Regulasi Ekspresi Gen pada prokariota

Penggunaan Bakteri Echeria Colli digunakana sebagai pendeteksi atau indikator

sebuah lingkungan hidup. Hal ini disebabkan oleh kondisi bakteri e coli yang dapat
beradaptasi dengan lingkungan hiduonya. Contohnya pada saat berpindah dari saluran usus
mamalia ke sistem saluran pembuangan ke sungai, danau, kolam yang tercemar, dan
sebagainy. Memang pada kenyataanya, informasi yang tersedia menunjukkan bahwa
sebagian besar prokariota seperti E. coli menunjukkan kemampuan luar biasa untuk
beradaptasi dengan beragam kondisi lingkungan. Organisme ini menunjukkan kemampuan
yang mencolok untuk mengatur ekspresi gen tertentu sebagai respons terhadap sinyal
lingkungan. Ekspresi gen tertentu berubah. Kemampuan menghiduokan dan mematikan
organisme prokariotik ini yang akan membuatnya bisa bertahan hidup dalam kondisi
lingkungan yang kurang mendukung. Bagaimana cara mengatur ekspresi gen tersebut?

Ekspresi gen ini akan mengatur sedemikian rupa sebetapa banyak produk yang akan
disintesis pada lingkungan tertentu. Setiap lingkungan akan menghasilkan produk sintesis
yang berbeda. ekspresi gen dapat (dan diregulasi pada beberapa tingkatan yang berbeda -
misalnya, ranscription, pemrosesan RNA, pergantian MRNA, fungsi translasi, dan enzim.
Namun, data eksternal menunjukkan bahwa pengaturan mode transkripsi yang paling
penting dari kendali ekspresi gen, paling tidak pada prokariota, bukan berarti regulasi tidak
terjadi pada level lain. Pengaturan fine-tuning pada level translasi jelas penting dalam
kontrol keseluruhan proses metabolisme dalam kehidupan.

Ada beberapa kategori ata ciri utama dalam pengaturan transkip eukariot dan
prokariot. Kategori pertama, dan paling dipahami, mencakup mekanisme yang terlibat
dalam pengaktifan cepat dan pemadaman ekspresi gen sebagai respons terhadap perubahan
lingkungan. Mekanisme pengaturan jenis ini sangat penting dalam organisme mikro karena
seringnya paparan organisme ini terhadap perubahan tiba-tiba di lingkungan. Mereka
memberi mikrnorgonisme banyak "kelenturan untuk menyesuaikan proses metabolisme
mereka dengan cepat untuk mencapai pertumbuhan maksimal dan reproduksi di bawah
kondisi lingkungan yang sangat bervariasi. Kategori utama kedua dari mekanisme
pengaturan mencakup apa yang disebut sirkuit ekspresi gen terprogram. Dalam kasus ini,
beberapa kejadian (seperti infeksi oleh virus) memicu ekspresi satu set gen. Produk (atau
produk) dari satu (atau lebih) gen ini berfungsi dengan mematikan transkripsi set gen
pertama dan / atau menghidupkan transkripsi set gen kedua. Pada gilirannya, satu atau lebih
produk dari set kedua bekerja dengan menyalakan set ketiga, dan seterusnya.
Induksi dan Represi Dalam Prokaryot

