REKOMBINASI DNA
DISUSUN OLEH :
1
KATA PENGANTAR
Alhamdulillah puji syukur saya panjatkan kepada Allah SWT yang masih
memberikan nafas kehidupan, sehingga saya dapat menyelesaikan pembuatan
makalah ini dengan judul “Rekombinasi DNA”.
Makalah ini dibuat untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biologi
Molekuler. Melalui makalah ini diharapkan pembaca dapat menambah relasi dan
pengetahuan mengenai rekombinasi DNA.
Penyusun
2
DAFTAR ISI
BAB I : PENDAHULUAN
A. Latar Belakang..................................................................................4
B. Rumusan Masalah..................................................................................... 5
C. Tujuan...............................................................................................5
D. Manfaat..............................................................................................5
BAB II : PEMBAHASAN
A. Definisi DNA Rekombinan.........................................................................6
B. Teknologi DNA Rekombinan................................................................... 7
C. Manfaat Teknologi DNA Rekombinan......................................................13
DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................16
3
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
4
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, maka dapat dirumuskan permasalahan
sebagai berikut :
1. Apakah yang dimaksud DNA rekombinan ?
2. Bagaimanakah teknik/tahapan teknologi DNA rekombinan ?
3. Bagaimana penerapan dari teknologi DNA rekombinan ?
C. Tujuan
Tujuan dari penulisan makalah ini adalah sebagai berikut :
1. Untuk mengetahui pengertian dari DNA rekombinan.
2. Untuk mengetahui teknik yang digunakan dalam teknologi DNA rekombinan
3. Untuk mengetahui manfaat dan penerapan dari teknologi DNA rekombinan.
D. Manfaat
Manfaat dari penulisan makalah ini adalah sebagai berikut :
1. Bagi mahasiswa dapat melatih keterampilan dan kemampuan dalam
membuat karya tulis ilmiah
2. Bagi pembaca dapat menambah sumber informasi tentang teknologi DNA
rekombinan
5
BAB II
PEMBAHASAN
6
memaksa mikroorganisme (bakteri) untuk membentuk insulin yang mirip dengan
insulin manusia (suryo, 2001).
7
Ada dua bagian terpenting yang selalu digunakan dalam rekayasa genetika
yaitu sebagai berikut :
1. Enzim seluler/Cellular Enzymes
Enzim yang dipakai dalam memanipulasi DNA diantaranya adalah :
a. enzim Endonuklease, yaitu enzim yang mengenali batas-batas sekuen
nukleotida spesifik dan berfungsi dalam proses restriction atau
pemotongan bahan-bahan genetik. Penggunaan enzim ini yang paling
umum antara lain pada sekuen palindromik. Enzim ini dibentuk dari
bakteri yang dibuat sedemikian rupa sehingga dapat menahan penyusupan
DNA, seperti genom bacteriophage.
b. DNA polimerisasi, yaitu enzim yang biasa dipakai untuk meng-copy
DNA. Enzim ini mengsintesis DNA dari sel induknya dan membentuk
DNA yang sama persis ke sel induk barunya. Enzim ini juga bisa
didapatkan dari berbagai jenis organisme, yang tidak mengherankan,
karena semua organisme pasti harus meng-copy DNA mereka.
c. RNA polimerisasi yaitu enzim yang berfungsi untuk ’membaca sekuen
DNA dan mengsintesis molekul RNA komplementer. Seperti halnya DNA
polimerisasi, RNA polimerisasi juga banyak ditemukan di banyak
organisme karena semua organisme harus ’merekam’ gen mereka.
d. DNA ligase merupakan suatu enzim yang berfungsi untuk
menyambungkan suatu bahan genetik dengan bahan genetik yang lain.
Contohnya saja, enzim DNA ligase ini dapat bergabung dengan DNA atau
RNA dan membentuk ikatan phosphodiester baru antara DNA atau RNA
yang satu dengan lainnya.
e. Reverse transcriptases adalah enzim yang berfungsi membentuk blue-print
dari molekul RNA membentuk cDNA (DNA komplementer). Enzim ini
dibuat dari virus RNA yang mengubah genom RNA mereka menjadi DNA
ketika mereka menginfeksi inangnya. Enzim ini biasa dipakai ketika
bertemu dengan gen eukariotik yang biasanya terpisah-pisah menjadi
potongan kecil dan dipisahkan oleh introns dalam kromosom.
