TUGAS KIMIA MEDISINAL

OLEH :

NAMA : MARLINDAH

NIM : O1A1 16 026

KELAS :A

JURUSAN FARMASI

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS HALU OLEO

KENDARI

2018
1. Sebut dan jelaskan strategi penemuan senyawa aktif !
Jawab :
Begitu target dan sistem pengujian telah dipilih, tahap berikutnya adalah menemukan
senyawa utama/ senyawa penuntun : senyawa yang menunjukkan aktivitas farmakologis yang
diinginkan. Tingkat aktivitas mungkin tidak terlalu besar dan mungkin ada efek samping yang
tidak diinginkan, tetapi senyawa penuntun menyediakan permulaan untuk desain dan proses
pengembangan obat. Ada berbagai cara di mana senyawa penuntun dapat ditemukan.
Strategi penemuan senyawa aktif/ senyawa utama :
Analisis retrospektif tentang cara-cara yang mengarah pada penemuan obat baru
menunjukkan bahwa ada empat strategi yang berhasil dapat menghasilkan penemuan baru atau
senyawa utama :
a. Strategi pertama didasarkan pada modifikasi dan peningkatan molekul aktif yang sudah
ada.
b. Strategi yang kedua terdiri dari skrining sistematis set pound yang dipilih dengan berubah-
ubah pada tes biologis yang dipilih.
c. Startegi ketiga terletak pada eksploitasi retroaktif dari berbagai potongan informasi
biologis yang dihasilkan kadang-kadang dari penemuan-penemuan baru yang dibuat dalam
bidang biologi dan kedokteran, dan kadang-kadang hanya hasil dari pengamatan yang
lebih atau tidak disengaja.
d. Strategi keempat ke senyawa aktif baru adalah desain rasional berdasarkan pengetahuan
tentang penyebab molekuler dari disfungsi patologis.

Contohnya :
 Strategi yang digunakan untuk menyaring senyawa kombinatorial yang mengambil efek melalui
mode aditif dalam obat herba (HMs).

a. Strategi pertama : Identifikasi komponen kombinatorial ekuivalen bioaktif; (BECCs)

melalui pendekatan skrining umpan balik ekuivalen bioaktif yang berorientasi
b. Strategi kedua : skrining senyawa aktif berdasarkan klasifikasi keluarga kimia
c. Strategi ketiga : menentukan aktivitas farmakologis senyawa tunggal dan mode
interaktifnya
d. Strategi keempat : penunjukan kombinasi senyawa dominan (DCC) berdasarkan aktivitas
indeks kontribusi dan validasi aktivitas DCC.
(Long dkk., 2015)
2. Sebut dan jelaskan aturan Lipinski!
Jawab :
Aturan Lipinski atau dikenal dengan aturan Pfizer tentang lima aturan (RO5) adalah aturan
praktis untuk mengevaluasi kemiripan obat atau menetukan apakah senyawa kimia dengan
aktivitas farmakologis atau biologis tertentu memiliki sifat yang akan membuatnya aktif secara
oral pada manusia. Aturan Lipinski menyatakan :
a) Aturan pertama : Tidak lebih dari 5 donor ikatan hidrogen (jumlah total ikatan nitrogen -
hidrogen dan oksigen - hidrogen )
b) Aturan kedua : Tidak lebih dari 10 akseptor ikatan hidrogen (semua atom nitrogen atau
oksigen )
c) Aturan ketiga : Massa molekul kurang dari 500 dalton
d) Aturan keempat : Koefisien partisi octanol-air [5] log P tidak lebih besar dari 5
e) Aturan kelima : tidak ada lebih dari saru nomor pelanggaran

Aturan ini menjelaskan sifa-sifat molekuler yang penting untuk farmakokinetik obat dalam
tubuh manusia, termasuk penyerapan, distribusi, metabolism dan eksresi obat (ADME).
Namun, aturannya tidak memprediksi apaka senyawa itu aktif secara farmakologis. Aturan ini
membeantu mahasiswa farmasi untuk memilih obat yang tepat dan mengetahui apakah obat
itu cocok untuk dormulasi oral. (Singh dkk., 2013).
3. Apa yang dimaksud dengan indeks terapi?
Jawab :

