BIOLOGI SEL-MOLEKULAR BIOLOGI

SEL dan ORGANEL SEL

Sel adalah unit terekcil yang terdapat pada mahluk hidup, kumpulan dari sel
membentuk suatu jaringan. Sel terdiri dari 2 macam yaitu sel prokariotik dan
eukariotik. Perbedaannya adalah adanya membran yang membungkus inti sel,
sehingga membentuk kompartemen.

Fungsi organela :
1. Nukleus/inti sel fungsinya : sebagai pengatur seluruh aktifitas sel, mengandung
materi genetik (DNA)
2. RE (retikulum endoplasma) kasar : untuk sintesis protein
3. RE (retikulum endoplasma) halus : sebagai tempat penyimpanan Ca, untuk
sintesis steroid.
Sitosol : cairan tempat organel melayang-layang
4. Mitokondria : penghasil ATP, untuk respirasi oksidatif
5. Ribosom : untuk sintesis protein, prosesprotein
6. Lisosom : mengandung enzim untuk pencernaan intrasel
7. Aparatus golgi :’packaging’ (pengemasan) protein untuk menjadi matang,
penambahan suatu subtansi pada protein, sebagai proses lanjutan protein setelah
dari RE
8. Peroksisom : untuk pemecahan hidrogen peroksida
9. Sitoskeleton : jalur berpindahnya organella pada sel, terdiri dari:
Mikrotubulus : membentuk pergerakan kromosom, organel, silia, & flagela
Intermediate filament
Microfilament: membantu kontraksi otot, bentuk sel, & pergerakan sitoplasma

Makromolekul Utama Sel dan Subunit Penyusun Sel

1. Protein : tersusun dari sub unit asam amino

Struktur penyusunnya adalah gugus asam carboxyl, gugus amino, & rantai
samping (menentukan sifatnya). Protein merupakan suatu polimer asam
amino (L-form) yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Satu protein
mengandung 20 asam amino.
2. Asam nukleat (DNA & RNA) : tersusun dari sub unit nukleotid
Asam nukleat merupakan penyimpan informasi biologis yang herediter.
Merupakan polimer nukleotid yang tersusun dari cincin nitrogen, yang
dihubungkan dengan ikatan fosfodiester antara gugus phospat & gugus
carboxyl.
3. Polisakarida : tersusun dari sub unit glukosa
Sebagai sumber energi sel yang disimpan dalam bentuk glikogen, jika dipecah
akan melepas energi.

4. Lipid : tersusun dari sub unit asam lemak

Merupakan komponen penyusun membran sel. Tersusun atas rantai
hidrokarbon yang hidrofobik & tidak reaktif, serta gugus karboksil. Gugus
karboksil bersifat hidrofillik, reaktif dan dapat berikatan secara kovalen
dengan molekul lainnya. Fungsinya adalah sebagai sumber energi yang cukup
tinggi yang disimpan di sitoplasma dalam bentuk triacylglycerol, dan
membentuk membran sel bilayer dalam bentuk fosfolipid yang bersifat
ampifatik.

Mekanisme Transpor Oksigen dan Karbondioksida Pada Paru, Dalam Aliran Darah
dan Pada Jaringan.

Transpor O2 di darah ke jaringan O2 ditranspor dengan mekanisme difusi pasif, yaitu

mengikuti gradien konsentrasi, dari konsentrasi tinggi kekonsentrasi rendah. Adapun
dalam sistem transpornya O2 dapat dibagi menjadi 2:

1,5% O2 terlarut di plasma 98,5% O2 berikatan dengan hemoglobin membentuk

oksihemoglobin.

Dengan tingginya tekanan parsial O2 (PO2) di darah dibanding di jaringan, maka O2

akan ditranspor dari darah ke jaringan. Faktor yang dapat mempengaruhi transpor
O2 selain PO2 adalah pH, PCO2, suhu, & 2,3 BPG. Faktor-faktor tersebut akan
mempengaruhi afinitas O2.

Transpor CO2 di darah dan jaringan

CO2 ditranspor secara difusi pasif, yaitu mengikuti gradien konsentrasi, dari
konsentrasi tinggi ke rendah. Adapun dalam mekanisme transpornya CO2 ditranspor
dalam 3 bentuk:

7% terdisolusi di plasma
23% berikatan dengan Hb membentuk karbaminohemoglobin
70% berbentuk ion bikarbonat
Saat tekanan parsial CO2 (PCO2) di jaringan lebih tinggi, maka CO2 akan ditranspor
dari jaringan ke darah.

Transpor glukosa pada epitel usus

Transpor glukosa di epitel usus menggunakan coupled transport, symport. Yaitu
transpor yang terjadi dengan mendapat energi dari molekul lain, dengan molekul
yang dipindah ada 2 dan searah. Sehingga untuk transport glukosa dibutuhkan Na+
agar masuk dari lumen ke epitel usus.

