Islam masuk ke Indonesia bagian timur seperti Maluku, tidak dapat dipisahkan
dari jalur perdagangan yang terbentang pada pusat lalu lintas pelayaran
internasional di Malaka, Jawa dan Maluku.
Perjuangan umat Islam oleh para ulama dan masyarakat tidak pernah berhenti
sejak kehadirannya hingga pada masa penjajahan dan masa kemerdekaan
dalam berbagai aspek. Sekurangnya ada dua cara yang dilakukan oleh para
ulama dalam menumbuhkembangkan ajarannya yaitu sebagai berikut :
1. Membentuk kader-kader ulama yang akan bertugas sebagai mubalig. Cara
ini dilakukan di dalam lembaga-lembaga pendidikan Islam, seperti
pesantren di Jawa, dayah di Aceh, dan surau di Minangkabau.
2. Melalui karya-karya tulisan yang tersebar dan dibaca kaum muslim di
nusantara. Karya-karya itu mencerminkan perkembangan ilmu
pengetahuan, baik berupa pemikiran dan ilmu-ilmu agama di Indonesia
pada masa tertentu.
b. Masa Kemerdekaan
Umat Islam mengganti perjuangan melawan penjajah dengan jalan
mendirikan organisasi-organisasi Islam antara lain sebagai berikut :
1) Syarikat Dagang Islam dan kemudian berubah menjadi Syarikat
Islam yang berdiri tahun 1905 di pimpin oleh H. Samanhudi, AM
Sangaji, HOS Cokroaminoto dan H. Agus Salim.
2) Jami’atul Khair yang berdiri tahun 1905 M di Jakarta adalah
pergerakan Islam yang pertama kali di Jawa dan sebagian besar
anggotanya adalah keturunan (peranakan) Arab.
3) Al Irsyad adalah organisasi Islam yang didirikan tahun 1914 M
oleh para pedagang dan ulama keturunan Arab, seperti Syekh
Ahmad Soerkati.
4) Perserikatan Ulama yaitu gerakan modernis Islam yang didirikan
tahun 1911 M oleh Abdul Halim dan berpusat di Majalengka Jawa
Barat.
5) Muhammadiyah, didirikan di Yogyakarta pada 18 November 1912
M oleh K.H. Ahmad Dahlan bertepatan tanggal 8 Zulhijah 1330 H.
6) Nahdatul Ulama (NU) didirikan pada bulan Januari 1926 oleh K.H
Hasyim Asy’ari