ISOLASI DNA

LAPORAN PRKTIKUM
UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH
Genetika 1
yang dibina oleh Dr. Siti Zubaidah, M.Pd and Andik Wijayanto, M.Si

Oleh
Dina Aribah (140342604576)/ Offering G

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Februari 2016
A. JUDUL
Isolasi DNA pada Buah

B. TUJUAN
1. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap hasil isolasi DNA pada buah
(semangka, melon, dan jeruk).
2. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu
pembentukan DNA pada proses isolasi DNA.
3. Mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA.

C. DASAR TEORI
DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai
organisme tingkat tinggi misalnya manusia, hewan dan tanaman. DNA terdapat
dalam sel dan inti sel. DNA dapat diekstrak dari segala macam organ yang
terdapat pada bagian tubuh mahluk hidup bersel, misalnya pada tumbuhan dapat
diekstrak dari daun, buah maupun dari batangnya (Muladno, 2002).
Menurut Gardner (1991), DNA (Deoxyribose Nucleid Acid) merupakan
struktur makromolekuler yang disusun oleh sub unit yang disebut nukleotida.
Setiap nukleotida tersusun atas gugus fosfat, gula karbon lima (pentosa) yang
disebut gula dioksiribosa, dan basa nitrogen misalnya adenine, guanine, timin, dan
sitosin. Pada model witson dan krick, molekul mempunyai dua rantai
polinukleotida, tiap rantai terdiri atas gugus fosfat dan gugus gula secara
berselang seling. Gugus fosfat terikat pada atom 5’ dan satu gula terikat secara
kovalen pada atom karbon 3’ dari gula berikutnya. Dua rantai tersebut yang saling
terpilin seperti tangga spiral ganda yang disebut heliks ganda.
Isolasi DNA ini dimaksudkan untuk mendapatkan DNA murni. Selain itu
Muladno (2002) menjelaskan bahwa cara ekstraksi DNA dari berbagai sumber
pada prinsipnya adalah sama.
Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada
masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah
dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan
dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut
di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga
akan sedikit (Jamilah, 2005).
Prinsip isolasi DNA mencakup berbagai tahap reaksi dengan tujuan yang
berbeda-beda untuk setiap tahapnya. Menurut Clark (1963) tahap-tahap isolasi
DNA tersebut adalah :
 Pelepasan DNA yang terlarut dengan cara merusak dinding sel, membran
sel dan membran partikel subseluler misalnya asam nukleat.
 Penguraian DNA protein kompleks dari denaturasi
 Pemisahan DNA molekul yang lain
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA, dengan tujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma dan membran inti baik secara mekanik atau kimiawi. Cara
mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan. Sedangkan secara kimiawi dapat
dilakukan dengan pemberian perlakuan yang dapat merusak membran sel dan
membran inti, misalnya menggunakan deterjen. Dengan adanya detergen ini dapat
membantu mempercepat lisis sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk
senyawa lipid protein-deterjen kompleks (Machmud, 2006).

D. ALAT DAN BAHAN

Alat
Pisau
Blender
Saringan teh
Beker gelas
Kain saring
Corong
Kertas isap/ kertas saring
Gelas ukur
Pengaduk
Rak tabung reaksi
Tabung reaksi
Neraca tepung
Lap
Pipet
Bahan
Buah buahan (semangka, melon, dan jeruk)
Alkohol
Deterjen (rinso, sunlight, dan krim)
Akuades
NaCl
 E. PROSEDUR

Menimbang daging Memblender 200 gram

Mengupas kulit buah
buah sebanyak 200 daging buah dengan
yang akan diamati
gram menggunakan menambahkan 200 ml
DNA nya
neraca tepung akuades

menyaring lagi hasil

dari saringan dengan
menyaring kembali
menggunakan corong
hasil dari saringa teh menyaring daging buah
yang telah diberi
dengan menggunakan yang telah diblender
kertas saring, lalu
kain saring dan dengan menggunakan
mengaduknya dengan
menampungnya pada saringa teh
menggunakan
beker gelas
pengaduk kaca secara
perlahan