Evolusi mekanisme pengaturan yang akan menyediakan sintesis produk gen seperti
itu hanya ketika dan di mana mereka dibutuhkan akan dengan jelas memberikan organisme
yang memiliki mekanisme pengaturan ini dengan keuntungan selektif atas organisme yang
tidak memiliki mekanisme ini.Escherichia coli dan sebagian besar bakteri lain mampu
tumbuh menggunakan salah satu dari beberapa karbohidrat (mis., Glukosa, sukrosa,
galaktosa, arabinosa, laktosa) sebagai sumber energi. Jika glukosa ada di lingkungan, maka
akan lebih disukai dimetabolisme oleh E. coli. sel-sel E. coli dapat tumbuh sangat baik pada
karbohidrat lain. Sel-sel yang tumbuh dalam medium yang mengandung gula laktosa,
misalnya, ketika sumber karbon tunggal mensintesis dua enzim, B-galaciosidase dan B-
galactoside mengijinkan, yang secara unik diperlukan untuk catabolisr. dari laktosa. (Enzim
ketiga, B-galactoside transacetylase, juga disintesis.sel-sel E.coli telah mengembangkan
mekanisme pengaturan dimana sintesis enzim katabolisasi laktosa ini dihidupkan di hadapan
laktosa dan dimatikan jika tidak ada. Dalam lingkungan alami (saluran usus dan selokan),
sel-sel E coli mungkin mengalami ketiadaan glukosa dan keberadaan laktosa relatif
jarang.Enzim yang terlibat dalam jalur katabolik (degradatif), seperti dalam laktosa,
gałaktosa, pemanfaatan binosa, akan menjadi jelas di bagian selanjutnya dari bab ini,
induksi terjadi pada tingkat transkripsi.

Enzim yang merupakan komponen jalur anabolik (biosintetik) adalah sion (dapat
ditekan). Represi, seperti induksi, terjadi pada tingkat transkripsi. Represi tidak harus
disamakan dengan penghambatan umpan balik, di mana pengikatan produk akhir dengan
enzim pertama dalam jalur biosintetik menghambat aktivitas enzim (tetapi tidak / tidak
mempengaruhi sintesisnya).

Model Operon

Model operon untuk menjelaskan pengaturan gen yang mengkode ezim yang
diperlukan untuk pemanfaatan laktosa dalam E. coli. Jacob dan Monod mengusulkan bahwa
transkripsi satu atau satu set gen struktural yang bersebelahan (gen yang mengkode poli
peptida) diatur oleh dua elemen pengontrol (Gambar 14.2a). Salah satu elemen ini, yang
disebut gen regulator (atau gen penekan), kode untuk protein yang disebut penekan; dalam
kondisi yang sesuai, represor mengikat elemen kedua, Operator selalu terletak berdekatan
dengan gen struktural atau gen yang ekspresinya diatur. Ketika represor terikat pada
operator, transkripsi gen struktural tidak dapat terjadi. Kita sekarang tahu bahwa ini terjadi
karena pengikatan represor ke operator secara sterik mencegah pengikatan RNA polimerase
di situs pemasar (situs pengikatan RNA ).
 Mereka yang aktif pada operon yang dapat ditekan disebut co-repressors. Molekul
efektor ini (inducers dan co-repressors) bertindak dengan mengikat (atau membentuk
kompleks dengan) represor. Satu-satunya perbedaan mendasar antara operon yang dapat
diinduksi dan operon yang dapat ditekan adalah apakah kompleks represor telanjang atau
kompleks molekul efektor-efektif aktif dalam pengikatan pada operator. ranskrip MRNA
tunggal membawa informasi pengkodean seluruh operon. Dengan demikian, mRNA operon
yang terdiri dari lebih dari satu gen struktural bersifat poligenik. Sebagai contoh, MRNA
tryptophan operon dari E. coli adalah makromolekul besar yang membawa urutan
pengkodean yang menentukan lima polipeptida yang berbeda. Karena transkripsinya, semua
gen struktural dalam operon ditekan secara terkoordinasi. Karena produk dari gen regulator,
penekan, bertindak dengan mematikan transkripsi gen struktural, model operon, seperti yang
awalnya .

Ketika represor terikat pada operator, secara sterik mencegah RNA polimerase dari
pengikatan ke promotor yang berdampingan (PO) dan dari memulai transkripsi gen
struktural. Apakah represor mengikat ke operator atau tidak tergantung pada ada atau
tidaknya metabolit yang disebut motecule efektor.

