LAPORAN PRAKTIKUM ANALISIS BIOMOLEKULAR

ACARA I
PENGENALAN ALAT

Disusun oleh:

Nama : Wahyuni Wulansari

NIM : 1611201004
Kelompok :3
Hari/Tanggal :
Fakultas : Sains dan Teknologi
Program Studi : Bioteknologi

PROGRAM STUDI S1-BIOTEKNOLOGI

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ‘AISYIYAH
YOGYAKARTA
2017
 ACARA I
PENGENALAN ALAT
A. TUJUAN

B. DASAR TEORI

Sentrifugasi merupakan salah satu metode yang digunakan dalam pemisahan campuran.
sentrifugasi ialah proses pemisahan partikel berdasarkan berat partikel tersebut terhadap
densitas layangnya. Gaya sentrifugal merupakan proses yang terjadi apabila perubahan berat
partikel dari keadaan normal pada 1 xg (sekitar 9,8 m/s2) menjadi menigkat seiring dengan
kecepatan serta sudut kemiringan perputaran partikel tersebut terhadap sumbunya. Pada
pemisahan, partikel yang densitasnya lebih tinggi dari pada pelarut turun ( sedimentasi ) yang
partikel yang lebih ringan mengapung ke atas. Komponen utama pada proses sentrifugasi
ialah instrumen sentrifuge, rotor, dan tabung. Sedangkan asesoris umumnya bergantung
mengikuti aplikasi yang akan dilakukan pada proses tersebut. Instrumen sentrifuge adalah
bagian yang menjadi alat penggerak proses senttrifugasi karena didalamnya memiliki motor
yang mampu berputar dan memiliki pengaturan kecepatan perputaran. (Gopala dkk, 2016).
Tabung vortex merupakan alat mekanikal yang dapat menghasilkan luaran udara
panas dan dingin dengan input udara bertekanan. Tabung vortex merupakan alat mekanikal
yang dapat beroperasi seperti mesin pendingin AC dengan tanpa adanya bagian komponen
yang bergerak atau berputar dengan cara memisahkan aliran udara bertekanan menjadi daerah
udara dingin dan panas kemudian dialirkan pada lubang saluran yang berbeda. Cara kerja
tabung vortex seperti ditunjukkan pada gambar 1 adalah udara bertekanan dilewatkan pada
saluran masuk secara tangensial dengan kecepatan tinggi, kemudian udara yang berekspansi
pada chamber menghasilkan aliran pusaran udara dan bergerak secara spiral sepanjang
tabung hingga pada ujungnya yang terdapat katup tirus. Pada saat katup ditutup sebagian,
maka akan terjadi laju aliran udara balik pada sumbu tabung mulai dari sisi tekanan tinggi ke
sisi tekanan rendah. Selama proses ini, perpindahan energi thermal berlangsung antara udara
balik dan udara maju sehingga aliran udara balik yang terdapat pada sumbu tabung
mempunyai temperatur lebih rendah dari temperatur udara masuk, sedangkan aliran udara
maju akan memanas dan bertemperatur lebih tinggi dari temperatur udara masuk. Aliran
udara balik yang dingin akan keluar melalui saluran udara dingin sedangkan aliran udara
panas akan keluar melalui bukaan katup. Dengan mangatur bukaan katup, besar lubang
keluaran dan temperatur udara dingin dapat diubah-ubah. (Harja dan saksono, 2014).
(Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode enzimatis untuk amplifikasi
DNA dengan cara in vitro. Pada proses PCR diperlukan beberapa komponen utama, yaitu
DNA cetakan, Oligonukleotida primer, Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), Enzim DNA
Polimerase, dan Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer. Pada proses PCR
menggunakan menggunakan alat termosiklus. Sebuah mesin yang memiliki kemampuan
untuk memanaskan sekaligus mendinginkan tabung reaksi dan mengatur temperatur untuk
tiap tahapan reaksi. Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang dalam
30-40 siklus dan berlangsung dengn cepat yaitu denaturasi, anneling, dan pemanjangan untai
DNA. Produk PCR dapat diidentifikasi melalui ukurannya dengan menggunakan
elektroforesis gel agarosa. Teknik PCR dapat dimodifikasi ke dalam beberapa jenis
diantaranya : PCR- RFLP, PCR – RAPD, nested- PCR,QuantitativePCR, RT- PCR dan
inverse – PCR. Keunggulan PCR dikatakan sangat tinggi. Hal ini didasarkan atas spesifitas,
efisiensi dan keakuratannya. Reverse Transcriptase (RT-PCR); metode ini digunakan untuk
amplifikasi, isolasi atau identifikasi sekuen dari sel atau jaringan RNA. Metode ini dibantu
oleh reverse transcriptase (mengubah RNA menjadi cDNA), mencakup pemetaan,
menggambarkan kapan dan dimana gen diekspresikan. (Yusuf, 2010).
Prinsip kerja PCR real time adalah mendeteksi dan mengkuantifikasi reporter fluoresen.
Sinyal fluoresen akan meningkat seiring dengan bertambahnya amplifikasi DNA PCR dalam
reaksi. Reaksi selama fase eksponensial dapat dipantau dengan mencatat jumlah emisi
fluoresen pada setiap siklus. Peningkatan hasil amplifikasi PCR pada fase eksponensial
berhubungan dengan jumlah inisiasi target gen. Makin tinggi tingkat ekspresi target gen maka
deteksi emisi fluoresen makin cepat terjadi. Kuantitas urutan DNA target dicapai dengan
menentukan jumlah siklus amplifikasi. Jumlah siklus amplifikasi diperlukan untuk
menghasilkan produk PCR berdasarkan fluoresensi di awal fase eksponensial PCR serta
untuk melewati garis ambang fluoresensi/siklus threshold (Ct). Jumlah siklus yang
diperlukan untuk mencapai ambang batas disebut Ct. Siklus Ct adalah prinsip dasar dari PCR
real time dan sebagai bagian yang sangat penting untuk memperoleh data yang akurat. Nilai
Ct PCR real time sangat berkorelasi dengan kuantitas urutan DNA target. Apabila kuantitas
urutan DNA target tinggi di awal reaksi, nilai Ct akan lebih cepat diketahui. Namun
demikian, nilai Ct akan lebih sering ditemukan pada fase eksponesial di setiap siklus
amplifikasi PCR. Hal ini yang menjadi alasan utama bahwa nilai Ct lebih mampu mengukur
jumlah amplifikasi DNA target dari awal reaksi. (Hewajuli dan Dharmayanti, 2014).
Prinsip kerja elektroforesis adalah adanya perbedaan kecepatan gerak partikel-partikel
bermuatan apabila terdapat dalam suatu medan listrik. Kecepatan gerak setiap molekul
sebanding dengan mobilitas relatif dari suatu molekul berdasarkan sifat fisik kimia yang
dapat dibandingkan dengan standar. Selain itu elektroforesis juga tergantung pada ukuran,
bentuk molekul serta medium yang digunakan. Teknik elektroforesis dengan menggunakan
gel poliakrilamid memiliki kemampuan daya pemisah yang tinggi, yaitu dapat memisahkan
senyawa dengan lajuperpindahan yang sama tetapi berbeda ukuran molekulnya. Hasil analisis
teknik elektroforesis juga akan memberikan informasi tentang frekuensi alel suatu populasi,
 tingkat heterosigositas, homosigositas serta hubungan filogenetis suatu jenis, genus atau
populasi. (Oktarianti dan pristiwindari, 2007).

