BAB II

Biokimia Sel dan Genetika

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 35
 A. OVERVIEW OF METABOLISM

Fungsi kehidupan meliputi aspek molekul dan biologinya, senyawa molekul yang
ada fungsinya bagi kehidupan. Aktifitas sederhana antara lain bergerak, respirasi dan
metabolisme, reproduksi dari tumbuh dan berkembangbiak dan gradien/mahluk hidup
semisolid.
Mahluk hidup semisolid dimaksud ada perbedaan/gardien yang mempengaruhi
kehidupan yaitu suhu dari lingkungan, perbedaan Konsentrasi (ikan tidak secair ikan) dan
perbedaan konsentrasi listrik/potensial antara luar dan dalam sel karena perbedaan ion
yaitu dalam dunia medis dapat digunkan untuk memantau hidup atau tidak (mati
merupakan ion luar dan dalam sel tidak ada perbedaan).
Biomolekul terdiri atas molekul khusus berperan sebagai penggerak antara lain
molekul : organik dan anorganik di bagi berdasarkan molekul :
1. Makromolekul > 10.000 dalton, dapat dilihat dengan mata dan mikroskop elektron
yaitu proteasom : molekul-molekul raksasa saling bergandengan sehingga bisa
dilihat dengan mata
2. Mikromolekul < 10.000 dalton
3. Elektrolit yang dapat terionisasi (yang bermuatan listrik) misalnya NaCl
Peran makromolekul adalah membentuk struktur (bentuk/sporty) morfologi
tertentu. Informasi/penyimpan informasi genetika (DNA dan RNA) yaitu karbohidrat,
protein dan Lipid. Regulator/efektor dalam berbagai senyawa protein yaitu enzim,
antibodi. Cadangan yaitu amilum, glikogen. Fungsi nukleotida sebagai penyusun RNA dan
DNA. Caraka (kurir/mesenger) yang membawa pesan dan pengikat energi yaitu Senyawa
Energi Tinggi (ATP).
Peran mikromolekul antara lain monosakarida sakarida yang tidak dapat diuraikan
lagi/gula sederhana sebagai sumber energi, lemak sebagai sumber energi dalam bentuk
asam lemak (triasilgliserol), steroid, lemak lain sebagai struktur dan caraka, prostaglandin
(leukotrin, tromboxan, vitamin, fosfotidil). Amina yaitu asam amino (pembentuk protein
atau non-protein), amina sebagai caraka (asetilkolin, adrenalin, Nor-adrenalin, histamin,
epinefrin). Nukleotida sebagai penyimpan energi, pertukran energi (ATP), caraka intrasel
(cAMP/cGMP) serta ekskreta dibuang di luar sel (urea, asam urat).
Peran elektrolit adalah mempertahankan kondisi pH dan tekanan osmotik dan
memberi suasana tepat bagi makromolekul dalam menjalankan fungsinya.
Fungsi dasar makromolekul yaitu lokomosi (gerak), reproduksi dan gradien.
Makromolekul penting antara lain protein, asam Nukleat (DNA dan RNA), polisakarida,
lemak dan makromolekul lain berupa plastik dan silikon.
Macam biomakromolekul sintetis (terbatas) yaitu menggantikan katub jantung,
pangkal tulang paha diganti dari bahan plastik hanya untuk orang tua serta pada anak kecil
tidak bisa karena sel tidak bisa berkembang.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 36
 Lokomosi/gerak berfungsi membentuk struktur baik yang didukung maupun
mekanisme gerak tersebut, mendukung struktur menjadi organ, memindahkan
struktur/posisi yang memerlukan ATP. Mampu mengeluarkan energi dan bahan-bahan
yang bersifat energetik.
Makromolekul memenuhi syarat lokomosi, alasan yaitu berstruktur secara kimia
sama/dasar sama, mempunyai morfologi satu sama lain ex. Untuk pembentuk, penyokong,
motor berbeda satu sama lain dan syarat ini dipenuhi terutama oleh protein.
Peranan dalam reproduksi yaitu pembentuk suatu unit kehidupan baru/ lain dari
yang lama, syarat :
1. Mempunyai kelengkapan hidup yang sama/identik dari kelengkapan hidup yang
lama untuk efisiensi
2. Harus ada ketepatan informasi tentang susunan kelengkapan hidup tadi (anomali):
peristiwa tidak adanya kelengkapan hisdup dan mutasi : pada tingkat sel
3. Informasi tersebut harus terekam dan tersimpan/terlindungi dan menjaga
informasi
Syarat ini dipenuhi oleh Asam nukleat yaitu gen-gen satuan informasi asam nukleat
melakukan ekspresi gen, bila informasi tersebut dibuka kodon memberi makna. Informasi
tersebut harus di baca dan diekskusi/dilaksanakan dalam keadaan tertentu dalam hal ini
