TRANSKRIPSI

BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang.
DNA sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu
mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu
fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah
proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa molekul
RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA menggunakan salah
satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya. Transkripsi mempunyai ciri-ciri
kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA, yaitu
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan sumber basa
untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak berupa
deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi digantikan oleh urasil.Jadi,
keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP),guanosin
trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di antara
kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis molekul RNA.Untai
DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer dengan urutan basa RNA48 hasil
transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya,
yang mempunyai urutan basa sama dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens.
Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan basa
di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat
berselang-seling di antara kedua untai DNA.
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5’→ 3’ seperti halnya arah sintesis DNA.
4. Gugus 3’- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5’- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan dua atom
pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi polimerisasi
DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase, melainkan RNA
polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim ini terletak pada kemampuan
 enzim RNA polimerase untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.
Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalanpromoter,
inisiasi, elongasi, dan teminasi.
Proses transkripsi pada eukariot terjadi di dalam inti sel (nukleus). DNA tetap berada di
dalam nukleus, sedangkan hasil transkripsinya dikeluarkan dari nukleus menuju sitoplasma
dan melekat pada ribosom. Namun pada sel tumbuhan, transkripsi terjadi di dalam matriks
pada mitokondria dan plastida. Pada proses transkripsi, rantai DNA digunakan untuk
mencetak rantai tunggal mRNA dengan bantuan enzim RNA polimerase. Enzim tersebut
menempel pada bagian yang disebut promoter, yang terletak sebelum gen. Pertama-tama,
ikatan hidrogen di bagian DNA yang akan disalin terbuka. Akibatnya, dua rantai DNA
berpisah. Salah satu DNA berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai antisense.
Pada prokaryotik, rantai RNA langsung ditranslasikan sebelum transkripsi selesai. Sedangkan
pada eukaryotik, rantai di bawah menuju sitoplasma (ribosom) untuk ditranslasi menjadi
produk gen. Pembentukan RNA pada proses transkripsi melibatkan enzim RNA polymerase.
B. Rumusan Masalah
Rumusan masalah yang diangkat di dalam makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Biosintesa Transkripsi secara umum?
2. Bagaimana terjadinya transkripsi pada Prokariot?
3. Bagaimana terjadinya transkripsi pada Eukariot?

C. Tujuan Penulisan
Tujuan penulisan makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Untuk mengetahui biosintesa proses transkripsi secara umum.
2. Untuk mengetahui proses transkripsi pada Eukariot.
3. Untuk mengetahui proses transkripsi pada Prokariot.
BAB II
PEMBAHASAN

DNA sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur
pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu.
Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah proses transkripsi,
yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa molekul RNA. Dengan
perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA menggunakan salah satu untai
molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.
Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi
DNA,
Transkripsi adalah proses penyalinan atau perekaman materi genetik, secara fungsional
transkripsi adalah transfer informasi genetik yang terdapat dalam urutan nukleotida DNA menuju
urutan RNA (Ayala, 1984 dalam Corebima, 2008). Pada transkripsi terjadi penyalinan atau
perekaman informasi genetik yang ada pada DNA, berupa urutan nukleotida. Salinan atau
rekaman informasi genetic tersebut berupa nukleotida RNA, dan berlangsung dengan acuan
DNA sebagai templet. Karena pada penyalinan tersebut dihasilkan RNA maka peristiwa tersebut
disebut biosintesa RNA.
A. Biosintesa RNA
Sebagian besar DNA adalah polinukleotida unting ganda, oleh karena itu sebagian besar gen
pada DNA juga merupakan polinukleotida unting ganda. Namun demikian dalam proses
replikasi DNA yang menjadi templet hanyalah salah satu unting DNA saja, disebut “Unting
Sense” (Sense strand). Menurut Gandner, dkk, 1999 yang dimaksud dengan unting sense dari
dua gen yang bcrbeda, bahkan yang letaknya berdekatan, tidak terlalu sama; namun untuk
sesuatu gen hanya satu unting saja yang biasanya ditranskripsikan.
Biosintesa RNA sebagai proses transkripsi juga merupakan proses polimerasi. Dalam hal ini
dijelaskan bahwa pada transkripsi terjadi reaksi polimerasi nukleotida dan menghasilkan polimer
nukleotida yaitu polinukleotida RNA. Reaksi polimerasi nukleotida tersebut secara keseluruhan
dapat ditulis sebagai (Klug, dkk, 1994 dalam Corebima 2008) berikut.

N(NTP) DNA (NMP)n + n(pp1)