mengaduknya secara
membagi hasil sari menambahkan 1
perlahan hingga
buah menjadi 3 gelas spatula deterjen yang
homogen dan tidak
dengan ukuran yang berbeda pada masing-
menghasilkan buih
sama rata masing sari buah
atau busa

menambahkan 1
menuangkan 10 ml
spatula NaCl pada
larutan dari setiap memberi label pada
lsemua larutan dan
gelas pada tabung masing-masing gelas
mengaduk kembali
reaksi
hingga NaCl larut

mencatat waktu dan

kuantitasnya
menambahkan 5 ml mengamati waktu
alkohol dingin melalui terbentuknya struktur + : sedikit
dinding tabung reaksi berwarna putih (kabut / ++ : agak banyak
secara perlahan serat-serat) +++: banyak
++++ : sangat banyak
F. DATA PENGAMATAN
Nama Buah Jenis Waktu Kuantitas Struktur
Detergen Terbentuknya DNA Terbentuknya
DNA DNA
Semangka Rinso 00:00:15:00 ++++ Kabut
Sunlight 00:00:06:00 ++ Kabut
Bu krim 00:00:22:00 +++ Kabut
Jeruk Rinso 00:00:07:00 ++++ Kabut
Sunlight 00:00:47:00 +++ Kapas
Bu krim 00:02:10:00 + Kapas
Melon Rinso 00:00:13:08 + Kapas
Sunlight 00:00:12:07 ++ Kabut
Bu krim 00:00:14:02 ++++ Kapas

G. ANALISIS DATA
Berdasarkan hasil pengamatan didapatkan bahwa pada buah semangka DNA
yang berhasil diisolasi paling banyak dengan kuantitas ++++ (sangat banyak)
ditemukan pada tabung reaksi jenis detergen rinso dengan kecepatan 15 detik dan
struktur terbentuknya DNA berupa kabut, sedangkan isolasi DNA yang
kuantitasnya paling sedikit didapatkan pada tabung reaksi jenis detergen sunlight
yang menunjukkan ++ (agak banyak) dengan kecepatan 6 detik dan struktur
terbentuknya DNA berupa kabut. Sedangkan isolasi DNA pada tabung reaksi
jenis detergen bu krim menunjukkan kuantitas +++ (banyak) dengan kecepatan
22 detik dan struktur terbentuknya DNA berupa kabut.
Pada buah jeruk, DNA yang berhasil diisolasi paling banyak dengan kuantitas
++++ (sangat banyak) ditemukan pada tabung reaksi jenis detergen rinso dengan
kecepatan 7 detik dan struktur terbentuknya DNA berupa kabut, sedangkan isolasi
DNA yang kuantitasnya paling sedikit didapatkan pada tabung reaksi jenis
detergen bu krim yang menunjukkan + (sedikit) dengan kecepatan 47 detik dan
struktur terbentuknya DNA berupa kapas. Sedangkan isolasi DNA pada tabung
reaksi jenis detergen sunlight menunjukkan kuantitas +++ (banyak) dengan
kecepatan 2 menit 10 detik dan struktur terbentuknya DNA berupa kapas.
Sedangkan pada buah melon, DNA yang berhasil diisolasi paling banyak
dengan kuantitas ++++ (sangat banyak) ditemukan pada tabung reaksi jenis
detergen bu krim dengan kecepatan 14,2 detik dan struktur terbentuknya DNA
berupa kapas, sedangkan isolasi DNA yang kuantitasnya paling sedikit didapatkan
pada tabung reaksi jenis detergen rinso yang menunjukkan + (sedikit) dengan
kecepatan 13,8 detik dan struktur terbentuknya DNA berupa kapas. Sedangkan
isolasi DNA pada tabung reaksi jenis detergen sunlight menunjukkan kuantitas ++
(agak banyak) dengan kecepatan 12,7 detik dan struktur terbentuknya DNA
berupa kabut.

