MAKALAH BLOK BIOMEDICAL SCIENCE

PROMOTER

DOSEN PEMIMBING :
dr. Syazili Mustofa, S.Ked., M.Biomed
DISUSUN OLEH :
Ilham Nugroho 1718011072

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
 PRAKATA

Puji syukur penulis haturkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa atas
limpahan berkat, rahmat, dan hidayah-Nya penulis dapat menyelesaikan makalah
mengenai promoter ini. Penulis pun mengucapkan terima kasih kepada dr. Syazili
Mustofa, S.Ked., M.Biomed selaku dosen pembimbing serta para dosen yang
telah mengarahkan penulis baik secara langsung maupun tidak langsung dalam
menyelesaikan makalah ini.
Penulis berharap makalah ini dapat menambah wawasan dan pengetahuan
bagi para pembaca. Penulis menyadari sepenuhnya bahwa di dalam penyusunan
makalah ini masih terdapat banyak kekurangan dan kesalahan. Oleh sebab itu,
penulis berharap adanya kritik, saran, dan usulan yang membangun demi
perbaikan makalah yang telah penulis buat di masa yang akan datang.

4 November 2017

Ilham Nugroho

1
 DAFTAR ISI

Prakata .............................................................................................................. 1
Daftar Isi ........................................................................................................... 2
BAB I PENDAHULUAN ................................................................................ 3
1.1 Latar Belakang ............................................................................... 3
1.2 Rumusan Masalah .......................................................................... 4
1.3 Tujuan ............................................................................................ 4
BAB II PEMBAHASAN ................................................................................. 5
2.1 Pengaruh Promoter Terhadap Pemilihan Plasmid untuk
Menentukan Ekspresi Gen dalam Suatu Organisme ...................... 5
2.2 Pengaruh Struktur Pembentuk Promoter Terhadap Kemampuan
Organisme untuk Berkembang ....................................................... 7
2.3 Peran Core Promoter dalam Proses Regulasi Ekspresi Gen pada
Gen Target ….........................................................................……. 8
2.4 Peran DNA Promoter dan Ekspresinya pada Jaringan lemak dalam
Distribusi Lemak dan Reaksi Metabolisme .................................... 9
BAB III PENUTUP ........................................................................................... 11
3.1 Kesimpulan ...................................................................................... 11
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 12

2
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Sintesis protein merupakan proses kompleks yang terjadi di dalam tubuh
organisme. Sintesis protein diawali dengan adanya proses aktivasi dari faktor
transkripsi yang mengikat urutan promoter gen. Bagian faktor transkripsi aktif ini
memungkinkan perekrutan polimerase yang menghasilkan pembentukan
kompleks inisiasi. Setelah transkripsi, mRNA tersebut diekspor keluar dari
nukleus untuk diterjemahkan ke dalam rantai asam amino yang akan membentuk
protein. Hanya sedikit yang diketahui tentang bagaimana urutan DNA yang
diberikan dapat mempengaruhi jumlah protein akhir yang dihasilkan, di mana ia
diekspresikan atau variabilitas sel ke sel pada tingkat protein yang disintesis. Hal
ini terjadi karena urutan promoter gen mengendalikan langkah pertama dalam
sintesis protein dan memainkan peran kunci dalam mengendalikan kadar protein
akhir.
Untuk mengukur tingkat mRNA dan protein, banyak teknik yang telah
dikembangkan. Namun, sebagian besar pengukuran ini dilakukan pada tingkat
populasi. Hanya mikroskop sel-hidup yang dikombinasikan dengan teknologi
berbasis protein fluoresen (FP) yang menyediakan alat untuk mengukur pada
tingkat sel tunggal, evolusi temporal pada ekspresi protein dalam sel yang
diberikan.
Pada tingkat teoritis, langkah-langkah yang diperlukan untuk mendapatkan
protein rekombinan cukup mudah. Hal pertama yang dilakukan adalah mengambil
gen yang diminati, mengkloningnya dengan vektor ekspresi apa pun yang
dimiliki, mengubahnya menjadi pilihan utama, menginduksi dan kemudian
protein siap untuk pemurnian dan karakterisasi. Namun, dalam praktiknya
beberapa langkah dapat menimbulkan kesalahan. Pertumbuhan tanaman inang
yang buruk, pembentukan inklusi (IB), protein tidak aktif, dan bahkan tidak
mendapatkan protein sama sekali adalah beberapa masalah yang sering ditemukan
pada jaringan pipa (Aymoz et.al, 2016).

