SOURCES OF SHORT INTERFERING RNAs AND MicroRNAs

SUMBER-SUMBER RNA YANG MENARIK SINGKAT DAN MicroRNA

Beberapa molekul RNA kecil yang menginduksi RNAi berasal dari transkrip gen
microRNA. Gen-gen ini, biasanya dilambangkan dengan simbol mir, ditemukan di genom
berbagai jenis eukariota; sekitar 100 gen mir hadir di Genom C. elegans dan Drosophila, dan
sekitar 250 terdapat dalam genom vertebrata. Awalnya, beberapa gen ini diidentifikasi melalui
analisis mutasi itu mengubah regulasi gen lain. Ketika gen mir ditentukan oleh mutasi ini dianalisis
pada tingkat molekuler, mereka ditemukan memiliki sedikit atau tidak ada proteincoding potensi.
Sebaliknya, mereka memiliki struktur yang aneh. Masing-masing berisi peregangan pendek
nukleotida diulang dalam orientasi berlawanan di sekitar intervensi pendek segmen DNA. Ketika
ditranskripsi, struktur pengulangan terbalik ini menghasilkan sebuah RNA yang dapat dilipat
kembali pada dirinya sendiri untuk membentuk batang untai ganda pendek di pangkalan dari loop
beruntai tunggal (Gambar 19.9a). Enzim yang disebut Drosha mengenali ini batang-loop wilayah
dan mengeluarkannya dari transkrip utama gen mir. Yang dibebaskan batang-loop kemudian
diekspor ke sitoplasma di mana ia dibelah oleh Dier untuk membentuk sebuah miRNA. Dalam C.
elegans, di mana proses ini ditemukan, Dicer menghapus loop dan memotong batang dengan
panjang 22 nukleotida pada masing-masing untaiannya. Setelah jatuh tempo dalam RISC, miRNA
sekarang beruntai tunggal dapat menargetkan urutan dalam mRNA diproduksi oleh gen lain.
Gambar 19.9b menunjukkan pasangan-pasangan antara miRNA dari gen C. elegans mir lin-4 dan
salah satu target miRNA ini di 3 UTR of mRNA dari gen penyandi protein, lin-14. Melalui
pasangan-pasangan ini, lin-4 miRNA merepresi terjemahan lin-14 mRNA.

Sejak ditemukannya gen-gen mir yang saling ditentukan ini, banyak mir lainnya gen telah
ditemukan dengan menggunakan program komputer untuk menyaring DNA genom urutan C.
elegans, Drosophila, dan organisme model lainnya untuk karakteristik struktur ulangi terbalik
Banyak kandidat gen mir yang diidentifikasi oleh ini pendekatan genomik berbasis komputer telah
diverifikasi dengan mendeteksi miRNA yang diturunkan dari gen-gen ini dalam ekstrak sel. Gen
yang mRNA-nya mengandung urutan yang ditargetkan oleh miRNA juga sedang diidentifikasi
oleh kombinasi analisis berbasis komputer dan eksperimen in vivo. Banyak dari gen ini yang
mengkode faktor transkripsi atau lainnya protein yang penting secara perkembangan.
 GAMBAR 19.9 Pengaturan ekspresi gen oleh gangguan RNA. (a) Struktur batang loop
dari transkrip dari C. elegans microRNA gen lin-4. (b) Pasangan-pasangan antara microRNA
berasal dari transkrip lin-4 dan urutan di 3 wilayah yang tidak diterjemahkan dari lin-14
messenger RNA.

