Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885

www.elsevier.com/locate/bbabio

Ulasan

Et tu, Grotthuss! dan cerita yang belum selesai lainnya

samuel Cukierman •

Departemen Fisiologi, Stritch School of Medicine, Universitas Loyola Chicago, 2160 South First Avenue, Maywood, IL 60.153, USA

Menerima September 2005 26; menerima dalam bentuk direvisi 16 November 2005; diterima Desember 2, 2005
Tersedia online 29 Desember 2005

Abstrak

Artikel Ulasan ini dibagi menjadi tiga bagian. Dalam Bagian 1, catatan biografi singkat tentang Freiherr von Grotthuss diikuti dengan ringkasan rinci temuan utama dan ide-ide hadir
pada tahun 1806 makalahnya. Upaya untuk menempatkan Grotthuss kontribusi dalam konteks ilmu dilakukan pada waktunya juga dilakukan. Dalam Bagian 2, versi modern dari
mekanisme Grotthuss ditinjau. Model Grotthuss klasik baru-baru ini dipertanyakan dan mekanisme dan ide-ide mengenai transfer proton baru dibahas secara singkat. Bagian terakhir
membahas pentingnya mekanisme Grotthuss klasik untuk transfer proton dalam rantai air di dalam rongga protein. Ini telah twist baru yang menarik dalam sejarah yang sedang
berlangsung dari mekanisme Grotthuss. Ringkasan dan diskusi apa yang telah dipelajari dari mungkin model eksperimental yang paling sederhana saat ini tersedia dari transfer proton
di kabel air di saluran ion semi-sintetis kritis disajikan. Ulasan ini berakhir membahas beberapa pertanyaan yang perlu ditangani dalam waktu dekat. © 2005 Elsevier-undang.

Kata kunci: transfer proton; Selaput; protein; Air; saluran ion tunggal; proton saat ini

1. Et tu, Grotthuss!
2006 menandai ulang tahun peringatan dua abad publikasi Grotthuss terkenal
pada efek dari medan listrik pada dekomposisi air dan zat terlarut [1] ). The 1806
kertas adalah reproduksi dari sebuah pamflet Perancis yang diterbitkan di Roma
pada bulan Desember 1805. Meskipun saya tidak menyadari publikasi mengacu
pada mekanisme Grotthuss untuk transfer proton (dibahas secara rinci dalam Gambar.
1 pada bagian berikutnya) pada abad XIX, model yang sama menjadi populer sejak
awal abad XX. Sangat mungkin bahwa kertas Grotthuss lebih dikutip dari membaca.
Itu adalah pengalaman yang menarik untuk membaca asli 1806 kertas, kontras
penelitian Grotthuss dengan ilmu pengetahuan lainnya yang dilakukan pada saat itu,
dan untuk berhubungan tebakan untuk pandangan saat ini mobilitas ion dan proton
di dalam air.
Mungkin mengejutkan, beberapa lead sekitar Grotthuss ditemukan di
Internet. Mulai dari situs Grotthuss paling populer (yang Grotthuss Hotel
bintang empat di Vilnius, Lithuania), website dari “ Kerajaan Uni Lithuania
Nobility ” [ 2] segera ditemukan. Dalam situs itu, tinjauan singkat oleh Grotthuss
penulis biografi
Krik š topaitis ditemukan (alamat situs web terdaftar sebagai referensi di akhir
artikel ini). Freiherr Christian J. Theodor von Grotthuss lahir di Leipzig pada 1785.
Dia adalah anak dari sebuah keluarga Jerman aristokrat yang pindah dari
Westphalia Utara ke wilayah Baltik pada akhir abad XVIII. Grotthuss tinggal di
Paris selama 1803 - 1805 dan di sana ia “ menjadi murid ilmu Perancis ”. Di Paris,
Grotthuss menghadiri kuliah ilmuwan Perancis yang terkenal dan menjadi
berkenalan dengan tumpukan Volta. Itu Gay-Lussac yang memperkenalkan
Grotthuss untuk ilmu pengetahuan eksperimental [3] .
Pada tahun 1805, Grotthuss dan Gay-Lussac pergi ke Gunung Vesuvius
untuk menyelidiki letusan gunung berapi yang terjadi awal tahun itu. Itu di
Naples dan Roma (1805 - 1806) yang Grotthuss melakukan pekerjaan
eksperimental yang mengakibatkan publikasi terkenal. Pada tahun 1807,
Grotthuss kembali ke Vilnius. Ia menderita depresi berat dan rasa sakit dari “ penyakit
yang diturunkan ” pankreas (komunikasi pribadi dari Dr. Krik š topaitis). Mampu
melakukan ilmu pengetahuan dan mengunjungi pusat-pusat ilmiah utama,
Grotthuss beralasan hidupnya berarti dan bunuh diri pada tahun 1822 (Krik š topaitis,
komunikasi pribadi). Potret Freiherr Grotthuss dan referensi untuk biografi
diterbitkan juga ditemukan di beberapa situs [2] .

• Tel .: +1 708 216 9471; fax: 1 708 216 6308.

Alamat email: scukier@lumc.edu .

0005-2728 / $ - melihat hal depan © 2005 Elsevier-undang. doi: 10,1016 / j.bbabio.2005.12.001

