MODUL 1

PENAMBATAN MOLEKUL (MOLECULAR DOCKING)

I. TUJUAN
Untuk menentukan besarnya energi bebas (ΔG) dan interaksi yang
terjadi antara kompleks ligand-protein hasil docking.

II. PRINSIP:
A. ENERGI BEBAS GIBS
Energi bebas Gibbs (ΔG) dapat dihasilkan dalam simulasi docking
denganmenghitung energi ikatan antara ligan dengan reseptor,
makin rendah nilai Δ mendeskripsikan bahwa makin baik afinitas
dan tingkat kestabilan yang terjadi antara ligan dengan reseptor
sehingga ikatan yang terbentuk akan semakin kuat (Kroemer,
2007).

B. AFINITAS IKATAN
Ikatan antara ligand dan protein berguna dalam menentukan
senyawa mirip obat sebagai senyawa merker dan penuntun
perkembangan obat lebih lanjut (Firdayani, dkk,2017)

C. IKATAN HIDROGEN
Termasuk ikatan non kovalen sebagai penentu aktifitas biologi,
struktur, self organozation dalam bidang ilmu bahan, fisika dan
kimia (Wijaya Karna, dkk, 2013)

D. INTERAKSI VAN DER WAALS

Salah satu ikatan pada permukaan antar partikel serbuk yang
menimbulkan adhesi-kohesi sehingga mampu mengakomodasi
model geometri partikel serbuk (K.Okuyang.1990)
III. REAKSI
-
IV. TEORI DASAR
Inflamasi merupakan bentuk pertahanan tubuh terhadap
mikroorganisme yang menyerang sehingga terbentuk kompleks
melalui beberapa meknisme dalam aliran darah lokal dan pelepasan
mediator inflamasi. Pelepasan mediator inflamasi menyebabkan
vasodilatasi, migrasi leukosit dan peningkatan permeabilitas vaskuler
(Martel-Pelletie, dkk, 2003).
Inflamasi dapat berperan sebagai penanda penyembuhan proses
penyembuhan pada tubuh. Namun, sebagian dari inflamasi dapat
bersifat progresif sehingga menimbulkan penyakit yang tidak
diinginkan misalnya demam, atherosklerosis, periodonitis, reumatoid
arthritis bahan kanker. Hal tersebut disebabkan oleh keluarnya enzim
fagositosis dari sel fagosit. Sel- sel fagosit antara lain inducible nitric
axyde synthase, lysosomal protease, phagocite oxydase yang dapat
memproduksi senyawa bersifat superoksidan dan radikal bebas
sehingga menyebbakna luka pada jaringan sekitar (Abbas & Lichtman,
2004).
Berikut tanda-tanda terjadinya inflamasi antara lain panas,
kemerahan, bengkak, nyeri dan hilang atau menurunnya fungsi. Panas
dan kemerahan terjadi karena meningkatnya aliran darah, bengkak
dapat disebabkan oleh cairan yang terakumulasi, nyeri karena
dilepaskannya senyawa perangsang saraf nyeri, dan hilang atau
menurunnya fungsi dapat dikarenakan oleh bermacam-macam sebab
(Chandrasoma & Taylor, 2005).
Obat golongan AINS atau Anti-Inflamasi Non-Steroid dapat
digunakan sebagai pereda nyeri dan inflamasi. Obat AINS terdiri dari
AINS non-selektif sebagai penghambat enzim siklooksigenase (COX-1
dan COX 2) bertujuan untuk menurunkan produksi prostaglandin.
Selain itu, AINS lainnya bekerja sebagai penghambat selektif enzim
 COX-2 (selektif COX-2 inhibitor). Sebagian besar obat AINS tidak
hanya menghambat produksi prostaglandin pada inflamasi lokal tetapi
dapat berperan pada bagian tubuh lainnya. Penggunaan obat AINS
dapat menimbulkan kompliaksi yang melibatkan saluran cerna
(gastrointestinal). Saluran pencernaan dapat mengalami pendarahan,
ulserasi dan perforasi sehingga meningkatkan morbiditas dan
mortalitas pasien yang menggunalan obat golongan ini. Contoh produk
obat AINS yang beredar di masyarakat antara lain meloxicam,
ibuprofen, diklofenak, indometacin. (NPS, 2010).
Oleh karena itu, obat diharapkan memiliki selektifitas tinggi
terhadap reseptor agar memperoleh efek terapi maksimal. Sehingga
perlu dilakukan pengembangan hipotesis farmakologi dan pengujian
secara komputasi.
Pada dasarnya, tujuan dari docking molekuler adalah untuk
memberikan prediksi reseptor ligan struktur kompleks menggunakan
metode perhitungan. Docking dapat dicapai melalui dua tahapan yang
saling terkait antara lain sampling konformasi ligan di situs aktif dari
protein dan memberi peringkat konformasi ini melalui fungsi
penilaian. Idealnya, sampling algoritma harus dapat mereproduksi
mode pengikatan eksperimental dan pemberian skor fungsi yang
memberi peringkat tertinggi di antara semua konformasi yang
dihasilkan (Meng Yu Xuan, et al, 2011).