memerlukan peleksana sebagai efektor ( yang bertindak adalah protein). Reproduksi
memerlukan asam nukleat sebagai perekam dan menjaga serta memerlukan protein
guna membaca dan efektor.
Dogma Central yang dikemukakan oleh Krick yaitu alur informasi 1 arah antara
RNA - DNA – Protein. Protein /peptida prebiotik mampu memperbanyak diri :
1. Sendiri (tetapi tingkat mutasi tinggi) bila kelengkapan dasar bermutasi
menyebabkan tingkat kekeliruan tinggi (priom)
2. Protein tubuh sendiri yang berubah bentuk, baikprotein, tubuh juga merembet ke
molekul lain
 Virus yaitu partikel asam nukleat yang dibungkus protein prebiotik dan hidup pada
mahluk hidup
Kelestarian biomolekul berfungsi rekam dan fungsi efektor tidak dapat dicampur,
untuk meminjam kelestarian biomolekul (elemen unit hidup), harus dilaksanakan oleh 2
makromolekul berbeda dimana “Asam nukleat tanpa protein lumpuh, protein tanpa asam
nukleat buta” dan Pemusatan perhatian pada DNA “Dogma central” ditentang ketika
ditemukan Virus RNA
Informasi DNA –RNA-Protein dimana RNA-DNA (Virus RNA trans sungsang) 
transkripsi. Memperbanyak sendiri membentuk protein-protein tanpa perekaman
(prebiotik), bilatingkat kegagalan/keragaman mutasi tinggi (35%) maka awalnya
perbanyakan namun juga perkembangan. Pada polipeptida prebiotik dan prion diperlukan
asam nukleat dan protein.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 37
 Gradien yaitu kondisi intrasel dan ekstrasel tidak sama : sel hidup dan sel mati
dapat dibuktikan pewarnaan, terwarnai eosin pada membran sel pecah (Biotripous)
dengan syarat pH, suhu,kadar. Hal ini menjadi fenomena fisik bioelktrik terpenuhi.
Perbedaan potensil listrik di luar dan di dalam sel ada yang harus membatasi intrasel dan
ekstrsel, karenanya ada lingkungan yang bersifat aquatik (diisi oleh air) terlapisi
lipid/lemak. Lipid secara fisik pasif tidak tercampur dengan air menyebabkan gardien suhu
akan hilang.
Melawan Hk Termodinamika II, entropi meningkat dan pada jangka waktu tertentu,
untuk mempertahankan persyaratan sbb :
1. Struktur bekerja aktif (salah satu struktur), perlu energi (mengekstraksi energi dari
bahan yang mengandung energi banyak)
2. Struktur sel harus bekerja secara mekanis, hubungan dengan metabolisme, dalam
metabolisme memerlukan enzim-substrat dan protein mekanis pompa/gerbang
Pelaksana gradien
 Lipid membatasi fisik
 Protein menjalankan/mempertahankan sel aktif/hidup
 Polisakarida sumber energi
 Dalam gradien : ada makromolekul dan molekul-molekul benar-benar menjalankan
fungsi kehidupan karena ada dimana-mana harus ada protein
Ruang lingkup metabolisme meliputi koordinasi berbagai reaksi kimia (berkaitan
dengan mahluk hidup), dibandingkan pabrik pupuk hanya membentuk suatu senyawa
yaitu urea (CO2 dan NH3) memerlukan tangki besar ( tidak memerlukan koordinasi tetapi
suhu dan kondisinya harus dibuat). Terjadi pengaturan jalur reaksi pada kecepatan yang
tidak sama. Lokasi sel tidak disembarang tempat (lokalisasi didukung struktur khusus dan
fungsi metabolisme). Jalur yang menonjol berhubungan dengan fungsi dan diferensiasi sel,
perangkat genetik kultur sel hati : oleh albumin (tidak berwarna) dan kultur sumsum
tulang oleh Hb (merah)
Jumlah jenis reaksi sama dimana jumlah reaksi sangat banyak. Reaksi berlansung
cepat, cukup dan sangat cepat pada suhu rendah. Reaksi berlangsung sangat spesifik.
Korelasi fungsional berbagai reaksi dengan mempertimbangkan reaksi yang lain sehingga
terdapat aktivitas kimia satu sama lain.
Tujuan reaksi kimia yaitu memperoleh energi untuk berbagai proses, memperoleh
bahan baku untuk proses oksidasi, reparasi (perbaikan) dan sintetis dan membuang
bahan-bahan yang tidak berfungsi ke luar sel.
Anabolisme dan katabolisme yaitu dimana 1 molekul dapat mengalami katabolisme
menjadi beberapa molekul kecil, menjadi prioritas reaksi untuk bertahan hidup dari
lingkungan tidak cocok serta tujuan memperoleh energi (mempertahankan gradien). N
molekul serangkaian reaksi dengan asupan energi menjadi suatu molekul besar terdiri dari
unit penyusun (poliemrisasi ).