 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885
Gambar. 1. Sebuah representasi yang sangat skematik dari rantai unidimensional empat molekul air
saling berhubungan melalui H-obligasi (air atau kawat proton). Penjelasan untuk mobilitas tinggi
proton dalam air curah adalah rinci dalam teks dan telah menjadi buku teks penjelasan klasik sejak
awal abad XX. Ini telah sepenuhnya dipertanyakan baru-baru ini (lihat teks).
kertas Grotthuss dibagi dalam dua bab. Dalam hal ini dan dalam ayat
berikutnya, huruf miring adalah teks baik dalam bahasa Prancis atau dalam
terjemahan bahasa Inggris dari beberapa bagian. Bab pertama dari artikel
memiliki lima belas paragraf bernomor. Dalam bab itu, Grotthuss dijelaskan
secara rinci efek listrik galvanik ( perbedaan potensial antara seng dan tembaga
elektroda direndam dalam larutan garam yang sama) pada partikel ( korps)
dilarutkan dalam air. Antara seng dan tembaga elektroda direndam dalam larutan
yang sama (timbal asetat atau timah klorida dalam air), Grotthuss dijelaskan
paling gambar yang indah dari semak-semak dengan dedaunan mereka sendiri memanjang
antara negara-negara tersebut untuk menerima hadiah yang diberikan oleh
dari negatif (tembaga) ke positif (zinc) elektroda dalam larutan. Gambar-gambar
dibandingkan dengan tanaman mencari sinar matahari dan berkembang ke arah
itu. proses-proses tersebut tidak menyentuh elektroda tetapi berakhir dekat
dengan mereka. Namun, tidak semua garam disediakan gambar-gambar indah.
Dengan garam besi misalnya, Grotthuss dijelaskan perubahan bertahap dalam
warna larutan antara elektroda. gradasi yang bisa dibalikkan dengan hanya
membalik posisi elektroda dalam larutan.
Bab II (paragraf XV melalui XXV) mengembangkan teori dekomposisi air
yang disebabkan oleh listrik galvanis. Dalam analogi dengan kutub positif dan
negatif dari baterai volta yang diabadikan jenius pencipta nya Volta, dan dalam
inspirasi meledak (sifat de lumière) Grotthuss beralasan bahwa molekul air juga
harus memiliki kutub negatif dan positif.
Karena kontak sederhana atau gesekan antara tubuh mereka
(hidrogen h dan oksigen Hai) listrik alami dipartisi dalam sebuah molekul air
listrik tidak hadir dalam diskusi kapilaritas, afinitas kimia dan saling tarik partikel
sedemikian rupa sehingga h dan Hai mengakuisisi positif dan keadaan negatif, masing-masing.
Dengan demikian, salah satu elektroda direndam dalam larutan menarik oksigen dan
repels hidrogen sementara pada elektroda lainnya, sebaliknya terjadi. Ini adalah
penalaran interaksi antarmolekul sebagai fenomena elektrostatik yang lemah
fenomena dasar yang mendasari dekomposisi air: ketika sebuah molekul air ( oh) memberikan
jauh nya Hai di kutub positif yang tersisa h segera kembali oksigen oleh kedatangan
sebuah berdekatan Hai yang h kemudian recombines dengan yang lain Hai, dll .. A
877
Fenomena serupa akan terjadi di arah yang berlawanan dengan h di kutub
negatif. Dalam hal ini partikel bergerak adalah h ( hari ini dikenal sebagai proton
hopping). Kedua fenomena akan terjadi sampai semua molekul air
didekomposisi menjadi Hai dan h. Ini harus diperhatikan bahwa H 2 O sifat air
tidak didirikan sampai 1811 oleh Avogadro, dan bahwa di Grotthuss penjelasan
oksigen dan proton hop ke air terdisosiasi ( Hai atau h) molekul. Menariknya,
mekanisme mirip dengan melompat dari Hai dan h tidak dibahas dalam
kaitannya dengan elektrokimia garam yang dipelajari dalam Bab Premier di
koran.
tulisan FromGrotthuss, tampak bahwa ide dari rantai molekul selaras
mentransfer tubuh disarankan oleh gambar semak dengan dedaunan mereka
sendiri antara elektroda. semak ini antara elektroda mengandung jalur di mana
tubuh ditransfer bersama. baris Faraday pasukan listrik tampaknya telah
terinspirasi oleh Grotthuss percobaan elektrokimia
[3,4] .
Gagasan bahwa air didekomposisi menjadi dua partikel bermuatan dari polaritas
yang berlawanan yang bergerak sepanjang rantai molekul air sampai mereka
membentuk gas hidrogen dan oksigen pada elektroda didirikan pada analogi dengan
pemisahan muatan di baterai volta. Ide ini brilian, dan mungkin juga menjadi pertama
kalinya bahwa sebuah molekul (menggunakan terminologi modern) yang beralasan
sebagai terdiri dari partikel polaritas listrik yang berbeda!
Baterai selalu hadir di laboratorium yang lengkap pada waktu itu [5] . Pada
tahun-tahun awal abad XIX, Humphry Davy terisolasi Na, K, dan Ca
menggunakan baterai terbesar di dunia yang tersedia pada waktu itu di Royal
Institution di Inggris
[6,7] . ilmu Davy itu lebih kuantitatif berorientasi dari Grotthuss ini. Karena pekerjaan
elektrokimia nya, pada tahun 1808 Davy ke Perancis di tengah-tengah perang
Napoleon. Sisipan, Davy memprotes orang-orang berpikiran sempit yang keberatan
dengan perjalanannya hanya karena Inggris sedang berperang dengan Perancis [5] .
Selama waktu itu juga diketahui bahwa listrik yang dihasilkan baik oleh baterai atau
dengan mesin gesek adalah dari jenis yang sama. Perhatikan bahwa Grotthuss
menggunakan istilah gesekan
antara h dan Hai untuk menjelaskan perkembangan polaritas listrik mereka
dalam partikel air.
Pada pergantian abad XVIII, Laplace sudah menjadi nama besar dalam
ilmu. Perhatiannya saat itu sedang diarahkan untuk kapilaritas, tegangan
permukaan, dan elastisitas. Fenomena ini berhubungan dengan interaksi
antarmolekul, dan pandangan yang berlaku adalah bahwa “ Pasukan kohesif itu
mungkin gravitasi berasal dan mengikuti hukum kuadrat terbalik pada jarak
jauh tapi berangkat dari hukum yang pada jarak pendek di mana bentuk
partikel yang terkena dampak interaksi ” [ 8] . mekanika Newton masih inspirasi
untuk memahami fenomena fisikokimia, dan ini tidak akan berubah secara
dramatis selama 30 lain - 40 tahun. Ide menarik pasukan (atau menjijikkan)
dari tubuh [8] . Dugaan Grotthuss dari partikel air yang terdiri dari positif dan
negatif tubuh dibebankan bisa memberikan inspirasi awal atau saran untuk
878 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885
antara molekul. Telah Pasukan listrik antara badan-badan atau molekul dianggap
oleh Laplace dan lain-lain dan tidak diberikan perhatian lebih lanjut? Grotthuss
pekerjaan yang pasti dikenal oleh Faraday [4] dan bahkan kemudian oleh Planck [9]
yang mengejutkan dianggap ide-idenya terlalu mekanis. Dengan demikian, tidak
jelas mengapa interaksi antarmolekul tidak berpikir seperti interaksi listrik.
Mungkin, ide yang paling menarik dalam kertas Grotthuss adalah bahwa air
terdiri dari satu negatif dan satu sel darah positif ( Hai dan h, masing-masing).
sel-sel ini dapat memisahkan dan menyebar di bawah medan listrik. Seperti
benar diakui oleh Grotthuss, ide ini didirikan pada analogi dengan kutub positif
dan negatif dalam baterai volta. The 1806 kertas dihidupkan kembali 100 tahun
kemudian dalam konteks yang sama sekali berbeda dengan Danneel [10] untuk
menjelaskan “ abnormal ” mobilitas tinggi H + dan OH - dalam air. Pada saat ini,
mobilitas garam dalam larutan sudah beralasan dalam hal hidrodinamik.
Relevansi khusus dengan mekanisme Grotthuss saat ini (lihat Gambar. 1 )
Adalah bahwa h ditransfer antara aduh molekul dan dipisahkan
Hai sepanjang rantai molekul air. Sementara gagasan transfer berturut-turut h antarasekarang akan dibagi antara perairan 1 dan 2 membentuk dimer air
( oh) dan Hai molekul sepanjang rantai molekul tentu hadir dalam mekanisme
Grotthuss hari ini, bahan-bahan penting lainnya yang hilang dalam formulasi
asli. Danneel [10] diakui [11,12] kebutuhan rotasi (pergantian langkah dalam
mekanisme Grotthuss modern) dari molekul air di transfer berurutan proton
dalam rantai perairan. Mekanisme Grotthuss klasik modern telah dikaitkan
tingkat membatasi langkah dalam mobilitas proton dalam air bulk ke urutan
reorientasi molekul air (lihat di bawah untuk diskusi baru-baru ini masalah ini).
Konsep lain yang penting dalam mekanisme Grotthuss modern kehadiran
H-obligasi [13] antara perairan [11,12] . Bahkan, reorganisasi struktural
H-obligasi sekarang diyakini mendasari transfer proton.
Seimbang, kertas Grotthuss telah dirayakan dalam hubungannya dengan
pekerjaannya dan ide-ide mengenai dekomposisi elektrokimia air cair. Pada
awal abad XX mekanisme nya, sekarang dipahami sebagai melibatkan hopping
proton, telah ditemukan kembali sebagai konsekuensi dari kegagalan model
hidrodinamika klasik untuk menjelaskan tingginya mobilitas proton dalam air.
Sebagai penutup bagian ini, harus diperhatikan sekali lagi bahwa Grotthuss
juga mengusulkan hopping dari sel-sel oksigen, dan ia tidak membahas
mobilitas atau pemisahan logam dalam air.
2. Grotthuss ditemukan kembali: mobilitas proton dalam air curah di XX dan
abad XXI awal
Pada dekade pertama abad XX, mobilitas yang beberapa ion di
pengenceran tak terbatas dikenal. Mobilitas ion yang beralasan sebagai hasil
dari dua kekuatan, (i) diterapkan kesukaan akan medan listrik, dan (ii)
viskositas solusi ini menyeret ion terlarut ( [14] dan referensi di dalamnya).
interaksi antarmolekul tidak dianggap. Secara keseluruhan, kekuatan prediksi
dari teori ini tidak baik, dan paling banyak perkiraan. Namun,
kesalahan terbesar terjadi di
memprediksi mobilitas dari H + dalam air (dengan asumsi difusi
H 3 O +, mobilitas dihitung adalah ~ 6,5 kali lipat lebih kecil dari diukur) dan OH - ( ~
3.3 kali lipat lebih kecil). Setara dengan H + mobilitas dalam solusi HCl encer
adalah ~ 3,6 × 10 - 3 cm 2 /
(S × V × M). Sebaliknya, K + memiliki mobilitas setara