Inc, Operuc yang Diinduksi Jacob dan Monod mengusulkan model operon sebagian
besar sebagai hasil dari studi mereka tentang operon E. coli. Moře diketahui tentang operon
lac daripada operon lainnya. Oper lac mengandung promotor, operator, dan tiga gen
struktural, z, y, dan a, yang mengkode enzim B-galactosidase, B-galactoside permease, dan
B-galactoside transacetylase, masing-masing.Perhatikan bahwa gen regulator biasanya
dianggap sebagai bagian dari operon yang tepat, yang terdiri dari gen struktural ditambah
promotor dan Bentuk aktif dari penekan lac, bagaimanapun, adalah tetramer yang berisi
empat salinan dari geneproduk. Dengan tidak adanya induser, represor berikatan dengan
urutan operator lac, mencegah RNA polimerase melilit promotor dan mentransformasikan
gen struktural.

Gen lac i, operator, dan promotor semuanya awalnya diidentifikasi secara genetik
dengan isolasi mutasi dalam unit-unit genetik ini yang menjadikannya tidak berfungsi.
Mutasi dalam gen i dan operator sering menghasilkan sintesis konstitutif dari enzim yang
memanfaatkan laktosa. Mutasi-mutasi ini ditunjuk dan masing-masing. Mutasi oststitutive
dan dapat dibedakan tidak hanya oleh posisi peta, tetapi juga oleh perilaku mereka.

Beberapa mutasi gen i, yang ditunjuk, dominan pada alel tipe liar (i +). Dominasi ini
rupanya hasil dari ketidakmampuan heteromultimer (ingat bahwa fungsi penekan lak
sebagai tetramer), yang mengandung polipeptida tipe liar dan mutan, untuk mengikat pada
frekuensi operator. mutasi iS memodifikasi situs pengikatan di-ducer. Dari penekan lac.
Mutasi promotor tidak mengubah inducibilitas operon lac, sebaliknya mereka memodifikasi
tingkat ekspresi gen dalam keadaan diinduksi dan tidak diinduksi dengan mengubah
frekuensi inisiasi transkripsi lac operon (yaitu, efisiensi RNA polimerasebinding).

Dengan tidak adanya triptofan (co-represor), RNA polyrmerase berikatan dengan

daerah promotor dan mentranskripsikan gen struktural operon. Di hadapan triptofan,
kompleks co-repressor / repressor berikatan dengan wilayah operator dan mencegah
pengikatan RNA polimerase ke promotor. Urutan operator dari operon trp terletak
sepenuhnya di dalam wilayah promotor.

Laju transkripsi operasi trp dalam keadaan derepresi (tidak adanya triptofan) adalah
70 kali laju yang terjadi dalam keadaan tertekan (keberadaan triptofan). Pada mutan trpR
yang tidak dapat membuat penekan, laju sintesis enzim biosintetik triptofan (produk-produk
dari gen struktural dari oper trp) masih berkurang sekitar 10 kali lipat dengan penambahan
triptofan ke medium. Pengurangan ini disebabkan oleh tingkat kedua regulasi ekspresi trp
operon yang disebut atenuasi. Atenuasi terjadi pada situs pengikatannya di promotor lac.

