Film ini merupakan seri ketiga dari Maze Runner, jadi agar penonton tidak bingung saat menonton film ini disarankan untuk menonton seri pertama dan keduanya. Film ini berawal dari Thomas, Brenda, Newt dan kawan-kawannya berusaha menyelamatkan Minho, Sonya, dan Aris yang ditangkap oleh WCKD. Setelah berhasil mencuri gerbong kereta dari WCKD mereka tidak menemukan Minho melainkan terdapat Aris dan Sonya dalam gerbong tersebut. Ternyata Minho berada di gerbong lain. Thomas pun memutuskan untuk pergi menyelamatkan Thomas seorang diri, tetapi saat hendak pergi ternyata Newt dan Frypan juga ingin ikut untuk membantu. Akhirnya mereka bertiga pun diam-diam pergi ke markas WCKD (kota terakhir). Saat memasuki terowongan mereka diserang para Crank, untung ada Brenda dan Jorge yang datang tepat waktu untuk menyelamatkan mereka. Akhirnya mereka berlima menuju ke kota terakhir. Namun sebelum masuk kedalam kota tersebut tejadi serangan berupa tembakan dari petugas WCKD. Di tengah kejadian tersebut, mereka di selamatkan sekelompok orang bermasker, yang salah satunya adalah Gally. Thomas, Newt dan Frypan kaget melihat Gally yang masih hidup. Ternyata Gally hidup dengan para pemberontak yang ingin menghancurkan WCKD. Gally pun menawarkan bantuan kepada Thomas dan kawannya dengan mempertemukan mereka dengan Lawrence pemimpin pemberontakan. Mereka bisa masuk ke kota, tetapi hanya dua orang yang diperbolehkan pergi yaitu Thomas dan Newt dengan Gally sebagai penunjuk jalan. Sementara Teresa yang telah mengkhianati Thomas dan yang lainnya bekerja sama dengan WCKD untuk mendapatkan serum untuk menyelamatkan orang-orang yang terkena virus agar tidak berubah menjadi Crank, tetapi dengan cara menyiksa Minho untuk mendapatkan serum tersebut. Setelah berhasil masuk ke kota terakhir dengan bantuan teresa, mereka menyelamatkan anak-anak yang lain, tetapi di ruang tersebut mereka tidak menemukan Minho. Saat Thomas dan Newt berusaha menemukan Minho sekaligus meloloskan diri dari kejaran Janson, Teresa diam-diam memeriksa sampel darah Thomas yang didapatnya saat melakukan operasi kecil menghilangkan pemindai yang terpasang di leher Thomas. Teresa kaget dengan hasil pemeriksaan sampel tersebut. Maze Runner: The Death Cure tergolong film action dengan adegan-adegan yang akan memacu adrenalin penonton seperti adegan kejar-kejaran antara mobil dan kereta api dan adegan saling tembak antara petugas WCKD dengan Thomas dan juga Newt yang menjadikan film ini seru untuk ditonton. Film ini juga mengangkat cerita sederhana tetapi memiliki konflik yang cukup rumit namun mempunyai unsur yang menarik. Walaupun sebagian besar film ini berisikan adegan yang menegangkan tetapi juga terdapat adegan yang dramatis seperti persahabatan Thomas dan temannya yang sangat erat. Di akhir cerita memuat kisah yang mengharukan dimana teresa yang berkhianat namun akhirnya mengorbankan dirinya demi menyelamatkan Thomas.