H. PEMBAHASAN
Pada praktikum isolasi DNA sederhana ini bertujuan untuk mengetahui
pengaruh macam buah dan jenis detergen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan
dalam proses isolasi meliputi kuantitas (banyak/tebal) dan kecepatan terbentuknya
DNA. Buah yang digunakan dalam proses isolasi DNA kali ini adalah buah
semangka, melon, dan jeruk. Buah yang akan dimati terlebih dahulu harus
diblender dengan tujuan untuk mendegradasi dinding sel tumbuhan yang
merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan. Selain itu, daging buah yang
diblender juga bertujuan untuk memisahkan sel satu dengan yang lainnya
(Muladno, 2002). Penyaringan tidak hanya dilakukan sekali, tetapi menggunakan
tiga jenis saringan yang berbeda kerapatannya yaitu saringan teh, saringan tahu
dan kertas saring. Tujuannya penyaringan adalah untuk mengumpulkan larutan
yang kaya akan DNA dan memisahkannya dari sisa sel-sel dan jaringan lainnya
pada buah (Clark, 1963).
Pada masing-masing larutan kemudian ditambahkan jenis deterjen yang
berbeda. Tujuan dari penambahan detergen ini adalah untuk mendegradasi
membran sel sehingga DNA akan bisa keluar dari sel. Detergen yang berbeda ini
untuk mengetahui jenis detergen apa yang paling cepat mendegradasi membrane
sel, detergen ini akan mengikat lipid dari membrane sel. Jamilah (2005)
menyatakan bahwa detergen bisa menyebabkan kerusakan membran sel Dengan
mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan
membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat yang
memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat. Sedangkan menurut Muladno
(2002) Pada dasarnya cara yang digunakan untuk merusak membran membran inti
untuk mengambil DNA tersebut sangat beraneka ragam, misalnya dengan
pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil. Selain perusakan
dengan cara fisik membran inti dapat dirusak dengan cara menggunakan senyawa
senyawa kimia. Setelah pemberian deterjen, larutan ditambahkan dengan sedikit
NaCl, tujuannya adalah menghilangkan atau melepas protein dan karbohidrat,
karena pada garam ini memang dapat menyebabkan protein dan karbohidrat
terpresipitasi. Penambahan garam juga dapat digunakan untuk melarutkan DNA,
karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir dengan kutub
negatif fosfat DNA. Dalam hal ini penambahan garam bisa dikatakan dapat
membantu dalam hal pemekatan DNA (Clark, 1963).
Pemberian Alkohol dingin pada larutan bertujuan agar larutan yang
mengandung berbagai komponen sel yang telah terpisah tidak menyatu kembali.
Selain itu Alkohol juga berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah
terkumpul kerena pemekatan oleh garam, karena kerapatan alkohol lebih kecil
dibandingkan kerapatan air maka alkohol akan berada di bagian atas larutan pada
tabung reaksi. Strand-strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagi
benang-benang berwarna missal putih yang terapung di atas larutan (Hays, 2005).
Dengan melihat tabel hasil pengamatan dan juga analisis data dapat diketahui
bahwa jenis detergen dapat mempengaruhi hasil dari isolasi DNA. Dari detergen
yang telah digunakan ada yang berpengaruh sangat baik dalam pembentukan
isolasi DNA dan ada pula yang memberikan pengaruh kurang baik terhadap
iaolasi DNA. Pada pengamatan kali ini macam detergen yang digunakan sebanyak
3 macam detergen yaitu rinso, sunlight, dan bu krim. Pada beberapa perlakuan
yang dilakukan, larutan detergen rinso (bubuk) sering menghasilkan DNA dengan
kuantitas paling banyak pada buah yang mengandung kadar air tinggi, sedangkan
larutan dengan sabun sunlight (cair) memiliki hasil isolasi DNA yang paling
sedikit.
Perbedaan detergen dalam mempengaruhi tingkat pemunculan DNA dalam
isolasi DNA ini disebabkan karena kandungan detergen tersebut berbeda,
misalnya lauryl sulfat yang dapat berfungsi sama dengan dodesil sulfat dan
disodium EDTA, serta kandungan zat pewarna dan zat aktif pemutih yang
biasanya ada dalam detergen.
Menurut Jamilah (2005) diantara detergen bubuk, detergen rinso
menghasilkan warna yang paling baik yaitu putih, detergen krim memberikan
warna yang kurang baik karena menyebabkan warna filtrat mendekati warna
detergen, sehingga isolasi DNA yang dihasilkan berwarna sama atau hampir sama
dengan filtrat. Sementara pada isolat yang dihasilkan dari filtrat yang
menggunakan detergen cair tidak menunjukkan adanya prespitasi DNA yang baik,
kalaupun ada konsentrasi dan viskositasnya sangat rendah.
Sedangkan menurut Istanti (1999) Perbedaan detergen dalam mempengaruhi
tingkat pemunculan DNA dalam isolasi DNA disebabkan Karena setiap
sabun/detergen yang digunakan berbeda struktur kimia dan struktur bangun dari
ekor hidrofobiknya, sehingga semakin panjang ekor hidrofobiknya maka akan
semakin banyak mengikat lipid yang ada di membran dan membuat banyak DNA
yang keluar dari sel dan sebaliknya. Dan juga karena semakin banyak ekor
hidrofobik yang dimiliki oleh molekul deterjen maka semakin cepat pula waktu
yang diperlukan untuk mengikat semua lipid yang ada di dalam membran dan
sebaliknya.
Menurut Jamilah (2005) ditinjau dari jenis buah yang digunakan sebagai
sumber DNA, buah yang memiliki kadar air rendah menghasilkan presipitasi
DNA yang lebih baik daripada buah yang kadar airnya tinggi. Namun terdapat
kesalahan pada hasil pengamatan dimana Buah semangka menunjukkan kualitas
DNA terbaik disusul selanjutnya berturut turut jeruk dan melon. Hal ini
dimungkinkan karena praktikan melakukan kesalahan dalam pembuatan larutan
buah, volume air mungkin tidak sesuai dengan ketentuan sehingga larutan
semangka lebih encer dari pada larutan buah yang lain. Pernyataan ini sejalan
dengan pendapat Muladno (2002) bahwa dalam proses pembuatan sumber DNA
untuk isolasi DNA, hendaknya jangan terlalu encer, karena semakin encer sumber
DNA, DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit kerena sel yang lisis di
dalam air tentu lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih
kental.
Achmad (2010) menyatakan karena semakin banyak kadar air dalam buah
maka semakin sedikit DNA yang dapat dipresipitasi, dan semakin sedikit kadar air
yang ada dalam buah maka semakin banyak DNA yang dapat dipresipitasi. Dalam
kadar air yang banyak maka kepala hidrofilik yang ada pada molekul deterjen
maka akan semakin suka berikatan dengan air yang ada di dalam buah maka ekor
hidrofobiknya akan semakin menghindar sehingga membutuhkan waktu yang
lama untuk ekor hidrofobik dapat berikatan dengan lipid dan semakin sedikit
DNA yang dapat dipresipitasi.