3
1.2 Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang yang telah dipaparkan di atas, maka diperoleh
rumusan masalah sebagai berikut :
1. Bagaimana pengaruh promoter terhadap pemilihan plasmid untuk
menentukan ekspresi gen dalam suatu organisme?
2. Bagaimana pengaruh dari struktur pembentuk promoter terhadap
kemampuan organisme untuk berkembang?
3. Bagaimana peran core promoter dalam proses regulasi ekspresi gen pada
gen target?
4. Bagaimana peran DNA promoter dan ekspresinya pada jaringan lemak
dalam distribusi lemak dan reaksi metabolisme?

1.3 Tujuan
Berdasarkan rumusan masalah yang telah dipaparkan di atas, maka diperoleh
tujuan sebagai berikut, yaitu :
1. Mengetahui pengaruh promoter terhadap pemilihan plasmid untuk
menentukan ekspresi gen dalam suatu organisme.
2. Mengetahui pengaruh dari struktur pembentuk promoter terhadap
kemampuan organisme untuk berkembang.
3. Mengetahui peran core promoter dalam proses regulasi ekspresi gen pada
pada gen target.
4. Mengetahui peran DNA promoter dan ekspresinya pada jaringan lemak
dalam distribusi lemak dan reaksi metabolisme.

4
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Pengaruh Promoter Terhadap Pemilihan Plasmid untuk Menentukan

Ekspresi Gen dalam Suatu Organisme

Gambar 1. Anatomi vektor ekspresi. Gambar menggambarkan komponen yang terdapat

pada vektor ekspresi secara umum. Semua komponen dijelaskan dalam teks. Tag afinitas dan
urutan pengkodean untuk pemindahan mereka diposisikan di sembarang tempat pada ujung N
untuk kesederhanaan. MCS, beberapa situs kloning. Striped patterned box: urutan pengkodean
protein yang diinginkan.

Bahan pokok dalam penelitian promotor prokariotik tidak diragukan lagi

adalah promoter lac, komponen kunci dari operon lac. Adanya fakta bahwa
laktosa menyebabkan induksi sistem dan gula bisa digunakan untuk produksi
protein. Namun, induksi sulit dilakukan dengan adanya sumber karbon yang
mudah dimetabolisme. Jika terdapat laktosa dan glukosa, ekspresi dari promoter
lac tidak sepenuhnya diinduksi sampai semua glukosa telah digunakan. Pada titik
ini (glukosa rendah), siklik adenosin monofosfat (cAMP) diproduksi, yang
diperlukan untuk aktivasi lengkap operon lac. Kontrol ekspresi positif ini dikenal
sebagai represi katabolit. Selain itu, glukosa dapat menghapus serapan laktosa
karena laktosa permease tidak aktif karena adanya keberadaan glukosa. Untuk
mencapai ekspresi dengan adanya glukosa yang tersedia, terdapat mutan yang