Beberapa RNA yang menginduksi RNAi berasal dari transkripsi elemen lain dalam genom
seperti transposon dan transgen, dan mereka juga berasal dari Virus RNA. Cara-cara di mana jenis-
jenis gangguan RNA ini terbentuk tidak sepenuhnya pada tumbuhan dan nematoda, RNA yang
tidak biasa ini dapat disalin ke dalam RNA komplementer molekul oleh enzim yang dikenal
sebagai RNA-dependent RNA polimerase (RdRPs). Jika untai RNA komplementer tetap
berpasangan dengan template dari mana asalnya dibuat, molekul RNA untai ganda yang dihasilkan
dapat dipotong dadu menjadi siRNA oleh Dicertype enzim; kemudian, siRNA yang diproduksi
oleh Dicer dapat memasuki jalur RNAi dan menargetkan populasi RNA yang awalnya
memunculkan mereka. Dengan cara ini, berpotensi RNA bermasalah yang berasal dari transposon,
transgen, atau virus dapat menjadi target represi atau degradasi. Aplikasi RNAi ini mungkin
merupakan yang paling primitive fungsi untuk melindungi organisme dari infeksi virus dan
transposisi yang tidak terkendali. Oleh Sebaliknya, sistem berbasis miRNA yang rumit untuk
pengaturan gen terbukti pada organisme seperti C. elegans tampaknya mewakili aplikasi RNAi
yang sangat berkembang.

Para peneliti telah menemukan bahwa RNAi juga dapat diinduksi oleh untai ganda RNA
yang telah disiapkan secara in vitro dengan transkripsi dari gen atau gen cloning segmen (lihat
Tonggak Sejarah Genetika: Penemuan Gangguan RNA pada Situs Sahabat Mahasiswa). DNA
ditranskripsi dalam dua arah dengan memasukkannya antara promotor dengan orientasi
berlawanan dalam vektor kloning yang sesuai atau dengan menyisipkan salinan terbalik DNA hilir
promotor tunggal (lihat Bab 16). Molekul RNA untai ganda yang berasal dari transkrip klon
tersebut dapatdimasukkan ke dalam sel yang dikultur; mereka juga dapat disuntikkan ke organisme
hidup. Sekali di dalam sel, RNA untai ganda memasuki jalur RNAi. Ini potong dadu menjadi
siRNA molekul, yang kemudian dimasukkan ke dalam kompleks RNA-protein dan ditargetkan
untuk mRNA yang mengandung urutan pelengkap. MRNA yang ditargetkan biasanya
terdegradasi. Jadi, merawat sel atau organisme dengan jenis double-stranded tertentu RNA
memiliki efek merobohkan atau merobohkan ekspresi gen yang sesuai dengan RNA itu. Oleh
karena itu setara dengan menginduksi amorf atau mutasi hipomorfik dalam gen. Dengan
menggunakan pendekatan ini, para ahli genetika telah dapat melakukannya untuk mempelajari
konsekuensi dari melenyapkan atau melemahkan ekspresi gen tertentu dalam berbagai organisme,
termasuk beberapa di mana analisis genetik sulit, lambat, atau tidak mungkin. Dengan demikian,
RNAi sekarang digunakan untuk menganalisis fungsi gen pada ikan, tikus, dan manusia, serta pada
organisme model yang lebih sederhana seperti C. elegans, Drosophila, dan Arabidopsis. Untuk
melihat satu aplikasi dari teknologi ini, kerjakan Memecahkannya: Menggunakan RNAi dalam
Penelitian Sel.

Kata Kunci

1. RNA dan mikroRNA yang mengganggu pendek dihasilkan dari prekursor beruntai ganda yang
lebih besar oleh aksi endonucleases tipe Dicer.

2. Dalam RNA-Induced Silencing Complexes (RISCs), siRNAs dan miRNAs menjadi untai
tunggal sehingga mereka dapat menargetkan urutan pelengkap dalam molekul RNA kurir.

3.Messenger RNA yang telah ditargetkan oleh siRNA dibelah, dan mRNA yang telah ditargetkan
oleh miRNA dicegah dari melayani sebagai template untuk sintesis polipeptida.

4. Ratusan gen untuk miRNA hadir dalam genom eukariotik. Transposon dan transgen dapat
merangsang sintesis siRNA.
5. Gangguan RNA digunakan sebagai alat penelitian untuk merobohkan atau merobohkan ekspresi
gen dalam sel dan seluruh organisme.