BAB I PENDAHULUAN

Planet Bumi kita ini dihuni oleh jutaan jenis mahluk hidup. Di antara jutaan jenis
makhluk hidup ini ada yang terlihat oleh mata dan ada yang tak terlihat oleh mata. Mahluk
hidup yang tidak dapat dilihat oleh mata tersebut berukuran amat kecil, disebut
mikroorganisme. Untuk mengetahui atau mengamati mikroorganisme tersebut diperlukan alat
bantu berupa alat pembesar, seperti loop, mikroskop biasa, dan mikroskop elektron.
mikroorganisme melakukan adaptasi dengan lingkungannya. Adaptasi ini dapat terjadi secara
cepat serta bersifat sementara waktu dan dapat pula perubahan itu bersifat permanent
sehingga mempengaruhi bentuk morfologi serta struktur anatominya

Untuk keperluan hidupnya, mikroorganisme membutuhkan bahan organik dan

anorganik yang diambil dari lingkungannya. Bahan makanan tersebut dinamakan nutrien,
sedangkan proses mengasimilasi makanannya disebut nutrisi. Nutrien adalah substansi
anorganik dan organik yang dalam larutan melintasi membran sitoplasma (Nutrients is the
chemicals from the environment of which a cell is built). Agar dapat mendapatkan nutrien
dari makanan, sel harus mampu mencerna makanan itu, yaitu mengubah molekul-molekul
protein, karbohidrat dan lipida yang komplek dan besar menjadi molekul yang sederhana dan
kecil yang segera melarut sehingga dapat memasuki sel. Proses mengasimilasikan makanan
itulah yang disebut nutrisi.

Dalam proses kehidupan semua makhluk hidup memerlukan makanan yang banyak
mengandung gizi dan nutrisi yang cukup, tidak terkecuali mikroorganisme, zat-zat tersebut
nantinya akan digunakan dalam aktifitas sehari-hari seperti berjalan, bereproduksi, dan
aktifitas lainnya.

1
 BAB II PEMBAHASAN
1. METABOLISME
Metabolisme bakteri perlu kita ketahui karena kita ingin mengetahui bagaimana
menghambat atau menghentikan pertumbuhan bakteri dan bagaimana kita dapat mengontrol
metabolisme mereka untuk memperpanjang waktu simpan dari produk makanan.
Metabolisme dalam bahasa Yunani adalah metabole, yang berarti perubahan.
Metabolisme merupakan keseluruhan proses reaksi kimia dalam sel untuk mempertahankan
hidup. Ada 2 macam reaksi dalam metabolisme bakteri, yaitu katabolisme dan anabolisme.
a. Katabolisme

Katabolisme merupakan beberapa jalur metabolisme yang membebaskan atau

mengeluarkan energi dengan memecah molekul kompleks menjadi molekul-molekul yang
lebih sederhana. Jalur utama katabolisme ini adalah respirasi selular, dimana glukosa dan
bahan bakar organik lainnya dipecah dengan adanya oksigen menjadi karbon dioksida dan
air.Setelah gula atau glukosa ini dibuat atau diperoleh, mereka adalah sumber energi
kehidupan. Pemecahan dari glukosa ( katabolisme ) memiliki beberapa jalur yang berbeda
b. Anabolisme

Metabolisme merujuk pada jumlah reaksi biokimia yang dibutuhkan untuk

pembangkit energi dan penggunaan energi untuk mensintesis bahan sel dari molekul kecil di
lingkungan. Oleh karena itu, metabolisme memiliki komponen yang menghasilkan energi,
yang disebut katabolisme, dan energi-mengkonsumsi, komponen biosintesis, disebut
anabolisme. Reaksi katabolik atau jalur menghasilkan energi seperti ATP, yang dapat
digunakan dalam reaksi anabolik untuk membangun materi sel dari nutrisi dalam lingkungan.
Hubungan antara katabolisme dan anabolisme diilustrasikan pada Gambar 1 di bawah ini.

2
Sumber: http://wonderfullygift.blogspot.com/2013/02/metabolisme-bakteri-lanjutan.html

Proses anabolik menghasilkan peptida, protein, polisakarida, lipid, dan asam nukleat. Molekul-
molekul ini terdiri dari semua bahan dari sel hidup, seperti membran dan kromosom, serta produk
khusus jenis tertentu dari sel, seperti enzim, antibodi, hormon, dan neurotransmiter.

