HALAMAN PENGESAHAN

Laporan Lengkap Genetika yang berjudul “Elektroforesis DNA” disusun

oleh :
nama : Sariana
nim : 1514040010
kelas : Pendidikan Biologi B
kelompok : II (Dua)
telah diperiksa dan dikonsultasikan Asisten dan Koordinator Asisten, maka
dinyatakan diterima.

Makassar, Desember 2017

Koordinator Asisten, Asisten,

Ferry Irawan, S.Pd Ferry Irawan, S.Pd

Mengetahui,
Dosen Penanggung Jawab

Hartati, S.Si, M.Si, Ph.D

NIP. 19740405 200003 2 002
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler.
DNA terdapat pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya
adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein
histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak
berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas
memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu.
Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua.
Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon
dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki
protein histon.
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam suatu matriks
yang dipengaruhi oleh medan listrik. Komponen atau molekul tersebut
dapat berupa DNA, RNA, maupun Protein dari pengotor lain.
Elektroforesis menyediakan informasi mengenai ukuran, muatan, dan jenis
komponen yang dielektroforesis. Aplikasi elektroforesis yaitu untuk uji
paternitas dan identifikasi pelaku kejahatan (DNA fingerprinting).
Elektroforesis juga berperan dalam human genome project.
Teknik pemisahan dan pemurnian DNA atau RNA merupakan teknik yang
tidak dapat dipisahkan dari biologi molekular. Hampir semua penelitian DNA atau
RNA mesti melibatkan pemisahan dan pemurnian yang tekniknya cukup beragam.
Elektroforesis adalah salah satu teknik pemisahan paling populer, maka tak heran
jika elektroforesis disebut sebagai pintu gerbang dari berbagai penelitian biologi
molecular.
Elektroforesis berasal dari bahasa Yunani yang mempunyai arti transport
atau perpindahan melalui partikel-partikel listrik. Elektroforesis adalah suatu cara
analisis kimiawi yang didasarkan pada pergerakan molekul-molekul protein
bermuatan di dalam medan listrik (titik isoelektrik). Pergerakan molekul dalam
medan listrik dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari
molekul.
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat molekul yang bermuatan
listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul yang
digunakan dalam praktikum elektroforesis adalah molekul DNA yang
bermuatan negatif. Molekul akan bermigrasi menuju kutub positif atau
kutub negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya. Molekul-
molekul yang bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub
positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang bermuatan positif
(kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) DNA memiliki
muatan negatif karena mengandung gugus O. Oleh karena itu, arah migrasi
DNA adalah dari kutub negatif ke kutub positif.
Migrasi DNA tersebut dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu ukuran
molekul DNA, konsentrasi gel, bentuk molekul, densitas muatan, pori-pori
gel, voltase, dan larutan buffer elektroforesis.
B. Tujuan Praktikum
Untuk menentukan pola migrasi dari DNA dengan menggunakan metode
elektroforesis gel agarosa.
C. Manfaat Praktikum
Adapun manfaat yang dapat diperoleh pada praktikum ini adalah
mahasiswa mampu menentukan pola migrasi dari DNA dengan
menggunakan metode elektroforesis gel agarosa.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

Elektroforesis adalah suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada

pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik (titik
isoelektrik). Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk,
ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul. Pemisahan dilakukan
berdasarkan perbedaan ukuran berat molekul dan muatan listrik yang dikandung
oleh makro-molekul tersebut. Bila arus listrik dialirkan pada suatu medium
penyangga yang telah berisi protein plasma maka komponen- komponen protein
tersebut akan mulai bermigrasi (Pratiwi, 2011).