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 38
 Syarat metabolisme berjalan yaitu metabolit umum yang dapat dipakai menjadi
molekul besar (bahan baku) pada 2 reaksi. Reaksi tiap senyawa berjalan berdasarkan
urutan tertentu. Ada jalur-jalur metabolisme dan mengharuskan jalur mengambil lokasi
tertentu (tidak disembarang tempat) dan struktur organisasi sel (organel sel).
Pengendalian tingkat enzim dan caraka (mesenger) merupakan senyawa metabolisme
antara.
Metabolisme umum merupakan transaksi molekuler berupa asetil KoA, AT, dan
NADH/NADPH. Pengatur metabolism melalui molekul enzim, inhibitor dan lingkungan
ekstrim.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 39
 B. REAKSI REDOKS DAN BIOENERGITIKA

Bioenergitika suatu upaya guna menghasilkan energi untuk menghasilkan kerja

yang merupakan salah satu ciri dari sifat mahluk hidup membutuhkan kombinasi antara
system atau tubuh dengan lingkungan (universe). Definisi bioenergitika atau
termodinamika biokimia yaitu Ilmu yang mempelajari perubahan energi yang menyertai
reaksi biokimia atau terjadi pelepasan energi selama sistem reaksi bergerak dari tingkat
energi lebih tinggi ke tingkat energi yang lebih rendah

Gambar 2B.1 Coupling eksergonik dan endergonik

Pada Hk Termodinamika I yaitu prinsip konservasi energy, bila terjadi Suatu proses
jumlah energi (energi total sistem dan lingkungan) adalah konstan. Tidak ada energi yang
hilang/diciptakan. Hk Termodinamika II dimana entropi dari suatu sistem dan lingkungan
(entropi) selalu bertambah meningkat sehingga dicapai keseimbangan entropi akan
mencapai maksimum pada suhu (T) dan tekanan (P) tertentu. Diketahui energi Bebas (G)
dimana H merupakan energi potensial suatu sistem, yang harus diubah menjadi energi
bebas menimbulkan kerja. Sehingga G = H – T S, G (-) bersifat spontan exergonik,
G (0) terjadi keseimbangan dan G (+) bersifat tidak spontan/input dari lingkungan.

Gambar 2B. 2 Pemindahan energi bebas

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 40
 Lingkungan terdapat input energy, selanjutnya dapat dipergunakan untuk aktifitas
hidup, gerak mekanik transpor aktif molekul, ion biosentesis makromolekul dan transduksi
sinyal.

Gambar 2B.3 Transduksi energi

Energi sel atau mahluk hidup diperoleh melalui reaksi redoks, transfer elektron
dari donor (substrat), ke aseptor CO2 atau molekul lain yang energi rendah. Reaksi Redoks
AH2 + B  BH2 + A meliputi oksidasi terjadi bila kehilangan electron, mendapat oksigen,
dan ehilangan hydrogen. Sebaliknya reduksi terjadi bila mendapatkan electron, kehilangan
oksigen, dan mendapatkan hydrogen.
Energi Potensial, AH2 + B  BH2 + A, G = - nF E dimana n = e , F : Faraday
96,406 joule/volt, E = perubahan redoks potensial. Redoks potensial reaktan E
(AH2/A) = x volt, Redoks potensial produk E (BH2/B) = y volt dan E = (y –x) volt.

Gambar 2B.4 Ikatan Energi Tinggi

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 41
 Tabel 2B.1 Standar Energi Bebas

Gambar 2B.5 Siklus ATP/ADP

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 42
 Carier electron dapat berupa nukleotida piridin dan flavin, yaitu koenzim
NADH/NADPH menjadi NAD, FADH2 menjadi FAD, serta kadang membutuhkan Kompleks
dengan Mo2+ dan Mn2+.