5
dapat mengurangi (namun tidak menghilangkan) kepekaan terhadap regulasi
katabolik yaitu, promotor lacUV5.
Promoter lac dan turunannya lacUV5 bersifat lemah dan karenanya tidak
terlalu berguna untuk produksi protein rekombinan. Misalnya, promoter tac terdiri
dari daerah -35 promoter trp (tryptophan) dan wilayah -10 promoter lac. Promoter
ini kira-kira 10 kali lebih kuat dari lacUV5. Contoh nyata dari plasmid komersial
yang menggunakan promotor lac atau tac untuk mendorong ekspresi protein
adalah seri pUC (promoter lacUV5, Thermo Scientific) dan rangkaian vektor
pMAL (promotor tac, NEB).
Ekspresi basal dapat dikendalikan oleh lacIQ dan juga oleh ekspresi T7
lisozim. T7 lisozim berikatan dengan T7 RNAP dan menghambat inisiasi
transkripsi dari promotor T7. T7 lisozim disediakan oleh plasmid yang kompatibel
(pLysS atau pLysE). Setelah induksi, jumlah T7 RNAP yang dihasilkan
melampaui tingkat polimerase yang dapat dihambat T7 lisozim . RNAP T7 yang
bebas dapat terlibat dalam transkripsi gen rekombinan. Ketiga mekanisme tersebut
(represi ketat gen T7 RNAP lac-inducible oleh lacIQ, penghambatan T7 RNAP
oleh lisozim T7 dan adanya operator lacO setelah promotor T7) membuat sistem
menjadi ideal untuk menghindari ekspresi basal.
Transkripsi dari semua promoter ini di inisiasi oleh reaksi kimia. Sistem
yang memberikan respon terhadap sinyal fisik seperti suhu dan pH juga tersedia
sebagai contoh adalah promoter pL. Mutan λcI yang termasuk protein represor

merupakan mutan yang sensitif dan tidak stabil terhadap suhu di atas 37◦C. Hal ini
bersifat menguntungkan sebagai fakta bahwa dalam proses fermentasi, panas
dapat diproduksi dengan efisien dan dapat dengan mudah meningkatkan suhu
pada preparat dengan kepadatan tinggi. Di sisi lain, gen yang memiliki kontrol
dengan cold-inducible promoter cspA dapat diinduksi dengan temperatur dibawah

15◦C. Seri plasmid pCold memiliki struktur tulang punggung pUC118 yang
merupakan turunan pUC18 dengan promotor cspA (Rosano & Ceccarelli, 2014).

6
2.2 Pengaruh Struktur Pembentuk Promoter Terhadap Kemampuan
Organisme untuk Berkembang

Ekspresi divergensi merupakan pendorong utama perubahan evolusioner

dan diperkaya pada gen tertentu. Perbedaan ekspresi pada ragi berkorelasi dengan
beberapa komponen promotor, termasuk sejumlah besar situs pengikat, TATA box,
dan pola nukleosom promoter yang diduduki, dapat meningkatkan ketergantungan
pada regulator kromatin dan pengulangan tandem yang tidak stabil. Khususnya,
kontrol untuk salah satu faktor ini tidak menghilangkan efek yang lain dan
menunjukkan bahwa masing-masing faktor ini memiliki efek independen pada
ekspresi divergensi. Banyak dari faktor ini tampaknya memberikan pengaruhnya
pada perbedaan ekspresi terutama melalui efek trans, walaupun yang lain
(misalnya, pengulangan yang tidak stabil) melibatkan efek cis.

Gambar 2. Ekspresi fleksibilitas, yang diatur oleh arsitektur pembangun promotor, mungkin
karena meningkatnya ketergantungan pada peraturan trans dan perubahan lingkungan. Gen dengan
TATA box, promotor yang ditempati nukleosom dan banyak situs pengikat diatur lebih luas oleh
faktor pengaturan. Faktor-faktor ini merespons sinyal ekstraselular, sehingga membuat gen target
responsif terhadap perubahan lingkungan baik pada skala waktu yang singkat maupun pada
rentang waktu yang lebih lama. Gen yang fleksibel ini secara khusus mengkode protein yang
berinteraksi dengan lingkungan dan menengahi respons terhadap perubahan lingkungan dan ini
memungkinkan adaptasi yang cepat terhadap lingkungan baru.

