LAPORAN PRAKTIKUM

INSTRUMEN BIOLOGI MOLEKULER

PENGENALAN ALAT ALAT DI LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER

Disusun Oleh :

Nama : Monika Pandu Soraya

Nim : G1C016077
Kelompok : 2
Prodi : D4 Analis Kesehatan

FAKULTAS ILMU KEPERAWATAN DAN KESEHATAN

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SEMARANG
TAHUN AJARAN 2016 / 2017
 PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG
Pengenalan alat merupakan langkah pertama sebelum kita melakukan
praktikum atau penelitian. Alat-alat laboratorium mempunyai cara dan prinsip kerja
yang berbeda. Selain itu kita juga dapat meminimalisir resiko kesalahan kerja pada
saat melakukan praktikum biologi molekuler. Sehingga dengan praktikum pengenalan
alat-alat biologi molekuler mahasiswa diharapkan mampu untuk mengtahui alat-alat
yang akan digunakan dalam praktikum biologi molekuler, mengetahui fungsi, bagian-
bagian, mengetahui prinsip kerja dan cara menggunakan alat-alat biologi molekuler.
praktikum pengenalan alat ini sangat penting untuk mengenal alat-alat yang
digunakan dalam biologi molekuler diantaranya untuk isolasi DNA, Thermocycler
(PCR ) dan elektroforesis. Hasil pengenalan alat-alat biologi molekuler adalah
Thermocycler (PCR machine), Elektroforesis horisontal, Elektroforesis vertical, Gel
document, vortexmixer , uv transluminator , centrifuge, elisa reader , pH meter ,
micro tube , tube centrifuge , mikrotom , waterbath, stearer , mikrowave , rotator ,
mikroplat , plat tetes , plat hitam .

B. DASAR TEORI
Biologi molekuler merupakan cabang ilmu biologi yang mengkaji kehidupan
secara skala molekuler. Pengenalan alat merupakan langkah pertama sebelum kita
melakukan praktikum atau penelitian. Alat-alat laboratorium mempunyai cara dan
prinsip kerja yang berbeda.
Selain itu kita juga dapat meminimalisir resiko kesalahan kerja pada saat
melakukan praktikum biologi molekuler. Setiap pengguna harus mengikuti hal-hal
tersebut agar dalam menggunakan alat-alat laboratorium tidak terjadi kerusakan alat
ataupun hal-hal yang berbahaya. DNA merupakan rantai – rantai nukleutida yang
secara kimia hampir tidak saling berbeda, sedangkan sebaliknya protein dari
campuran 20 macam amino yang sangat berlainan, masing – masing dengan sifat
kimianya yang khas.
Keragaman inilah yang memungkinkan sifat kimia yang serba canggih
dimiliki oleh setiap protein, dan ini diduga dapat menjelaskan mengapa evolusi telah
 memilih protein daripada molekul RNA sebagai katalisator yang terbesar reaksinya di
dalam sel (Khopkar, 1990).
Mesin polymerase chain reaction (PCR) adalah sebuah teknologi laboratorium
yang utama dalam biologi mokuler. PCR mempunyai derajat spesifisitas dan
sensitivitas yang cukup tinggi. Dengan teknik PCR ini, dalam hitungan menit kita bisa
menghasilkan jutaan copy DNA. Elektroforesis merupakan suatu teknik yang
mengukur laju perpindahan atau pergerakan partikel bermuatan dalam suatu medan
listrik. Teknik elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat dari gel.
Perpindahan partikel pada medium gel tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti
ukuran partikel, komposisi dan konsentrasi gel, densitas muatan, kuat medan listrik
dan sebagainya. Semakin kecil partikel tesebut, maka pergerakan atau migrasinya
akan semakin cepat, karena matriks gel mengandung jaringan kompleks berupa pori-
pori sehingga partikel-partikel tersebut dapat bergerak melalui matriks tersebut (John,
2011).
Sehingga dengan praktikum pengenalan alat-alat biologi molekuler mahasiswa
diharapkan mampu untuk mengtahui alat-alat yang akan digunakan dalam praktikum
biologi molekuler, mengetahui fungsi, bagian-bagian, mengetahui prinsip kerja dan
cara menggunakan alat-alat biologi molekuler.