2. Vektor natural/ Natural Vectors
8
Sebagai salah satu cara untuk memanipulasi DNA di luar sel, para
ilmuwan dalam bioteknologi harus bisa membuat suatu tempat yang keadaannya
stabil dan cocok dengan tempat DNA yang dimanipulasi. Sekali lagi, alam telah
memberikan solusi dari masalah ini. Vektor disini bisa diartikan sebagai alat yang
membawa DNA ke dalam sel induk barunya.
Agar suatu metode dalam rekayasa genetika dianggap berhasil, di dalam
vektor, DNA hasil rekombinan seharusnya benar-benar hanya dibawa setelah
sebelumnya DNA rekombinan digabungkan dengan DNA vektor melalui enzim
ligase. Namun di dalam vektor, DNA rekombinan tidak termutasi lagi membentuk
DNA dengan sifat baru. Contoh dari vektor natural dari alam adalah plasmid dan
virus atau bacteriophage (Witarto, 2005).
Adapun teknik pembuatan DNA rekombinan adalah sebagai berikut:
1. Teknik mengisolasi DNA.
2. Teknik memotong DNA dengan menggunakan enzim retriksi
endonuklease.
3. Teknik menggabung/ menyambung DNA dengan menggunakan enzim
ligase.
4. Teknik memasukkan DNA kedalam sel hidup (vektor)
5. Vektor berkembang dengan seleksi DNA yang direkayasa.
9
Gambar 2: mekanisme DNA Rekombinan untuk produksi insulin
10
c. .menghasilkan fragmen-fragmen DNA dengan berbagai ukuran dan urutan
basa. Berdasarkan tempat hasil pemotongan, fragmen-fragmen DNA
memiliki dua macam ujung yaitu:
1) Ujung lengket (sticky end) atau ujung kohesif, terjadi jika tempat
pemotongan pada kedua untai DNA terpisah sejauh beberapa
pasang basa, sehingga menghasilkan fragmen-fragmen dengan
ujung 5’ yang runcing karena masing-masing untai tunggalnya
menjadi tidak sama panjang. Dua fragmen DNA dengan ujung
yang runcing akan mudah disambungkan satu sama lain.
2) Ujung tumpul (blunt end), terjadi jika tempat pemotongan DNA
pada posisi yang sama. Kedua fragmen hasil pemotongannya
akan mempunyai ujung 5’ yang tumpul karena masing-masing
untai tunggalnya sama panjangnya. Penyatuan dua fragmen DNA
ujung tumpul sulit dilakukan sehingga memerlukan perlakuan
tambahan, misalnya pemberian molekul linker, molekul adaptor,
atau penambahan enzim deoksinukleotidil transferase.
3. Tahap selanjutnya adalah penyambungan molekul DNA. Ada tiga cara
yang dapat digunakan untuk meligasi fragmen-fragmen DNA secara in
vitro. Pertama, ligasi menggunakan enzim DNA ligase dari bakteri.
Kedua, ligasi menggunakan DNA ligase dari sel-sel E. coli yang telah
diinfeksi dengan bakteriofag T4 atau lazim disebut sebagai enzim T4
ligase. Ketiga yaitu pemberian enzim deoksinukleotidil transferase untuk
menyintesis untai tunggal homopolimerik 3’. Suhu optimum bagi aktivitas
DNA ligase sebenarnya 37ºC. Akan tetapi, pada suhu ini ikatan hidrogen
yang secara alami terbentuk di antara ujung-ujung lengket akan menjadi
tidak stabil dan kerusakan akibat panas akan terjadi pada tempat ikatan
tersebut. Oleh karena itu, ligasi biasanya dilakukan pada suhu antara 4
dan 15ºC dengan waktu inkubasi (reaksi) yang diperpanjang (sering kali
hingga semalam).
4. Setelah tahap penyambungan molekul DNA, dilakukan analisis terhadap
hasil pemotongan DNA genomik dan DNA vektor serta analisis hasil
ligasi molekul-molekul DNA tersebut. menggunakan teknik elektroforesis.