Elektroforesis merupakan salah satu metode pemisahan molekul. Prinsip

elektroforesis adalah memisahkan molekul yang bermigrasi dalam suatu matriks
yang dialiri listrik. Elektroforesis DNA dilakukan pada gel agarosa atau
poliakrilamid. Untuk visualisasi DNA digunakan pewarnaan menggunakan
etidium bromide pada gel agarosa. Pada elektroforesis DNA, ukuran molekul
DNA yang lebih panjang (misalnya 1000 bp) akan bermigrasi lebih lambat
dibandingkan molekul DNA yang berukuran pendek 100 bp. (Hartati, 2017).

Saat ini terdapat beberapa metode ekstraksi DNA tumbuhan menggunakan

bahan herbarium, tetapi tiap spesies memiliki kesulitan tersendiri, tergantung
proses pengeringan dan waktu penyimpanan (usia herbarium) dalam fasilitas
penyimpanan. Kondisi sebelum dikeringkan dan tahap pertumbuhan ketika
dikeringkan juga sangat mempengaruhi kualitas DNA yang dihasilkan. Kualitas
DNA hasil ekstraksi mempengaruhi analisis lebih lanjut seperti hibridisasi DNA,
pemotongan DNA dengan enzim restriksi maupun analisis dengan polymerase
chain reaction (PCR). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui metode ekstraksi
DNA yang dapat menghasilkan DNA dari bahan herbarium dengan kualitas yang
baik (Shovi, 2014).
 Keragaman genetik dapat diamati dengan pengamatan karakter genetik,
sifat yang diamati adalah DNA yang sulit dipengaruhi lingkungan. Oleh karena
itu, untuk mengetahui tingkat variasi bitti antar provenansi dan dalam provenansi
dapat dilakukan dengan melihat karakter genetik. Selain itu, keragaman genetik
sangat penting dalam upaya menyediakan informasi bagi kegiatan pengembangan
dan peningkatan hasil produksi serta upaya konservasi. Salah satu upaya yang
dapat dilakukan untuk mempersingkat waktu pemuliaan adalah menganalisis
secara molekuler. Berdasarkan hal tersebut maka penelitian tentang keragamanan
genetis tegakan bitti dengan menggunakan penanda molekuler perlu dilakukan.
Penggunan penanda molekuler berupa DNA (Deoxyribonucleic acid) digunakan
seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan tentang biologi molekuler.
Penanda DNA yang digunakan sejak tahun 1980-an, merupakan pendekatan untuk
lebih meningkatkan informasi genetik yang belum dapat diperoleh dengan
penanda protein. Kelebihan penanda DNA adalah dapat digunakan untuk jumlah
yang tidak terbatas dan dapat mencakup seluruh genom tanaman, tidak
dipengaruhi oleh regulasi perkembangan tanaman, serta memiliki kemampuan
tinggi untuk menggambarkan keragaman karakter antar individu. Kelemahannya
adalah masih membutuhkan biaya yang besar dibanding dengan analisis isozim
dalam pemanfaatanya serta peralatan yang tersedia masih terbatas pada lembaga
atau institusi tertentu. Penanda molekuler yang banyak digunakan dalam analisis
keragaman genetik tumbuhan, salah satunya adalah RAPD (Random Amplified
Polymorphic DNA). Marka molekuler ini dapat berbasis PCR (Polymerase Chain
Reaction) yang banyak digunakan dalam mengidentifikasi keragaman pada
tingkat intraspesies maupun antarspesies. Teknik ini digunakan untuk
mengidentifikasi genotipe tumbuhan, karena memiliki kelebihan dalam
pelaksanaan dan analisisnya. Dibandingkan dengan penanda DNA yang lain,
seperti Restriction Fragment genom yang dapat digunakan sebagai template
(cetakan) dalam analisis molekuler. Optimasi prosedur tersebut dapat dilakukan
terhadap suhu dan lama inkubasi yang digunakan dalam proses isolasi DNA
Length Polymorphisms (RELP) dan Simple Sequence Repeats (SSR), teknik
RAPD lebih murah, mudah dilakukan, cepat memberikan hasil, menghasilkan
polimorfisme pita DNA dalam jumlah banyak dan mudah memperoleh primer
acak yang diperlukan untuk menganalisis genom semua jenis organism (Fajarwati,
2012).