C. Materi

Alat yang digunakan dalam praktikum pengenalan alat biologi molekuler adalah alat
tulis dan kamera. Bahan yang digunakan adalah alat-alat biologi molekuler.

D. Metode

Untuk mencatat informasi ynag dijelaskan terkait fungsi, prinsip serta cara kerja alat-
alat biologi molekuler disiapkan alat tulis dan untuk mendokumentasikan alat-alat biologi
molekuler tersebut digunakan kamera. Metode praktikum kali ini adalah dengan peragaan
dosen dan penjelasan yang dipaparkan terkait dengan alat-alat yang digunakan dalam biologi
molekuler.

E. Hasil dan Pembahasan

 Praktikum pengenalan alat ini sangat penting untuk mengenal alat-alat yang digunakan
dalam biologi molekuler diantaranya untuk isolasi DNA, PCR dan elektroforesis. Alat-alat
tersebut adalah Thermocycler (PCR machine), Elektroforesis horisontal, Elektroforesis
vertical, Gel document, vortexmixer , uv transluminator , centrifuge, elisa reader , pH meter ,
micro tube , tube centrifuge , mikrotom , waterbath, stearer , mikrowave , rotator , mikroplat ,
plat tetes , plat hitam.
Alat-alat ini merupakan alat utama yang digunakan dalam bidang molekuler. Setiap
alat memiliki fungsi, dan prinsip kerja yang berbeda yaitu sebagai berikut :
Alat Biologi Molekuler

1. Mesin PCR / TERMO CYCLER

 Prinsip kerja :
Membentuk cetakan DNA secara berulang kali dengan
menggunakan prosedur dan waktu tertentu. PCR menggunakan
tehnik amplifikasi (perbanyakan) secara spesifik pada suatu
segmen DNA secara in vitro dengan menggunakan DNA
polymerase, cetakan, DNA genom, dan primer oligonukleotida
yang akan menempel pada segmen yang akan diamplifikasi.
Proses PCR ada tiga tahapan yaitu Denaturasi, Anneling dan Ekstansi.

 Fungsi :
- Amplifikasi urutan nukleotida
- Menentukan kondisi urutan nukleotida dari suatu DNA yang mengalami mutasi
 Cara kerja :
1. Hubungkan steker dengan sumber tegangan.
2. Tekan tombol ON/OFF yang terletak pada bagian belakang thermal cycler pada posisi ON
untuk menyalakan Thermal Cycler.
3. Untuk membuat program PCR baru:
a. Pilih menu New Protocol (F4) pada display main windows dan akan muncul grafik
program PCR pada layar display.
b. Pilih tahapan PCR yang akan dibuat pada grafik dengan cara menekan tombol
panah.Inputkan program sesuai parameter (suhu dan waktu) yang ingin dibuat sesuai
dengan tahapan pada grafik program PCR dengan menggunakan tombol
alphanumerik.
c. Tekan tombol DONE apabila telah selesai menginputkan program PCR, dan file
program akan tersimpan.Pilih folder untuk menyimpan file program PCR.
4. Untuk mengedit program PCR:
a. Pilih menu EDIT dan pilih file program PCR yang akan diedit.
b. Pilih tahapan PCR yang akan diedit dengan menggunakan tanda panah.
 Edit parameter tahapan PCR dengan menggunakan tombol alfanumerik
d. Pilih tombol DONE apabila telah selesai.
5. Untuk menambahkan tahapan PCR baru pada program PCR:
a. Pilih satu tahapan sebelum (sebelah kiri) tahapan PCR baru yang akan disisipkan.
b. Selanjutnya pilih menu INSERT dengan menggunakan tanda panah.pilih tipe tahapan
yang akan disisipkan : Temp untuk menyisipkan tahapan temperatur, GOTO untuk
menyisipkan tahapan GOTO, GRADIENT untuk menyisipkan tahapan gradient.
c. Pilih dan edit parameter pada tahapan baru yang disisipkan.
6. Untuk membuka tutup thermalcycler putar knob penutup thermalcycler berlawanan
arah jarum jam sampai lid bagian dalam muncul dipermukaan atas penutup. Dorong
lid lever kearah belakang dan angkat lid hingga terbuka.
7. Untuk menutup kembali tutup thermalcycler , tekan lid lever kebawah, pastikan
bagian depan lid tertutup rapat dan terkunci pada thermalcycler. Kunci lid dengan
menekan pengunci lid kebawah.
8. Putar knob penutup thermalcycler ¼ putaran, searah jarum jam untuk meningkatkan
tekanan lid penutup.
9. Pilih menu RUN.
10. Pilih file program PCR yang akan dijalankan menggunakan tanda panah .
11. Tekan RUN atau ENTER.
12. Pilih blok yang digunakan untuk PCR (blok A atau B)
13. Tekan ENTER.
14. Lengkapi parameter running saat muncul display Run ITAQ-FST control yang
meliputi Volume sampel, temperatur lid.
15. Pilih OK.
16. Untuk memonitoring proses running tekan tombol STATUS.
17. Matikan thermalcycler apabila suhu Lid sudah mencapai 4ºC dengan menekan
tombol ON/OF pada bagian belakang thermal cycler.