~ 0,8 × 10 - 3 cm 2 / ( s × V × M). Karena proton yang terisolasi tidak ada dalam
larutan air [76] , Diameter terkecil yang mungkin klaster air terprotonasi (H 3 O +)
adalah ~ 3 Å. Ini sebanding dengan terhidrasi K + (3,3 Å). Dengan demikian, H
+ mobilitas tidak dapat dijelaskan oleh difusi hidrodinamik. mobilitas Proton
dianggap ' ganjil ', dan proton melompat seperti dalam mekanisme Grotthuss asli
(bagian 1 di atas) dihidupkan kembali [10,11,14,15] .
Gambar. 1 menggambarkan ide dasar dari versi modern dari mekanisme
Grothuss ini. Mempertimbangkan empat molekul air saling berhubungan melalui
H-obligasi (air atau proton kawat, [16] ). Di
Gambar. 1 , Ada gradien elektrokimia mendukung pergerakan H + dari kiri ke
kanan. Pendekatan H + (baris pertama 1 di Gambar. 1 ) Ke O dari molekul air
pertama dalam rantai akhirnya akan mengarah pada pembentukan kovalen OH
obligasi. Salah satu proton yang pada awalnya kovalen terkait dengan O air 1
terprotonasi (kation Zundel ini, (H 5 HAI 2) +, 2 baris dalam
Gambar. 1 ). Langkah melompat ini merambat sepanjang kawat air (2 baris dalam Gambar.
1 ). Sebagai H + hop, momen dipol dari molekul air menyumbangkan H + berbalik.
Setelah H + meninggalkan molekul air terakhir dalam rantai air Gambar. 1 (Baris 2),
total momen dipol dari rantai dibalik (3 baris dalam Gambar. 1 ). Jika H lain + adalah
untuk ditransfer ke arah yang sama seperti sebelumnya, molekul air empat harus
memutar kembali (berbalik langkah) untuk konfigurasi mereka (4 baris, Gambar. 1 ).
Dengan kata lain, sebuah ' merah ' H + masuk dan ' hijau ' H + daun kawat air (sebagai
langkah hopping dijelaskan oleh Grotthuss sendiri).
Sampai pertengahan 1990-an gagasan yang berlaku adalah bahwa tingkat
membatasi langkah H + mobilitas di dalam air adalah rotasi molekul air seperti
digambarkan dalam Gambar. 1 [10,11,14,15] . perbedaan yang signifikan
antara energi aktivasi untuk rotasi air dan H + mobilitas pada berbagai suhu
dicatat [17] . Pada suhu yang lebih tinggi dari ~ 293 K ada kesepakatan yang
baik antara energi aktivasi. Karena suhu menurun, namun, perbedaan antara
energi menjadi semakin besar. Pada suhu relatif rendah, molekul air dapat
dikoordinasikan melalui H-obligasi dengan hingga empat molekul air lainnya.
Untuk molekul air untuk memutar pada suhu rendah, empat H-obligasi di shell
solvasi pertama (H 3 O) + harus secara bersamaan rusak. Energi aktivasi dari
proses ini melebihi dari H + mobilitas. Pada suhu yang lebih besar, molekul air
kehilangan H-obligasi [18] , Penurunan energi aktivasi rotasi air dan
membuatnya mendekati energi aktivasi untuk H + mobilitas.
Apa tingkat membatasi langkah H + mobilitas dalam air curah? Satu ide
adalah bahwa tingkat membatasi langkah untuk transfer H + antara dua
perairan yang berdekatan tergantung pada dinamika molekul air di kulit solvasi
kedua kation Zundel (H 5 HAI 2+) [ 17,19,20] . Gangguan satu H-ikatan di kedua
(atau pertama) shell solvasi dari H 3 O + (atau H 5 HAI 2+)
menciptakan kondisi elektrostatik untuk H + untuk melompat antara oksigen
yang berdekatan dalam kation Zundel. Itu
 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885
energi ini H-bond ( ~ 2,5 kkal / mol, [18] ) Adalah hampir sama dengan energi
aktivasi H + mobilitas dalam air curah. Dalam air curah, dibutuhkan waktu
sekitar 1 ps untuk H + untuk menutupi jarak 2,5 Å [17] .
Perhitungan energi aktivasi dan H + mobilitas dalam air cair pada mereka
jarak pendek berada dalam perjanjian dengan pengukuran [21] . Namun, yang
lebih “ realistis ” Gambar H + transfer dalam air curah hilang. Selain
menyempurnakan metodologi dinamika molekul, itu akan menarik untuk
melakukan perhitungan dengan cluster air besar yang dapat menampung H
berurutan + transfer antara molekul air. Bagaimana cluster air yang
menyumbangkan proton “ reprimes ”
sendiri untuk menerima lain H + belum ditangani dan tidak jelas. Tampaknya
juga diperlukan untuk menambah medan listrik atau gradien elektrokimia selama
simulasi dinamika molekul (MD). Ini akan meniru kondisi percobaan yang
digunakan untuk mengukur H + mobilitas dalam air dan H + mentransfer dalam
molekul biologis (lihat di bawah), dan pasti akan merevisi gambar random walk
transfer proton saat belajar. gradien ini mungkin mengungkap ciri khas dari
kelompok proton terlarut seperti melemahnya beberapa H-obligasi dan disukai
(re) orientasi molekul air. Parameter lain yang belum dihitung dengan benar
oleh MD adalah efek kinetik isotop (KIE) untuk H + mobilitas dalam air ( ~ 1.4).
Ini adalah masalah yang kompleks [22,23] . Tampaknya reaksi yang tepat
koordinat yang menggambarkan transfer proton (termasuk kerang solvasi)
belum didefinisikan dengan baik dan ini sangat penting untuk simulasi efek
isotop [24] . Apapun mekanisme yang H + ditransfer antara molekul air, tampak
jelas bahwa pengaturan geometris yang tepat antara perairan dan H +
diperlukan untuk proton hopping. Akibatnya, tidak sulit untuk memprediksi
secara kualitatif bahwa konduktivitas atau mobilitas H + harus mengurangi
sebagai konsentrasi HCl dalam air meningkat atau struktur perubahan solusi [25,26] bentuk awal kehidupan di Bumi, yang sampai saat ini dianggap hadir hanya
. Setiap ion atau molekul yang intercalates itu sendiri antara cluster air
terprotonasi akan memiliki efek memblokir perpindahan + H antara perairan.
Sebagai contoh, pada tekanan tinggi atau HCl selama konsentrasi mobilitas H
+ mirip dengan Cl - [ 27 - 30] , Dan H + mobilitas harus ditentukan oleh sifat
hidrodinamik proton terlarut [31] . Secara umum, mobilitas H + harus ditentukan
oleh kombinasi dari (i) mekanisme Grotthuss-jenis dan (ii) difusi hidrodinamik
cluster air terprotonasi [25,31] .
3. lain twist dalam sejarah mekanisme Grotthuss: H + transfer kawat air di
dalam molekul biologis
Kehadiran sebuah rantai sekitar unidimensional molekul air dalam rongga
berbagai protein menambahkan twist menarik lain untuk sejarah mekanisme
Grotthuss. Setelah semua, adalah mungkin bahwa langkah-langkah hop-turn
dibahas dalam Gambar. 1
berlaku untuk kasus yang sangat khusus dari H + mentransfer di perairan protein. Ada
kemungkinan bahwa tingkat membatasi langkah bisa menjadi reorientasi molekul air [32] .
Namun, ini tidak jelas bahkan dalam kawat air sederhana (bagian 4 di bawah).
879
H + transfer kawat air terjadi di berbagai protein bioenergi. Substrat
struktural untuk transfer ini diringkas di bawah ini:
(A) Sebuah rantai dari 14 molekul air memperluas lebih ~ 25 Å dari interior
protein ke sisi sitoplasma hadir di pusat reaksi fotosintesis rhodobacter
sphaeroides.
struktur resolusi tinggi dari pusat reaksi menunjukkan bahwa jaringan kabel air
H-terikat bersama-sama dengan rantai samping polar asam amino mendasari
transfer H + dari sitoplasma ke kuinon Q B terkubur di dalam protein [33 - 35] ;
(B) Dalam sitokrom c oksidase, dua H + konduksi jalur yang berbeda
diidentifikasi (K dan D saluran). K saluran memanjang dari fase cair massal di
sisi elektronegatif (sitoplasma bakteri) ke pusat heme-tembaga protein. Ini
transfer jalur H + dalam jaringan H-terikat yang terdiri dari molekul air dan
sangat kekal Lys, THR, dan residu Tyr [36 - 42] . Berbeda dengan D-saluran,
Kchannel tampaknya tidak memiliki rantai yang berkesinambungan dari
molekul air;
(C) Jaringan H-terikat luas antara molekul air dan rantai samping polar
asam amino (Arg, Asp, Tyr, Glu dan Asp) telah diidentifikasi di wilayah
ekstraselular bacteriorhodopsin. Jaringan ini menyediakan jalur untuk transfer
H + dari permukaan membran ke basis Schiff retina yang terkubur [43 - 45] ;
(D) hidrogenase adalah enzim-enzim yang mensintesis atau
mengkonsumsi H 2. H 2 adalah penting untuk berbagai bentuk kehidupan yang
menghuni lingkungan anaerobik [46] . Enzim ini, yang tampaknya telah hadir di
dalam bakteri anaerob yang metabolisme energi tergantung pada H 2. Hari ini,
diketahui bahwa coding urutan homolog dengan mereka hidrogenase secara
luas hadir di antara eukariota termasuk genom manusia [47] . Produksi H 2 di
Fe-hidrogenase adalah dengan reaksi 2 H + 2 e - ↔ H 2. Jalur diduga untuk transfer
H + dari permukaan enzim ke pusat katalitik enzim ini ( ~ 12 Å) diusulkan dan
terdiri dari dua residu Glu, satu residu Ser, dan air [48] . H + Transfer juga
terjadi di banyak protein lain yang strukturnya tidak diketahui secara rinci
seperti H-ATPase, atau tidak dikenal sama sekali, seperti H + saluran [49] .
Motif umum yang muncul dari uraian di atas adalah bahwa dari rantai
molekul air di dalam rongga protein dilapisi oleh residu asam amino polar.
Terbukti, asam amino polar menciptakan lingkungan yang hidrofilik. Namun, ini
bukan keseluruhan cerita. Karena koordinat kawat air dengan
kelompok-kelompok polar, fluktuasi termal dalam struktur protein memodulasi H
+ mentransfer di kabel air. Di Gambar. 2 , Itu dicontohkan bagaimana fluktuasi
dalam struktur protein dapat membantu transfer H + antara molekul air yang
berdekatan (lihat legenda). Selain itu, juga mungkin, atau bahkan mungkin dalam
beberapa kasus, yang transfer H + antara perairan yang berdekatan secara aktif
dimediasi oleh residu polar seperti COO - atau COH. Sifat-sifat transfer ini namun
belum diukur dalam kondisi eksperimental didefinisikan dengan baik. Terlepas
dari struktur kerja yang benar-benar indah dirangkum di atas salah satu harus
berhati-hati ketika mencoba untuk menghubungkan pengukuran fungsional
pengamatan struktural. kristal
 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885