I. DISKUSI
1. Jelaskan fungsi reagen-reagen pada praktikum isolasi DNA berikut:
a. deterjen,
b. garam, dan
c. alkohol
Jawab:
a. deterjen : berfungsi untuk mendegradasi membran sel sehingga DNA bisa
keluar dari sel, karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat
yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat yaitu dapat
menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel dengan cara
membentuk ikatan melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membran membentuk senyawa “lipid protein-deterjen kompleks”.
Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat
membentuk suatu ikatan kimia.
b. garam : Fungsi penambahan garam adalah untuk menghilangkan protein dan
karbohidrat. Karena pada garam ini memang dapat menyebabkan protein dan
karbohidrat terpresipitasi. Penambahan garam juga dapat digunakan untuk
melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu
memblokir dengan kutub negatif fosfat DNA. Dalam hal ini penambahan
garam bisa dikatakan dapat membantu dalam hal pemekatan DNA.
c. alkohol : berfungsi untuk mencegah berbagai komponen sel yang telah terpisah
dalam suatu larutan tidak menyatu kembali. Selain itu Alkohol juga berfungsi
untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul kerena pemekatan oleh
garam, karena kerapatan alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan air maka
alkohol akan berada di bagian atas larutan pada tabung reaksi. Strand-strand
DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagi benang-benang berwarna
missal putih yang terapung di atas larutan.
2. Apa fungsi pemblenderan buah pada proses isolasi DNA?
Jawab:
pemblenderan berfungsi untuk mendegradasi dinding sel tumbuhan yang
merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dan juga untuk memisahkan sel
satu dengan yang lainnya.
3. Mengapa pada proses pengadukan tidak boleh berbuih?
Jawab:
Agar hasil isolasi tidak tercampur dengan buih, jika diaduk terus menerus
maka meyebabkan buih akan menutupi hasil isolasi yang berupa benang lembut,
selain itu agar DNA yang sudah bercampur dengan larutan tidak hancur terlebih
dahulu.
4. Mengapa alkohol yang ditambahkan harus dalam keadaan dingin?
Jawab:
Alkohol diberikan dalam keadaan dingin karena pada alkohol yang dingin
dapat membantu mempercepat proses pertifikasi DNA. Selain itu jika alkohol
yang dingin yang diberikan maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol
tersebut akan semakin pekat.
5. Mengapa pada macam deterjen yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan
waktu pembentukan yang berbeda?
Jawab:
Karena setiap sabun/detergen memiliki struktur kimia yang berbeda begitu
pula struktur bangun dari ekor hidrofobiknya, sehingga semakin panjang ekor
hidrofobiknya maka akan semakin banyak mengikat lipid yang ada di membran
dan membuat banyak DNA yang keluar dari sel. Dan juga karena semakin banyak
ekor hidrofobik yang dimiliki oleh molekul deterjen maka semakin cepat pula
waktu yang diperlukan untuk mengikat semua lipid yang ada di dalam membran.
6. Mengapa pada macam buah yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan waktu
pembentukan yang berbeda?
Jawab:
Karena semakin banyak kadar air dalam buah maka semakin sedikit DNA yang
dapat dipresipitasi, dan semakin sedikit kadar air yang ada dalam buah maka
semakin banyak DNA yang dapat dipresipitasi. Dalam kadar air yang banyak
maka kepala hidrofilik yang ada pada molekul deterjen maka akan semakin suka
berikatan dengan air yang ada di dalam buah maka ekor hidrofobiknya akan
semakin menghindar sehingga membutuhkan waktu yang lama untuk ekor
hidrofobik dapat berikatan dengan lipid dan semakin sedikit DNA yang dapat
dipresipitasi.

