arah 3' -> 5', sehingga
banyak mukleotida yang salah tidak sempat diperbaiki. Aktivitas eksonuklease daram arah 3'-> 5'
dari enzim polimerase DNA, terjadi hanya apada prokariotik sedangkan pada eukariotik diduga
dimiliki oleh protein lain.
 Fotoreaktivasi dimer pirimidin yang diinduksi oleh sinar UV.
Sistem perbaikan ini melibatkan bantuan cahaya yang memiliki rentang panjang gelombang 320-
370 nm, sehingga dimer timin atau domer pirimidin lain akan langsung berbalik pulih menjadi
bentuk semula. Fotorektivasi dikatalisis oleh enzim fotoliase yang diduga berfungsi sebagai
pembersih sepanjang unting ganda yang terbentuk akibat dimer timin atau pirimidin lain. Contoh
bagan fotoreaktivasi pada suatu timin:

 Perbaikan kerusakan akibat Alkilasi

Kerusakan akibat alkilasi dapat dipulihkan oleh enzim yang
disebut metiltransferase O6 -metilguanin atau O6
-methylguanine methyltranssferase. Enzim tersebut dikidekan
oleh gen yang disebut ada. Secara operasional enzim tersebut
akan menemukan O6 -metilguanin pada molekul DNA dan
selanjutnya akan menyingkirkan gugus metil tersebut
sehingga molekul DNA tersebut akan kembali pulih seperti
semula.

2. Perbaikan Kerusakan DNA dengan Cara Membuang Pasangan Basa,

terjadi melalui beberapa hal antara lain:
  Perbaikan melalui pemotongan (excision repair)

Perbaikan melalui pemotongan disebut juga dengan perbaika. gelap atau dark repair karena
dalam prosesnya tidak membutuhkan adanya cahaya. Proses ini memperbaiki kerusakan demgan
cara menghilangkan dimer pirimidin yang terbentuk akibat induksi cahay UV. Pada tahun 1964
R.P Boyce dkk melakukan percobaan mekanisme perbaikan ini dengan cata mengisolasi
beberapa mutan E.coli yang sensitif terhadap UV. Mutan-mutan tersebut antara lain adalah uvr
A yang diketahui dapat memperbaiki dimer hanya dengan bantuan cahaya. Dalam hubungan ini
wild-type dari mutan uvr A disebut uvr A+. Wild-type dari mutan uvr A+ ini mampu memperbaiki
dimer dalam kondisi gelap.

Sistem perbaikan melalui pemotongan pada bakteri E.coli tidak hanya memperbaiki dimer
primidin saja, namun juga memperbaiki berbagai distorsi lain dari helix DNA yang aktivitasnya
dibantu oleh enzim endonuklease uvr ABC. Enzim tersebut memotong unting DNA yang rusak
pada posisi 8 nukleotida ke arah ujung 5' dari titik kerusakan (misalnya titik posisi primer) dan
nukleotida ke arah ujung 3' dari titik posisi dimer tadi. Dalam hal ini penggalan DNA yang
dipotong adalah seukuran 12 nukleotida dan pada celahnya tersebut akan berlangsung
polimerasasi DNA yang dikatalis oleh enzim polimerasi I DNA. Penggalan baru amyang terbentuk
tersebut selanjutnya disambung ke penggalan lama (ke arah ujung 3') dengan bantuan enzim
ligase DNA.

 Perbaikan dengan bantuan enzim Glikosilase

Perbaikan basa yang rusak dapat dilakukan dengan bantuan enzim glikosilase yang nantinya akan
mendeteksi ketak basa yang rusak dan mengkatalisasi penyingkirannya dari gula deoksiribosa.
Aktivitas katalitik enzim tersebut menimbulkan suatu "lubang" pada DNA yang disebut sebagai
tapak AP atau AP site. Tapak AP merupakan tapak apurinik (tidak ada purin) atau tapak
pirimidinik (tidak ada pirimidin) yang terbentuk akibat lepasnya basa secara spontan alami.
Tapak AP ini ditemukan oleh enzim khusus yang disebut endonuklease AP yang selanjutnya
enzim tersebut akan memoton ikatan fosfodiester di samping basa yang lepas tadi. Pemotongan
tersebut memungkinkan bekerjanya enzim polimerase I DNA dan enzim tersebut kemudian akan
menyingkirkan beberapa nukleotida didepan basa yang lepas dengan menggunakan
eksonuklease dalam arah 5' -> 3'. Polimerasasi akan mengisicelah yang terbentuk dan pada
akhirnya enzim ligase DNA menyambung penggalan nukleotida baru ke arah ujung 3' dengan
penggalan nukleotida yang lama.

 Perbaikan melalui koreksi pasangan basa yang salah.

Sistem perbaikan pasangan yang salah atau disebut mismatched correction didukung oleh
pasangan basa yang dikodekan oleh tiga gen yaitu mut H, mut L dan mut S.

B. Mutasi dan Adaptasi

 Mutasi baru memang lebih banyak yang merugikan, terjadi tanpa ada kaitanya dengan kepentingan
apakah mutasi itu bermanfaat atau tidak bermanfaat atau bahkan merugikan bagi individu pemilik
mutan tersebut. Peluang tiap mutan memperbesar daya penyesuaian suatu individu akan lebih besar jika
populasi (yang mengandung individu mutan) menempati habitat baru atau terjadi perubahan
lingkungan.

C. Mutasi dan Kanker

Adanya suatu mutasi somatik dapat menyebabkan timbulnya kanker. Hal tersebut telah diperkuat oleh
penemuan onkogen seluler (onkugen
penyebab kanker) dan demonstrasi yang
menunjukkan bahwa onkugen bertanggung
jawab terhadap karsinoma kandung
kemih akibat perubahan suatu
pasangan basa. Adanya korelasi antara daya
karsinogen dan daya mutagen juga
menyebabkan timbulnya kanker.
Sifat dari semua tipe kanker adalah bahwa
sel-sel kanker yang ganas akan terus
menerua membelah sementara sel normal
tidak melakukan pembelahan sehingga
mengakibatkan terbentuknya tumor.

D. Aplikasi Praktis Mutasi

Seiring dengan berkembangnya ilmu genetika, hingga saat ini telah terbumti bahwa alel-alel mutasi
dapat digunakan sebagai teknik dalam analisis genetika. Beberapa contoh aplikasi praktis mutasi
tersebut adalah pengkajian struktur genetik perakitan bibit dan telaah proses biologis melalui analisis
mutasi. Salah satu contoh dari dari perakitan bibit adalah bibit rakitan tanaman gandum (barley maupun
wheat), kedelai, tomat, padi serta pohon buah-buahan. Contoh lainnya yaitu bibit rakitan yang
memanfaatkan mutasi terinduksi dari bibit Penicillium dengan menghasilkan penisilin yang lebih banyak.
Salah satu contoh telaah biologis dengan bantuan analisis mutasi adalah yang berkenaan dengan
pengungkapan jalur morfogenesis pada bakteriofag T4 yang melibatkan sekitar 50 gen. Tiap gen
mengkode satu gen protein struktural virus atau disebut juga sebagai sebuah enzim mengkatalisis satu
atau lebih dari satu tahap pada jalur morfogenetik. Contoh lain adalah yang berkenaan dengan rantai
elektron fotosintesis pada Clamydomonas reinhardii dan jagung, maupun fiksasi nitrogen pada bakteri.
Contoh-contoh sakit genetik yang bersangkut paut dengan kegagalan perbaikan: