BAB II

REVIEW JURNAL

2.1 JURNAL 1

IDENTITAS JURNAL
Judul jurnal : Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Tanah Sawah di Kecamatan Medan Satria dan
Bekasi Utara, Kota Bekasi, Jawa Barat
Nama penulis : Arief Pambudi, Nita Noriko, Endah Permata Sari
Tahun terbit : 2016
Jenis jurnal : AL-AZHAR INDONESIA SERI SAINS DAN TEKNOLOGI
Vol/ No : Vol. 3 (4)
Halaman : 9 lembar

REVIEW JURNAL
Pendahuluan
Padi merupakan tanaman pangan yang banyak dijadikan sebagai makanan pokok bagi
hampir seluruh masyarakat Indonesia. Produksi Gabah Kering Giling (GKG) pada tahun 2015
mencapai 75,40 juta ton, meningkat sebesar 6,42% dari produksi tahun 2014. Kota Bekasi
sumber perekonomian berasal dari sektor industri sehingga menyebabkan kurangnya
pemanfaatan lahan sebagai area pertanian. Keberadaan industri di sekitar area persawahan,
ditambah pengelolaan lahan pertanian dengan menggunakan pupuk dan pestisida kimia berlebih
menyebabkan perubahan kondisi fisik dan kimia tanah. Plant Growth Promoting Rhizobacteria
(PGPR) merupakan kelompok bakteri yang hidup pada daerah perakaran tanaman yang mampu
meningkatkan pertumbuhan bagi tanaman. Peran PGPR dalam menekan pertumbuhan patogen
terjadi karena kompetisi pada komunitas bakteri tanah. PGPR dalam jumlah inokulum yang
cukup, dapat menghambat pertumbuhan patogen. Aplikasi PGPR selain diharapkan memicu
pertumbuhan tanaman, juga pada perbaikan kualitas dan kesuburan tanah.Tahapan awal dalam
aplikasi PGPR di persawahan antara lain melakukan isolasi bakteri-bakteri dari tanah sawah.
Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat bakteri asal sawah Kota Bekasi, melakukan
beberapa karakterisasi fisiologis, serta membandingkan kondisi ekologis tanah dan kepadatan
bakteri di ketiga lokasi tersebut. Isolat bakteri tanah yang telah dikarakterisasi dan memiliki
potensi sebagai PGPR dapat dikembangkan sebagai pupuk hayati untuk area persawahan.
TINJAUAN PUSTAKA

1. Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR)

Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) adalah kelompok bakteri yang

mengolonisasi daerah perakaran (rhizosfer) dan mampu meningkatkan pertumbuhan tanaman.
Kelompok utama PGPR masuk ke dalam Filum Cyanobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes,
Fermicutes, dan Proteobacteria. Bakteri PGPR dapat memacu pertumbuhan tanaman melalui
beberapa mekanisme seperti penyediaan mineral terlarut bagi tanaman (biofertilizer),
penghambatan pertumbuhan patogen tanah dan cekaman abiotik (bioprotektan), maupun
produksi fitohormon (biostimulan) bagi tanaman. PGPR dapat bertindak sebagai biofertilizer
karena beberapa bakteri memiliki kemampuan untuk mengikat Nitrogen bebas dari udara dan
menyediakan Fosfat, Sulfur, besi, maupun mineral lainnya dalam bentuk terlarut sehingga
tanaman dapat mencukupi kebutuhan hara.

PGPR berperan sebagai bioprotektan bagi tanaman karena beberapa bakteri mampu
menghasilkan metabolit-metabolit seperti HCN, siderofor, antibiotik, DAPG yang mampu
menghambat pertumbuhan mikroorganisme patogen. Sedangkan peran PGPR sebagai
biostimulan karena PGPR mampu menghasilkan fitohormon seperti IAA dan senyawa
penghambat biosintesis hormon etilen yang mampu memicu pertumbuhan tanaman. Sebagai
contoh, pembentukan sistem perakaran tanaman yang baik dapat dipacu melalui peningkatan
pertambahan panjang akar utama, pembentukan akar lateral, dan pembentukan rambut akar
untuk memperluas daerah penyerapan hara.

2. Bakteri Fungsional

Bakteri di dalam dan sekitar akar padi berperan sebagai penyedia unsur hara bagi
tanaman, seperti bakteri kelompok penambat nitrogen (N) dan pelarut fosfat. Azotobacter
merupakan bakteri yang berperan dalam meningkatkan ketersediaan N di dalam tanah, termasuk
ke dalam bakteri Gram negatif dengan bentuk sel bervariasi, yaitu berbentuk oval atau bola dan
ada yang berbentuk kapsul. Azotobacter memiliki alat gerak berupa flagella dan hidup secara
aerob, serta dapat tumbuh optimal pada suhu 20-30°C, dengan pH 7,0-7,5. Morfologi koloni
Azotobacter berbentuk convex, smooth, putih, dan moist. Azotobacter juga dapat meningkatkan
panjang akar dan meningkatkan pertumbuhan tinggi tanaman padi. Bakteri yang mampu
meningkatkan ketersediaan fosfor (P) di dalam tanah adalah kelompok bakteri pelarut fosfat,
seperti Pseudomonas mampu menghasilkan zat tumbuh berupa Indol Asam Asetat (IAA),
sehingga dapat memacu pertumbuhan akar.

3. Karakterisasi Bakteri yang Berpotensi sebagai PGPR

Proses karakteristik bakteri dapat dilakukan dengan pengamatan fenotipik yaitu

berdasakan morfologi koloni, morfologi sel, jenis Gram serta uji biokimia. Uji biokimia dapat
dilakukan dengan serangkaian tes, seperti uji kemampuan penambat nitrogen, uji kemampuan
pelarut fosfat, dan uji katalase.

METODE PENELITIAN
Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian dilakukan dengan metode survei. Pengambilan sampel tanah dilakukan pada
tiga lokasi sawah, yaitu lokasi pertama di Kecamatan Medan Satria dan dua lokasi di Kecamatan
Bekasi Utara, Kota Bekasi, Jawa Barat. Kegiatan penelitian dilakukan di Laboratorium Kimia
dan Laboratorium Mikrobiologi, Universitas Al Azhar Indonesia.
Pengambilan sampel
Usia padi saat pengambilan sampel berkisar antara 25-40 hari setelah tanam. Tanah yang
diambil merupakan daerah perakaran padi dengan kedalaman 10-15 cm menggunakan plastik
steril. Pengambilan dilakukan pada lima titik untuk setiap lokasi. Sampel dari setiap titik
kemudian dimasukkan ke dalam plastik steril, dibuat komposit, lalu dibawa ke laboratorium dan
dilakukan pengukuran derajat keasaman tanah menggunakan pH meter. Uji kimia dan fisik tanah
dilakukan dengan membawa sampel tanah ke Laboratorium Ilmu Tanah dan Sumberdaya Lahan
IPB, sedangkan uji residu dilakukan dengan mengujikan pada Laboratorium Residu Bahan
Agrokimia, Balai Penelitian Lingkungan Pertanian.
Enumerasi bakteri tanah
Bakteri dikultur berdasarkan metode yang telah dilakukan dengan sedikit modifikasi.
Sampel tanah yang telah diambil dari 5 titik pada setiap lokasi pengambilan dihomogenisasi,
kemudian diambil sebanyak 10 g dan dilarutkan dalam 90 ml NaCl fisiologis, lalu divorteks
(pengenceran 10-1). Hasil dari suspensi tanah 10-1 dibuat pengenceran bertingkat hingga 10-6
menggunakan NaCl fisiologis. Hasil pengenceran 10-4 hingga 10-6 kemudian dikultur pada
media Nutrient Agar (NA), lalu diinkubasi pada suhu ruang selama 24 jam. Penumbuhan bakteri
dilakukan dengan menggunakan teknik pour plate. Koloni yang tumbuh pada rentang 25-250
koloni dihitung dan nilai TPC (Total Plate Count) dan diperoleh dengan menggunakan rumus:
Uji Kemampuan Penambat Nitrogen (BPN)
Isolat diinokulasi pada media jensen’s dan diinkubasi pada suhu ruang selama 8 hari.
Media jensen’s dibuat dengan cara melarutkan 39,1 g dalam 1.000 ml akuades, lalu dididihkan.
Larutan media yang telah mendidih selanjutnya disterilisasi dengan autoclave pada suhu 121°C
selama 15 menit. Larutan media yang telah steril, dituang ke dalam cawan petri steril dan
didiamkan hingga padat.
Uji Kemampuan Pelarut Fosfat (BPF)
Sebanyak 16.3 g media pikovskaya dilarutkan ke dalam 1.000 ml akuades, lalu
dididihkan. Larutan media selanjutnya disterilisasi dengan autoclave pada suhu 121°C selama 15
menit, lalu dituang ke dalam cawan petri steril dan didiamkan hingga padat. Isolat bakteri
diinokulasi lalu diinkubasi pada suhu ruang selama 48 jam.
Uji Gram
Pengujian dilakukan dengan menggunakan larutan KOH 3%. Larutan KOH 3%
diteteskan pada gelas objek, lalu isolat bakteri diambil dengan tusuk gigi yang telah disterilisasi,
kemudian dicampurkan pada KOH dengan lama waktu pencampuran ±60 detik.
Uji Katalase
Keberadaan enzim katalase diuji dengan pemberian larutan H2O2 3% pada koloni
bakteri. Koloni bakteri diambil dengan tusuk gigi yang telah disterilisasi dan diletakkan di atas
gelas obyek, lalu larutan H2O2 3% diteteskan pada bakteri di gelas obyek.
Uji motilitas
Uji motilitas dilakukan dengan menusukkan kultur isolat pada media SIM menggunakan
jarum ose.
HASIL DAN PEMBAHASAN

Enumerasi dan Isolasi Bakteri Tanah Nilai TPC di lokasi BK1 lebih sedikit
dibandingkan 2 lokasi lainnya, namun jumlah isolat yang ditemukan justru lebih banyak pada
BK1. Hal ini menunjukkan bahwa lokasi BK1 memiliki keragaman lebih tinggi, namun secara
kelimpahan lebih rendah. Interaksi biotik antara akar tanaman dengan bakteri dan fungi akan
menyebabkan disekresikannya berbagai metabolit seperti asam amino, asam organik, asam
lemak, polisakarida, dan senyawasenyawa metabolit sekunder. Keberadaan berbagai metabolit
tersebut umumnya akan menurunkan nilai pH. Nilai pH yang lebih rendah akan mempengaruhi
serapan hara oleh tanaman.

Dilihat dari parameter fisik, kondisi tanah di BK1 lebih mengandung liat dibandingkan
kedua lokasi lain (walaupun tidak begitu berbeda persentase liatnya dengan BK3). Parameter
kimia penting pada tanah juga dapat menjelaskan rendahnya nilai TPC pada lokasi BK1. Nilai C-
organik lokasi BK1 yang lebih tinggi dibandingkan kedua lokasi lainnya menunjukkan bahwa
bahan organik sebenarnya tersedia dalam jumlah cukup Nilai P total pada BK1 juga jauh lebih
tinggi dibandingkan BK2 dan BK3. Hal ini menunjukkan bahwa pemupukan pada BK1 sudah
dalam kadar berlebih. Kadar P total tanah diatas 40 ppm sudah termasuk dalam kadar yang tinggi
dan diatas 100 ppm sudah masuk dalam kategori P berlebih.

Hasil wawancara dan aplikasi pemupukan juga menunjukkan hal yang sejalan dengan
analisis tanah. BK1 menggunakan lebih banyak jenis pupuk dan pestisida.
 Hasil residu tanah pada BK1 juga menunjukkan kadar klorpirifos, paration, dan
karbofuran yang lebih tinggi dibanding dengan tanah pada lokasi lainnya.

Pestisida dengan bahan aktif klorpirifos dapat menurunkan kemampuan hidup

mikroorganisme, baik bakteri maupun cendawan. Klorpirifos merupakan pestisida golongan
organofosfat dengan spektrum luas yang berpeluang mematikan makhluk hidup non-target,
termasuk mikroorganisme. Karbofuran merupakan pestisida golongan karbamat yang juga
memiliki spektrum luas. Sedangkan paration merupakan pestisida golongan organofosfat yang
jika digunakan dalam jangka panjang dan konsentrasi tinggi dapat menghambat aktivitas enzim
amonia oksidase pada bakteri. Namun jika aplikasi pemupukan yang tetap seperti saat ini,
produktivitas pada lokasi BK1 bisa jadi akan mengalami penurunan karena pada dasarnya
kondisi tanah sudah berubah.

Karakterisasi Fungsional Isolat Dari ketiga lokasi, diperoleh sebanyak 59 isolat. Isolat-
isolat ini kemudian diuji kemampuan fungsionalitasnya sebagai PGPR. Pola dan sebaran karakter
fungsional terhadap isolat yang berkaitan dengan potensi sebagai PGPR ditunjukkan pada
Gambar 1. Kemampuan dan karakter yang diujikan tersebut kemudian dianalisis untuk menapis
isolat dengan potensi terbaik
 Analisis ini menghasilkan 5 isolat terpilih dari 59 isolat yang diperoleh antara lain BK1-
23; BK2-6; BK2-8; BK2-11; BK212 dan Pengujian bakteri penambat nitrogen dilakukan dengan
menggunakan media selektif yang tidak mengandung unsur nitrogen sehingga bakteri harus
mengikat nitrogen yang ada di udara. Nitrogen merupakan unsur hara esensial bagi tanaman,
yang memiliki sifat hilang jika berada didalam tanah, hal tersebut disebabkan oleh beberapa
faktor seperti menguap (volatilisasi), nitrifikasi, denitrifikasi atau tercuci oleh air dan erosi.

Fosfor (P) termasuk ke dalam komponen penting bagi pertumbuhan tanaman, setelah
nitrogen, karena berperan dalam berbagai proses metabolisme. Penggunaan pupuk kimia yang
mengandung P secara terus-menerus dapat mengakibatkan kerusakan lingkungan, sehingga dapat
mengurangi kesuburan tanah seperti yang terjadi pada BK1. Proses pelarutan fosfat dilakukan
dengan mensekresi asam, seperti asam asetat, asam format, asam laktat, asam oksalat, asam
malat dan asam sitrat. Bakteri pelarut fosfat juga mampu menghasilkan asam amino, vitamin,
dan growth promoting substance, seperti IAA dan asam giberelin yang membantu dalam
pertumbuhan tanaman.

Motilitas diuji untuk melihat pergerakan bakteri. Isolat yang bersifat motil akan tumbuh
menyebar di luar garis tusukkan, sedangkan isolat yang bersifat non-motil hanya akan tumbuh
disepanjang garis tusukkan. Bakteri yang bersifat motil akan memiliki mobilitas yang lebih
tinggi di dalam tanah. Uji Gram tidak digunakan sebagai uji yang menentukan penapisan bakteri
terpilih. Uji ini hanya sebagai pelengkap karakterisasi. Dari kelima isolat potensial 3isolat
merupakan bakteri Gram positif.

KESIMPULAN

Sebanyak 59 isolat berhasil diperoleh dari 3 lokasi sawah di Bekasi. Sebanyak 5 dari 59
isolat antara lain BK1-23; BK2-6; BK2-8; BK2-11; BK2-12 berpotensi sebagai PGPR karena
memiliki aktivitas fiksasi N, pelarut fosfat, katalase positif, dan motil. Lokasi BK1 memiliki
nilai TPC yang lebih rendah dibanding BK2 dan BK3. Rendahnya nilai TPC pada BK1 dapat
disebabkan aplikasi pemupukan dan pestisida berlebih yang ditandai tingginya kadar P total,
serta tingginya residu klorpirifos, karbofuran, dan paration. Kondisi fisik tanah BK1 juga
didominasi partikel liat yang menyebabkan tanah menjadi lebih padat. Peningkatan jumlah
penggunaan pupuk tidak selalu diikuti peningkatan produktivitas.
2.2 JURNAL 1

IDENTITAS JURNAL
Judul jurnal : Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Tanah Sawah Di Desa Sukawali Dan Desa
Belimbing, Kabupaten Tangerang
Nama penulis : Arief Pambudi, Susanti, Taufiq Wisnu Priambodo
Tahun terbit : 2017
Jenis jurnal : AL-KAUNIYAH: Journal of Biology
Vol/ No : Vol. 10 (2)
Halaman : 9 lembar

REVIEW JURNAL
PENDAHULUAN
Padi (Oryza sativa) merupakan tanaman yang dijadikan salah satu makanan pokok di
Indonesia. Jumlah penduduk yang bertambah di Indonesia sebanyak 2% setiap tahunnya
menyebabkan kebutuhan beras terus bertambah. Perubahan kondisi tanah akibat aplikasi pupuk
kimia berlebih dapat menyebabkan penurunan kualitas tanah dalam jangka waktu yang panjang.
Eksploitasi lahan secara terus menerus menyebabkan kerusakan pada tanah dan mempengaruhi
produktivitas padi. Perbaikan kualitas dan kesuburan tanah dapat menjadi salah satu pendekatan
untuk meningkatkan produksi padi dan mengurangi konsumsi pupuk kimia.
Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) adalah bakteri tanah yang menguntungkan
untuk pertumbuhan tanaman. Menurut Gupta et al. (2015) PGPR berfungsi sebagai biokontrol
karena dapat menginduksi resistensi tanaman terhadap pathogen. PGPR berfungsi sebagai
biofertilizer karena dapat memicu pertumbuhan tanaman dengan cara memfiksasi nitrogen,
menyediakan fosfat terlarut, hingga menghasilkan fitohormon. Sebesar 63% lahan di Kabupaten
Tangerang digunakan untuk pertanian (sawah maupun bukan sawah). Penelitian ini bertujuan
untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri tanah sawah yang berasal dari dua area
persawahan di Kabupaten Tangerang.
MATERIAL DAN METODE
Waktu dan Tempat Penelitian
Pengambilan sampel tanah dilakukan pada dua lokasi sawah, yaitu di Desa Sukawali, dan
Desa Belimbing Pengambilan Sampel Usia padi saat pengambilan sampel tanah berkisar antara
25−40 hari setelah tanam. Pengukuran derajat keasaman tanah dengan menggunakan pH meter
dilakukan terlebih dahulu. Tanah diambil dengan menggunakan plastik steril dari daerah
perakaran padi dengan kedalaman 0−20 cm pada lima titik untuk setiap lokasi. Sampel tanah
digunakan sebagai sumber inokulum dan digunakan untuk analisis tanah di Laboratorium Tanah
IPB.
Enumerasi Bakteri Tanah.
Sampel tanah yang diambil kemudian dikultur dengan menggunakan metode
pengenceran serial dengan sedikit modifikasi. Sebanyak 10 g sampel tanah dihomogenisasi
dengan 90 mL NaCl fisiologis, kemudian dikocok. Suspensi tanah dalam NaCl fisiologis ini
adalah pengenceran 10-1. Sebanyak 1 mL suspensi sampel tanah dimasukkan kedalam tabung
reaksi yang berisi 9 mL NaCl fisiologis untuk mendapatkan tingkat pengenceran 10-2, begitu
seterusnya hingga pengenceran 10-6. Hasil pengenceran 10-4, 10-5 dan 10-6 diambil sebanyak 1
mL kemudian dikultur ke dalam cawan petri bersamaan dengan 25 mL media Nutrient Agar
(NA) dengan cara pour plate, setelah itu diinkubasi selama 18 jam pada suhu ruang. Tiap
pengenceran dilakukan 2 pengulangan (duplo).

Perhitungan Total Plate Count (TPC) dan Pengamatan Morfologi Koloni Bakteri Tanah
Setelah diinkubasi, dilakukan perhitungan bakteri dengan menggunakan metode Total
Plate Count (TPC). Syarat perhitungan bakteri dengan metode TPC adalah jumlah koloni dalam
petri berisi 25−250 koloni (SNI No. 01−2332.3−2006 2006). Setelah diinkubasi, dilakukan
pengamatan morfologi makroskopis koloni, meliputi pigmentasi, bentuk, tepi koloni, elevasi,
tekstur, tampilan, dan properti optik berdasarkan perbandingan dengan literatur pendukung.
Koloni tunggal yang tumbuh kemudian diberi kode isolat dan dikaraterisasi lebih lanjut.
Uji Kemampuan Pelarut Fosfat.
Sebanyak 16,3 g media Pikovskaya dilarutkan ke dalam 1000 mL akuades, kemudian
dipanaskan hingga mendidih. Setelah itu larutan disterilisasi dengan autoklaf selama 15 menit
pada suhu 121°C. Media kemudian dituang ke dalam cawan petri steril dan didiamkan hingga
padat. Isolat bakteri diinokulasi, lalu diinkubasi pada suhu ruang selama 48 jam
Uji Kemampuan Bakteri Penambat Nitrogen.
Sebanyak 39,1 g media Jensen’s dilarutkan kedalam 1000 mL akuades, kemudian
dipanaskan hingga mendidih dan disterilisasi dengan autoklaf pada suhu 121 °C selama 15
menit. Isolat bakteri tunggal diinokulasi lalu diinkubasi pada suhu ruang selama 8 hari.
Uji kemampuan bakteri penghasil IAA.
Uji kemampuan bakteri penghasil IAA menggunakan 100 mL media NB yang
mengandung tambahan L-triptofan 200 ppm. Isolat bakteri yang akan diuji dikultur dalam media
NB selama 5 hari pada suhu 28oC. Kemudian kultur dipanen dengan sentrifugasi 8000 rpm
selama 10 menit. Supernatan sebanyak 2 mL diambil kemudian ditambahkan 2 tetes asam
orthofosforik dan 4 mLreagen salkowski. Setelah itu diinkubasi kedalam ruang gelap selama 30
menit.
Uji Penghasil HCN
Isolat bakteri sebanyak 1 mL dikultur dengan menggunakan media King’s B yang ditambahkan
dengan larutan glysin 4,4 g/L. Setelah itu di bagian tutup petri diberi kertas whatman yang
sebelumnya direndam dalam larutan 2% natrium karbonat dalam 0,5% asam pikrat.
Uji Katalase
Uji dilakukan dengan cara meneteskan 3% H2O2 di atas object glass, kemudian
ditambahkan isolat bakteri. Isolat bakteri diambil menggunakan tusuk gigi steril, lalu
dicampurkan dengan larutan H2O2 3%.
Uji Motilitas
Uji motilitas dilakukan dengan menusukkan kultur isolat pada media NA menggunakan jarum
ose.
Uji Gram
Uji Gram dilakukan dengan meneteskan KOH 3% di atas object glass, kemudian
ditambahkan isolat bakteri. Isolat bakteri diambil menggunakan tusuk gigi steril, lalu
dicampurkan ke dalam KOH 3% selama ±60 detik.
HASIL

Perhitungan Total Plate Count (TPC) dan Analisis Tanah TPC yang didapatkan pada
lokasi TGR 1 menunjukkan hasil yang lebih tinggi dibandingkan dengan TGR 2, namun dari
jumlah total isolat justru sebaliknya, TGR 2 lebih kaya jumlah isolatnya (Tabel 1

Perbedaan pola nilai TPC dan total isolat antar kedua lokasi berkaitan dengan tekstur
fisik dan kimia tanah (Tabel 2).

Karakter yang dijadikan perhatian dalam potensi sebagai PGPR antara lain kemampuan
pelarut fosfat (BPN), fiksasi nitrogen (BPN), penghasilan IAA, penghasilan HCN, dan
kemampuan katalase. Motilitas dan jenis gram hanya merupakan data pendukung. Sebanyak 45
isolat yang diperoleh kemudian dilakukan pemetaan karakter melalui diagram venn (Gambar 3)
menggunakan webtool Ugent (http://bioinformatics.psb.ugen t.be/webtools/Venn/) dan
Lucidchart (www.lucidchart.com). Analisis yang dilakukan melalui diagram venn berhasil
membagi ke-45 isolat menjadi 9 kelompok berdasarkan kemampuan karakter yang dimiliki
(Gambar 3). Kelompok dengan anggota terbanyak adalah kelompok yang memiliki kelima
karakter yang diujikan, yaitu sebanyak 16 isolat. Keenambelas isolat ini yang berpotensi untuk
dikembangkan sebagai PGPR.

PEMBAHASAN
TPC dan Analisis Tanah
Nilai TPC yang lebih tinggi di lokasi TGR 1 tidak menunjukkan bahwa lokasi TGR 1
lebih subur dibandingkan TGR 2. Data hasil analisis tanah yang ditampilkan pada Tabel 2, justru
TGR 2 yang dapat dikatakan lebih subur karena memiliki nilai rasio C/N yang lebih rendah.
Nilai rasio C/N merupakan indikator yang sangat sensitif untuk mengetahui kondisi kesuburan
tanah (Ge et al., 2013). Semakin tinggi nilai rasio C/N, maka semakin lambat laju dekomposisi
bahan organik tanah oleh mikroorganisme. Hal ini yang menyebabkan jumlah isolat yang
ditemukan di lokasi TGR 2 lebih banyak. Hal lain yang mendukung TGR 2 lebih banyak
memiliki keragaman jenis isolat adalah kondisi tekstur tanah. TGR 1 lebih tinggi persentase
debunya dan liatnya, sementara komposisi pasirnya lebih rendah dibandingkan dengan TGR 2
(Tabel 2
Uji Bakteri Pelarut Fosfat (BPF)

Uji BPF ditandai dengan terbentuknya zona bening pada sekitar koloni bakteri yang diuji
pada media Pikovskaya karena dipecahnya Ca3(PO4)2 yang terdapat pada media Pikovskaya.
BPF berfungsi untuk melarutkan fosfat yang terdapat pada tanah yang pernah dipupuk oleh
fosfat, sehingga menyediakan unsur hara bagi tanaman. BPF menyediakan unsur hara P bagi
tanaman dengan melalui 3 mekanisme: menghasilkan senyawa pelarut P (asam organik,
siderofor, proton, ion hidroksil, CO2); sekresi enzim pelarut P; serta melepas P dalam proses
degradasi substrat (Sharma et al., 2013). Sekresi asam organik oleh akar dapat membuat kondisi
rizosfer menjadi lebih asam yang ditandai dengan turunnya pH seperti terlihat pada lokasi TGR 2
yang lebih asam dibanding TGR 1.
Uji Bakteri Penambat Nitrogen (BPN)
Seluruh isolat, baik yang berasal dari TGR 1 maupun TGR 2 berdasarkan kultur pada
media Jensen menunjukkan BPN positif. Nitrogen merupakan unsur hara esensial bagi tanaman,
nitrogen memiliki sifat yang cepat hilang jika berada di dalam tanah disebabkan volatilisasi
(penguapan), nitrifikasi, denitrifikasi atau tercuci oleh air (hanyut) dan erosi (Sari &
Prayudyaningsih, 2015).
Uji Bakteri Penghasil IAA
Berdasarkan persentase, isolat yang positif memproduksi IAA lebih banyak ditemukan di
TGR 1 (55%) dibandingkan TGR 2 (52%). Konsentrasi IAA tertinggi terdapat pada isolat TGR
2.17 yaitu sebesar 0,116 ppm. Hasil yang didapatkan sangat kecil. Rendahnya IAA yang
dihasilkan bisa disebabkan kondisi yang masih belum optimum dalam proses uji, karena
kemungkinan kultur yang diuji sudah tua (120 jam). Auksin dibiosintesis dari asam amino
dengan prekursor triptofan dan dibantu oleh enzim IAA oksidase, hasilnya adalah IAN
(Indolaseto nitril), TpyA (Asam Indol piruvat) dan IAAld (Indol asetat dehid) suatu substansi
yang mirip dengan auksin namun mempunyai aktifitas yang lebih kecil.
Uji Hidrogen Sianida (HCN)
Kemampuan penghasil HCN pada isolat asal TGR 1 dan TGR 2 secara persentase
memberikan hasil yang sama sebesar 60% positif. Sianida merupakan metabolit sekunder dari
beberapa mikroorganisme Bakteri yang mampu memproduksi HCN umumnya adalah
Pseudomonas.
Uji Motilitas dan Gram
Hasil uji motilitas dari 2 lokasi didapatkan 4 bakteri yang bersifat nonmotil dan 41
bakteri yang bersifat motil. Uji motilitas berfungsi untuk mengetahui pergerakan sel bakteri. Alat
yang digunakan bakteri untuk bergerak adalah flagella sehingga sel bakteri dapat menyebar ke
berbagai arah pada media. Hasil uji dari 2 lokasi didapatkan 39 isolat merupakan bakteri Gram
positif dan 6 isolat bakteri Gram negatif. Bakteri gram negatif memiliki peptidoglikan yang tipis
sehingga mudah terekstraksi oleh etanol (alkali) dan meningkatkan permeabilititas dinding sel
bakteri.
Uji Katalase
Hasil uji katalase dari 2 lokasi didapatkan 43 isolat yang mampu mendegradasi hidrogen
peroksida dan 2 isolat yang tidak mampu mendegradasi hidrogen peroksida. Hidrogen peroksida
merupakan zat toksik yang berbahaya untuk tanaman karena mampu menghancurkan sel dengan
cepat. Beberapa bakteri memiliki enzim katalase atau peroksidase yang mampu mengubah
hidrogen peroksida menjadi air dan oksigen (Hidayat & Alhadi, 2012).

KESIMPULAN

Total bakteri di TGR 1 lebih banyak dibandingkan TGR 2, yaitu sebanyak 2,4x106
CFU/g dan 1,8x106 CFU/g namun dengan jenis isolat yang lebih banyak di TGR 2 (25 isolat)
dibanding TGR 1 (20 isolat). Analisis tanah pada kedua lokasi menunjukkan TGR 2 lebih subur
dibandingkan TGR 1 berdasarkan rasio C/N, kondisi pH, dan tekstur tanah. Berdasarkan
Karakterisasi PGPR yang dilakukan, diperoleh 16 isolat yang berpotensi sebagai pupuk hayati.
Analisis kadar IAA perlu dilakukan kembali pada umur kultur 72 jam untuk memastikan
kemampuan isolat menghasilkan IAA. Selain itu, perlu dilakukan identifikasi lebih lanjut pada
16 isolat terpilih.

2.3 JURNAL 3

IDENTITAS JURNAL
Judul jurnal : Isolasi Bakteri Dari Tanah Gambut Penghasil Enzim Protease
Nama penulis : Dede Mahdiyah
Tahun terbit : 2015
Jenis jurnal : Jurnal Pharmascience,
Vol/ No : Vol.2 (2)
Halaman : 9 lembar

REVIEW JURNAL
LATAR BELAKANG
Indonesia memiliki lahan gambut terluas di antara negara tropis, yaitu sekitar 21 juta ha,
yang tersebar terutama di Sumatera, Kalimantan dan Papua (BB Litbang SDLP 2008).Penyebab
kebakaran karena manusia antara lain konversi lahan seperti pembukaan lahan untuk areal
perkebunan, pertanian, dan pembangunan jembatan. Tanah gambut terbentuk dari akumulasi
sisa-sisa tanaman purba yang mati dan sebagian mengalami perombakan, mengandung minimal
12-18% C-Organik dengan ketebalan minimal 50 cm, tanah gambut juga terbentuk dari hasil
dekomposisi bahan-bahan organik dalam keadaan anaerob (Hakim et al., 1986).
Bakteri dan fungi sangat berperan aktif dalam memecah bahan-bahan organik sehingga
banyak ditemukan di tanah gambut, karena tanah gambut terbentuk dari hasil dekomposisi
bahan-bahan organik dalam keadaan anaerob. Aktivitas mikroba diperlukan untuk menjaga
ketersediaan unsur hara penting bagi tanaman yaitu nitrogen. Tanah gambut juga bersifat masam,
kemasaman gambut ini dipengaruhi oleh kandungan asam asam organik yang terdapat pada
koloid gambut. Enzim protease merupakan biokatalisator untuk reaksi pemecahan protein. Enzim
ini akan mengkatalisis reaksi hidrolisis, yaitu reaksi yang melibatkan unsur air pada ikatan
spesifik substrat. Protease ialah enzim yang sangat kompleks, mempunyai sifat fisiko kimia dan
sifat katalitik yang sangat bervariasi
Protease mikroba dapat diklasifikasikan sebagai protease serin (E.C. 3.4.21), protease
sulfhydril (E.C.3.4.22), protease asam (E.C.3.4.23) dan metaloprotease (E.C.3.4.24). Beberapa
mikroorganisme yang telah diketahui sebagai penghasil protease untuk aplikasi komersial adalah
Bacillus, Lactobacillus, Pyrococcus, Termonospora Rhizopus, Mucor, Endothia and Aspergillus
(Rao, et al., 1998; Ward et al., 2009). Oleh karena itu penting dilakukan isolasi mikroba dari
tanah gambut yaitu bakteri untuk didientifikasi dari segi morfologi yang kemudian akan
dilanjutkan pada tahap proteolitik, dan potensi senyawa antimikroba.