J. KESIMPULAN
1. Jenis detergen berpengaruh terhadap hasil isolasi DNA pada buah, tingkat
kualitas detergen dalam rangka membentuk DNA adalah bervariasi tergantung
dari jenis buah dan kandungan air buah. Detergen bubuk berkualitas lebih baik
pada buah dengan kadar air tinggi sedangkan detergen cair berkualitas lebih
baik pada buah dengan kadar air sedang dan rendah.
2. Jenis detergen mempengaruhi kecepatan waktu pembentukan DNA, detergen
cair memiliki kualitas paling baik dalam kecepatan membentuk DNA karena
memiliki ekor hidrofobik yang lebih panjang, sedangkan detergen bubuk
mempunyai kecepatan paling rendah dalam membentuk DNA karena memiliki
ekor hidrofobik yang lebih pendek.
3. Kadar air yang terkandung dalam buah mempengaruhi hasil isolasi DNA yang
terbetuk, semakin tinggi kadar air yang terkandung dalam buah maka semakin
rendah DNA yang akan terpresipitasi.
DAFTAR RUJUKAN

Achmad, W. 2010. Isolasi DNA. Bandung.

Clark, M.J. 1963. Experimental Biochemistry. San Fransisco: WH Freeman and
Company.
Gardner, E.J. dkk. 1991. Principle of Genetics Eight Edition. USA: John Wiley &
Sons, Inc.
Hays, L. 2005. Introduction to DNA Extraction. (Online)
http://www.tsl.orst.edu.tgerc/dnaext.html, diakses 22 Februari 2016
Istanti. 1999. Biologi Sel. Malang: jurusan Biologi FMIPA UM.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan
Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Berbagai Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika.
Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Universitas Negeri Malang.
Machmud, W. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan
PengaruhnyaTerhadap Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengantipe
Ploidi Yang Berbed a. Skripsi tidak diterbitkan. Malang:
ProgramSarjana Biologi.
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka
Wirausaha Muda.
LAMPIRAN