Indeks terapi merupakan parameter keamanan suatu obat yaitu perbandingan antara dosis
yang menyebabkan kematian pada 50% hewan uji (DL50) dengan dosis yang dapat
menghasilkan efek terapi pada 50% hewan uji (DE50). Indeks terapi dapat pula didefinisikan
dengan rasio antara dosis toksik dan dosis efektif atau menggambarkan keadaan relative
suatu obat pada penggunaan biasa. Berdasarkan persamaan indeks terapi menunjukan
bahwa indeks terapi akan berbanding lurus dengan dosis letal atau dosis toksik,
dimana semakin besar dosis letal maka akan semakin besar indeks terapinya,sehingga akan
semakin besar pula efektivitas obat dalam menimbulkan efek terapi, hal ini akan ditandai
dengan semakin lebar atau luas antara LD50 dengan ED50, dan ini menunjukan tingkat
kemanan yang baik pada obat tersebut (Donaliazarti dkk., 2012)

4. Jelaskan pengertian design obat rasional!

Jawab :

Desain obat rasional mengacu pada pengembangan obat berdasarkan studi struktur dan
fungsi molekul target. Dengan kata lain, peran desain obat rasional adalah menggunakan
pendekatan metodologis untuk menghasilkan obat baru. Rancangan obat rasional juga
terkadang disebut sebagai desain obat atau desain rasional. ini adalah proses yg dilakukan di
mana penemuan obat baru berdasarkan pengetahuan target biologis. melibatkan desain bentuk
molekul-molekul kecil yang saling melengkapi dan mengisi ke target bimolekuler (Mandal
dkk., 2009)

5. Apa perbedaan antara ligan base drug design dengan struktur base drug design?
Jawab :
 Desain obat berbasis ligan yaitu menggunakan ligan sebagai target obat atau molekul yang
mengikat target obat. Desain ini berfokus pada struktur ligan, misalnya, dengan
penggunaan model farmakofora atau oleh model QSAR. Model sebelumnya mencari
untuk menentukan struktur ligan yang diperlukan untuk pengikatan target. Model QSAR,
di sisi lain, menunjukkan bahwa kesamaan molekuler, melalui kombinasi deskriptor
molekuler, memprediksi aktivitas biologis obat.
  Desain obat berdasarkan struktur yaitu menggunakan struktur target obat itu sendiri. Obat-
obatan kemudian dirancang dengan mengevaluasi apakah ia mengikat struktur target; hal
ini dapat dicapai dengan menggunakan program docking. Metode lain adalah merancang
ligan dari awal dengan merancang molekul yang secara efektif cocok dengan situs
pengikatan pada target.

Perbedaan utama adalah bahwa desain berbasis struktur berkaitan dengan desain obat oleh
struktur target yang diketahui atau diprediksi, sedangkan desain berbasis ligan terkait dengan
desain obat oleh senyawa yang dikenal yang mengikat ke target (Aparoy dkk., 2012)

6. Apa yang dimaksud dengan senyawa penuntun?

Jawab :

Senyawa penuntun dalam penemuan obat adalah senyawa kimia yang memiliki aktivitas
farmakologis atau biologis yang mungkin bermanfaat secara terapi, tetapi mungkin memiliki
struktur suboptimal yang membutuhkan modifikasi agar lebih sesuai dengan target; senyawa
penutun menawarkan prospek yang diikuti oleh senyawa cadangan. Struktur kimianya
berfungsi sebagai titik awal untuk modifikasi kimia dalam rangka meningkatkan potensi,
selektivitas, atau parameter farmakokinetik (Patidar dkk., 2011).