2. Elektroforesis
 Prinsip kerja :
Berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif dalam hal ini DNA yang
bergerak menuju kutub positif sedangkan partikel-partikel bermuatan positif akan
bergerak menuju kutub negatif.
 Fungsi :
Untuk mengukur laju perpindahan atau pergerakan partikel-pertikel bermuatan
dalam suatu medan listrik
 Cara kerja :
 Pembuatan Gel Agarose
1. 0,4 gram bubuk agarose dilarutkan pada 50 ml Buffer TAE.
2. Campuran tersebut dilarutkan dengan cara dipanaskan.
3. Setelah semua terlarut kemudian didiamkan pada suhu ±50°C.
4. Gel Comb dipasang pada tangki elektroforesis.
5. Larutan agarose dituangkan pada tangki elektroforesis dan didinginkan
hingga mengeras.
6. Setelah gel tersebut mengeras, gel comb dapat diambil dan gel agarose
 siap untuk digunakan.
 Elektroforesis
1. Gel Agarose direndam dengan Buffer TAE.
2. 1µl loading dye dicampur dengan 3µl produk DNA pada parafilm yang
telah tersedia dengan bantuan mikropipet.
3. Campuran tersebut dituangkan ke sumur/well pada gel agarose.
4. Sedangkan untuk 3µl DNA marker 1kb dituangkan pada sumur/well yang
berada pada paling tepi atas dan bawah.
5. Tangki elektroforesis kemudian ditutup dan dihubungkan ke power
supply.
6. Power Supply ( 400mA, 90V) dinyalakan selama 30 menit.
 Dokumentasi
1. Gel agarose hasil elektroforesis direndam pada larutan EtBr selama ± 15
menit.
2. Dilanjutkan dengan direndam dalam akuades selama ± 15 menit.
3. Divisualisasi dengan menggunakan Gel Doc dan kemudian diambil
gambarnya.
3. Vortex mixer

 Prinsip kerja :

Prinsip kerjanya adalah mixing/menghomogenkan agar komposisinya

rata. Vortex mixer terdiri dari sebuah motor listrik dengan drive shaf
berorientasi vertikal dan melekat pada sepotong karet menangkupkan
dipasang sedikit off tengah. Sebagai motor menjalankan potongan karet
berosilasi cepat dalam gerakan melingkar , ketika sebuah tabung tes sesuai
ditekan ke dalam karet gerakan ditransmisikan ke bagian dalam cairan dan
vortex dibuat.

 Fungsi : Untuk mengaduk senyawa kimia yang ada dalam tabung reaksi atau
wadah.
 Cara kerja :

1. Tabung reaksi diletakkan pada lubang tempat tabung.

2. Menekan tombol power hingga tempat meletakkan tabung bergerak.
Dengan adanya tegangan yang diberikan, maka tabung reaksi yang berisi
larutan akan tercampur rata

4. Uv transluminator
  Prinsip kerja :
Prinsip kerja dari alat ini adalah sinar UV yang dipancarkan akan
memendarkanEthidium bromide (EtBr) yang menempel pada DNA. Sehingga
visualisasi DNA bisa terlihat lewat pancaran yang berwarna orange keputihan tersebut.