kabel air sekitar unidimensional, tetapi apakah itu benar-benar tingkat membatasi langkah? 880

yang akan dibagi dengan molekul air di kanan (3). antara molekul air dalam rongga protein. Menariknya, mekanisme Grotthuss klasik di mana transfer proton dibatasi oleh rotasi air (lihat teks) bisa berlaku untuk

dan karbonil (1), sehingga menyebabkan pendekatan air tengah kelebihan proton dalam kawat air; (B) air tengah akan membentuk ikatan kovalen baru dengan kelebihan proton (2) merilis salah satu dari proton

proton ditransfer antara perairan yang berdekatan dari kiri ke kanan panel sebagai konsekuensi dari: (a) fluktuasi termal dalam struktur protein melemahkan atau menghilangkan sementara H-ikatan antara air

dari fluktuasi dalam struktur protein. Karbonil dalam gambar ini ditampilkan menonjol ke lumen dari dinding protein (diwakili oleh garis kuning). Waters biasanya menyumbangkan H-obligasi untuk karbonil. Satu

Gambar. 2. Dalam kartun ini, terinspirasi oleh snapshot selama MD simulasi H + transfer kawat air di saluran gA, contoh sederhana diilustrasikan di mana H + ditransfer antara molekul air sebagai konsekuensi

tidak tumbuh di bawah kondisi percobaan yang sama di mana mereka protein
yang berfungsi penuh. Karakteristik dari peristiwa yang paling dasar di transfer
proton di kabel air dalam protein tetap buruk atau tidak diketahui.
Sifat kabel air dalam protein pada umumnya seperti selektivitas, tingkat H + Transfer,
gramicidin dan saluran gramicidin dimodifikasi. Seperti dibahas di bawah,
saturasi, dan blokade belum ditangani sebelumnya. Pertanyaan-pertanyaan ini
penting untuk memahami bagaimana kawat air bekerja mengingat bahwa (i)
kabel air pilih H + (10 - 7 M) lebih ion jauh lebih terkonsentrasi lainnya (10 - 3 - 10 - 2 M),
dan (ii) keberadaan ion setiap di tengah-tengah air akan memblokir H + mentransfer,4. model eksperimental kabel air di saluran ion gramicidin semi-sintetik
dan sebagai fungsi seperti protein bioenergi. Selain itu, karena sifat fisikokimia
yang tidak diketahui dari rongga protein terhidrasi, sangat sulit untuk
memastikan apa tingkat membatasi langkah translokasi proton di dalam
struktur biologis kompleks.
Ini telah sulit untuk mengatasi sifat transfer proton dalam protein kompleks.
Setidaknya ada dua kesulitan konseptual serius. Pertama, sulit dan
kadang-kadang tidak mungkin untuk memutuskan apakah H + sedang ditransfer
dalam satu arah atau OH -
dalam arah yang berlawanan (lihat di bawah). Hanya dalam beberapa kasus
seperti di saluran gramicidin (lihat di bawah) adalah jawaban untuk pertanyaan
ini mudah. Kedua, pengukuran eksperimental transfer + H dalam sistem biologis
biasanya berkorelasi atau beralasan dalam analogi dengan pengukuran yang
sama di air curah yang masih sistem yang terbaik dipelajari. Strategi ini
mungkin bermasalah karena sifat fisikokimia spesifik dan tidak diketahui dari H
+ (Atau OH -) jalur di rongga protein yang jelas berbeda dari air curah. Dalam
konteks ini, sulit untuk menentukan apa transfer proton benar-benar berarti.
Apakah proton ditransfer dalam urutan melompat langkah antara perairan dan
(de) protonatable residu polar, atau itu juga mungkin bahwa cluster air
terprotonasi berdifusi dalam rongga protein untuk jarak yang relatif singkat? Apa
dan di mana adalah tingkat membatasi langkah untuk H + transfer? Apakah
proton hanya ditransfer antara molekul air dalam kawat air? Dapat residu kutub
shuttle proton antara molekul air? Pertanyaan-pertanyaan ini sangat penting.
Namun demikian parameter eksperimental dasar (tingkat H + transfer efek
isotop kinetik, dll) yang akan memungkinkan respon awal untuk
pertanyaan-pertanyaan ini tidak diketahui. Pertanyaan-pertanyaan yang
dibahas di atas memang motivasi utama untuk studi metodis transfer proton di
sistem ini dipilih untuk kesederhanaan relatif mereka.
Tujuan kami adalah untuk menjawab pertanyaan-pertanyaan yang diangkat
dalam bagian sebelumnya menggunakan model awal dan sederhana
berdasarkan gramicidin A saluran. gramicidin asli A (gA) adalah
pentadecapeptide sangat hidrofobik disekresikan oleh Bacillus brevis. Struktur
utamanya adalah urutan bolak D- dan L- asam amino yang di bilayers lipid
menentukan kidal β 6.3 helix di mana residu rantai samping berada dalam kontak
dengan lingkungan lipid, dan karbonil dan amida kelompok garis pori protein [50
- 52] . Asosiasi melalui enam antarmolekul H-ikatan antara termini amino dari
dua peptida gA, masing-masing terletak di monolayer yang berbeda, hasil
dalam pembentukan saluran ion [53] . Gangguan ini antarmolekul H-obligasi
hasil disosiasi monomer gA dan hilangnya fungsi saluran. Signifikansi khusus
untuk transfer H + adalah kenyataan bahwa sekitar 8 - 10 molekul air [54 - 56] menempati
seluruh panjang ( ~ 25 Å) dari saluran. Lebar saluran ( ~ 4 Å) tidak
memungkinkan lebih dari satu molekul air per penampang dan kawat air
unidimensional perkiraan didefinisikan.
Dua peptida gA secara kovalen terkait dengan berbagai molekul [26,57 - 63] .
Seperti yang diharapkan, bentuk peptida saluran ion yang dihasilkan dalam
membran lipid dengan waktu terbuka rata-rata yang jauh melebihi orang-orang
di saluran gA asli. karya eksperimental kami pada H + transfer dalam saluran gA
telah dilakukan dengan saluran gA kovalen. Strategi ini diikuti karena
kepentingan kami pada efek dari atom tertentu atau kelompok atom pada
transfer H + dalam ' sederhana ' kawat air seperti di
 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885 881