2. POLA NUTRISI MIKROORGANISME

Medium pertumbuhan (disingkat medium) adalah tempat untuk menumbuhkan mikroba.
Mikroba memerlukan nutrisi untuk memenuhi kebutuhan energi dan untuk bahan
pembangun sel, untuk sintesa protoplasma dan bagian-bagian sel lain. Setiap mikroba
mempunyai sifat fisiologi tertentu, sehingga memerlukan nutrisi tertentu pula.
Susunan kimia sel mikroba relatif tetap, baik unsur kimia maupun senyawa yang
terkandung di dalam sel. Dari hasil analisis kimia diketahui bahwa penyusun utama sel
adalah unsur kimia C, H, O, N, dan P, yang jumlahnya + 95 % dari berat kering sel,
sedangkan sisanya tersusun dari unsur-unsur lain (Tabel ). Apabila dilihat susunan
senyawanya, maka air merupakan bagian terbesar dari sel, sebanyak 80-90 %, dan bagian
lain sebanyak 10-20 % terdiri dari protoplasma, dinding sel, lipida untuk cadangan makanan,
polisakarida, polifosfat, dan senyawa lain.

3
 Tabel 2.2.1 Susunan Unsur-Unsur Penyusun Bakteri E.Coli

A. FUNGSI NUTRISI UNTUK MIKROBA

Setiap unsur nutrisi mempunyai peran tersendiri dalam fisiologi sel. Unsur tersebut
diberikan ke dalam medium sebagai kation garam anorganik yang jumlahnya berbeda-beda
tergantung pada keperluannya. Beberapa golongan mikroba misalnya diatomae dan alga
tertentu memerlukan silika (Si) yang biasanya diberikan dalam bentuk silikat untuk
menyusun dinding sel. Fungsi dan kebutuhan natrium (Na) untuk beberapa jasad belum
diketahui jumlahnya. Natrium dalam kadar yang agak tinggi diperlukan oleh bakteri tertentu
yang hidup di laut, algae hijau biru, dan bakteri fotosintetik. Natrium tersebut tidak dapat
digantikan oleh kation monovalen yang lain.
Jasad hidup dapat menggunakan makanannya dalam bentuk padat maupun cair
(larutan). Jasad yang dapat menggunakan makanan dalam bentuk padat tergolong tipe
holozoik, sedangkan yang menggunakan makanan dalam bentuk cair tergolong tipe
holofitik. Jasad holofitik dapat pula menggunakan makanan dalam bentuk padat, tetapi
makanan tersebut harus dicernakan lebih dulu di luar sel dengan pertolongan enzim
ekstraseluler. Pencernaan di luar sel ini dikenal sebagai extracorporeal digestion.
Bahan makanan yang digunakan oleh jasad hidup dapat berfungsi sebagai sumber
energi, bahan pembangun sel, dan sebagai aseptor atau donor elektron. Dalam garis besarnya
bahan makanan dibagi menjadi tujuh golongan yaitu air, sumber energi, sumber karbon,
sumber aseptor elektron, sumber mineral, faktor tumbuh, dan sumber nitrogen.

4
1. Air
Air merupakan komponen utama sel mikroba dan medium. Funsi air adalah sebagai
sumber oksigen untuk bahan organik sel pada respirasi. Selain itu air berfungsi sebagai
pelarut dan alat pengangkut dalam metabolisme.
2. Sumber energi
Ada beberapa sumber energi untuk mikroba yaitu senyawa organik atau anorganik
yang dapat dioksidasi dan cahaya terutama cahaya matahari.
3. Sumber karbon
Sumber karbon untuk mikroba dapat berbentuk senyawa organik maupun anorganik.
Senyawa organik meliputi karbohidrat, lemak, protein, asam amino, asam organik, garam
asam organik, polialkohol, dan sebagainya. Senyawa anorganik misalnya karbonat dan gas
CO2 yang merupakan sumber karbon utama terutama untuk tumbuhan tingkat tinggi.
4. Sumber aseptor elektron
Proses oksidasi biologi merupakan proses pengambilan dan pemindahan elektron dari
substrat. Karena elektron dalam sel tidak berada dalam bentuk bebas, maka harus ada suatu
zat yang dapat menangkap elektron tersebut. Penangkap elektron ini disebut aseptor elektron.
Aseptor elektron ialah agensia pengoksidasi. Pada mikrobia yang dapat berfungsi sebagai
aseptor elektron ialah O2, senyawa organik, NO3-, NO2-, N2O, SO4=, CO2, dan Fe3+.
5. Sumber mineral
Mineral merupakan bagian dari sel. Unsur penyusun utama sel ialah C, O, N, H, dan
P. unsur mineral lainnya yang diperlukan sel ialah K, Ca, Mg, Na, S, Cl. Unsur mineral yang
digunakan dalam jumlah sangat sedikit ialah Fe, Mn, Co, Cu, Bo, Zn, Mo, Al, Ni, Va, Sc, Si,
Tu, dan sebagainya yang tidak diperlukan jasad. Unsur yang digunakan dalam jumlah besar
disebut unsur makro, dalam jumlah sedang unsur oligo, dan dalam jumlah sangat sedikit
unsur mikro. Unsur mikro sering terdapat sebagai ikutan (impurities) pada garam unsur
makro, dan dapat masuk ke dalam medium lewat kontaminasi gelas tempatnya atau lewat
partikel debu.
Selain berfungsi sebagai penyusun sel, unsur mineral juga berfungsi untuk mengatur
tekanan osmose, kadar ion H+ (kemasaman, pH), dan potensial oksidasi-reduksi (redox
potential) medium.
6. Faktor tumbuh
Faktor tumbuh ialah senyawa organik yang sangat diperlukan untuk pertumbuhan
(sebagai prekursor, atau penyusun bahan sel) dan senyawa ini tidak dapat disintesis dari