 Fungsi :
UV Transilluminators digunakan untuk men-visual-kan DNA setelah
di loadingatau running dalam DNA elektroforesis.

 Cara kerja

5. Power supply

 Prinsip kerja : mengubah tegangan AC komersial menjadi tegangan DC

sesuai kebutuhan sutu perangkat elektronika.

 Fungsi : berfungsi untuk memberikan sumber tegangan ke perangkat

atau rangkaian elektronika.

6. Centrifuge & cup centrifuge

 Prinsip kerja :
Didasarkan pada pemisahan molekuler dari sel atau organel subseluler.
Sentrifugator dapat dibedakan berdasarkan ukuran, kapasitas, dan
kecepatan. Clinical centrifugedigunakan untuk separasi serum dan urinalisa.
 Fungsi :
Untuk memutar sampel dengan kecepatan tinggi yang berukuran
molekuler sehingga molekul DNA yang berukuran lebih besar akan
mengendap dibawah.
 Cara kerja :
CarapengoperasianCentrifuge :

1. Letakkan tabung yang berisi cairan yang dengan volume sama antara
tabung satu dengan yang lainnya pada tempat yang berseberangan
2. Tutup penutup centrifuge sampai terkunci
3. Pilih kecepatan yang diinginkan pada tombol kecepatan
4. Pilih waktu pemutaran yang diinginkan pada tombol waktu
5. Tekan star untuk centrifuge yang memiliki tombol star, yang tidak
memiliki tombol star begitu tombol waktu diputar centrifuge langsung
berputar
 6. Segera setelah berhenti, penutup dibuka langsung atau perlu menekan
tombol berhenti
7. Ambil tabung dari centrifuge Segera pisahkan sesuai yang dibutuhkan.

 CaraperawatanalatCentrifuge :
1. Spillage shield / cup / tabung centrifuge
2. Bersihkan dari pecahan tabung, tumpahan darah, serum dan lakukan
desinfeksi setiap saat
3. Bersihkan bagian luar dan dalam setiap hari,
4. Timer: Lakukanpemantauan timer sesuai penggunaan atau lakukan
pemantauan setiap satu minggu sekali

 Kalibrasi : Mengukur kecepatan putaran dengan menggunakan tachometer

terkalibrasi dan lakukan 1bulan sekali
 Braking system : Selalu mengikuti anjuran pabrik, Pengambilan tabung
centrifuge dilakukan setelah posisi putaran benar-benar berhenti

 Power suply: Pengecekan kabel, steker dan stop kontak (pengecekan

grounding dan kebocoran arus listrik dari kabel), steker dan stop kontak
 Lakukan pengecekan terhadap motor dan minyak bila perlu
 Terjadinya getaran yang tidak biasa perlu melakukan pengecekan rotor
balance dan mengikuti rekomendasi pabrik
 Pemeriksaan terhadap komponen lainnya, apabila ditemukan kerusakan
atau cacat produk, maka komponen dapat diganti oleh pabrik (bila alat
masihbaru)

7. Elisa reader
 ELISA (Enzyme-linked immunosorbent assay) atau nama lainnya enzyme
immunoassay (EIA) merupakan teknik biokimia yang banyak digunakan di bidang
imunologi untuk mendeteksi adanya antibody atau antigen pada suatu sampel. Terdapat
beberapa jenis teknik ELISA, yaitu
(1) Indirect ELISA;
(2) Direct ELISA;
(3) ELISA Sandwich;
(4) ELISA Multiplex
. Dalam penggunaan sehari-hari ELISA bisa digunakan unruk melabel suatu
antigen atau mengetahui antibody yang ada dalam tubuh. Apabila kita ingin
mengetahui antigen apa yang ada di dalam tubuh, maka yang diendapkan
adalah antibody- nya, begitu pula sebaliknya. Untuk mendeteksi kadar suatu
protein, maka dapat digunakan teknik ELISA sandwich assay dengan dengan
mengedapkan antibody pada well plate.
Fungsi dari test ELISA yaitu bukan hanya untuk mengetahui keberadaan suatu
antigen dengan antibodi tetapi juga untuk mengukur kadar antigen atau antibodi
tersebut dengan menggunakan alat spektrofotometer.