7. Apa perbedaan antara penabatan molekul/ docking dengan pemodelan farmakopore?

Jawab ;
 Docking adalah metode yang digunakan untuk memprediksikan orientasi antara satu
molekul dengan molekul yang lainnya saat terjadi interaksi elektrostatik satu sama lain
untuk membentuk ikatan yang stabil. Prinsip docking adalah teknik penempatan ligan ke
dalam sisi aktif reseptor yang dilanjutkan dengan evaluasi molekul berdasarkan
konformasi struktur dan sifat elektrostatik. Simulasi docking dapat dipergunakan untuk
memperoleh pengertian yang lebih baik terhadap mekanisme kerja suatu senyawa kimia
atau makromolekul seperti protein maupun peptida, dalam skala molekuler sehingga
dimungkinkan untuk mendesain obat berbasis struktur (Syahputra dkk., 2014)
 Model farmakofor memberian rincain tentang interaksi ligan dengan situs resptor dan
digunakan untuk mengidentifikasi sifat dan fitur serupa yang diperlukan dalam logan yang
 baru dirancang yang akan berinteraksi dengan reseptor protein yang diberikan (Vitthal
dan Gawade, 2016)

8. Apa pengertian pharmacophore?

Jawab :
Definisi resmi dari IUPAC, 1998: "Farmakofor adalah sekumpulan fitur sterik dan
elektronik yang penting untuk menjamin interaksi supramolekular yang optimal dengan
struktur target biologis yang spesifik dan untuk memicu (atau menghambat respons
biologisnya".Farmakofor juga dapat didefinisikan sebagai susunan tiga dimensi dari atom
dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang
diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon biologis karena terikat dengan reseptor
yang dikehendakinya. (Langer dan Wolber, 2004)
 DAFTAR PUSTAKA

Aparoy, P., Kakularam K. R., dan Pallu R., 2012, Structure and Ligan Based Drug Design
Strategies in the Development of Novel 5-LOX Inhibitors, Current Medical
Chemistry, Vol. 19 (22).
Donaliazarti, D., Truly S., Josep L., Sigit, Muchtan S., 2012, Nilai Indeks Terapi Ekstrak
Etanol Daun Dewa (Gynura pseudochina (Lour.) DC) dan Natrium diklofenak pada
Tikus Model Inflamasi, Majalah Kedokteran Bandung, Vol. 44 (2)
Langer, T., Walber G., 2004, Pharmacophore definition and 3D Searches, Drug Discovery
Today :Technologies, Vol. 1 (3)
Long, F., Hua Y., Yanmin X., Haiping H., dan Ping L., 2015, A strategy for the
Identification Of Combinatorial Bioactive Compounds Contributing To The Holistic
Effect Of Herbal Medicines, Science Reports
Mandal, S., Mee’nal M., Sanat K., Mandal, 2009, Rational Drug Design, European Journal
of Pharmacology
Patidar, A. K., Selvam G., Jeyakandan M. Ashok K. M., Ajay B., Gaurav dan Ramraj M.,
2011, Lead Discovery and Lead Optimization : A Usefu; Strategy on molecular
Midification of Lead Compounds in Analog Design, International Journal of Drug
Design and Discovery, Vol. 2 (2).
Singh, S., Ashok K. G., dan Amita V., 2013, Molecular Properties and Bioactivity score of
the Aloe vera antioxidant compounds – in order to lead finding, Research Journal
of Pharmaceutical, Biological and Chemical Sciences, Vol. 4 (2).
Syahputra, G., Ambarsari L., dan Sumaryada T., 2014, Simulasi Docking Kurkumin Enol,
Bisdemetoksikurkumin dan Analognya Sebaga Inhibitor Enzim 12-Lipoksigenase,
Jurnal Biofisika, Vol. 10 (1)
Vitthal, U. B., dan Gawade S. P., 2016, D3 QSAR and Pharmacophore Modeling on
Substituted Cyanopyrrolidines as Type II Anti-Diabetic Agents Potential Dipeptidyl
Peptidase-IV Inhibitors, Pharmacophore an International Research Journal, Vol. 7
(5)