V. ALAT DAN BAHAN

5.1 Alat
a. Komputer
b. AutoDock Tools
c. AutoDock Vina
d. Chem3D
e. ChemDraw
f. Protein Data Bank
 5.2 Bahan
a. Molekul Piperin
b. Protein COX-1
c. Protein COX-2

VI. PROSEDUR
a. Persiapan Reseptor
NO PERLAKUAN HASIL
1 Mengunduh protein target
(COX-2) menggunakan kode
3PGH di Protein Data Bank
http://www.rcsb.org/

2 Memisahkan protein dengan

ligand standar (Flurbiprofen)
yang ada di dalamnya
menggunakan program SPDB
Viewer.

3 Memperbaiki struktur
molekul protein dengan
menambahkan atom hidrogen
polar dan Kollman charges
menggunakan program
AutoDockTools.

4 Menyimpan molekul protein

dengan format .pdbqt
b. Persiapan Ligand
NO PERLAKUAN HASIL
1 Menggambar molekul
andrografolid menggunakan
program ChemDraw.

2 Mengoptimasi molekul
andrografolid menggunakan
program Chem3D.

3 Menambahkan parameter
torsi dan Gasteiger charges
menggunakan program
AutoDockTools.

4 Menyimpan molekul ligand

dengan format .pdbqt

c. Proses Docking
NO PERLAKUAN HASIL
1 Menentukan koordinat dan
luas area kantung aktif dari
protein COX-2 (3PGH)
menggunakan Grid Box pada
program AutoDockTools.

2 Menyimpan parameter
koordinat dan luas area
 kantung aktif dengan format
.txt

3 Melakukan proses docking

menggunakan program
AutoDock Vina dengan
menjalankannya pada
command prompt (cmd).

d. Analisis Hasil Docking

NO PERLAKUAN HASIL
1 Menentukan konformasi yang
terbaik dengan melihat energi
bebas Gibbs (ΔG) yang
dihasilkan!

2 Menentukan interaksi apa

saja yang terjadi antara
molekul ligand dengan
protein menggunakan
program AutoDockTools!

VII. KESIMPULAN
 DAFTAR PUSTAKA

Abbas A. K., Lichtman A. H. 2004. Basic Immunology: Functions And Disorders

Of The Immune System. 2nd Ed. Philadelphia: Saunders
Chandrasoma P., Taylor C. R.2005.Concise Pathology. 3rd Ed. New York:
Mcgraw-Hill
Firdayani, Susi Kusumaningrum, Yosephine Ria Miranti. 2017. Peotensi Senyawa
Bioaktif Tanaman Genus Phlyllanthus Sebagai Inhibitor Replikasi
Virus Hepatitis B. Jurnal Bioteknologi Dan Biosains
Indonesia.4(2).ISSN.2548-611X
K. Okuyang.1990.Adhesion Force Of Single Particle: Powder Technology
Handbook.New York: Marcel Dekker Inc.
Martel-Pelletier, J., Lajeunesse, D., Reboul, P., Pelletier, J.-P., 2003.Therapeutic
Meng Yu Xuan, Et Al.2011. Molecular Docking : A Powerful Approach For
Structure-Based Drug Discovery.Curr Comput Aided Drug.7(2):146-
157.
National Prescribing Service.2010. COX-2 Selective NSAID.Available online at
https://www.nps.org.au/ [diakses pada tanggal 23 September 2018]
R. T. Kroemer, 2007. Structure-Based Drug Design Docking And Scoring.
Current Protein And Peptide Science.Vol 8(4): 312-328.
Role Of Dual Inhibitors Of 5-LOX And COX, Selective And Non-Selective Non-
Steroidal Anti-Inflammatory Drugs.Ann. Rheum. Dis.62, 501-509.
Wijaya Karna, Iqmal Tahir dan Harnomo.2013. Study Of Double Protons
Migration Mechanism In Supramolecular Structures Of Acetic Acid-
Water And Acetic Acid Ammonia By Ab Initio Method. Indonesian
Journal Of Chemistry.3(2):102-110