Gambar 2B.6. Glikolisis–Pemindahan Energi

Gambar 2C.7 Siklus Fosfat & Perubahan Nukleotida Adenin oleh Pirofosfatase anorganik

Gambar 2B. 8 Nukleosida fosfat

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 43
 Gambar 2B.9 Anabolisme katabolisme berkaitan dengan produksi Energi

Gambar 2B.10 Enzim yang berperan dalam produk Energi

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 44
 C. ENZIM

Struktur dan Sifat Enzim

Enzyme, berasal dari bahasa Yunani, yang berarti “yang berada di dalam sel”.
Merupakan suatu katalisator biologis. Hakikat kimia enzim adalah protein, sehingga segala
ciri dan sifat protein berlaku bagi enzim. Diantaranya, enzim hanya disintesis oleh dan di
dalam sel, memerlukan suhu dan pH tertentu, juga mengalami “turn over” dalam sintesis
dan degragasi. Lebih dari separuh jumlah protein yang ada didalam sel secara biologis
tergolong didalam enzim.
Dixon dan Webb mendefinisikan enzim sebagai suatu protein yang bersifat katalis,
disebabkan oleh kemampuannya untuk mengaktifkan senyawa lain secara spesifik, yaitu
sifat spesifik terhadap gugus, ikatan, dan isomer.

Gambar 2C.1 Peranan enzim dalam reaksi kimia

Substrat (S), bahan yang akan mengalami reaksi kimia menjadi bentuk lain.
Produk (P), bahan hasil reaksi yang terbentuk.
Tanpa enzim
S  P (reaksi spontan)
Dengan enzim
S+E  ES  E + P

Enzim dan Katalis non-enzim

Katalis enzim maupun non enzim bekerja mempercepat terjadinya reaksi kimia
sehingga tetapan keseimbangan segera tercapai.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 45
Tabel 2C.1 Karakteristik katalis enzim dan non enzim

Katalis enzim Katalis non enzim

Sifat kimia Protein Ion anorganik/logam

Tempat kerja Sel/lingkungan biotik Reaktor kimia

Suhu Sesuai suhu sel Tinggi > 1000 C

Keasaman Netral Asam/basa

Laju reaksi sangat tinggi Rendah-sedang

Spesifisitas Spesifik-sangat spesifik Tdk spesifik

Distribusi Enzim

Enzim tersebar tidak secara difus, tidak terbaur rata, tetapi terpusat atau
terkelompok di dalam sel. Hal ini disebabkan enzim memiliki fungsi yang berbeda-beda
didalam setiap organel-organel sel. Sebagai contoh, enzim yang berada di dalam nucleus,
berperanan dalam proses genetik (replikasi, transkripsi). Didalam mitokondria, enzim
membantu reaksi oksidasi sel dalam menghasilkan energi. Ribosom, berperanan dalam
sintesis protein. Lisosom, berfungsi untuk membantu proses hidrolisis bahan-bahan yang
tidak diperlukan sel. Sitoplasma, terdapat enzim glikolisis Didalam membran sel, terdapat
enzim untuk mengatur keluar masuknya zat makanan.

Metode Penelitian Enzim

Dengan menggunakan tehnik sitokimia, enzim yang terkandung di dalam suatu sel
dapat dideteksi dengan diberi pewarnaan khusus, tidak semua bagian sel akan terwarnai,
sebagai contoh, deteksi enzim fosfatase pada sel leukosit, akan membuat daerah lisosom,
yang mengandung enzim tersebut dari leukosit terwarnai biru. Tehnik ini membantu kita
mengetahui keberadaan atau distribusi dari suatu enzim dalam sel.
Tehnik lain adalah dengan sentrifugasi bertingkat, sel akan menjadi fraksi-fraksi
sesuai dengan berat jenis organelnya. Jika organel tertentu sudah terisolasi, kita dapat
mendeteksi enzim yang terkandung dalam organel tersebut. Setiap tiap organel
mengandung enzim berbeda.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 46
Enzim Intra dan Ekstra Sel

Pada umumnya, enzim berada dan menjalankan fungsinya di dalam sel, namun
enzim juga dapat bekerja di luar sel atau ekstra sel, diantaranya adalah enzim-enzim yang
bekerja pada saluran pencernaan, yang bertugas mengubah makanan yg merupakan
makromolekul menjadi bentuk yang lebih sederhana, dan larut air sehingga dapat
menembus membran sel. Contoh lain enzim yang bekerja ekstra sel adalah komplemen,
suatu protein yang berperan dalam sistem antibodi. Walaupun demikian, namun proses
sintesis suatu enzim dilakukan oleh sel dan terjadi di dalam sel. Enzim hanya akan
disintesis oleh sel jika sel tersebut memiliki gen yang mengkode enzim tersebut.