11
Jika hasil elektroforesis menunjukkan bahwa fragmen-fragmen DNA
genomik telah terligasi dengan baik pada DNA vektor sehingga terbentuk
molekul DNA rekombinan, campuran reaksi ligasi dimasukkan ke dalam
sel inang agar dapat diperbanyak dengan cepat. Tahap memasukkan
campuran reaksi ligasi ke dalam sel inang dinamakan transformasi karena
sel inang diharapkan akan mengalami perubahan sifat tertentu setelah
dimasuki molekul DNA rekombinan.
5. Tahap selanjutnya adalah seleksi transforman dan seleksi rekombinan.
Oleh karena DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA
rekombinan, maka kita harus melakukan seleksi untuk memilih sel inang
transforman yang membawa DNA rekombinan. Selanjutnya, di antara sel-
sel transforman yang membawa DNA rekombinan masih harus dilakukan
seleksi untuk mendapatkan sel yang DNA rekombinannya membawa
fragmen sisipan atau gen yang diinginkan.
Pada dasarnya ada tiga kemungkinan yang dapat terjadi setelah
transformasi dilakukan, yaitu:
1. Sel inang tidak dimasuki DNA apa pun atau berarti transformasi gagal.
2. Sel inang dimasuki vektor religasi atau berarti ligasi gagal, dan
3. Sel inang dimasuki vektor rekombinan dengan/tanpa fragmen sisipan atau
gen yang diinginkan.
Seleksi sel rekombinan yang membawa fragmen yang diinginkan
dilakukan dengan mencari fragmen tersebut menggunakan fragmen pelacak
(probe), yang pembuatannya dilakukan secara in vitro menggunakan teknik
reaksi polimerisasi berantai atau polymerase chain reaction (PCR). Pelacakan
fragmen yang diinginkan antara lain dapat dilakukan melalui cara yang
dinamakan hibridisasi koloni (Tjahjoleksono, 2009).
Transfer DNA atau perpindahan DNA ke dalam bakteri dapat melalui tiga
cara yaitu:
1. Transformasi : transfer DNA yang umumnya berasal dari satu sel bakteri
ke dalam sel yang berbeda. Prosesnya adalah ketika sebuah sel bakteri
pecah atau lisis maka DNA sirkular akan terlepas ke lingkungan. Efisiensi
transformasi bergantung pada kompetensi sel.
12
2. Konjugasi : merupakan pemindahan materi genetik berupa plasmid secara
langsung melalui kontak sel dengan membentuk struktur seperti jembatan
diantara dua sel bakteri yang berdekatan. Umumnya terjadi pada bakteri
gram negatif.
3. Transduksi : transfer materi genetik dari satu bakteri ke bakteri lainnya
dengan menggunakan virus bakteri sebagai vektor. Transfer ini
menggunakan prinsip dasar dari galur donor yang menyediakan DNA bagi
galur resipien. Perbedaan utamanya dengan transfer DNA lainnya adalah
DNA ditransfer melalui perantaraan bakteriofag.
13
b) Teknik rekayasa genetika mengusahakan tanaman-tanaman
(terutama yang mempunyai arti ekonomi) yang tidak begitu pekah
terhadap penyakit yang disebabkan oleh bakteri, jamur dan cacing.
c) Mengusahakan tanaman-tanaman yang mampu menghasilkan
peptisida sendiri.
3. Bidang Peternakan
a) Telah diperoleh vaksin-vaksin untuk melawan penyakit mencret
ganas yang dapat mematikan anak-anak babi.
b) Sudah dipasarkan vaksin yang efektif terhadap penyakit kuku dan
mulut, yaitu penyakit ganas dan sangat menular pada sapi, domba,
kambing, rusa dan babi
4. Bidang Kedokteran
Gen-gen bagi beberapa protein yang dibutuhkan dalam bidang
kedokteran yang dibutuhkan dalam bidang kedokteran yaitu pembuatan
insulin manusia oleh bakteri Eschrechia coli untuk pengobatan penyakit
diabetes (Wikipedia.org).
14
BAB III
PENUTUP
A. Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan pada makalah ini maka dapat ditarik
beberapa kesimpulan sebagai berikut :
B. Saran
Makalah ini masih jauh dari kesempurnaannya dan informasinya pun
terbatas.
15
DAFTAR PUSTAKA
16