Teknik elektroforesis dapat dibedakan menjadi dua cara, yaitu :

elektroforesis larutan (moving boundary electrophoresis) dan elektroforesis
daerah (zone electrophoresis). Pada teknik elektroforesis larutan, larutan
penyangga yang mengandung makro-molekul ditempatkan dalam suatu kamar
tertutup dan dialiri arus listrik. Kecep atan migrasi dari makro- molekul diukur
dengan jalan melihat terjadinya pemisahan dari molekul (terlihat seperti pita) di
dalam pelarut. Sedangkan teknik elektroforesis daerah adalah menggunakan suatu
bahan padat yang berfungsi sebagai media penunjang yang berisi (diberi) larutan
penyangga. Media penunjang yang biasa dipakai adalah gel agarose, gel pati, gel
poliakrilamida dan kertas sellulose poliasetat. Adapaun elektroforesis daerah
disebut sebagai elektroforesis gel dengan dua buah model yaitu horizontal dan
vertikal. Metode yang biasa digunakan adalah model horizontal, karena
mempunyai beberapa keuntungan yaitu peralatan yang digunakan sangat
sederhana, relatif murah dan pemisahan untuk enzim tertentu dapat
menghasilkan pemisahan yang lebih baik (Pratiwi, 2011)
 BAB III
METODOLOGI PRAKTIKUM

A. Waktu dan Tempat

Hari / Tanggal : Senin / 04 Desember 2017
Waktu : Pukul 07.30 – 09.10 WITA
Tempat : Laboratorium Biologi lantai II Jurusan Biologi FMIPA
UNM
B. Alat dan Bahan
1. Alat
a. Gelas ukur 100 ml 1 buah
b. Cetakan gel 1 buah
c. Tangki elektrolisis 1 buah
d. Gelas kimia 100 ml 1 buah
e. Pipet tetes 1 buah
f. Parafilm 1 buah
2. Bahan
a. Gel Agarosa secukupnya
b. Buffer TEA 100 ml
c. Etidium bromide 3 ml
d. DNA 3 ul
e. Loading dye 1 ul

C. Prosedur Kerja

Menyiapkan terlebih dahulu alat

dan bahan yang akan digunakan

Panaskan medium yang telah dibuat

lalu siapkan cetakan gel agarosa,
pasang sisir pembuat sumur gel dan
masukkan medium tersebut.
 Setelah memadat cabut sisir
pembuat sumur tersebut.

Nyalakan alat elektroforesis dan

tunggu kurang lebih 30 menit

Amati dengan uv transiluminator

 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil Pengamatan
Tabel hasil pengamatan
Setelah diamati dengan uv transiluminator
B. PEMBAHASAN