BAHAN DAN METODE

Pengambilan Sampel
Sampel diambil di lokasi daerah gambut yaitu daerah di Banjarmasin Kalimantan Selatan.
Isolasi Bakteri Dari Tanah Gambut
Isolasi bakteri dari tanah gambut dilakukan dengan cara tanah di timbang sebanyak 2
Gr kemudian dimasukkan ke dalam Erlenmeyer yang berisi NaCl 0,9% lalu dilakukan
pengenceran dari 10-1 sampai dengan 10-7. Pada tiga pengenceran terakhir disebar pada media
agar Nutrient Agar (NA) dan diinkubasi pada suhu 37oC selama 24 jam.
Uji Protease
Aktivitas proteolitik isolat diuji dengan menggunakan medium agar + susu skim 1%.
Isolat ditumbuhkan pada media kultur cair di inkubator bergoyang selama semalam. Sebanyak
15 µL isolat dari kultur cair diteteskan ke paper disk. Kemudian paper disk tersebut di letakkan
di atas media agar + susu skim lalu diinkubasi selama 24 jam.
Identifikasi bakteri penghasil protease
Isolat bakteri yang telah berhasil diisolasi dan memiliki kemampuan proteolitik diidentifikasi
berdasarkan morfologi koloni dan morfologi sel.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil Isolasi Mikroorganisme dari Tanah Gambut.
Berdasarkan hasil isolasi bakteri dari tanah gambut diperoleh isolat bakteri yang
ditumbuhkan pada media Nutrient Agar (NA) sejumlah 180 isolat dengan lama pertumbuhan
bakteri selama 24 jam ditumbuhkan dalam inkubator pada suhu 37OC (Gambar 1)

Aktivitas Proteolitik. Isolat bakteri yang telah berhasil diisolasi diuji kemampuan
proteolitiknya pada media agar+susu skim 1%. Dari hasil uji diperoleh lima bakteri yang
potensial sebagai penghasil protease, isolat tersebut yaitu isolat 3TG, 4TG, 5TG, 6TG dan 7TG
hal ini terlihat dengan adanya zona bening disekitar isolat (Gambar 2).
Identifikasi bakteri penghasil protease. Lima bakteri yang potensial penghasil protease
diidentifikasi secara morfologi koloni dan morfologi sel dengan teknik pewarnaan Gram (Tabel
1). Tabel 1. Karakter morfologi koloni dan morfologi sel bakteri hasil isolasi dari tanah gambut
penghasil protease

.
 Pembahasan Berdasarkan hasil yang diperoleh dari teknik isolasi dengan media NA
sebanyak 180 isolat bakteri tumbuh dengan baik pada suhu 37 oC selama 24 jam. Isolat yang
diperoleh dari hasil isolasi tanah gambut diberikan nama dengan isolat nomor isolat dan sampel
yaitu isolat 1TG (Tanah Gambut). Bakteri penambat N mempunyai kemampuan menambat
nitrogen bebas (N2) yang berasal dari udara dan merubahnya menjadi amonia (NH3) yang
kemudian diubah menjadi asam amino yang akan digunakan oleh tanaman untuk tumbuh dan
berkembang (Alexander, 1977).
Sebanyak lima isolat yang memiliki kemampuan proteolitik dengan kemampuan indek
proteolitik (IP) 3 atau lebih dari 3. Adanya protease ekstraseluler bakteri menyebabkan
kandungan protein pada media NA terhidrolisis menjadi peptida dan asam amino. Hasil penelitin
yang dilakukan bahwa ke lima isolat yang menghasilkan zona bening disekitar koloni tumbuh
optimum pada waktu 48 jam isolat tersbut adalah isolat 3TG, 4TG, 5TG, 6TG dan 7TG.
Berdasarkan uji karakteristik morfologi koloni dan sel, ke lima isolat tersebut memiliki
bentuk bulat, bulat tidak beraturan, berombak, memiliki warna koloni putih, krem, kuning,
orange, dan kuning transparan. Hasil dari uji Gram ke lima isolat tersebut yaitu isolat 3TG, 4TG,
5TG, dan 6TG termasuk Gram positif berbentuk batang dan isolat 7TG termasuk Gram negatif
berbentuk batang. Protease merupakan enzim perombak protein. Sebanyak lima isolat bakteri
diperoleh dari tanah gambut. Selain itu, protease jua merupakan enzim kontitutif atau indusibel
parsial.
Aktivitas enzim protease dipengaruhi oleh banyak faktor yairu suhu, pH, konsentrasi
media, waktu inkubasi. aktivitas protease semakin meningkat dengan bertambahnya suhu sampai
suhu optimum tercapai, setelah itu kenaikan lebih lanjut akan menyebabkan aktivitas protease
menurun. Hasil dari penlitian yang diperoleh menunjukkan bahwa ke lima isolat tersebut mampu
menghasilkan protease karena pengaruh media yang digunakan, pH media, dan suhu
pertumbuhan optimum.
KESIMPULAN
Lima isolat yang berhasil diisolasi dari tanah gambut menggunakan media NA memiliki
kemampuan proteolitik yang dibuktikan dengan terbentuknya zona bening disekitar koloni pada
media NA dan susu skim 1%. Isolat tersebut adalah 3TG, 4TG, 5TG, 6TG, dan 7TG yang
termasuk Gram positif bentuk sel batang (3TG, 4TG, 5TG, 6TG) dan Gram negatif bentuk sel
batang untuk isolat 7TG.