Kompleks regulasi operon ara

Operon arabinosa (ara) E. coli berisi tiga gen struktural (Ara B, ara A, dan ara D)
yang mengkode tiga enzim yang terlibat dalam proeses katabolisme arabinosa. Transportasi
aktif arabinosa ke dalam sel dilakukan oleh produk gen ara E, ara F, dan ara G. Protein
regulasi utama dari operon ara (protein ara C) dihasilkan dari sebuah transkrip yang
diinisiasi pada promotor yang disebut Pc. saat arabinsa tidak ada maka Protein ara (ara C)
bertindak sebagai regulator negatif (represor) dari transkripsi ara B, ara A, dan
gen struktural ara D dari promotor PBAD dan siklik AMP (cAMP). Dan ketika arabinose
ada maka protein ara C berfungsi sebagai regulator positif dalam proses transkripsi tiga gen
structural tersebut. Dengan demikian, tergantung pada ada atau tidak adanya arabinosa
molekul efektordan cAMP . Protein ara C berikatan dengan kompleks CAMP-CAP di
tempat yang disebut dengan ara I. dan terjadimya represi operon arabinose pada ikatan
protein ara C berada di operator arabinose yang kedua yaitu ara O2. Struktur dan regulasi
kompleks dari operon arabinosa (ara) E. Coli yaitu ara B, ara A dan ara D gen structural
mengkodekan tiga enzim yang mengkatalisis katabolisme arabinosa ke D-xylulose-5-
fosfat. Pembesaran wilayah aral yang menunjukkan posisi dari site pengikatan untuk
protein araC, cAMP-CAP, dan RNA polimerase, dan lokasi dari site protein ara mengikat
di ara O2. Protein araC mengikat di aral dan ara O2 site, dan kemudian mengikat satu sama
lain untuk membentuk loop DNA. RNA polimerase tidak dapat mengikat pada PBAD
untuk memulai transkripsi ketika DNA adalah dalam konformasi dilingkarkan. Induksi
 daerah operon terjadi ketika protein arabinosa-ara C dan cAMP-CAP kompleks mengikat
di site oral mereka. Ketika kompleks terikat di site oral mereka, struktur loop DNA tidak
dapat terbentuk, dan RNA polymer mampu mengikat di PBAD dan memulai transkripsi
dari mereka, yaitu ara B, ara A dan gen struktural ara D. Ketika struktur loop terbentuk,
maka itu harus mencegah mereka mengikat RNA polymerise pada promotor yang
berdekatan (PBAD) dari operon. Dengan keberadaan arabinose dan cAMP, operon ara
diinduksi sehingga protein ara telah terbukti menjadi penggerak transkripsi operon.

Represi lambda profage selama Lisogeni

Ketika bakteriofag beriklim seperti lambda ada dalam kondisi profag lisogenik
dalam sel, gen pengkodean untuk produk terlibat dalam jalur litik yaitu, gen mengendalikan
replikasi DNA fag, morfogenesis fag. dan lisis sel inang. Hal ini dilakukan dengan sirkuit
represor-operator-promotor, seperti yang terlibat dalam operon bakteri. Gen C1 fag lambda
berfungsi mengkode repressor yang berikatan dengan dua daerah operator yang berfungsi
untuk mengontrol transkripsi gen lambda pada jalur litik. Kedua daerah operator disebut OL
(untuk transkripsi dalam arah ke kiri) dan OR (untuk transkripsi ke arah kanan) tumpang
tindih dengan urutan promotor di mana RNA polimerase mengikat dan memulai transkripsi
gen mengendalikan pembangunan litik yang dapat mengakibatkan RNA polymerase tidak
dapat berikatan dengan dua promotor dan inisiasi transkripsi tidak dapat terjadi sehingga
gen fag tetap terepresi dan profag berpindah dari sel inang parental menuju sel anak. Dalam
percobaan di mana daerah operator dan promotor fag lambda disekuensing. masing-masing
operator itu tiba-tiba ditemukan mengandung tiga lokasi mengikat dengan represor serupa
tetapi tidak identik. urutan dari 17 nukleotida-pasang. Interaksi represor lambda dengan
DNA urutan OLPL dan ORPR menjelaskan bagaimana gen profag lambda diselenggarakan
dalam keadaan tertekan.

KONTROL DARI OPERON trp OLEH ATENUASI (PELEMAHAN)

Repression dan derepression dapat mengubah level ekspresi struktur gen operon trp
dengan hampir 70 lipatan. Walaupun ada level kedua regulasi ekspresi operon trp. Pada
mutan repression trpR yang tidak dapat membuat repressor , Penambahan tryptophan akan
membantu pertumbuhan sel sedangkan jika tidak ada tryptophan akan menyebabkan
pengurangan 8-10 kali sintesis enzim dalam biosintesis tryptophan. Selain itu, delesi yang
menghilangkan bagian daerah repression L mengakibatkan menambahnya kecepatan
ekspresi operon trp. Efek delesi ini terjadinya repression sendiri, penambahan terjadi pada
kedua keadaan baik dengan repression maupun tanpa derepression. Tahap kedua regulasi
operon tryptophan disebut juga pelemahan atau penipisan (atenuasi) dengan cara mengontrol
terminasi dan transkripsi pada daerah dekat ujung sequence leader mRNA. Sinyal terminasi
transkripsi menghasilkan RNA yang dapat membentuk ikatan hydrogen.