C. HASIL PENGAMATAN

No. Gambar Alat Fungsi Prinsip Kerja

Vortex  Untuk menghomogenkan  Mengaktifkan alat dengan
larutan atau medium cair mengaktifkan alat dan tekan
tabung yang berisi larutan
ke permukaan vortex,secara
otomatis vortex akan
1 menghomogenkan larutan
yang ada di tabung reaksi.

Timbangan  Untuk menimbang bahan  Tehnik penggunannya yaitu

kimia dan lain lainn yang pertama menresetnya
ukurannya sangat terbatas kemudian memasukkan
bahan pada timbangan ini
2 dan melihat ukuran
timbangannya.

Real Time PCR  Amplifikasi DNA dan  Mendeteksi dan

untuk memonitor progress mengidentifikasi fluoresensi
reaksi PCR pada waktu yang diproduksi oleh
yang sama molekul reporter yang
3 meningkat sejalan dengan
berlangsungnya proses
PCR.

Microwave  Untuk  Menghangatkan dan

4 menghangatkan,mencairkan mensterikan menggunakan
dan menaikkan suhu. suhu yang tinggi.
 Inkubator  Mengontrol suhu  Mengubah energi listrik
kelembapan dan kondisi menjadi energi panas.
yang mikrobiologikal
(Dalam mikrobiologi)
 Digunakan untuk mengatur
suhu lingkungan suatu
objek pengamatan (dalam
bioteknologi)
5

Termocycle  Menjalankan proses  Amplifikasi atau

amplifikasi DNA perbanyakan nukleotida
melalui proses enzimatik
yang dilakukan secara in
vitro
6

Waterbath  Pemanasan pada suhu  Menciptakan kondisi yang

rendah 30°C-100°C
 Menguapkan zat/larutan
dengan suhu tidak terlalu
tinggi  Teknik penggunaannya
7  Menginkubasi kultur
mikrobiologi
steril dengan jalan
menginkubasi dalam bentuk
merebus
yaitu dengan cara
memasukkan bahan pada
alat ini dan menyalakkan
tombol on nya dan
mengatur suhu yang
diperlukan.
8

Tube

Pestle Plastik

Sentrifus  Untuk mempercepat

10

11 Tip
 Mikropipet

12

13

14

Power Supply
15
\
16

17

18

19
20