Enzim

Berikut ini ditunjukkan pula reaksi polimerisasi nukleolida RNA bcrupa penambahan tiap
nukleotida disaat proses transkripsi berlanjut (Klug, dkk., 1994 dalam Corebima, 2008).
(NTP)n + NTP DNA (NMP)n + n(pp1)
Enzim
Enzim yang mengkatalis reaksi polimerisasi nukleotida RNA secara umum disebut sebagai RNA
polymerase atau RNA traskriptase. Proses transkripsi atau polimerisasi RNA secara umum
terjadi dalam tiga tahap, yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi (Brown, 1989 dalam Corebima
2008). Menurut Smith Keary (1991) dalam Corebima (2008) menyatakan bahwa traskripsi
tersebut berlangsung dalam empat tahap, yaitu tahap pengikatan enzim RNA Polymerase,
Inisiasi, Elongasi dan terminasi.
B. Kejadian Transkripsi pada Makhluk Hidup Prokariotik (E. Coli)
Gen pengkode RNA pada makhluk hidup prokariotik (E. coli) dibedakan menjadi tiga macam, ke
tiga macam gen pengkode RNA tersebut adalah gen pengkode RNA-d, gen pengkode RNA-t dan
gen pengkode RNA-r. Gen pengkode RNA-d mengkode RNA yang bukan merupakan produk
akhir, sedangkan gen pengkode RNA-t maupun RNA-r mengkode RNA yang merupakan produk
akhir.
Gen pengkode RNA-d disebut juga sebagai gen struktural (Russel, 1992 dalam Corebima 2008).
Bahwa RNA yang dikode oleh gen struktural bukan merupakan produk akhir, hal itu disebabkan
karena informasi atau kode-kode yang terkandung pada RNA itu akan ditranskripsikan untuk
menghasilkan protein.
Secara umum gen pengkode RNA-t banyak, baik pada makhluk hidup prokariotik maupun
eukariotik. Sebagaimana diketahui ada 61 kode genetika pada RNA-d yang menspesifikasi
macam asam amino pada proses translasi . Pada kromosom E. coli ada beberapa gen pengkode
RNA-t ditemukan hanya sekali, tetapi yang lainnya bahkan ditemukan lebih dari satu kali
(Russel, 1992 dalam Coerbima 2008). Dalam hubungan ini pada beberapa kasus gen-gen
berulang itu (gen-gen redundan) tidak terkait dengan kromosom; tetapi pada kasus-kasus lain,
gen-gen itu berhubungan berdampingan pada kromosom, membentuk kelompok gen berjejer)
berurutan langsung tetapi tidak berulang (nonredundant tandem gencluster). Gen pengkode
RNA-r disebut juga sebagai DNA-r atau rDNA (Russel, 1992 dalam Corebima, 2008). Pada E.
coli dikenal ada tiga gen pengkode RNA-r, yaitu gen pengkode RNA-r 16S, gen pengkode RNA-
r 23S, dan gen pengkode RNA-r 5S yang setiap kali ditranskripsikan bersamaan menghasilkan
suatu RNA-r precursor tunggal; ke tiga gen itu memang berdekatan letaknya, dan karena
ditranskripsikan bersamaan maka disebut sebagai suatu "unit transkripsi". Pada E. coli terdapat
tujuh unit transkripsi yang terletak di dalam posisi yang berjauhan satu sama lain.
Pada kenyataannya diketahui pula bahwa di tiap unit transkripsi itu terdapat satu atau dua gen
pengkode RNA-t di sela internal antara urutan-urutan pengkode RNA-r 16S dan 23S; di samping
itu pada tiga dari tujuh unit transkripsi, satu atau dua gen pengkode RNA-t terdapat di sela 3’
antara gen pengkode RNA-r 5S dan ujung 3' unit transkripsi (Russel, 1992 dalam Corebima,
2008). Lebih lanjut berkenaan dengan keberadaan gen pengkode RNA-t tersebut; ternyata bahwa
selama biosintesis RNA di tiap unit transkripsi, gen pengkode RNA-t juga ikut ditranskripsi yang
hasilnya untuk sementara menjadi bagian dari molekul RNA-r precursor, dan akhirnya molekul-
molekul RNA-t itu dipisahkan dari RNA-r precusor melalui proses enzimatik.
Secara umum transkripsi berlangsung dalam tiga tahapm yaitu iinisiasi, elongai dan terminasi.
Russel (1992) dalam Corebima 2008 menyatakan bahwa dewasa ini sudah ada bukti pasti yang
menujukkan bahwa RNA Polymerase menginisiasi transkripsi pada suatu promoter tunggal dan
bahwa suatu RNA-d poligenik disintesa dengan transkripsi dalam urutan yang sesuai dengan
urutan letaknya , berikut tahapan transkripsi.
1. Pembukaan heliks

Sebelum tahapinisiasi agar pita antisens dapat diakses untuk perpasangan basa antara DNA dan
RNA yang disintesis, untai ganda (heliks) DNA harus dibuka terlebih dahulu oleh enzim RNA
polimerase. Pada kebanyakan gen pembukaan heliks oleh RNA polimerase akan dimudahkan
oleh struktur superkoiling negatif DNA sehingga transkripsi dapat ditingkatkan. Namun, tidak
semua promoter dapat diaktivasi oleh superkoiling negative sehingga terisyaratkan bahwa
perbedaan topologi DNA dapat mempengaruhi transkripsi. Hal ini mungkin karena adanya
perbedaan hubungan sterik pada urutan -35 dan -10 di dalam heliks. Sebagai contoh, promoter
untuk subunit enzim DNA girase justru dihambat oleh superkoiling negatif. Seperti kita ketahui,
DNA girase adalah enzim yang bertanggung jawab untuk superkoiling negatif pada genom E.
coli sehinggasuperkoiling negatif ini dapat bertindak sebagai umpan balik yang menghambat
ekspresi DNA girase. Pembukaan awal heliks DNA akan menyebabkan pembentukan kompleks
terbuka (open complex) dengan RNA polimerase. Proses ini dikenal sebagai pengikatan ketat .