Praktikum elektroforesis DNA yang dilakukan dengan menggunakan

media yang digunakan yaitu gel agarose dengan konsentrasi 1%. Di
gunakan agarose karena agarosa mudah untuk disiapkan dan proses
pembuatannya mudah. Gel agarosa dibuat dengan cara mencampurkan
bubuk agarosa dengan larutan buffer, kemudian dipanaskan dan tunggu
sampai mengeras. Praktikum elektroforesis gel juga menggunakan alat-alat
yang mempunyai fungsi dan peranan masing-masing. Alat-alat tersebut
yaitu mikropipet, aparatus elektroforesis, power supply, sumber sinar UV,
dan sarung tangan. Mikropipet berfungsi untuk memindahkan sampel dan
larutan lainnya dari tube ke dalam wells pada aparatus
elektroforesis. Aparatus elektroforesis terdiri atas comb (sisir) yang
membentuk well (sumur) pada gel agarosa, tray yang merupakan wadah
cetakan gel, dan chamber yang merupakan medium tempat berlangsungnya
proses elektroforesis. Power Supply (DC) sebagai sumber energi untuk
aparatus elektroforesis. Sumber Sinar UV berfungsi untuk membantu
mengamati hasil band yang tampak sehingga terlihat lebih jelas .
Praktikum elektroforesis gel juga menggunakan alat-alat yang
mempunyai fungsi dan peranan masing-masing. Alat-alat tersebut yaitu
mikropipet, aparatus elektroforesis, power supply, sumber sinar UV, dan
sarung tangan. Mikropipet berfungsi untuk memindahkan sampel dan
larutan lainnya dari tube ke dalam wells pada aparatus
elektroforesis. Aparatus elektroforesis terdiri atas comb (sisir) yang
membentuk well (sumur) pada gel agarosa, tray yang merupakan wadah
cetakan gel, dan chamber yang merupakan medium tempat berlangsungnya
proses elektroforesis. Power Supply (DC) sebagai sumber energi untuk
aparatus elektroforesis. Sumber Sinar UV berfungsi untuk membantu
mengamati hasil band yang tampak sehingga terlihat lebih jelas .
Setelah gel mengeras, gel dimasukkan ke dalam ruang elektroforesis
dan dilakukan penambahan running buffer. Penambahan running
buffer dilakukan dengan tujuan mempermudah pengerasan gel saat
dilakukan pemanasan. Running elektroforesis dilakukan pada tegangan 100
Volt selama 30 menit. Kecepatan migrasi DNA sangat dipengaruhi oleh
tegangan elektroforesis. Fragmen DNA yang besar akan bergerak lebih
cepat dibandingkan dengan fragmen DNA yang kecil. Tahap selanjutnya
adalah mencampurkan DNA hasil amplifikasi lewat proses PCR
dengan loading buffer yang memiliki fungsi membantu sampel turun ke
dalam well dan membantu memonitor berapa lama proses elektroforesis
telah berlangsung karena memiliki pewarna bromofenol biru. Proses
pemindahan dilakukan dengan memakai mikropipet dan harus dilakukan
secara hati-hati agar campuran DNA dengan loading buffer tidak bergabung
ke bagian well yang lain.

BAB V
PENUTUP

A. Kesimpulan
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, dapat disimpulkan bahwa
Elektroforesis merupakan salah satu metode pemisahan molekul. Prinsip
elektroforesis adalah memisahkan molekul yang bermigrasi dalam suatu matriks
yang dialiri listrik. Salah satu media penunjang yang biasa dipakai adalah gel
agarose, Elektroforesis gel agarosa Metode standar yang digunakan untuk
memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA adalah
elektroforesis gel agorose. Teknik ini sederhana, cepat terbentuk, dan mampu
memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya secara akurat.
B. Saran
Disarankan pada praktikan harus melakukan kegiatan praktikum dengan
ketelitian dan juga memperhatikan keselamatan kerja di laboratorium.

DAFTAR PUSTAKA

Fajarwati, Langga, Indra dkk. 2012. Optimalisasi Suhu dan Lama Inkubasi Dalam
Ekstraksi DNA Tanaman Bitti (Vitex cofassus Reinw) Serta Analisis
Keragaman Genetik Dengan Teknik RAPD-PCR. J. Sains & Teknologi.
Makassar : Universitas Hasanuddin. Vol.12, No.3.

Hartati.2017. Modul Genetika Berbasis Pendekatan Saintifik. Makassar: UNM

Pratiwi Rianta. 2011. Mengenal Metode Elektroforesis. Jurnal Oseana Volume

Shovi, Nurkamila, Uul dan Pharmawati, Made. 2014. Ekstraksi DNA dari
Herbarium Anggrek (DNA EXTRACTION FROM ORCHID
HERBARIUM MATERIALS). Jurnal Simbiosis II. Bali : Jurusan Biologi
FMIPA Universitas Udayana. Vol 1. 20, Nomor 1.