berbagai saluran gA. Kelompok-kelompok ini dapat ditambahkan ke linker yang
menghubungkan dua peptida gA (lihat misalnya [57] ) Tanpa distorsi yang serius
dari struktur sekunder dari protein yang mungkin akan terjadi pada mengubah
asam amino. Keuntungan lain adalah bahwa saluran ion yang dimasukkan ke
dalam membran lipid planar dan H + arus dapat dengan mudah diukur dalam
satu molekul.
Titik awal untuk studi ini adalah menghubungkan dua peptida gA melalui
kelompok dioksolan [59,60] . Karena kehadiran dua karbon kiral di linker ini dua
stereoisomer yang berbeda dapat disintesis [26,60] . Perbedaan utama antara
dua gA peptida dioksolan-linked tersebut adalah distorsi lokal dari struktur
sekunder di tengah saluran. Ini membuka kemungkinan menentukan
konsekuensi fungsional dari distorsi ini pada H + mentransfer dalam kawat air di
dalam saluran.
4.1. transfer proton di stereoisomer berbeda dioksolan-linked
saluran gA
Gambar. 3 menunjukkan struktur energi diminimalkan dari SS- (kiri) dan
saluran gramicidin RR-dioxolane terkait. Pandangan dalam gambar ini dari
dalam di tengah saluran di mana kedua monomer gA bergabung dioksolan
tersebut. SS-dioxolane menyebabkan transisi terus menerus dan dibatasi
antara dua peptida gA. Jaringan H-ikatan antara amida dan
karbonil melapisi pori saluran mirip dengan yang ada di saluran gA asli [26,60,62,64]
. Sebaliknya, dalam dimer RRdioxolane gA, ada kemiringan yang signifikan
dari linker menyebabkan intra dan inter-molekul H-ikatan antara amida dan
karbonil di tengah saluran untuk menjadi berbeda dari asli dan SS-dioxolane
terkait saluran gA [64] . Karena kawat saluran air adalah H-terikat karbonil
saluran ( Buah ara. 2 dan 3 ) Dan pola jaringan H-obligasi tidak sama dalam
saluran dioksolan-linked dan gA asli, itu beralasan bahwa tingkat H + Transfer
akan berbeda di saluran ini.
Gambar. 4 menegaskan bahwa prediksi kualitatif dan menunjukkan perbedaan
kuantitatif antara saluran tunggal conductances untuk H + ( g H) di berbagai
saluran gA. Saluran SS memiliki hubungan linear dalam log ( g H) - log [H +] plot di
[H +] kisaran 10 mM - 2000 M. Kemiringan garis yang ~ 0,75 menunjukkan bahwa
H + transfer dalam saluran ini adalah tidak dibatasi oleh difusi massal tetapi oleh
saluran itu sendiri. Perbedaan utama antara SS dan gA saluran adalah bahwa
dalam rentang [H +] dari 10 - 1000 mM g H nilai-nilai di bekas jauh lebih besar
daripada di kedua. Di sisi lain, RR-dioxolane terkait saluran gA memiliki terkecil g H
nilai-nilai di antara berbagai saluran gA. Bentuk log-nya - log plot berbeda dari
saluran lain gA seperti yang ditunjukkan pada Gambar. 4 . Pada [H +] ≥ 2000
saturasi mM dan atenuasi g H nilai-nilai terjadi. Fakta bahwa kejenuhan
konduktivitas proton dalam air curah ( λ H) juga terjadi pada konsentrasi HCl yang
tinggi [25] menyarankan