Penamaan Enzim

Pada mulanya penamaan enzim tidak memiliki tata cara tertentu. Dengan semakin
banyaknya jenis enzim yang ditemukan tata nama mulai dirasakan perlu. Penggunaan
akhiran -ase dalam nama enzim terhadap akar kata, akan menunjukkan ciri khas enzim.
Dasar nama yang digunakan adalah :
 Berdasarkan substrat, misalnya enzim yang berhubungan dengan penggunaan glukosa
sebagai substrat, dinamai sebagai glukase.
 Berdasarkan jenis ikatan kimia substrat yag diolah oleh enzim. Sebagai contoh, jika
ikatan kimia yang diolah adalah ikatan peptide, nama enzim yang bersangkutan ialah
peptidase.
 Berdasarkan jenis reaksi yang dikatalisis oleh enzim. Misalnya enzim yang
mengkatalisis reaksi pemindahan gugus dinamai transferase.
Klasifikasi dan Tata Nama Sistem International Union of Biochemistry (IUB)
Pada tahun 1955, International Union of Biochemistry (IUB) bekerja sama dengan
International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) membentuk suatu komisi
pakar yang ditugasi untuk menangani masalah klasifikasi dan tata nama enzim ini. Pada
tahun 1966, Komisi (IUB) ini mengelompokkan enzim-enzim kedalam 6 kelas. Keenam
kelas ini disusun dalam suatu urutan tertentu dan diberi nomor yang tetap. Tiap kelas
terdiri lagi atas 4 sampai 13 sub kelas. Masing-masing kelas tersebut adalah sebagai
berikut:
1. Kelas Oksidoreduktase
Enzim-enzim kelas ini mengkatalisis reaksi oksidasi-reduktasi antara sutau substrat
dengan suatu senyawa lain. Yang dipindahkan adalah gugus H, sebagai contoh : NAD+
oksidoreduktase (alkohol dehidrogenase), bekerja terhadap gugus CH-OH sebagai donor
elektron dimana NAD+ adalah penerima elektron.
Sred + Aoks  Soks + Ared
alkohol + NAD+  aldehid/keton + NADH + H+
2. Transferase

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 47
 Enzim ini mengkatalisis pemindahan atau transfer suatu gugus yang bukan H
antara suatu substrat dengan suatu senyawa penerima gugus. Jika gugus tersebut adalah
H, dengan sendirinya enzim tersebut tergolong dalam kelas 1, oksidoreduktase.
Contohnya, D-heksosa-6 fosfotransferase (heksokinase). Substratnya adalah ATP dan
senyawa hidroksil penerima fosfat adalah heksosa. SG adalah substrat yang mengandung
gugus G yang akan dipindahkan, A adalah penerima gugus G.
SG + A  S + AG
heksosa + ATP  heksosa-6-fosfat + ADP
3. Hidrolase
Enzim yang tergolong kelas ketiga ini mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis, yaitu
reaksi pemutusan ikatan kovalen dengan memecah 1 molekul air dan memasukkan
fragmen air ini ke 2 radikal pecahan substrat, sehingga terbentuk 2 senyawa produk yang
lebih kecil, contohnya adalah peptidase dan fosfatase, Persamaan reaksi umumnya
sebagai berikut:
A – B (+ HOH)  A – H + B – OH
4. Liase
Enzim kelas ini bekerja mengkatalisis reaksi yang bukan mengeluarkan suatu gugus
dari suatu substrat, dengan cara bukan hidrolisis dan meninggalkan ikatan rangkap pada
produk. Yaitu pada proses pemecahan karbon-karbon, karbon-sulfur dan karbon-nitrogen,
contohnya, dekarboksilase, aldolase, deaminase. Reaksi umum yang dikatalisis oleh enzim
ini adalah sebagai berikut:
AC – CB  C=C + A – B
5. Isomerase
Sesuai dengan namanya, enzim kelas ini mengkatalisis reaksi pembentukan isomer,
baik isomer optik, geometrik maupun isomer posisi. Contohnya, rasemase mengkatalisis
isomer optik dari L-alanin menjadi D-alanin.
6. Ligase atau Sintetase
Inilah satu-satunya kelompok enzim yang kerjanya menghasilkan molekul yang
lebih besar dari molekul substrat awal. Oleh karena itu enzim kelas 6 ini mengkatalisis
reaksi sintetesis. Reaksi sintesis ini terjadi dengan mengikatkan (ligasi) suatu gugus ke
suatu substrat. Diantaranya mengkatalisis pembentukkan ikatan antara karbon-karbon,
karbon dengan sulfur, karbon dengan nitrogen dan karbon dengan oksigen. Contohnya
enzim sintetase dan karboksilase. Persamaan reaksi umumnya sebagai berikut:
S + A  SA
Tiap enzim punya nomor kode : EC (Enzyme Comission/Code)
Contoh : E.C.2.7.1.1