2. Inisiasi
sintesis RNA dapat berlangsung tanpa
adanya molekul primer. Oleh karena hampir semua tapak inisiasi transkripsi berupa basa G atau
A, maka nukleosida trifosfat pertama yang digunakan untuk sintesis RNA adalah GTP atau ATP.
Mula-mula RNA polimerase akan menggabungkan dua nukleotida pertama dan membentuk
ikatan fosfodiester di antara kedua nukleotida tersebut. Selanjutnya, Sembilan basa pertama
ditambahkan tanpa disertai pergeseran RNA polimerase di sepanjang molekul DNA. Pada akhir
penambahan masing-masing basa ini akan terdapat peluang yang nyata terjadinya aborsi untai
RNA yang baru terbentuk itu. Proses inisiasi abortif mempengaruhi laju transkripsi secara
keseluruhan karena proses tersebut memegang peranan utama dalam menentukan waktu yang
dibutuhkan oleh RNA polimerase untuk meninggalkan promoter dan memungkinkan RNA
polimerase lainnya menginisiasi putaran transkripsi berikutnya. Waktu minimum untuk
pengosongan promoter ini adalah 1 hingga 2 detik, suatu waktu yang relatif lama bila
dibandingkan dengan waktu untuk tahap-tahap transkripsi lainnya.

3. Elongasi

Jika inisiasi berhasil, RNA polimerase melepaskan faktor ∂, dan bersama-sama

dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk kompleksterner atau
kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks terner ini RNA polimerase
dapat berjalan di sepanjang molekul DNA. Artinya, promoter akan ditinggalkannya untuk
kemudian ditempati oleh holoenzim RNA polimerase berikutnya sehingga terjadi reinisiasi
transkripsi. Bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks, atau disebut dengan gelembung
transkripsi (transcription bubble), akan terlihat bergeser di sepanjang molekul DNA sejalan
dengan gerakan RNA polimerase. Panjang bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks
tersebut relatif konstan, yakni sekitar 17 pb , sedangkan ujung 5’ molekul RNA yang disintesis
akan membentuk heliks hibrid dengan pita antisens DNA sepanjang lebih kurang 12 pb. Ukuran
ini ternyata tidak mencapai satu putaran heliks. RNA polimerase E. coli bergerak dengan
kecepatan rata-rata 40 nukleotida per detik. Akan tetapi, angka ini dapat bervariasi sesuai dengan
urutan lokal DNA (urutan DNA yang telah dicapai oleh RNA polimerase). Tetap
dipertahankannya bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks menunjukkan bahwa RNA
polimerase membuka heliks DNA di depan gelembung transkripsi dan menutup heliks DNA di
belakangnya. Dengan demikian, heliks hibrid RNA-DNA harus berputar setiap kali terjadi
penambahan nukleotida pada RNA -nasen.

Gambar Struktur skematik gelembung transkripsi selama elongasi

(Sumber : www.bio.miami.edu)
4. Terminasi

RNA polimerase tetap terikat pada DNA dan melangsungkan transkripsi hingga
mencapai urutan terminator (sinyal stop), yang pada umumnya berupa struktur seperti tusuk
konde (hairpin). Struktur yang terdiri atas batang dan kala (loop) ini terjadi karena RNA hasil
transkripsi mengalami komplementasi diri. Biasanya, bagian batang sangatkaya dengan GC
sehingga sangat stabil (GC mempunyai ikatan rangkap tiga). Di sebelah downstream (3’) dari
struktur tusuk kode sering kali terdapat urutan yang terdiri atas empat U atau lebih. Nampaknya
RNA polimerase akan segera berhenti begitu struktur tusuk konde RNA disintesis. Bagian ujung
RNA yang mengandung banyak U tersebut mempunyai ikatan yang lemah dengan basa-basa A
pada DNA cetakan sehingga molekul RNA hasilsintesis akan dengan mudah terlepas dari
kompleks transkripsi. Selanjutnya, pita DNA cetakan yang sudah tidak berikatan atau
membentuk hibrid dengan RNA segera menempel kembali pada pita DNA komplemennya. RNA
polimerase inti pun akhirnya terlepas dari DNA.

5. Terminasi menggunakan protein rho

Telah disinggung di muka bahwa selain karena adanya struktur tusuk konde,
terminasi transkripsi dapat juga terjadi dengan bantuan suatu protein khusus yang
dinamakan protein rho (ρ). Rho merupakan protein heksamer yang akan menghidrolisis ATP
dengan adanya RNA untai tunggal. Protein ini nampak terikat pada urutan sepanjang 72 basa
pada RNA, yang diduga lebih disebabkan oleh pengenalan suatu struktur spesifik daripada
karena adanya urutan konsensus. Rho bergerak di sepanjang RNA nasen menuju kompleks
transkripsi. Pada kompleks transkripsi ini rho memungkinkan RNA polimerase untuk berhenti
pada sinyal terminator tertentu. Sinyal-sinyal terminator ini, seperti halnya sinyal terminator
yang tidak bergantung kepada rho,lebih dikenali oleh RNA daripada oleh DNA cetakannya.
Adakalanya terminator tersebut juga berupa struktur tusuk konde tetapi tidak dikuti oleh urutan
poli U.

Gambar: Transkripsi (Sumber : www.bio.miami.edu)

Gambar Proses transkripsi yang dilihat dengan menggunakan mikroskop (Sumber:
www.utexas.edu)

C. Transkripsi pada Eukariot

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot.
Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin transkripsi pada eukariot
menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada mekanisme pada prokariot. Ada
tiga macam kompleks RNA polimerase, yang masing-masing diperlukan untuk transkripsi tipe-
tipe gen eukariot yang berbeda. Perbedaan ketiga macam RNA polimerase tersebut dapat
diketahui melalui pemurnian menggunakan teknik kromatografi dan elusi pada konsentrasi
garam yang berbeda. Masing-masing RNApolimerase mempunyai sensitivitas yang berbeda
terhadap toksin jamur α-amanitin, dan hal ini dapat digunakan untuk membedakan aktivitasnya
satu sama lain (Anonim, tanpa tahun) sebagai berikut.
• RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim ini terdapat di
dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap α-amanitin.
• RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan beberapa gen
RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan sangat sensitif
terhadap α-amanitin.
• RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6 snRNA dan
beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan agak sensitif
terhadap α-amanitin. Ayala, dkk., (1984) dalam Corebima 2008 membedakan RNA polimerasi
seperti tertera pada tabel berikut.
 
Fungsi ke tiga macam RNA polymerase pada sel-sel makhluk hidup eukariotik (gabungan
Brown, 1989 dan Russel, 1994)
RNA
Polymerase Tipe gen yang ditanskripsikan Proporsi seluruh
aktivitas transkripsi
(%)
I Gen-gen RNA-r (28S, 18S, dan 5S) 60
II Terutama gen-gen yang mengkode protein, atau secara rinci: huRna, RNA-d dan beberapa
RNA-m
10

III Gen-gen RNA-t, gen-gen RNA-r 5S, dan beberapa snRNA 10

Catatan: RNAsn atau snRNA adalah small nuclear RNA

Di samping enzim-enzim nuklear tersebut, sel eukariot juga mempunyai RNA

polimerase lainnya di dalam mitokondria dan kloroplas.

1. Subunit-subunit RNA polimerase pada eukariot

Ketiga RNA polimerase pada eukariot merupakan enzim berukuran besar yang terdiri atas 12
subunit atau lebih. Gen-gen yang menyandi dua subunit terbesar mempunyai homologi satu sama
lain. Sementara itu, ketiga RNA polimerase eukariotmembawa subunit-subunit yang mempunyai
homologi dengan subunit-subunit RNA polimerase inti pada E. coli (α2ββ’). Subunit terbesar
RNA polimerase eukariot menyerupai subunit β’, sedangkan subunit terbesar kedua menyerupai
subunit β, yangmerupakan pusat katalitik RNA polimerase E.coli. Homologi struktur ini ternyata
berkaitan dengan homologi fungsional karena subunit terbesar kedua pada RNA polimerase
eukariot juga mengandung tapak aktif. Dua subunit yang sama antara RNA Pol I dan RNA Pol
III, serta satu subunit lainnya yang khas pada RNA Pol II, memperlihatkan homologi dengan
subunit α RNA polimerase E. coli. Sekurang-kurangnya ada lima subunit lainnya yang lebih
kecil, yang memperlihatkan kesamaan di antara ketiga RNA polimerase eukariot. Masing-masing
RNA polimerase ini juga membawa empat hingga tujuh subunit tambahan yang hanya dijumpai
pada salah satu di antara ketiganya (Anonim, tanpa tahun).

2. Aktivitas RNA Polimerase Eukariot

Seperti halnya RNA polimerase bakteri, masing-masing RNA polimerase eukariot mengatalisis
transkripsi dengan arah 5’ ke 3’ dan menyintesis RNA yang komplementer dengan urutan DNA
cetakan. Reaksi tersebut memerlukan prekursor berupa ATP, GTP, CTP, UTP, dan tidak
memerlukan primer untuk inisiasi transkripsi. Namun tidak seperti pada bakteri, RNA
polimerase eukariot yang dimurnikan memerlukan adanya protein inisiasi tambahan sebelum
enzim ini dapat berikatan dengan promoter dan melakukan inisiasi transkripsi.