Saat ATP dipecah oleh ATPase menjadi ADP+Pi, akan mengcouple energi untuk
masuknya Na+ dan glukosa dari lumen ke membran basalis, sehingga sistem transport
glukosa juga dapat disebut transport aktif sekunder.
Proses Pembentukan ATP Di Mitokondria dan Hubungannya Dengan Pembentukan
ROS
Proses pembentukan ATP di mitokondria dikenal dengan nama fosforilasi oksidatif
(30-36 ATP). Jalur sintesis ini menggunakan energi yang dihasilkan dari oksidasi
nutrien untuk produksi ATP. Adapun pembentukannya adalah sebagai berikut:

Elektron ditransfer dari donornya (NADH) ke acceptor (cth: O2) dg reaksi redoks.

di eukariota, proses ini dilakukan oleh kompleks 5 protein yg ada di dlm mitokondria:
NADH-koenzim Q oksireduktase; suksinat-Q oksireduktase; electron transfer
flavoprotein-Q oxireductase; sitokrom C-oksidase; AP sintase. Energi yg dihasilkan
oleh elektron melalui jalur transpor elektron ini digunakan untuk memindahkan
proton melewati membran mitokondria (dari dalam ke luar) terbentuk energi
potensial dlm bentuk gradien pH dan potensial elektrik disepanjang membran
(potensial gradien di daerah membran luar lebih tinggi) konsentrasi proton di
membran luar semakin tinggi dan membuat proton kembali ke membran dlm
konsentrasi yg lebih randah energi yg tersimpan ini digunakan untuk mengalirkan
proton kembali ke membran luar & menurunkan gradien melalui enzim ATP sintase
enzim ini menggunakan aliran proton yg melewatinya utk menghasilkan ATP dari ADP
dengan cara reaksi fosforilasi. aliran proton yg melewati ATP sintase memaksa
bagian enzim untuk berotasi.

Kaitan dengan pembentukan ROS:

ROS merupakan hasil samping dari fosforilasi oksidatif. O2 akan berikatan dengan H2
menjadi H2O. Namun ternyata tidak semua O2 berikatan dengan H2, tapi hanya
berikatan dengan elektron saja sehingga terbentuk O3- (ROS). Dalam kondisi
fisiologis, ROS akan terbentuk 5%.
Apa Yang Dimaksud Dengan Dogma Sentral Pada Biologi?

Dogma sentral: semua info genetik ada di DNA yang akan ditranskripsi ke dalam RNA
dan akan ditranslasi menjadi protein.

Transkripsi :
Transkripsi merupakan proses sintesis mRNA dari cetakan DNA. Proses ini terjadi ada
inti sel (nukleus) tepatnya pada kromosom. DNA akan diurai & dibuat cetakan,
kemuan materi penyalin (ribonucleoside triphosphat) akan masuk, cetakan disalin
dan dirangkai dan keluar menjadi mRNA.

Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu : cetakan DNA yang terdiri
atas basa nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin (T), Sitosin (S) ; enzim RNA
polimerase ; faktor-faktor transkripsi, prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai
penginduksi).

Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu :
1. Inisiasi
Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi di bagian ujung
gen yaitu promoter. 25 pasang basa dari titik O gen di daerah promoter
terdapat TATA box, yang merupakan start point transkripsi oleh polimerase.

2. Elongasi (pemanjangan)
Proses selanjutnya adalah elongasi. Pemanjangan di sini adalah pemanjangan
nukleotida. Setelah RNA polimerase menempel pada promoter maka enzim
 tersebut akan terus bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan
meluruskan heliks. Dalam pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara
kovalen pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk. Misalnya nukleotida
DNA cetakan A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan
seterusnya. Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA berrkisar
antara 30 – 60 nukleotida per detik. Kecepatan elongasi tidak konstan.

3. Terminasi (pengakhiran)
Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika
adanya guanin yang terbentuk. Selanjutnya mRNA terlepas dari DNA templat
menuju ribosom.

Setelah proses transkripsi selesai, maka ada kontrol post transkripsi berupa:
Menstabilkan mRNA yang strukturnya hanya 1 helix, dengan capping 7
metil guanosin pada ujungny agar tidak mudah hancur.
Menghilangkan intron oleh spliceosome.
Menghilangkan 30 polipeptida dan penempelan poly-A (diberi ekor)

Translasi
Adalah proses penterjemahan mRNA menjadi protein.Dalam menterjemahkan, 3
basa diterjemahkan menjadi 1 asam amino. Translasi dimulai dengan adanya start
kodon, AUG (metionin). Jika AUG tidak ada, maka tidak akan ditranslasi. Proses
translasi adalah 3 basa (kodon di mRNA akan dikenali oleh anti kodon yang ada pada
tRNA (transfer RNA). tRNA terikat pada asam amino tertentu sehingga dapat
menterjemahkan bahasa asam amino.Translasi akan berhenti saat ada stop kodon)
UAA / UAG / UAG ( TAA/TAG/TGA pada DNA).

Bagaimana Enzim Dapat Bekerja Mempercepat Suatu Reaksi?

Enzim dapat bekerja mmpercepat suatu reaksi dengan menurunkan energi aktivasi.
Untuk bekerja, enzim membutuhkan substrat. Dengan menurunkan energi aktivasi,
maka terbentuknya kompleks enzim-substrat menjadi lebih cepat, sehingga reaksi
cepat terjadi.
Cara aktivasi enzim: enzim merupakan suatu protein. Enzim akan teraktifkan saat
masuk ke aparatus golgi, untuk penambahan suatu substansi dalam proses
pematangan (packaging).

Cara inaktivasi enzim dengan feed back mechanism. Ada 2 macam feed back, yaitu
feed back positif (inducible), dan feed back negatif (inhibitor). Dengan mekanisme
feed back negatif, enzim dapat diinaktifkan.

Contoh: acyltransferase, glycosiltransferase