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 48
  ATP : D-hexoxe phosphotransferase (heksokinase)
 Kelas 2 : transferase
 Sub-kelas 7 : transferfosfat
 Sub sub kelas 1 : alkohol sebagai akseptorfosfat
 Nama khusus 1 : heksokinase

Kofaktor, Koenzim, Apoenzim dan Proenzim

1. Kofaktor
Logam yang diperlukan oleh enzim tertentu agar dapat aktif, ikatannya tidak erat,
contohnya Mg2+, Ca2+, K+, Na+. berbeda dengan Metaloenzim, yaitu, enzim yang
mengandung logam, dimana sifat logamnya tidak dapat dipisahkan dari struktur enzim,
tidak dapat dihilangkan, tidak dapat dipurifikasi, contohnya, Zn, Cu, Se, Mo, Fe
(hemoglobin)

2. Koenzim
 Beratmolekulnyalebihkecildarienzim
 Koenzim + S  ( - )
 Apoenzim + S  ( - )
 Apoenzim + Koenzim + S  P
 Umumnya adalah keluarga vitamin B
 Vitamin atau senyawa lain yg berperan sbg koenzim :
 Vit C, terlibat dlm aktivitas enzim hidrolase pd prs hidrosilasi asam amino
lisin dan prolin, pbtk hormon steroid
 Vit K diperlukan utk prs karboksilasi protein faktor penggumpal darah.
 KoQ (Q) atau ubikinon, ptg pd prs sintesis ATP

Tabel 2C.2 Jenis koenzim, kofaktor dan enzim

Koenzim Kofaktor Enzim

Tiamin pirofosfat B1 - Asam α-keto dekarboksilase

FAD, FMN  B2/riboflavin - Dehidrogenase aerob

Asam lipoat - Dehidrogenase piruvat

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 49
 Ko enzim A (Ko A) - Transasilase

Biotin - Karboksilase

Piridoksalfosfat B6 - Transaminase, dekarboksilase asam

amino

NAD, NADP  niasin - Dehidrogenase anaerob

Asam tetra hidro folat - Transformilase, transmetilase

Metilkobalamin  B12 - Transmetilase, isomerase

- Ca Enzim pengumpal drh

- Co Dipeptidase

- Cu Enzim2 oksidase

- Fe Enzim2 oksidoreduktase

- Mg Fosfatase, kinase

- Mn Aminopeptidase, arginase

- Mo Xantin oksidase

- K Piruvat kinase

- Na Sukrase

- Se Glutation peroksidase

3. Zimogen/Proenzim
Enzim yang disekresi dalam bentuk inaktif, sehingga perlu diaktifkan.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 50
 Gambar 2C.2 Autokatalisis

Gambar 2C.3 Autokatalisis pada enzim pencernaan

Gambar 2C.4 Autokatalisis pada enzim penggumpalan darah

Tempat Aktif Enzim

Tempat aktif enzim adalah daerah spesifik di molekul enzim yang merupakan
tempat pelekatan subtrat di enzim.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 51
 Gambar 2c.5 active site enzim

Tempat aktif enzim dibentuk oleh residu asam amino yang mempunyai 2 fungsi :
 Menarik dan mengorientasikan substrat kepada gugus spesifik pada molekul enzim,
yaitu gugus kontak.
 Ikut membentuk ikatan sementara dengan molekul substrat, yang selanjutnya terjadi
polarisasi dan terjadi regangan pada ikatan di dalam molekul substrat, sehingga
mudah dipecah, yaitu gugus katalitik .

Gambar 2C. 6 Kompleks enzim-substrst

Model Interaksi Enzim-substrat

Lock and Key ( Model Fisher)

Teori “ lock and key Fischer” (kunci dan anak kunci) menerangkan adanya
kespesifikan suatu enzim, karena senyawa yang tidak cocok bentuknya dengan tempat
aktif enzim, baik karena terlalu besar atau kecil, maka tidak akan dapat terikat pada
tempat aktif. Ini berarti bentuk enzim kaku.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 52
 Gambar 2C.7 Teori Lock and Key

Adaptasi Benturan atau Induced fit (Model Koshland)

Teori “induced-fit Koshland” memperbaiki teori Fischer bahwa ada senyawa yg

berbeda bentuk molekulnya dengan substrat namun dapat berikatan dengan enzim
walaupun tidak membenuk produk. Berarti enzim bersifat fleksibel.