3. Gen-Gen yang ditranskripsi Oleh RNA Pol I

RNA Pol I bertanggung jawab dalam sintesis rRNA secara terus-menerus selama interfase. Sel
manusia mengandung lima rumpun (cluster) gen penyandi rRNA yang terdiri atas sekitar 40
salinan dan terletak pada kromosom-kromosom yang berbeda. Masing-masing gen rRNA
menghasilkan transkrip 45S rRNA yang panjangnya lebih kurang 13.000 nukleotida (nt).
Transkrip ini akan terbagi menjadi sebuah 28S (5.000 nt), 18S (2.000 nt), dan 5,8S (160 nt)
rRNA. Transkripsi salinan gen-gen rRNA secara berkesinambungan diperlukan untuk
mencukupi produksi rRNA yang selanjutnya akan dikemas ke dalam ribosom.
Masing-masing rumpun gen rRNA dikenal sebagai daerah pengatur nukleolar (nucleolar
organizer region) karena nukleolus mengandung kala (loop) DNA berukuran besar yang sesuai
dengan rumpun-rumpun gen tersebut. Setelah sebuah sel dihasilkan dari mitosis, sintesis rRNA
akan dimulai kembali dan nukleoli yang kecil akan muncul pada lokasi kromosomal yang
ditempati oleh gen-gen rRNA. Selama sintesis rRNA berlangsung aktif, transkrip pra-rRNA
dikemas di sepanjang gen-gen rRNA dan jika divisualisasikan menggunakan mikroskop elektron
akan nampak sebagai ’struktur pohon natal’. Di dalam struktur ini transkrip-transkrip RNA
dikemas dengan rapat di sepanjang molekul DNA dan masing-masing muncul tegak lurus dari
DNA. Transkrip yang pendek dapat dilihat pada bagian awal gen tersebut. Transkrip akan makin
bertambah panjang pada bagian-bagian berikutnya untuk kemudian menghilang ketika mencapai
ujung unit transkripsi. Promoter-promoter gen pra-rRNA pada mamalia mempunyai suatu daerah
control transkripsi bipartit, yang terdiri atas elemen inti atau core element dan elemen control
hulu atau upstream control element (UCE) .
Elemen inti meliputi tapak awal transkripsi dan terbentang dari posisi -31
hingga +6, yang merupakan urutan esensial untuk transkripsi. Sementara itu, UCE
mempunyai panjang sekitar 50 hingga 80 pb yang dimulai dari posisi -100. UCE
bertanggung jawab untuk peningkatan transkripsi sekitar 10 hingga 100 kali bila UCE akan
berikatan dengan suatu protein spesifik pengikat DNA, yang disebut dengan faktor pengikatan
hulu atau upstream binding factor (UBF). Selain dengan UCE, UBF juga berikatan dengan suatu
urutan di sebelah hulu elemen inti. Kedua urutan yang berikatan dengan UBF tersebut tidak
mempunyai kesamaan yang nyata. Sebuah molekul UBF diduga mengikat UCE, sedangkan
sebuah molekul UBF lainnya mengikat urutan yang kedua. Selanjutnya, kedua molekul UBF
akan saling berikatan melalui interaksi protein-protein sehingga terbentuk struktur kala (loop)
pada segmen DNA diantara kedua tempat pengikatan tersebut.
Selain UBF, terdapat faktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA Pol I. Faktor ini adalah
faktor selektivitas atau selectivity factor (SL1), yang akan berikatan dengan kompleks UBF-
DNA dan kemudian menstabilkannya. SL1 berinteraksi dengan bagian hilir elemen inti yang
bebas. Pengikatan kompleks UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan RNA Pol I untuk memasuki
kompleks tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi. Saat ini SL1 telah diketahui mengandung
beberapa subunit, antara lain berupa suatu protein yang dinamakan protein pengikat TATA atau
TATA-binding protein (TBP). TBP diperlukan untuk inisiasi ketiga RNA polimerase eukariot,
dan nampaknya merupakan faktor penting dalam transkripsi eukariot. Ketiga subunit SL1
lainnya dikenal sebagai faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated factors
(TAFs), dan di antara subunit tersebut yang diperlukan untuk transkripsi RNA Pol I dinamakan
TAF1s. Pada Acanthamoeba, suatu eukariot sederhana, terdapat elemen kontrol tunggal didaerah
promoter gen rRNA yang terletak sekitar 12 hingga 72 pb ke arah hulu dari titik awal transkripsi.
Tempat ini akan diikat oleh faktor TIF-1, yang homolog dengan SL1.
Dengan pengikatan ini RNA Pol I akan dapat melakukan inisiasi transkripsi. Pada waktu RNA
Pol I bergerak di sepanjang molekul DNA, faktor TIF-1 tetap terikat pada tempat semula
sehingga memungkinkan terjadinya inisiasi transkripsi oleh RNA Pol I yang lain, dan beberapa
putaran transkripsi dapat berlangsung. Oleh karena itu, mekanisme ini dapat dilihat sebagai
sistem kontrol transkripsi yang sangat sederhana. Di sisi lain, untuk vertebrata nampaknya
terdapat suatu UBF tambahan yang bertanggung jawab atas pengikatan promoter oleh SL1 secara
spesifik.