8. pH meter

 Cara Menggunakan pH meter

Pengetahuan terhadap pH baik dengan akurasi tinggi maupun rendah sangatlah berguna
dan mendasar pada berbagai situasi, tentunya termasuk pekerjaan laboratorium. pH
meter dari berbagai tipe dan kualitas dapat digunakan untuk pengukuran kualitas air di
sistem water treatment, kolam renang, pengukuran pH tanah pada pertanian, kesehatan
(untuk memastikan larutan aman digunakan pada pasien), dan lain-lain.

 Perawatan dan Pembersihan Probe

Probe harus dijaga agar tetap bersih dari semua kontaminan sebersih mungkin
dan tidak disentuh oleh tangan. Probe paling baik dijaga agar tetap lembab dengan
media yang sesuai dengan probe tertentu (sebaiknya tidak melembabkan dengan air
distilasi yang dapat memicu difusi elektrode) saat tidak digunakan.
Jika lampu terkontaminasi dengan penggunaan dapat dibersihkan dengan cara
yang direkomendasikan oleh pabrik pembuatannya. Salah satu instruksi pembersihan
nya adalah dengan pembersihan umum (15 menit direndam di dalam larutan pemutih
dan deterjen), garam (larutan asam klorida diikuti dengan natrium hidroksida dan air),
gemuk (deterjen atau metanol), larutan KCl, deposit protein (pepsin dan HCl,
konsentrasi 1%), dan gelembung udara.

 Kalibrasi

Untuk akurasi tinggi pH meter, kalibrasi pH meter harus selalu dilakukan

sebelum setiap pengukuran. Untuk penggunaan normal, kalibrasi dilakukan di awal
hari. Alasannya adalah karena elektroda kaca tidak memproduksi emf pada waktu yang
agak lama, yang dapat mengganggu pengukuran.
Kalibrasi harus dilakukan minimal dengan dua larutan buffer standar yang
meliputi rentang nilai pH larutan yang akan diukur. Untuk kebutuhan umum, bisa
menggunakan buffer pada rentang antara pH 4,00 hingga 10,00. Kecuali untuk asam
yang kuat atau basa kuat, rentang nya dilakukan antara pH yang lebih kecil (1,00)
hingga yang lebih besar (14,00).
pH meter memiliki satu kontrol kalibrasi, untuk mengatur pembacaan nilai kepada
buffer standar pertama, dan kontrol kalibrasi lainnya untuk mengatur pembacaan nilai
kepada buffer standar kedua. Kontrol ketiga dapat mengatur temperatur. Buffer standar
dapat diperoleh dari berbagai supplier, biasanya terdapat catatan bagaimana perubahan
nilai buffer versus temperatur.
Untuk pengukuran yang lebih presisi, 3 larutan buffer kalibrasi lebih baik.
Kalibrasi titik 0 dilakukan dengan kalibrasi pH 7 terlebih dahulu, lalu mengkalibrasi
terhadap pH terdekat pada titik yang diinginkan (antara 4 atau 10), lalu mengecek titik
ketiga akan memberikan akurasi yang lebih linear yang sebenarnya merupakan
masalah non-linear.

9. micro tube

Istilah Microtube terasa asing untuk orang Indonesia, meskipun sebagian

besar telah menggeluti bidang biologi molekuler. Kenapa bisa begitu? Karena pada
umumnya kita menyebut Microtube dengan Eppendorf, yang sebenarnya merupakan
nama perusahaan yang membuat alat tersebut.

Sedangkan di beberapa negara istilah Microtube disebut dengan E-tube,

yang merupakan kependekan istilah dari Eppendorf tube. Ada 4 macam ukurannya
yaitu: 2 ml, 1.5 ml, 0.5 ml, dan 0.2 ml (lihat gambar).

E-tube ukuran 2 ml dan 1.5 ml paling sering digunakan dalam keseharian

pekerjaan biologi molekuler. Selain itu, saat ini tersedia berbagai pilihan warna mulai
dari kuning sampai hijau. Warna gelap (hitam) juga tersedia sebagai pilihan untuk
menyimpan larutan-larutan (misal: staining solution) yang mudah rusak apabila terkena
cahaya (light sensitive).

Fungsi : Memisahkan komponen2 zat atau bahan berdasarkan perbedaaan

masa zat.