Gambar transkripsi pada daerah leader , operon trp dan attenuator daerah attenuator
memiliki sepasang nukleotida yang essensial identik dengan sinyal transkripsi-terminasi
menemukan di akhir operon sebagian besar bakteri. Sinyal terminasi ini terdiri dari sebuah
GG-rich palindrome diikuti oleh beberapa pasang basa AT. Sekuen nukleotida dari attuator
menjelaskan kemampuannya untuk terminasi transkripsi operon trp dengan premature. Hal
ini diregulasi oleh adanya triptofan. Karena Transkripsi dan translasi merupakan pasangan
dalam prokariotik bahwa ribosom mulai mentranslasi mRNA ketika mereka masih diproduksi
oleh transkripsi, 162-nucleotide-long leader-sequence dari operon trp mRNA terdiri dari
sekuen-sekuen yang pasangan basanya dapat membentuk struktur sekunder lainnya. Sekuen
leader terdiri dari sebuah kodon translasi –inisiasi AUG, diikuti 13 kodon asam amino diikuti
dalam jalannya oleh sebuah kodon translasi – terminasi , UGA. 14-amino- acid-long “leader
peptide” disintesis.

Wilayah attenuator memiliki sekuen pasangan nukleotida identik dengan transkripsi- sinyal
terminasi yang ditemukan di paling ujung operon bakteri. Sinyal terminasi ini berisi
palindrom yang kaya G:C diikuti oleh beberapa pasangan basa A:T. Transkripsi sinyal
terminasi ini menghasilkan RNA baru dengan potensi untuk membentuk struktur hidrogen
terikat hairpin diikuti oleh beberapa uracil. Ketika transkrip baru terbentuk pada struktur
hairpin, menyebabkan perubahan konformasi dalam ikatan RNA polimerase, sehingga
mengakibatkan penghentian transkripsi yang diikuti lebih lemahnya daerah ikatan hidrogen
padapasangan basa (A:U)n DNA– RNA.

Oleh karena itu urutan nukleotida attenuator menjelaskan kemampuannya untuk mengakhiri
transkripsi operon trp prematur dengan ada atau tidak adanya triptofan. (1) Dalam mekanisme
prokariot transkripsi akan langsung diikuti dengan translasi. Dengan demikian, peristiwa yang
terjadi selama translasi juga dapat mempengaruhi transkripsi. (2) Sekuen leader mRNA 162-
panjang nukleotida pada operon trp mengandung pasangan basa yang dapat membentuk
struktur alternatif stem-and-loop atau struktur hairpin. Empat daerah leader yang pasangan
basanya dapat membentuk struktur ini adalah: nukleotida 60-68, nukleotida 75-83, nukleotida
110-121, dan nukleotida 126-134. Pembentukan struktur hairpin menyebabkan ikatan antara
transkip dan DNA menjadi tidak stabil sehingga transkrip terlepas dan transkripsi tidak dapat
dilanjutkan. (3) sekuen leader berisi terjemahan kodon inisiasi AUG, 13 kodon untuk asam
amino dan diikuti oleh kodon terminasi UGA. Semua bukti menunjukkan bahwa 14-asam
amino "leader peptida" disintesis.

Gambar 12. Mekanisme Attenuasi Transkripsi Operon trp. (a) Transkripsi trp operon normal-
terminasi hairpin, (b) dan (c) mekanisme yang diusulkan dari attenuasi transkripsi operon trp.
(b) Dalam konsentrasi triptofan yang rendah, hasil transkripsi melewati urutan attenuator
melalui seluruh operon trp. (c) Dengan adanya triptofan yang cukup, transkripsi sering
berakhir di urutan attenuator.

Pengendalian operon yang diatur oleh attenuation juga terjadi pada lima operon lain
yaitu operon thr, ilv, leu, phe, dan his. Selama bertahun-tahun operon dianggap diatur oleh
mekanisme represi, namun sekarang diyakini operon diatur sepenuhnya oleh attenuation.