Gambar. 3. dalam pandangan saluran di keterkaitan dua peptida gA melalui SS (kiri) atau RR (kanan) dioksolan linker (dari struktur energi diminimalkan [26] ). C, O, N, H berwarna abu-abu, merah, biru, dan
putih, masing-masing. karbon kuning dari linker dioksolan. Intra dan antarmolekul H-ikatan antara CO dan NH kelompok ditunjukkan dengan garis kuning. Sementara fitur struktural mereka H-obligasi di
SS-dioxolane channel gA mirip dengan saluran gA asli, angka ini menunjukkan bahwa dalam saluran RR-dioxolane ada diucapkan perbedaan dalam pola intra dan inter-molekul H- ikatan [64] . Studi komputasi
menunjukkan bahwa distorsi ini dalam struktur sekunder terlokalisir di tengah saluran.
 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885
dari [25] . 882
dari analisis regresi linear di kisaran [H +] 10 - 2000 mM (kemiringan garis biru = 0,75). digambar ulang
dalam grafik ini (SEM bar yang lebih kecil dari ukuran simbol). Garis lurus pas lingkaran biru diperoleh
RR-dioxolane, asli gA, dan SS-dioxolane terkait saluran gA, masing-masing. Berarti ± SEM diplotkan
H + / (V × s) di saluran vs [H +] di mM. simbol merah, hitam, dan biru dan garis sesuai dengan
Gambar. 4. Login - log plot saluran conductances tunggal untuk H + ( g H di pS) atau translokasi tingkat
bahwa ini mungkin bagian dari penjelasan untuk fenomena saturasi di berbagai
saluran gA. Salah satu kemungkinan adalah bahwa sebagai [HCl] meningkat
demikian kemungkinan menemukan sebuah Cl - dalam kawat air dengan
konsekuensi memblokir transfer proton. Dengan demikian, transfer cepat H + dalam
larutan dan di samping bukaan saluran dikompromikan mengakibatkan redaman g H
[25] . Jumlah H + dalam saluran gA terbatas dan tidak berubah di atas sebuah
maksimum diketahui sebagai fungsi [H +] dalam larutan. Dengan demikian, masih
mungkin bahwa saluran gA mungkin mentransfer proton pada orang-orang yang tinggi
[HCl] (lihat di bawah), tetapi mereka bisa menjadi tingkat dibatasi oleh mobilitas H + dalam antara berbagai saluran gA tidak diketahui, adalah mungkin untuk menjelaskan
larutan dan pada membran - channel / antarmuka solusi. Pertimbangan lain yang
menarik adalah bahwa H + di dalam saluran mungkin mengalami interaksi longrange
elektrostatik dengan ion terkonsentrasi dalam larutan. Ini akan jenuh atau bahkan
mempromosikan penurunan g H-
[H +] hubungan pada konsentrasi ion besar [65] . Hal ini tidak mungkin untuk
membedakan antara kemungkinan ini dan cluttering ionik dari solusi yang
membuat H + mentransfer tidak mungkin terjadi.
Perlu diperhatikan bahwa pembatasan difusi untuk transfer H + di saluran gA
(kemiringan kesatuan dalam log - log bidang g H- [ H +] hubungan) terjadi pada
curah [HCl] konsentrasi yang lebih rendah dari 10 mM (Chernyshev dan
Cukierman, naskah dalam persiapan).
Apa bukti-bukti untuk H + mentransfer di saluran gA? Pertama, saluran gA yang
selektif permeabel untuk kation monovalen saja. Gambar. 4 menunjukkan bahwa g H meningkat
dengan [H +]. Ini adalah poin penting. Pada umumnya dan di hampir setiap sistem,
tidak jelas apakah proton sedang ditransfer dalam satu arah atau OH - dalam arah
yang berlawanan [71] . Kedua, g H adalah 10 2 - 10 3-
lipat lebih besar dibandingkan kation monovalen lainnya. Khususnya, g H jauh
lebih besar dari g na yang telah diasumsikan tingkat dibatasi oleh difusi file
tunggal perairan di saluran [66] . Ketiga, efek isotop kinetik (KIE = ( g H / g D)) di
berbagai gA
saluran di berbagai [HCl] berada di kisaran 1,31 - 1,37 [31,67] . Sebaliknya, satu
saluran conductances ke berbagai basa dalam saluran gA asli di H 2 O sekitar
10% lebih besar daripada di D 2 O (Cukierman, pengamatan tidak diterbitkan; [68]
). permeasi Alkaline di saluran gA disertai dengan difusi air dan ini harus
tercermin dalam KIE relatif kecil untuk basa. Namun, interpretasi KIE tidak
sederhana [22,23] . Keempat, tidak ada potensi elektroosmosis berkembang
ketika H + menembus saluran gA [55] . Akibatnya, perembesan H + di saluran
gA dalam perselisihan kuantitatif dan kualitatif yang signifikan dengan
perembesan kation monovalen lainnya. Ini diambil sebagai bukti untuk H + mentransfer
di saluran gA. Dipertimbangkan diskusi dalam paragraf sebelumnya, bukan
tidak mungkin bahwa transfer proton di saluran gA mencerminkan mobilitas
hidrodinamik dari H 3 O + dalam pori-pori. Ini mungkin adalah definisi yang lebih
umum untuk transfer H + di saluran gA saat ini. Sebagai sifat penting dari
transfer ini, masih banyak yang harus dilakukan baik secara eksperimen
maupun teoretis.
Dalam mencoba untuk memahami perbedaan g H nilai-nilai di antara
berbagai saluran gA di kisaran konsentrasi 10 - 2000 mM ( Gambar. 4 ), Suhu
efek tergantung mereka diukur
[69] . Tabel 1 menunjukkan energi aktivasi yang berbeda dihitung untuk H + transfer.
Sebagai antisipasi, energi Gibbs bebas aktivasi tidak sangat berbeda di antara
berbagai saluran gA. Namun, ada perbedaan yang signifikan dan utama antara
entropi aktivasi. Untuk saluran gA asli, entropi aktivasi adalah sekitar 25% lebih
besar daripada saluran SS, dan aktivasi entropi terbesar terjadi untuk saluran
RR. Meskipun bukan satu-satunya faktor, faktor entropis baik bisa bertanggung
jawab atas perbedaan utama antara g H
di berbagai saluran gA.
Sedangkan asal-usul molekul yang tepat untuk perbedaan transfer proton
perbedaan-perbedaan ini sebagai konsekuensi dari entropi aktivasi yang berbeda.
Seperti disebutkan sebelumnya, transfer proton disukai oleh hubungan geometris
yang cocok antara H +, perairan dan karbonil yang melapisi dinding saluran (lihat
Gambar. 2 ). Dengan demikian, semakin besar jumlah kemungkinan konfigurasi dari
unsur-unsur yang lebih kecil harus g H menjadi. Khususnya:
(I) di saluran gA asli, harus ada sejumlah besar konfigurasi yang berbeda
relatif antara dua gA monomer saja yang dapat memberikan pembentukan
saluran ion yang efektif. Ini bisa memiliki implikasi untuk struktur kawat air di
pori saluran. Dalam beberapa konfigurasi kawat air ini, transfer + H bisa
dilemahkan atau diblokir dalam kaitannya dengan konfigurasi lainnya. Dengan
demikian, tingkat rata-rata H + translokasi dalam saluran yang sebenarnya
diukur ( g H) menurun sehubungan dengan SS-dioxolane terkait channel gA.
Tabel 1
Gibbs energi bebas, entalpi aktivasi dan entropi untuk transfer H + dalam berbagai saluran gA [69]
Saluran Δ G o ( kJ / mol) Δ H o ( kJ / mol) Δ S o ( J / (K × mol))
gA 26.70 13.11 - 45,61
SS 26.59 15,52 - 37,15
RR 28,85 12,68 - 54,24
 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885
(Ii) Dalam saluran SS-dioxolane, dua peptida gA yang kuat dan terus
dibatasi oleh dioksolan tersebut. Ini akan memiliki efek mengoptimalkan kawat
air untuk transfer H +, dan sebagai tambahan seperti dari g H dalam kaitannya
dengan saluran gA asli diukur dalam berbagai [HCl] ( Gambar. 4 ); (Iii) Adapun
saluran RR, jumlah yang relatif besar konformasi dinamik dari kawat air tidak
mendukung H + Transfer terjadi dengan pelemahan yang dihasilkan dari g H dibandingkan
kekuatan rata-rata untuk reorientasi air tergantung pada model air yang
dengan SS-dioxolane terkait dan saluran gA asli [69] . Mekanisme yang lebih
spesifik untuk efek ini telah dibahas dalam studi MD [70] . Tolakan elektrostatik
antara oksigen di linker dioksolan dan karbonil dari gA menyebabkan
keterlambatan dalam transfer proton di tengah-tengah pori saluran [70] .
Struktur sekunder lebih seragam sepanjang pori saluran yang diantisipasi
untuk gA asli dan saluran SS memiliki efek menguntungkan H + mentransfer di
tengah saluran dalam kaitannya dengan saluran RR.
Pertimbangan tentang faktor-faktor entropis di atas dapat menjelaskan
perbedaan kualitatif antara tingkat transfer proton dalam berbagai saluran gA.
Namun ada jalan panjang untuk pergi dalam rangka untuk memiliki
pemahaman kuantitatif dari topologi berbeda g H- [ H +] hubungan di saluran ini.
4.2. Beberapa observasi awal yang relevan dengan hipotesis di atas. Akan
Grotthuss sejarah dalam berulang air curah dalam transfer + H di saluran gA?
Pembahasan di bagian sebelumnya diminta menghubungkan dua peptida
gA melalui siklopentana (Narayan, Wyatt, Crumrine, dan Cukierman, naskah
dalam persiapan). Bunga utama pada prosedur ini menyangkut penggantian
dua oksigen di dioksolan oleh karbon di cyclopentane. Dalam kedua
SS-siklopentana dan SS-dioxolane, ada transisi terus menerus dan dibatasi
antara peptida gA yang terkait (seperti yang ditunjukkan