Gambar 2C.8 Teori induced fit

Interaksi Alosterik (Model Monod, Wyman dan Changeux)

Berasal dari bahasa Yunani, allos berarti “yang lain”, dan stereos berarti “tempat
atau ruang”. Gagasan dari Monod, Wymann dan Changeux ini adalah bahwa aktifitas
enzimatik di situs katalitik dapat dipengaruhi oleh interaksi antara bagian lain dari molekul
enzim dengan suatu senyawa yang sama sekali tidak menyerupai substrat.
Pada modulator atau efektor positif, terjadi induksi terhadap tempat regulasi
sehingga konfirmasi berubah. Perubahan tersebut mempengaruhi tempat aktif, sehingga
tempat aktif mengalami perubahan konfirmasi pula sehingga mudah mengikat susbtrat.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 53
Pada modulator negatif, induksi akan mengubah konfirmasi tempat regulasi kebentuk lain
sehingga akan mempengaruhi tempat aktif untuk tidak dapat mengikat substrat. Contoh
efektor positif adalah ATP yang membantu dalam penggabungan asam aspartat dengan
karbamilfosfat dengan enzimnya aspartat transkarbamilase. Sedangkan untuk efektor
negatifnya adalah CTP (sitosin trifosfat).

Gambar 2C.8 Interaksi alosterik

Pada enzim tertentu, tempat alosteriknya dapat mengikat efektor positif dan
negatif. Kedua efektor tersebut berkompetisi memperebutkan tempat alosterik yang sama
atau dapat pula terikat pada tempat terpisah. Enzim alosterik yang mempunyai satu
modulator disebut monovalen, sedangkan yang lebih dari satu disebut polivalen.

Gambar 2C.9 Modulator positif dan negatif

Penghambatan Kerja Enzim

Inhibisi Umpan Balik

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 54
 Gambar 2C.11 Produk menghambat aktivitas enzim.

Inhibisi kompetitif
inhibitor memperebutkan “site active”.

Gambar 2C.10 Inhibitor Kompetitif

Inhibitor non Kompetitif

Inhibitor berikatan dengan enzim di luar “ site active” atau inhibitor tidak
menghalangi pembentukan kompleks ES, tetapi menghalangi pemecahan enzim dan
substrat.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 55
 Gambar 2C.11 Inhibitor non-kompetitif

Inhibitor Unkompetitif

Inhibitor berikatan dengan enzim di luar “site active” atau inhibitor tidak
menghalangi pembentukan kompleks ES, tetapi menghalangi pembentukan produk.

Gambar 2C.11 Inhibitor unkompetitif

Senyawa yang dapat menghambat kerja enzim dapat digunakan untuk pengendalian hami,
contohnya DFP (diisoprophil flurofosfat) yang menghambat enzim asetilkolin esterase
yang berperan dalam menghidrolisis asetilkolin menjadi kolin dan asetat. Hewan yang
keracunan DFP menjadi lemas.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 56
Beberapa Faktor Yang Mempengaruhi Kerja Enzim

Hubungan antara Laju Reaksi dengan Konsentrasi Enzim

Semakin besar konsentrasi enzim, semakin banyak pula produk yang terbentuk
tiap waktu. Dengan bertambahnya waktu, pada tiap konsentrasi enzim pertambahan
jumlah produk akan menunjukkan defleksi, tidak lagi berbanding lurus. Hal ini disebabkan
jumlah substrat makin berkurang hingga habis, sehingga dengan sendirinya olahan produk
enzim akan berkurang.
V

Gambar 2C.12 Hubungan Ph dengan Reaksi Enzimatik

Gambar 2C. 12 Hubungan Suhu dengan Reaksi Enzimatik

Telah dijelaskan bahwa sintesis dan beberapa kerja enzim berlangsung dalam sel. Jika
sel tersebut mengalami nekrosis atau rusak, maka enzim dalam sel akan dapat menyebar
dan masuk ke dalam peredaran darah. Enzim intraseluler yang masuk dalam darah, tidak
dapat berfungsi (non-fungsional). Dalam kondisi normal, jumlah enzim non-fungsional
dalam darah sedikit. Pada kondisi patologis, nekrosis sel sangat tinggi maka enzim non-
fungsional akan meningkat dalam darah. Atas dasar tersebut, maka enzim non-fungsional
dapat digunakan sebagai alat diagnostik.