UMPAN BALIK HAMBATAN DAN ENZIM ALOSTERIK

Adanyaokonsentrasi yang cukup dari sebuah priduk akhir dari jalannya biosintesis akan
secara berkala menghasilkan penghambatan dari enzim pertama dalam jalannya disebut
umpan balik hambatan atau feedback inhibition yang mengakibatkano sebagian besar
penahanan seketika dari sintesis produk akhir ketika itu ditambahkan ke dalam medium.
Umpan balik penghambatan enzim-sensitif telah terbukti memiliki situs produk akhir yang
mengikat (atau situs) di samping situs substrat mengikato(atau situs). Produk akhir yang
berikatan dengan enzim dapat mengakibatkan suatu perubahan yang disebutotransisi alosterik
dimana dapat mengurangi aftinitas substratnya. Dan protein alosterik merupakan protein yang
mengalami perubahan tersebut.

URUTAN WAKTU DARI EKSPRESI GEN SELAMA INFEKSI FAGE

Regulasi ekspresi gen selama daur litik bakteriofag sedikit berbeda dari karakteristik
buka tutup dari operon bakteri. Sebaliknya, gen virus disajikan dalam urutan genetik
preprogramme, mungkin analog dengan urutan terprogram ekspresi gen putatively terlibat
dalam diferensiasi pada organisme yang lebih tinggi. Regulasi ekspresi gen sequensial selama
infeksi fag terjadi selama tahap transkripsi. Contonya pada fag T7 yang menginfeksi E. coli
pada awalnya gen yang mengkode T7 RNA polymerase selanjutnya dapat mentranskripsi
semua gen. Dalam tiga dari E virus-bakteri yang paling ekstensif dipelajari. fag coli T4 dan
T7 dan Bacillus subtilis fag SP01-ekspresi gen sekuensial dikendalikan oleh kodifikasi
Pertanyaan.

1. Ada berapa kategori atau ciri utama dalam pengaturan transkip eukariot dan
prokariotik?

Jawab: Kategori pertama, dan paling dipahami, mencakup mekanisme yang terlibat
dalam pengaktifan cepat dan pemadaman ekspresi gen sebagai respons terhadap
perubahan lingkungan. Mekanisme pengaturan jenis ini sangat penting dalam
organisme mikro karena seringnya paparan organisme ini terhadap perubahan
tiba-tiba di lingkungan. Mereka memberi mikrnorgonisme banyak "kelenturan
untuk menyesuaikan proses metabolisme mereka dengan cepat untuk mencapai
pertumbuhan maksimal dan reproduksi di bawah kondisi lingkungan yang sangat
bervariasi. Kategori utama kedua dari mekanisme pengaturan mencakup apa yang
disebut sirkuit ekspresi gen terprogram. Dalam kasus ini, beberapa kejadian
(seperti infeksi oleh virus) memicu ekspresi satu set gen. Produk (atau produk)
dari satu (atau lebih) gen ini berfungsi dengan mematikan transkripsi set gen
pertama dan / atau menghidupkan transkripsi set gen kedua. Pada gilirannya, satu
atau lebih produk dari set kedua bekerja dengan menyalakan set ketiga, dan
seterusnya.

2. Bagaimana regulasi dengan adanya arabinosa? Apa bedanya jika regulasinya

tidak dengan arabinosa?
Jawab: regulasi dengan adanya arabinosa yang menempel pada situs arabinosa
maka N terminal arm akan menempel pada N-terminal dimer yang ada
pada molekul sejenis pada dimer ara C sehingga molehkul yang terbentuk
dari regulasi tersebut srmakin padat. Jika tidak dengan arabinosa maka N
terminal arm akan menempel pada kompleks situs protein C terminal DNA
dan membentuk kompleks yang lebih kaku.
REGULASI EKSPRESI GEN PADA MAKHLUK HIDUP PROKARIOT

RESUME
Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Genetika II
Yang Dibimbing oleh Prof. Dr. Siti Zubaidah, M.Pd
dan Denny Setiawan, M.Pd

Oleh :
Kelompok 12/ Offering B
Arum Yuni Rochima 170341615100
Nisa Amelia 170341615040

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PRODI S1 PENDIDIKAN BIOLOGI
Agustus 2019