Seperti disebutkan di atas, ekspresi divergensi mempunyai korelasi dengan

respons ekspresi (sejauh mana ekspresi gen berubah sebagai respons terhadap
lingkungan). Elemen promotor yang dibahas di atas mendasari fleksibilitas

7
ekspresi gen pada rentang waktu yang pendek (respon dan kebisingan) yang
berperan dalam respon sel terhadap lingkungan, dan juga pada rentang waktu
yang lebih lama (divergensi ekspresi) yang tentunya juga memungkinkan adaptasi
evolusioner terhadap kondisi baru. Dengan kata lain, korelasi yang terjadi antara
responsif dan ekspresi divergensi mungkin karena ketergantungannya pada sifat
promotor yang sama.

Adanya fakta bahwa komponen pembentuk promoter berkorelasi dengan

ekspresi evolusi (yaitu kesiapan ekspresi gen yang berkembang) meningkatkan
kemungkinan bahwa evolvabilitas ekspresi dapat dijadikan subjek sebagai bahan
penelitian. Hal ini memungkinkan ekspresi beberapa gen tetap kuat terhadap
mutasi, dilain sisi beberapa gen lainnya secara inheren dapat berubah dengan
cepat dalam ekspresi di bawah tekanan evolusioner. Elemen promoter yang secara
independen terkait dengan ekspresi evolusi secara istimewa bertepatan pada gen
yang sama, seolah-olah evolvabilitas terpilih pada gen ini. Dalam konteks ini,
bahwa kelompok gen yang cepat mengalami evolusi divergensi diperkaya dengan
gen membran plasma. Gen ini diperlukan untuk mengatasi perubahan lingkungan
dan fleksibilitasnya memungkinkan adaptasi cepat ke lingkungan baru (Tirosh
et.al, 2009).

2.3 Peran Core Promoter dalam Proses Regulasi Ekspresi Gen pada Gen
Target

DPE merupakan elemen transkripsi yang diperoleh dari banyak gen target.
Jumlah DPE yang mengandung gen akan menurun pada neuroectoderm dan
penurunan lebih lanjut pada ektoderm dorsal, dimana konsentrasi nuklir dorsal
paling rendah. Di sisi lain, jumlah gen yang mengandung TATA box lebih tinggi di
daerah di mana konsentrasi nuklir dorsal menurun.

Diketahui fakta bahwa transkripsi natural enhancer dan promoter twi, lea,
tin, dan brk pada sel S2R Drosophila Schneider dan telah ditemukan bahwa kadar
transkripsi dasar twi, lea, tin, dan brk dengan adanya dorsal yang diungkapkan
secara ektopik adalah sangat tergantung pada motif DPE.

8
Gambar 3. DPE berfungsi dalam beberapa gen target dorsal. Versi wt dan mDPE dari core
promoter yang ditunjukkan (dari 10 sampai 40 yang relatif terhadap lokasi awal A1) dapat
dijadikan sebagai bahan analisis transkripsi in vitro dengan ekstrak nuklir embrio Drosophila.

Berbeda dengan hasil yang diperoleh dengan menggunakan sel-sel

Drosophila S2R, analisis transkripsi in vitro dengan menggunakan ekstrak nuklir
yang berasal dari embrio Drosophila telah menunjukkan bahwa motif DPE, yang
penting untuk aktivitas transkripsi twi, lea, dan brk, dapat digantikan oleh TATA
box. Hal ini menunjukkan keefektifan penggunaan TATA box, yang dapat
mengembalikan transkripsi beberapa promoter yang mengandung mDPE.
Meskipun demikian, TATA box hanya digunakan secara alami pada sebagian kecil
gen target dorsal. Core promoter berkontribusi pada keseluruhan tingkat
transkripsi dan menambahkan peranan pengaturan penting pada jaringan gen
ventral-dorsal kompleks (Zehavi et.al, 2014)