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 57
 D. PERAN ORGANEL SEL DALAM METABOLISME

Gambar 2D. 1 Struktur sel

Nukleus
 Nukleus merupakan organel yang paling mencolok dalam sel eukariotik
(berdiameter 5 ųm) dan mempunyai selubung nukleus yang berupa bilayer lipid
protein. Nukleus mwmpunyai pori-pori yang berguna mengatur keluar masuk
makromolekul dan partikel. Lapisan dalam selubung dilapisi oleh lamina nukleus
berfungsi mempertahankan bentuk nukleus.
 Nukleus mengandung materi gen yang disebut kromatin yang pada saat siap
membelah akan menebal dan memadat yang disebut kromosom. Terdapat pula
nukleolus merupakan tempat sintesis ribosom. Jumlah nukleolus dapat 2 atau lebih
tergantung spesies. Nukleus merupakan tempat mengontrol berlangsungnya
sintesis protein.
Ribosom
 Ribosom merupakan tempat membuat protein. Ribosom terdiri dari ribosom bebas
dan ribosom terikat. Ribosom bebas bila tersuspensi dalam sitosol sedangkan
ribosom terikat bila berlekatan dengan membran retikulum endoplamik. Ribosom
bebas mensuplai protein untuk kebutuhan sitosol dan ribosom bebas memenuhi
kebutuhan protein di membran, organel dan ke luar sel.
Retikulum Endoplasmik
 Retikulum endoplasmik merupakan labirin membran meliputi separuh dari total
membran sel eukariottik. Endoplasmik artinya di dalam sitoplasma dan retikulum
(latin) berarti jaringan. Retikulum endoplasmik terdiri atas sisterna yaitu jaringan
dan gelembung membran. Retikulum endoplasmik berdasarkan ada tidaknya
ribosom pada permuakaan sitoplasma terdiri atas RE halus (tidak memiliki
ribosom) dan RE kasar (mempunyai ribosom). RE halus berfungsi sebagai proses

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 58
 metabolisme (Lipid, Karbohidrat, hormon dan detoksikasi). RE kasar berfungsi
mensekresi protein yang dihasilkan oleh ribosom.
Aparatus Golgi
 Aparatus golgi merupakan kantung membran pipih (sisterna) seperti tumpukan roti,
berfungsi sebagai gudang, tempat menyortir dan mengirim produk-produk RE
sekaligus memproduksi dan menyempurnakan produk secara bertahap sebelum
dipindahkan ke bagian sel yang membutuhkan.
Lisosom
 Lisosom merupakan tempat sel mencerna makromolekul dengan cara
menghidrolisis protein, polisakarida, lemak dan asam nukleat dalam lingkungan
asam (pH 5). Lisosom mempertahankan asam dengan memompakan ion hidrogen
dalam sitosol ke dalam lumen lisosom. Beberapa organisme berupa vakuola dalam
hal ini dapat mencerna organisme lain dan partikel yang lebih kecil yang disebut
fagositosis. Biasanya fagositosis ini bergabung dengan lisosom. Sebagian sel
menusia juga melakukan fagositosis (makrofaga) yaitu sel yang membantu
mempertahankan tubuh dengan merusak bakteri atau penyerang lainnya. Lisosom
mengandung enzim-enzim hidrolitik selain mencerna berfungsi pula mendaur
ulang kandungan molekuler organel.
Mitokondria
 Mitokondria merupakan organel yang mengubah energi menjadi bentuk yang
dapat digunakan sel untuk bekerja. Mitokondria sebagai tempat respirasi seluler,
proses katalitik yang menghasilkan ATP dengan mengekstraksi energi dari gula,
lemak dan bahan bakar lain dengan bantuan oksigen.
 Sel umumnya memiliki ratusan atau lebih mitokondria. Mitokondria mempunyai
membran bilayer dimana membran dalamnya berlekuk-lekuk yang disebut krista.
Peroksisom
 Peroksisom mengandung enzim yang mentransfer hidrogen dari berbagai substrat
ke oksigen dan menghasilkan hidrogen peroksida (H2O2), dengan oksigen tersebut
dapat memecah asam lemak sebagai bahan bakar untuk respirasi seluler. H2O2
yang beracun di dalam peroksisom dapat dinetralisir menjadi air dengan enzim
peroksidase.
Sitoskleton
 Sitoskleton berfungsi memberikan dukungan mekanis pada sel dan
mempertahankan bentuknya. Sifat sitoskleton lebih dinamis dari pada rangka,
cepat dibongkar dan disusun ditempat baru yang mengubah bentuk sel. Dalam hal
moyilitas sel, sitoskleton sebagai motor guna menggerakkan silia dan flagella

Integrasi Biokimia dalam Modul Kedokteran (Endah Wulandari & Laifa Annisa Hendarmin)
pg. 59