4. Gen-Gen yang Ditranskripsi Oleh RNA Pol III

RNA Pol III terdapat di dalam nukleoplasma dan sekurang-kurangnya terdiri atas
16 subunit yang berbeda. Enzim ini menyintesis prekursor tRNA, 5S rRNA, serta
berbagai snRNA dan RNA sitosolik. Transkrip pertama yang dihasilkan dari gen-gen tRNA
merupakan molekul prekursor yang akan diproses menjadi RNA matang. Daerah kontrol
transkripsi gen-gen tRNA terletak di sebelah hilir tapak inisiasi transkripsi. Ada dua urutan yang
sangat konservatif di dalam gen tRNA, yaitu kotak A (5’- TGGCNNAGTGG - 3’) dan kotak B
(5’- GGTTCGANNCC - 3’). Kedua urutan ini juga menyandi urutan penting di dalam tRNA
sendiri, yang disebut dengan kala D (D-loop) dan kala TΨC. Hal ini berarti bahwa urutan yang
sangat konservatif di dalam tRNA juga merupakan urutan promoteryang sangat konservatif.
Dua faktor pengikatan DNA yang kompleks telah diketahui memegang peranan penting dalam
inisiasi transkripsi tRNA oleh RNA Pol III TFIIIC
mengikat baik kotak A maupun kotak B di dalam promoter tRNA. Sementara itu, TFIIIB
mengikat daerah sejauh 50 pb ke arah hulu dari kotak A. TFIIIB terdiri atas tiga subunit, yang
salah satu di antaranya adalah TBP, suatu faktor inisiasi umum yang diperlukan oleh ketiga RNA
polimerase. Subunit yang kedua dan ketiga masing-masing dinamakanBRF dan B’’. Faktor
TFIIIB tidak memiliki spesifisitas urutan sehingga tempatpengikatannya bergantung kepada
posisi pengikatan TFIIIC pada DNA. TFIIIB memungkinkan RNA Pol III untuk melakukan
inisiasi transkripsi. Begitu TFIIIB terikat, TFIIIC dapat dikeluarkan tanpa mempengaruhi
transkripsi. Oleh karena itu, TFIIIC dapat dilihat sebagai faktor perakitan untuk penempatan
faktor inisiasi TFIIIB.
RNA Pol III mentranskripsi gen 5S rRNA, yang merupakan satu-satunya subunit rRNA yang
ditranskripsi secara terpisah. Seperti halnya gen-gen rRNA lainnya yang ditranskripsi oleh RNA
Pol I, gen-gen 5S rRNA tersusun secara tandem (berurutan) di dalam suatu rumpun gen. Pada
manusia terdapat suatu rumpun yang berisi sekitar 2.000 gen. Promoter gen 5S rRNA
mengandung daerah kontrol internal yang dinamakan kotak C. Letaknya sekitar 81 hingga 99 pb
ke arah hilir dari tapak inisiasi transkripsi. Selain itu,terdapat juga kotak A yang berada pada
posisi sekitar +50 hingga +65. Kotak C pada promoter 5S rRNA berperan sebagai tempat
pengikatan protein spesifik, yaitu TFIIIA (Gambar 5.8). TFIIIA bekerja sebagai faktor perakitan
yang memungkinkan TFIIIC berinteraksi dengan promoter 5S rRNA. Sementara itu, kotak A
akan menstabilkan pengikatan TFIIIC sehingga faktor ini berikatan dengan DNA pada posisi
yang relatif sama dengan posisi pengikatan pada promoter tRNA. Begitu TFIIIC terikat pada
DNA, TFIIIB dapat berinteraksi dengan kompleks pengikatan tersebut dan memungkinkan RNA
Pol III untuk melakukan inisiasi transkripsi.
Banyak gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol III bergantung kepada urutan hulu untuk regulasi
transkripsinya. Beberapa promoter seperti U6 snRNA dan gen-gen RA kecil dari virus Epstein-
Barr hanya menggunakan urutan regulator yang letaknya di sebelah hulu dari tapak inisiasi
transkripsinya. Daerah penyandi U6 snRNA mempunyai sebuah kotak A yang khas. Akan tetapi,
urutan ini tidak diperlukan untuk transkripsi. Daerah hulu pada U6 snRNA mengandung urutan
khas promoter RNA Pol II, yang meliputi kotak TATA pada posisi -30 hingga -23. Promoter ini
juga memiliki beberapa urutan di daerah hulu sebagai tempat pengikatan faktor transkripsi
lainnya seperti pada kebanyakan gen U RNA yang ditranskripsi oleh RNA Pol II. Hal ini
mendukung pendapat bahwa faktor-faktor transkripsi umum dapat mengatur gen-gen yang
ditranskripsi baik oleh RNA Pol II maupun oleh RNA Pol III. Terminasi transkripsi oleh RNA
Pol III nampaknya hanya memerlukan pengenalan polimerase berupa urutan nukleotida
sederhana. Urutan ini terdiri atas sekelompok residu dA yang efisiensi terminasinya dipengaruhi
oleh urutan di sekitarnya. Urutan 5’-
GCAAAAGC - 3’ merupakan sinyal terminasi yang efisien untuk gen 5S rRNA pada
Xenopus borealis.

5. Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol II

RNA Pol II terdapat di dalam nukleoplasma dan bertanggung jawab untuk
transkripsi semua gen penyandi protein dan beberapa gen snRNA. Pra-mRNA (transkrip primer)
yang baru disintesis harus mengalami prosesing melalui pembentukan pelindung dan tapak
inisiasi transkripsi bukan merupakan urutan yang penting, jarak antara kedua
tempat tersebut ternyata penting. Hampir 50% tapak inisiasi transkripsi berupa residu A.
Beberapa gen eukariot tidak mempunyai kotak TATA tetapi memiliki suatu elemen insiator,
yang terletak di sekitar tapak inisiasi transkripsi. Namun, beberapa promoter tidak memiliki baik
kotak TATA maupun elemen inisiator. Gen-gen semacam ini biasanya ditranskripsi dengan
lambat, dan inisiasi transkripsi dapat terjadi di tempattempat yang berbeda sepanjang 200 pb.
Gen-gen ini sering kali mengandung daerah yang kaya GC sepanjang 20 hingga 50 pb pada
posisi 100 hingga 200 pb arah hulu dari tapak inisiasi transkripsi. Aktivitas promoter basal yang
rendah akan sangat ditingkatkan oleh adanya elemen-elemen lain di sebelah hulu promoter.
Elemen-elemen ini dijumpai pada kebanyakan gen dengan tingkat ekspresi yang sangat
bervariasi di antara jaringan yang berbeda. Dua contoh yang umum adalah kotak SP1, yang
terletak di sebelah hulu dari banyak gen baik yang mempunyai maupun yang tidak mempunyai
kotak TATA, dan kotak CCAAT. Promoter dapat memiliki salah satu, keduanya, atau bahkan
banyak salinan urutan/kotak tersebut. Urutan yang pada umumnya terletak 100 hingga 200 pb
arah hulu dari promoter ini dinamakan elemen regulator hulu atau upstream regulatory elements
(UREs). UREs memegang peranan penting dalam menjamin berlangsungnya transkripsi yang
efisien. Transkripsi kebanyakan promoter eukariot dapat dipacu oleh elemen kontrol yang
letaknya beribu-ribu pasang basa dari tapak inisiasi transkripsi. Hal ini pertama kali ditemukan
pada genom virus SV40. Suatu urutan sepanjang kira-kira 100 pb pada DNA virus ini dapat
dengan nyata meningkatkan transkripsi dari promoter basal. Urutan pemacu (enhancer) ini
mempunyai panjang 100 hingga 200 pb dan mengandung banyak elemen yang menghasilkan
aktivitas totalnya. Pemacu dapat dijumpai pada sembarang sel atau hanya pada tipe sel tertentu.
Dengan makin banyaknya pemacu dan promoter yang ditemukan, terlihat bahwa motif kedua
elemen tersebut ternyata tumpang tindih, baik secara fisik maupun fungsional. Dengan demikian,
terdapat spektrum elemen regulator yang sinambung,
mulai dari elemen-elemen pemacu yang sangat panjang rentangnya hingga elemen elemen
promoter yang pendek rentangnya.(cap) pada ujung 5’ RNA dan penambahan poli A pada ujung
3’ di samping pembuanganintron dan penyatuan (splicing) ekson.
Banyak promoter eukariot mengandung suatu urutan konservatif yang dinamakan kotak TATA.
Letaknya sekitar 25 hingga 35 pb dari tapak inisiasi transkripsi, berisi urutan konsensus
sepanjang 7 pb, yaitu 5’- TATA(A/T)A(A/T) - 3’. Meskipun demikian, saat ini diketahui bahwa
protein yang mengikat kotak TATA, yakni TBP, ternyata berikatan dengan urutan sepanjang 8
pb. Tambahan sepasang basa ini letaknya di sebelah hilir dari kotak TATA dan identitasnya
tidaklah penting. Kotak TATA bekerja dengan cara yang sama dengan urutan -10 pada promoter
E. coli dalam menempatkan RNA Pol II agar diperoleh inisiasi transkripsi yang benar. Meskipun
urutan di antara kotak TATA Serangkaian faktor transkripsi basal yang kompleks telah diketahui
berikatan dengan promoter RNA Pol II dan bersama-sama melakukan inisiasi transkripsi.
Pada promoter yang mengandung kotak TATA, TFIID merupakan faktor pertama
yang akan mengikat promoter tersebut. Faktor ini terdiri atas banyak molekul protein,
tetapi hanya salah satu di antaranya, yakni protein pengikat TATA atau TATA-binding protein
(TBP), yang akan berikatan dengan kotak TATA. Seperti pada RNA Pol I, pada TFIID juga
terdapat faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated factors (TAFIIS). Pada
sel-sel mamalia TBP nampaknya akan berikatan dengan kotak TATA dan kemudian bergabung
dengan sekurang-kurangnya delapan TAFIIS untuk membentuk TFIID. TBP dijumpai pada
ketiga kompleks transkripsi eukariot (dalam SL1, TFIIIB, dan TFIID), dan dapat dipastikan
memegang peranan penting dalam inisiasi transkripsi. TBP merupakan protein monomerik.
Semua TBP eukariot mempunyai domain yang terdiri atas 180 residu asam amino pada ujung C
yang sangat konservatif, dan dapat berfungsi sebagai molekul protein seutuhnya pada transkripsi
in vivo. Oleh karena itu, fungsi domain pada ujung N yang kurang konservatif belum
sepenuhnya diketahui. TBPmempunyai struktur fisik seperti pelana, yang akan mengikat lekukan
kecil molekul DNA pada kotak TATA dan menghasilkan sudut 45° di antara kedua pasang basa
pertama dan kedua pasang basa terakhir dari 8pb elemen TATA. Mutasi TBP pada domain
pengikatannya dengan kotak TATA tetap mempertahankan fungsinya sebagai factor transkripsi
RNA Pol II. Hal ini menunjukkan bahwa RNA Pol I dan RNA Pol III menggunakan untuk
inisiasi transkripsi, tetapi peranan TBP itu sendiri yang sesungguhnya pada
kompleks transkripsi tersebut masih belum jelas. Faktor transkripsi berikutnya, TFIIA, akan
mengikat TFIID dan meningkatkan stabilitas pengikatan TFIID pada kotak TATA. TFIIA
sekurang-kurangnya tersusun dari tiga subunit. Pada studi transkripsi in vitro, yang dilakukan
dengan memurnikan TFIID, TFIIA ternyata menjadi tidak dibutuhkan lagi. Namun, pada sel-sel
yang utuh TFIIA nampaknya akan menghilangkan pengaruh faktor-faktor penghambat yang
berasosiasi dengan TFIID. Jadi, pengikatan TFIIA pada TFIID rupanya akan mencegah
masuknya
faktor-faktor penghambat tersebut sehingga proses transkripsi dapat berlanjut.
Begitu TFIID terikat dengan stabil pada DNA, faktor transkripsi lainnya, yakni
TFIIB, akan berikatan dengan TFIID. Faktor ini akan berperan sebagai perantara yang
memungkinkan masuknya RNA Pol II ke dalam kompleks inisiasi transkripsi bersama dengan
masuknya faktor berikutnya, TFIIF. Setelah RNA Pol II terikat pada kompleks inisiasi
transkripsi, tiga faktor lainnya, masing-masing TFIIE, TFIIH, dan TFIIJ, segera berasosiasi
dengan kompleks tersebut. Ketiga faktor ini diperlukan untuk transkripsi in vitro dan
penggabungannya dengan kompleks tersebut terjadi melalui urutan tertentu. Di antara ketiga
faktor tersebut, TFIIH merupakan molekul protein terbesar yang sekurang-kurangnya terdiri atas
lima subunit. TFIIH mempunyai aktivitas kinase dan helikase. Aktivasi oleh TFIIH akan
menyebabkan fosforilasi domain ujung C atau carboxyl-terminal domain (CTD) pada RNA Pol
II sehingga terbentuk kompleks RNA Pol II yang siap untuk diproses dan meninggalkan daerah
promoter. Dengan demikian, TFIIH nampaknya mempunyai fungsi yang sangat penting dalam
kontrol elongasi transkripsi. Komponen-komponen TFIIH juga penting dalam mekanisme
perbaikan DNA dan dalam fosforilasi kompleks kinase yang mengatur daur sel. Pada
kebanyakan promoter RNA Pol II yang tidak memiliki kotak TATA terdapat suatu elemen
inisiator yang letaknya tumpang tindih dengan tapak inisiasi transkripsi. Rupanya pada promoter
semacam ini TBP dimasukkan ke promoter oleh suatu protein pengikat DNA yang terikat pada
elemen inisiator. TBP kemudian memasukkan faktorfaktor transkripsi lainnya beserta RNA Pol
II dengan cara seperti pada promoter yang mempunyai kotak TATA.