Gambar. 3 ). Menariknya, g H- [ H +] hubungan dari saluran SS yang berbeda pada
dasarnya sama. Ini mendukung pandangan bahwa perbedaan mendasar antara g H
nilai-nilai dari SS-linked dan saluran lainnya gA (lihat Gambar. 4 ) Merupakan
konsekuensi dari transisi terus menerus dan dibatasi yang nikmat struktur kawat
air yang paling cocok untuk transfer proton dan / atau mengurangi kemungkinan
menemukan struktur kawat air yang menghambat atau penundaan transfer
proton.
Sebaliknya, penggantian dua oksigen dalam saluran RRdioxolane oleh
karbon (RR-cyclopentane terkait channel gA) menghasilkan peningkatan yang
signifikan dalam g H nilai-nilai. Dalam hal ini, g H- [ H +] hubungan untuk
RR-cyclopentane terkait channel gA menjadi tak terbedakan dari orang-orang
dari saluran gA asli. Hasil ini secara kualitatif mendukung gagasan bahwa
dinamika tolakan elektrostatik antara oksigen di RR-dioxolane dan karbonil
oksigen dapat memperkenalkan penundaan yang signifikan di H + Transfer di
tengah RRdioxolane terkait saluran gA.
saluran gramicidin telah mengerahkan daya tarik khusus untuk ahli kimia
komputasi. Karena jumlah yang kecil dari atom pengobatan MD saluran gA
tidak komputasi mahal. Namun, kesederhanaan saluran gA sering
menyesatkan dan beberapa aspek dari saluran gA belum
883
benar-benar diperhatikan dalam studi MD. Satu kertas awal pada transfer H + di
saluran gA asli disarankan (dalam analogi dengan mekanisme Grotthuss klasik
dalam air curah, Gambar. 1 ) Bahwa reorientasi molekul air adalah tingkat
membatasi langkah untuk H +
[32] . Dalam sebuah penelitian posterior itu menunjukkan bahwa potensi
digunakan dalam simulasi, dan dalam perjanjian semi-kuantitatif dengan
pengukuran eksperimental kami [70] . Sebuah perkembangan baru-baru ini
adalah proposal bahwa penghalang elektrostatik untuk transfer H + dan tidak reorientasi
molekul air adalah signifikan tingkat membatasi langkah untuk perembesan H +
di saluran gramicidin [72,73,75] . Namun, dan dalam pandangan komponen
entropis signifikan dari transfer proton dalam berbagai saluran gA dibahas di
atas, tidak jelas apa efek dari kendala energi diterapkan dalam simulasi MD
akan memiliki pada energi bebas dari reorientasi air.
Masalah yang berbeda yang belum dibahas dalam ulasan ini adalah bahwa
transfer proton di saluran gA adalah sangat dipengaruhi oleh headgroups
fosfolipid tertentu dan rantai asil ( [ 74] ; Chernyshev dan Cukierman, naskah
dalam persiapan). Tidak adanya representasi rinci membran lipid dalam
perhitungan MD berarti bahwa kita jauh dari menyediakan “ realistis ”
menjawab pertanyaan yang ditujukan dalam studi mereka terlepas dari klaim
arah ini.
Model eksperimental sederhana yang kami telah mengembangkan wajah
tantangan yang luar biasa untuk studi komputasi. model eksperimental kami
menunjukkan perbedaan dari 2-4 kali lipat dalam tingkat transfer proton antara
saluran gA berbeda kovalen ( Gambar. 4 ), Dan perbedaan 10 kali lipat jika efek
dari membran lipid dianggap ( [74] ; Chernyshev dan Cukierman, naskah dalam
persiapan). Perbedaan tingkat ini mudah diukur, direproduksi dan deviasi
standar mereka kecil [25] . Namun, ketika mereka pengukuran mencerminkan
perubahan dalam energi aktivasi sederhana 0,7 kkal / mol (atau 1,4 kkal / mol
dalam kasus efek membran) perbedaan antara tingkat transfer proton tercepat
dan paling lambat. Nilai-nilai ini dapat dibandingkan dengan kebisingan termal
sendiri dan tidak mungkin terurai dalam studi MD kecuali ada perubahan lokal
besar dalam laju transfer proton.
Pengembangan hipotesis ilmiah merupakan konsekuensi waktu dan
pematangan ide daripada keinginan untuk memberikan jawaban cepat dan
dangkal. Tingkat membatasi langkah dari H tinggi + mobilitas dalam air curah
dan pada model kabel air di saluran gA sederhana tetap tantangan. Namun,
mudah untuk memastikan bahwa kemajuan besar dalam 10 tahun terakhir
telah dibuat: penemuan kembali masalah mobilitas proton, wawasan baru ke
model lama abad kritis yang telah banyak diperbaiki seperti yang dibahas di
sini, dan kuat eksperimental dan investigasi ulang komputasi dari transfer
proton dalam berbagai sistem. Akhirnya, wawasan baru akan mekar.
Ucapan Terima Kasih
Saya berterima kasih kepada NIH (GM546180) untuk dukungan, dan Drs
Tom E. DeCoursey, Louis J. DeFelice, Peter Nicholls, dan Colin Wraight koreksi,
komentar dan saran dari versi sebelumnya dari makalah ini.
884 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885
Referensi
[1] CJT Grotthuss, Sur la dekomposisi de l'eau et des korps q'uelle rawat en
pembubaran à l'aide de l'électricité galvanique, Ann. Chim. LVIII (1806) 54 - 74.
[2] http://www.bajorusajunga.lt/en/grotthuss.html . [3] J.Al. Krik š topaitis, Dalam bangun dari
tantangan Volta: teori eletrolysis
Theodor Grotthuss, 1805. Pavia Proyek Fisika, Volta dan Pengaruh-Nya di Fisika 2003.
[4] M. Faraday, Penelitian Eksperimental di Listrik. Vol I, paragraf 499
dan 515, 1849. Proyek Guttenberg ( http://library.beau.org/gutenberg/ 1/4/9/8/14986 / 14986.txt ).
[5] JD Bernal, Ilmu Sejarah, MIT Press, Cambridge, 1971. [6] TK Derry, TI Williams, Sejarah Singkat
Teknologi, Dover
Publikasi, New York, 1993.
[7] J. Gribbin, The ilmuwan, Random House, New York, 2004. [8] JS Rowlinson, Kohesi, A Scientific
Sejarah Angkatan antarmolekul,
Cambridge Univ. Press, Cambridge, 2002.
[9] M. Planck, Das Princip der Erhaltung der Energie. Druck und Verlag von
BG Teubner, Leipzig, 1887.
[10] VH Danneel, Notiz über ionengeschwindigkeiten, Z. Elektrochem. 11
(1905) 249 - 252.
[11] BE Conway, proses Proton solvasi dan transfer proton dalam larutan,
di: Jom Bockris, BE Conway (Eds.), Aspek Modern Elektrokimia, vol. 3, Butterworth, London,
1964, hlm. 43 - 148.
[12] S. Lengyel, BE Conway, Proton solvasi dan proton transfer kimia
dan proses elektrokimia, di: BE Conway, Jom Bockris, E. Yeager, Komprehensif Treatise
Elektrokimia, Plenum Press, New York, 1983, hlm 339 (Eds.). - 398.
[13] L. Pauling, The Nature of Chemical Bond, Cornell Univ. Press, New
York, 1939.
[14] HE Huckel, Theorie der beweglichkeiten des wasserstoff- und hidro
xylions di wässriger Lösung, Z. Elektrochem. 34 (1928) 546 - 562.
[15] JD Bernal, RH Fowler, Sebuah teori air dan larutan ionik, dengan
referensi khusus untuk ion hidrogen dan hidroksil, J. Chem. Phys. 1 (1933) 515 - 548.
[16] JF Nagle, HJ Morowitz, mekanisme molekuler untuk transportasi proton di
membran, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75 (1978) 298 - 302.
[17] N. Agmon, Ikatan hidrogen, rotasi air dan mobilitas proton, J. Chim.
Phys. 93 (1996) 1714 - 1736.
[18] D. Eisenberg, W. Kauzmann, Struktur dan Sifat Air,
Oxford Univ. Press, New York, 1969.
[19] TJF Day, UW Schmitt, GA Voth, Mekanisme proton terhidrasi
transfer dalam air, J. Am. Chem. Soc. 122 (2000) 12027 - 12.028.
[20] LobaughG.A. Voth, Dinamika kuantum kelebihan proton di dalam air, J.
Chem. Phys. 104 (1996) 2056 - 2069.
[21] H. Lapid, N. Agmon, MK Petersen, GA Voth, Sebuah analisis orde ikatan
mekanisme untuk mobilitas proton terhidrasi dalam air cair, J. Chem. Phys. 122 (2005)
014.506.
[22] RI Cukier, Teori dan simulasi transfer elektron proton-coupled,
hidrogen atom mentransfer, dan proton translokasi protein, Biochem. Biophys. Acta 1655
(2004) 37 - 44.
[23] LI Krishtalik, Mekanisme transfer proton: garis besar, Biochim.
Biophys. Acta 1458 (2000) 6 - 27.
[24] UW Schmitt, GA Voth, The substitusi isotop efek pada terhidrasi
proton, Chem. Phys. Lett. 329 (2000) 36 - 41.
[25] S. Cukierman, Proton mobilitas dalam air dan di stereoisomer yang berbeda
kovalen gramicidin A saluran, Biophys. J. 78 (2000) 1825 - 1834.
[26] EP Quigley, P. Quigley, DS Crumrine, S. Cukierman, The konduksi
proton di stereoisomer yang berbeda dari dioksolan-linked gramicidin A saluran, Biophys. J. 77
(1999) 2479 - 2491.
[27] S. Lengyel, J. Giber, J. Tamas, Penentuan mobilitas ion di
berair larutan asam klorida konsentrasi yang berbeda pada berbagai suhu, Acta Chim. Hung.
32 (1962) 429 - 436.
[28] DA Lown, HR Thirsk, Proton perpindahan konduksi dalam larutan air:
Bagian I. Konduktansi pekat berair hidroksida logam alkali
solusi pada temperatur tinggi dan tekanan, Trans. Faraday Soc. 67 (1971) 132 - 148.
[29] DA Lown, HR Thirsk, Proton perpindahan konduksi dalam larutan air.
Bagian 2 - Pengaruh tekanan pada konduktivitas listrik dari asam ortofosfat terkonsentrasi