2.4 Peran DNA Promoter dan Ekspresinya pada Jaringan lemak dalam
Distribusi Lemak dan Reaksi Metabolisme

Komposisi lemak tubuh adalah parameter yang lebih tepat untuk

digunakan dibandingkan dengan indeks massa tubuh (IMT) untuk menganalisis
distribusi lemak dalam tubuh. Gen di sekitar varian genetik yang diidentifikasi
dan memberikan fungsi patofisiologis penting dalam metabolisme adalah gen
calon yang masuk akal untuk analisis lebih lanjut mengenai hubungan antara
distribusi lemak yang merugikan, penyakit metabolik, dan kardiovaskular. Lemak

9
tubuh terkait dengan varian rs2943650(T) yang berinteraksi dengan DNA
hipermetilasi di OVAT pada beberapa lokasi CpG di dalam promotor IRS1 yang
menghubungkan efek epigenetik dan genetik.

Gambar 4. Skema representasi lokus gen IRS1, dianalisis lokus CpG dan lokasi SNP. Ekson IRS1
ditunjukkan sebagai kotak berlubang (hitam = pengkodean ekson; abu-abu = ekson non-koding).
Lokus CpG dan varian SNP rs2943650 (C / T) ditunjukkan relatif terhadap start-site terjemahan
(ATG + 1). Analisis CpGs digarisbawahi dengan huruf tebal dan bernomor sesuai urutan analisis
(CpG5 dikeluarkan dari analisis karena optimalisasi urutan dispensasi dalam pelaksanaan
PyroMark). Gambar tidak diskalakan. kb = kilobases; bp = pasang basa.

Metilasi DNA dan ekspresi gen berkorelasi negatif baik pada SAT dan
OVAT di antara individu obesitas, hasil pengamatan yang diamati mungkin
spesifik untuk obesitas. Namun, interaksi faktor genetik dan epigenetik pada lokus
IRS1 nampaknya tidak cukup menjelaskan variabilitas keseluruhan dari
perubahan metabolik yang secara jelas mengindikasikan bahwa mekanisme lain
perlu diperhitungkan (Rohde et.al, 2017).

10
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan di atas, dapat disimpulkan bahwa :
1. Proses induksi genetik yang melibatkan promoter sulit untuk dilakukan
pada kondisi yang terdapat banyak kandungan glukosa.
2. Perbedaan ekspresi divergensi gen mempunyai hubungan dengan beberapa
komponen pada promotor, termasuk situs pengikat, TATA box, dan pola
nukleosom promoter yang diduduki.
3. Core promoter berkontribusi pada keseluruhan tingkat transkripsi dan
menambahkan peranan pengaturan penting pada jaringan gen ventral-
dorsal kompleks.
4. Komposisi lemak tubuh adalah parameter yang lebih tepat untuk
digunakan dibandingkan dengan indeks massa tubuh (IMT) untuk
menganalisis distribusi lemak dalam tubuh.

11
 DAFTAR PUSTAKA

Aymoz, D. Wosika, V. Durandau, E. Pelet, S., 2016, 'Real-time quantification of

protein expression at the single-cell level via dynamic protein synthesis
translocation reporters', Nature Communications 7(11304), 1-12.

Rohde, K. Klös, M. Hopp, L. et. al., 2017, 'IRS1 DNA promoter methylation and
expression in human adipose tissue are related to fat distribution and
metabolic traits', Scientific Reports 7(12369), 1-10.

Rosano, GL. Ceccarelli, EA., 2014, 'Recombinant protein expression in

Escherichia coli : advances and challenges', Frontiers in Microbiology,
Microbiotechnology Ecotoxicology and Bioremediation 5(172), 1-17.

Tirosh, I. Barkai, N. Verstrepen, KJ., 2009, 'Promoter architecture and the

evolvability of gene expression', Journal of Biology 8(95), 1-6.

Zehavi, Y. Kuznetsov, O. Ovadia-Shochat, A. Juven, GT., 2014, 'Core Promoter

Functions in the Regulation of Gene Expression of Drosophila Dorsal
Target Genes', Journal Of Biological Chemistry 289(17), 11993–12004.

12