10. mikrotom
 Mikrotom adalah mesin untuk mengiris spesimen biologi menjadi bagian yang
sangat tipis untuk pemeriksaan mikroskop. Beberapa mikrotom menggunakan pisau
baja dan digunakan untuk mempersiapkan sayatan jaringan hewan atau tumbuhan
dalam histologi.

11. Waterbath

Waterbath adalah oven atau bisa disebut penangas air yang fungsi utamanya untuk
menciptakan suhu yang konstan . merupakan wadah yang berisi air yang bisa
mempertahkan suhu air pada kondisi tertentu selama selang waktu yang ditentukan.

Prinsip Kerja Alat :

 Pada saat saklar diposisi “on” maka arus listrik dari sumber akan member
suplay listrik ke heater. Heater yang diberi arus listrik memberikan panas pada alat,
suhu semain tinggi , dan berhenti naik sampai suhu yang diinginkan.
Fungsi Alat :

 Pemanasan pada suhu rendah 30°-100°c

 Menguapkan zat/larutan dengan suhu tidak terlalu tinggi
 Menginkubasi kultur mikrologi
12. Hot plate stirrer dan Stirre bar

Hot plate stirrer dan Stirrer bar (magnetic stirrer) berfungsi untuk
menghomogenkan suatu larutan dengan pengadukan. Pelat (plate) yang terdapat
dalam alat ini dapat dipanaskan sehingga mampu mempercepat proses
homogenisasi. Pengadukan dengan bantuan batang magnet Hot plate dan magnetic
stirrer seri SBS-100 dari SBS® misalnya mampu menghomogenkan sampai 10 L,
dengan kecepatan sangat lambat sampai 1600 rpm dan dapat dipanaskan sampai
425oC.

Untuk menghomogenkan suatu larutan dengan pengadukan.

1. Tombol logam untuk menghidupkan alat.
2. Ambil stirer ( batang magnet) dan masukkan pada larutan (di tempatkan dalam
erlenmeyer/ beaker glass) yang akan di homogenkan.
3. Letakkan tepat di bagian tengah papan besi dengan hati-hati.
4. Ubah tombol di sebelah kanan untuk mengatur kecepatan( lihat tanda panah).
5. Ubah tombol di sebelah kiri untuk mengatur suhu.
6. Waktu penggunaan di sesuaikan dengan kebutuhan.
7. Setelah selesai, tombol kecepatan dan suhu di-0 kan kemudian matikan alat.
8. Ambil batang magnet dari larutan yang telah homogen,cuci dan letakkan kembali
di atas papan besi.

13. Mikrowave
Cara kerja :
1. Pasangkan catu daya
2. Masukkan larutan
3. Atur suhu
4. Setelah selesai matikan

14. rotator

15. Mikroplat
adalah pelat datar dengan beberapa " sumur " digunakan sebagai tabung reaksi kecil .
Fungsi : Untuk tempat mereaksikan serum dengan reagen

16. plat tetes & plat hitam

Fungsi : tempat untuk mereaksikan zat dalam jumlah kecil

V.

Kesimpulan
Alat-alat praktikum biologi molekuler adalah Thermocycler (PCR machine),
Elektroforesis horisontal, Elektroforesis vertical, Gel document, vortexmixer , uv
transluminator , centrifuge, elisa reader , pH meter , micro tube , tube centrifuge ,
mikrotom , waterbath, stearer , mikrowave , rotator , mikroplat , plat tetes , plat hitam .

Saran

Kita sebagai mahasiswa harus mengenal semua alat-alat yang ada di laboratorium
sehinga kita bisa menggunakannya dengan tepat dan cermat. Pengenalan alat
laboratorium sangatlah penting oleh semua mahasiswa kesehatan khususnya jurusan d4
analis kesehatan

DAFTAR PUSTAKA
http://adepujisetyawati.blogspot.co.id/2014/11/laporan-pengenalan-alat-alat-
biologi.html
http://nia-maulidyani.blogspot.co.id/2013/11/mikroplate-tabung-serologi.html
http://www.academia.edu/8583021/Instrumentasi_Fasilitas_Penelitian_Bersama
https://benzenaddict.wordpress.com/2011/05/30/pengenalan-alat-alat-laboraturium/