6. Struktur Faktor Transkripsi Pada Eukariot

Faktor-faktor transkripsi pada eukariot mempunyai dua aktivitas yang berbeda,
yaitu pengikatan spesifik pada DNA dan aktivasi transkripsi. Masing-masing aktivitas ini
dilaksanakan oleh domain-domain protein yang terpisah, yaitu domain pengikatan DNA dan
domain aktivasi. Selain itu, banyak faktor transkripsi berupa homodimer atau heterodimer, yang
bersama-sama disatukan melalui domain dimerisasi. Beberapa factor transkripsi mempunyai
domain pengikatan ligan yang memungkinkan aktivitas factor regulasi transkripsi melalui
pengikatan suatu molekul tambahan yang berukuran kecil. Reseptor hormon steroid merupakan
salah satu contoh protein yang mempunyai keempat macam domain tersebut. Dari percobaan-
percobaan yang dikenal sebagai percobaan pertukaran domain atau domain swap aktivasi faktor
transkripsi Gal4 dan Gcn4 pada khamir terletak pada bagian protein yang berbeda. Domain
aktivasi akan bergabung dengan represor LexA pada bakteri,
menghasilkan protein hibrid yang mengaktivasi transkripsi dari promoter dengan urutan operator
lexA. Hal ini menunjukkan bahwa fungsi aktivasi transkripsi pada protein khamir terpisah dari
aktivitas pengikatan DNAnya. Ada tiga macam domain pengikatan DNA, yaitu domain helix
turn helix, domain zinc finger, dan domain basic. Domain helix turn helix mempunyai sebuah
heliks pengenalan yang akan berinteraksi dengan . Domain zinc finger mempunyai dua buah
kala. Pada domain zinc finger C2H2 masing-masing kala berupa enam asam amino yang
berujung pada d residu asam amino ini berkoordinat pada suatu ion zinkum (Gambar 5.10.b).
Domain
basic biasanya berasosiasi dengan salah satu dari dua domain dimerisasi, yaitu leucine zipper
atau helix-loop-helix (HLH), sehingga masing-masing dikenal sebagai basic leucine zipper
(bZIP) dan basic HLH. Dimerisasi protein-protein ini akan
membawa kedua domain basic, yang kemudian dapat berinteraksi dengan DNA.
Domain dimerisasi, seperti telah disinggung di atas, dapat berupa protein leucine
zipper atau HLH. Leucine zipper mengandung sebuah residu leusin hidrofobik pada
setiap posisi ketujuh yang akan berikatan dengan ujung C domain basic. Leusin-leusin pada
domain leucine zipper tersusun dalam struktur α-heliks (Gambar 5.11). Domain HLH
mempunyai struktur yang menyerupai domain leucine zipper, kecuali dalam hal adanya suatu
kala rantai polipeptida yang memisahkan kedua α-heliks protein monomeriknya. Seperti halnya
leucine zipper, motif HLH sering kali dijumpai berdekatan dengan domain basic yang
memerlukan dimerisasi dalam pengikatan DNA. Domain aktivasi transkripsi dapat berupa
domain aktivasi asam, domain kaya glutamin, atau domain kaya prolin. Domain aktivasi asam
mengandung banyak sekali residu asam amino yang bersifat asam sehingga sering disebut juga
dengan ’gumpalan asam’ atau ’gumpalan negatif’. Masih belum diketahui dengan pasti
gambaran struktur lainya yang diperlukan oleh domain ini agar dapat berfungsi sebagai domain
aktivasi transkripsi yang efisien. Domain kaya glutamin pertama kali ditemukan pada factor
transkripsi SP1. Pada domain ini banyak sekali ditemukan residu glutamin. Begitu juga, pada
domain kaya prolin banyak sekali ditemukan residu prolin. Regulasi transkripsi dapat terjadi
melalui interaksi tidak langsung dengan fungsi suatu faktor transkripsi, antara lain dengan
blokade tempat pengikatan faktor transkripsi pada DNA (seperti pada kebanyakan represor
prokariot), pembentukan kompleks pengikatan non-DNA (misalnya protein inhibitor Id yang
tidak mempunyai domain pengikatan DNA akan menggangu interaksi protein HLH dengan
DNA), dan blockade domain aktivasi faktor transkripsi meskipun pengikatannya pada DNA tetap
berlangsung (misalnya Gal80 akan menutupi domain aktivasi faktor transkrispi Gal4 pada
khamir). Disamping itu, penghambatan transkripsi dapat juga terjadi secara langsung karena
adanya domain tertentu pada represor. Sebagai contoh, suatu domain reseptor hormon tiroid pada
mamalia akan menekan transkripsi apabila tidak ada hormon tiroid dan akan mengaktifkannya
Wilms berupa protein WT1 yang akan menekan tumor, mempunyai domain represor
spesifik yang banyak mengandung prolin.

http://nichalittlestar.blogspot.com/2012/03/transkripsi.html