dalam air pada 25 ° C, Trans. Faraday Soc. 67 (1971) 149 - 152.
[30] BB Owen, FH Sweeton, The konduktansi asam klorida di
larutan air dari 5 ° sampai 65 °, J. Am. Chem. Soc. 63 (1941) 2811 - 2817.
[31] A. Chernyshev, R. POMES, S. Cukierman, efek isotop kinetik proton
transfer dalam air metanol yang mengandung solusi, dan di saluran gramicidin, Biophys.
Chem. 103 (2003) 179 - 190.
[32] R. POMES, B. Roux, Struktur dan dinamika kawat proton: a teoritis
studi H + translokasi sepanjang file tunggal rantai air di gramicidin A channel, Biophys. J. 71
(1996) 19 - 39.
[33] P. Adelroth, ML Paddock, A. Tehrani, JT Beatty, G. Feher, MY
Okamura, Identifikasi jalur proton di pusat-pusat reaksi bakteri: penurunan kecepatan transfer
proton oleh mutasi histidine permukaan di H126 dan H128 dan penyelamatan kimia dengan
imidazol mengidentifikasi donor proton awal, Biokimia 40 (2001) 14538 - 14.546.
[34] L. Baciou, H. Michel, Gangguan dari rantai air di pusat reaksi
dari rb. sphaeroides mengurangi tingkat penyerapan proton dan transfer elektron kedua untuk
Q_B, Biochem. 34 (1995) 7967 - 7972.
[35] J. Tandori, P. Sebban, H. Michel, L. Baciou, Dalam rhodobacter sphaeroides
pusat reaksi, mutasi prolin L209 untuk residu aromatik di sekitar saluran air mengubah kopling
dinamis antara proses elektron dan transfer proton, Biokimia 38 (1999) 13179 - 13.187.
[36] J. Abramson, M. Ek-Svensson, B. Byrne, S. Iwata, Struktur
sitokrom c oksidase: perbandingan enzim bakteri dan mitokondria, Biochem. Biophys. Acta
1544 (2001) 1 - 9.
[37] M. Branden, H. Sigurdson, A. Namslauer, RB Gennis, P. Adelroth, P.
Brzezinski, Tentang peran dari jalur perpindahan K-proton di sitokrom c
oksidase, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98 (2001) 5013 - 5018.
[38] P. Brzezinski, Redox-didorong pompa proton membran-terikat, Tren
Biochem. Sci. 29 (2004) 380 - 387.
[39] S. Iwata, C. Ostermeier, B. Ludwig, H. Michel, Struktur sebesar 2,8 Å
resolusi sitokrom c oksidase dari Paracoccus denitrificans, Nature 376 (1995) 660 - 669.
[40] M. Karpefors, P. Adelroth, P. Brzezinski, Localized kontrol proton
mentransfer melalui D-jalur di sitokrom c oksidase: penerapan teknik proton-persediaan,
Biokimia 39 (2000) 6850 - 6856.
[41] T. Tsukihara, H. Ayoama, E. Yamashita, T. Tomiza, H. Yamagushi, K.
Shinzawa-Itoh, R. Nakajima, R. Yaono, S. Yoshikawa, Seluruh struktur dari 13-subunit
teroksidasi sitokrom c oksidase di 2,8 Å, Ilmu 272 (1996) 1136 - 1144.
[42] D. Zaslavsky, RB Gennis, Proton memompa oleh sitokrom oksidase:
kemajuan, masalah, dan postulat, Biochim. Biophys. Acta 1458 (2000) 164 - 179.
[43] H. Luecke, B. Schobert, HT Richter, JP Cartailler, JK Lanyi, Struktur
dari bacteriorhodopsin di 1.55 resolusi Å, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 291 (1999) 899 - 911.
[44] JK Lanyi, B. Schobert, Mekanisme transportasi proton di
bacteriorhodopsin dari struktur kristalografi dari K, L, M1, M2, dan intermediet M2' dari
photocycle itu, J. Mol. Biol. 328 (2003) 439 - 450.
[45] B. Schobert, LS Brown, JK Lanyi, struktur Kristalografi dari
M dan N intermediet dari bacteriorhodopsin: perakitan rantai hydrogenbonded molekul air
antara Asp-96 dan basis Schiff retina, J. Mol. Bio. 330 (2003) 553 - 570.
[46] MWW Adams, EI Stiefel, produksi hidrogen Biologi: tidak begitu
SD, Sains 282 (1998) 1842 - 1843.
[47] RM Cammack, M. Frey, R. Robson (Eds.), Hidrogen sebagai bahan bakar a. pengetahuan
dari Alam, Taylor dan Francis, London, 2001. [48] JW Peters, WN Lanzilotta, BJ Lemon, LC
Seefeldt, X-ray kristal
struktur Fe-satunya hydrogenase (Cpl) dari Clostridium pasteurianum resolusi angstrom 1,8 Å,
Ilmu 282 (1998) 1853 - 1858.
[49] TE DeCoursey, saluran proton Voltage-gated dan transfer proton lainnya
jalur, Physiol. Wahyu 83 (2003) 475 - 579.
 S. Cukierman / Biochimica et Biophysica Acta 1757 (2006) 876 - 885
[50] AS Arseniev, IL Barsukov, VF Bystrov, AL. Lonize, YA Ovchinnikov,
Proton NMR studi gramicidin Sebuah saluran ion transmembran. kanan kepala-tohead
diserahkan, beruntai tunggal heliks, FEBS Lett. 186 (1985) 168 - 174.
[51] RR Ketchem, B. Roux, TA Cross, struktur polipeptida-resolusi tinggi
dalam lingkungan fase lipid pipih dari solid state kendala NMR berasal, Struktur 5 (1997) 1655 - 1669.
[52] DW Urry, gramicidin Saluran transmembran: a diusulkan TT (L, D)
helix, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 68 (1971) 672 - 676.
[53] SB Hladky, DA Haydon, Ion mentransfer melintasi membran lipid dalam
Kehadiran gramicidin AI Studi saluran satuan konduktansi, Biochem. Biophys. Acta 274 (1972)
294 - 312.
[54] A. Finkelstein, gerakan air melalui bilayers lipid, pori-pori, dan plasma
membran, Teori dan Realitas, John Wiley, New York, 1987. [55] DG Levitt, SR Elias, JM
Hautman, Jumlah molekul air
digabungkan ke transportasi natrium, kalium, dan ion hidrogen melalui gramicidin nonactin
atau valinomisin, Biochem. Biophys. Acta 512 (1978) 436 - 451.
[56] S. Tripathi, SB Hladky, Streaming potensi di saluran gramicidin
diukur dengan ion elektroda selektif, Biophys. J. 74 (1998) 2912 - 2917.
[57] KM Armstrong, EP Quigley, P. Quigley, DS Crumrine, S. Cukierman,
Kovalen saluran gramicidin: efek linker hidrofobisitas dan logam alkali pada stereoisomer yang
berbeda, Biophys. J. 80 (2001) 1810 - 1818.
[58] E. Bamberg, K. Janko, Tindakan carbonsuboxide sebuah terdimerisasi
gramicidin A pada membran bilayer lipid, Biochem. Biophys. Acta 465 (1977) 486 - 499.
[59] S. Cukierman, EP Quigley, DS Crumrine, Proton konduksi
gramicidin A dan di dimer dioksolan-linked di bilayers lipid yang berbeda, Biophys. J. 73 (1997)
2489 - 2502.
[60] CJ Stankovic, SH Heinemann, JM Delfino, FJ Sigworth, SL
Schreiber, saluran transmembran berdasarkan tartaric acid-gramicidin A hibrida, Ilmu 244
(1989) 813 - 817.
[61] VS Rudnev, LN Ermishkin, LA Fonina, Yu.G. Rovin, ketergantungan The
dari konduktansi dan masa pakai saluran gramicidin pada ketebalan dan ketegangan bilayers
lipid, Biochem. Biophys. Acta 642 (1981) 196 - 202.
[62] S. Crouzy, TB Woolf, B. Roux, Sebuah dinamika studi molekul gating di
dioxolane-linked gramicidin saluran A, Biophys. J. 67 (1994) 1370 - 1386.
885
[63] DW Urry, MC Goodall, JD Glickson, DF Meyers, The
gramicidin Saluran transmembran: karakteristik head-to-head terdimerisasi TT (L, D) heliks, Proc.
Nat. Acad. Sci. USA 68 (1971) 1907 - 1911.
[64] CH Yu, S. Cukierman, R. POMES, studi teoritis struktur dan
fluktuasi dinamis saluran gramicidin dioksolan-linked, Biophys. J. 84 (2003) 816 - 831.
[65] B. Nadler, Z. Schuss, U. Hollerbach, RS Eisenberg, Kejenuhan
konduktansi di saluran ion tunggal: efek memblokir bidang reaksi dekat, Phys. Pendeta, E 70
(2004) 05.192 - 1 - 05.192-11. [66] A. Finkelstein, OS Andersen, The gramicidin Saluran: review-nya
karakteristik permeabilitas dengan referensi khusus pada aspek-file transportasi, J. memb.
Biol. 39 (1981) 155 - 171.
[67] M. Akeson, DW Deamer, Proton konduktansi oleh air gramicidin
kawat. Model proton konduktansi di F 0 F 1 ATPase? Biophys. J. 60 (1991) 101 - 109.
[68] RH Tredgold, R. Jones, Sebuah studi dari gramicidin menggunakan deuterium oksida,
Biochim. Biophys. Acta 550 (1979) 543 - 545.
[69] A. Chernyshev, S. Cukierman, Termodinamika pandangan aktivasi
energi dari transfer proton dalam berbagai saluran gramicidin A, Biophys. J. 82 (2002) 182 - 192.
[70] CH Yu, R. POMES, dinamika fungsional saluran ion: modulasi
Gerakan proton oleh switch konformasi, J. Am. Chem. Soc. 125 (2003) 13890 - 13.894.
[71] H. Sigurdson, M. Branden, A. Namslauer, P. Brzezinski, Ligan mengikat
mengungkapkan peristiwa protonasi di situs aktif sitokrom c oksidase; adalah K-jalur yang
digunakan untuk transfer H + atau OH -? J. Inorg. Biochem. 88 (2002) 335 - 342.
[72] MF Schumaker, R. POMES, B. Roux, A gabungan dinamika molekul
dan model difusi tunggal proton konduksi melalui gramicidin, Biophys. J. 79 (2000) 2840 - 2847.
[73] S. Cukierman, Terbang proton dalam terkait gramicidin A saluran, ISR. J.
Chem. 39 (1999) 419 - 426.
[74] CMG Godoy, S. Cukierman, Modulation transfer proton di dalam air
kawat dioxolane-linked saluran gramicidin oleh membran lipid, Biophys. J. 81 (2001) 1430 - 1438.
[75] S. Braun-Sand, A. Burykin, ZT Chu, A. Warshel, simulasi realistis dari
transportasi proton di sepanjang saluran gramicidin: menunjukkan pentingnya efek solvasi, J.
Phys. Chem., B 109 (2005) 583 - 592.
[76] RP Bell, The Proton di Kimia, Cornell Univ. Press, Ithaca, 1959.