Ribozim, Enzim tapi Bukan Protein

belajarbiokimia Biokimia Populer, Enzim May 2, 2013 2 Minutes

Banyak yang salah kaprah dan mengatakan bahwa semua enzim adalah protein. Sebenarnya tidak
dapat disalahkan juga karena dalam beberapa buku literatur biokimia banyak yang menyebutkan
demikian, sehingga salah kaprah ini turun temurun disampaikan di sekolah dan universitas. Salah
kaprah ini dapat terjadi karena jumlah enzim nonprotein yang jumlahnya sangat sedikit. Ibarat kata,
enzim nonprotein bagaikan sepotong jarum di tumpukan jerami. Penemuannya juga masih sangat
baru. Penemuan enzim nonprotein ini dilatarbelakangi studi yang intens mengenai modifikasi RNA
paskatranskripsi. Ribozim yang ditemukan dan dikarakterisasi memang terkait dengan proses-proses
paskatranskripsi tersebut.

Ribozyme Structure

Enzim nonprotein disebut dengan istilah ribozim. Istilah tersebut berasal dari jenis zat penyusun
ribozim yaitu RNA (asam ribonukleat) dan bukannya protein. Ribozim biasanya mengkatalisis proses
metabolisme yang terkait dengan reaksi transesterifikasi dan hidrolisis ikatan fosfodiester. Substrat
ribozim biasanya adalah RNA, atau bahkan bagian dari ribozim itu sendiri. Ribozim berinteraksi
dengan substrat terutama yang berupa RNA dengan cara memanfaatkan interaksi pasangan basa
nitrogen.

Ribozim dapat dikelompokkan berdasarkan struktur, fungsi dan mekanisme katalitiknya, yang amat
dipengaruhi oleh urutan dan jumlah nukleotida. Ada beberapa jenis ribozim yang telah
dikarakterisasi dengan baik. Diantaranya adalah intron grup I dan II, RNase P, dan hammerherad
ribozim. Jumlah nukleotida dari jenis-jenis ribozim ini sangat bervariasi. Intron grup I tersusun atas
lebih dari 400 nukleotida, sedangkan hammerhead ribozim tersusun hanya 41 nukleotida. RNase P
secara struktur membentuk kompleks dengan protein. Protein ini berfungsi hanya untuk
menstabilkan struktur RNase P, sedangkan yang memiliki kemampuan katalitik tetaplah RNA.

Intron grup I merupakan RNA pertama yang berhasil diketahui memiliki kemampuan katalitik. Intron
grup I berfungsi untuk melakukan self-splicing, yaitu kemampuan untuk memotong bagian intron
dari bagian ekson dari suatu RNA. Dengan adanya self-splicing ini, intron akan terpisah dan tidak ikut
ditranslasi menjadi protein.

Selain memiliki aktivitas katalitik, intron grup I ini juga memiliki berbagai karakteristik enzim lainnya,
seperti spesifik terhadap substrat, dan kinetikanya yang serupa dengan kinetika enzim pada
umumnya. Intron grup I juga dapat dihambat secara kompetitif dengan 3-deoxyguanosin. Sifatnya
yang spesifik terhadap substrat disebabkan adanya suatu urutan nukleotida tertentu yang disebut
sebagai ‘internal guide sequence’. Urutan nukleotida ini mampu membentuk ikatan dengan bagian
ujung ekson yang akan terpotong melalui ikatan pasangan basa yang spesifik.

Satu hal yang agak berbeda adalah intron grup I tidak mampu mengkatalisis reaksi lebih dari satu.
Setelah terjadi self-splicing, bagian ujung dari intron grup I mengalami perubahan secara kimia.
Setelah self-splicing tersebut, nukleotida intron grup I mengalami serangkaian siklisasi dan
pemutusan, sehingga nukleotida-nukleotida tersebut kehilangan 19 nukleotidanya. Sisa nukleotida
yang ada berbentuk linear dan disebut sebagai ribozim L-19 IVS.

Ribozim L-19 IVS juga memiliki aktivitas katalitik. Ia mampu mengkatalisis reaksi untuk memindahkan
nukleotida dari suatu oligonukleotida ke nukleotida lainnya. Mekanismenya hampir serupa dengan
reaksi self-splicing. Akan tetapi, ribozim L-19 IVS dapat terbentuk kembali di akhir reaksi. Ribozim L-
19 IVS juga bersifat spesifik karena juga memiliki ‘internal guide sequence’ yang memilah
oligonukleotida tertentu saja yang dapat ditransfer nukleotidanya. Secara kinetika Ribozim L-19 IVS
mengikuti kinetika Michellis-Menten, kinetika yang sama untuk enzim protein.

Satu persatu jenis-jenis ribozim lain yang mulai dikenal sejak tahun 90an ini mulai ditemukan. Enzim
memiliki definisi baru, karena tidak hanya berupa protein saja. Definisi lama yang mungkin saja
masih digunakan, terutama dari referensi-referensi lama harus mulai diluruskan.