5
sumber karbon yang sederhana. Faktor tumbuh sering juga disebut zat tumbuh dan hanya
diperlukan dalam jumlah sangat sedikit.
Berdasarkan struktur dan fungsinya dalam metabolisme, faktor tumbuh digolongkan
menjadi asam amino, sebagai penyusun protein; base purin dan pirimidin, sebagai penyusun
asam nukleat; dan vitamin sebagai gugus prostetis atau bagian aktif dari enzim.
7. Sumber nitrogen
Mikroba dapat menggunakan nitrogen dalam bentuk amonium, nitrat, asam amino,
protein, dan sebagainya. Jenis senyawa nitrogen yang digunakan tergantung pada jenis
jasadnya. Beberapa mikroba dapat menggunakan nitrogen dalam bentuk gas N2 (zat lemas)
udara. Mikroba ini disebut mikrobia penambat nitrogen.

B. PENGGOLONGAN MIKROBA BERDASARKAN NUTRISI DAN OKSIGEN

1. Berdasarkan sumber karbon

Berdasarkan atas kebutuhan karbon jasad dibedakan menjadi jasad ototrof dan
heterotrof. Jasad ototrof ialah jasad yang memerlukan sumber karbon dalam bentuk
anorganik, misalnya CO2 dan senyawa karbonat. Jasad heterotrof ialah jasad yang
memerlukan sumber karbon dalam bentuk senyawa organik. Jasad heterotrof dibedakan lagi
menjadi jasad saprofit dan parasit. Jasad saprofit ialah jasad yang dapat menggunakan bahan
organik yang berasal dari sisa jasad hidup atau sisa jasad yang telah mati. Jasad parasit ialah
jasad yang hidup di dalam jasad hidup lain dan menggunakan bahan dari jasad inang
(hospes)-nya. Jasad parasit yang dapat menyebabkan penyakit pada inangnya disebut jasad
patogen.

2. Berdasarkan sumber energi

Berdasarkan atas sumber energi jasad dibedakan menjadi jasad fototrof, jika
menggunakan energi cahaya; dan khemotrof, jika menggunakan energi dari reaksi kimia.
Jika didasarkan atas sumber energi dan karbonnya, maka dikenal jasad fotoototrof,
fotoheterotrof, khemoototrof dan khemoheterotrof. Perbedaan dari keempat jasad tersebut
sbb:

6
3. Berdasarkan sumber donor elektron
Berdasarkan atas sumber donor elektron jasad digolongkan manjadi jasad litotrof dan
organotrof. Jasad litotrof ialah jasad yang dapat menggunakan donor elektron dalam bentuk
senyawa anorganik seperti H2, NH3, H2S, dan S. jasad organotrof ialah jasad yang
menggunakan donor elektron dalam bentuk senyawa organik.

4. Berdasarkan sumber energi dan donor elektron

Berdasarkan atas sumber energi dan sumber donor elektron jasad dapat digolongkan
menjadi jasad fotolitotrof, fotoorganotrof, khemolitotrof, dan khemoorganotrof. Perbedaan
keempat golongan jasad tersebut sbb:

5. Berdasarkan kebutuhan oksigen

Berdasarkan akan kebutuhan oksigen, jasad dapat digolongkan dalam jasad aerob,
anaerob, mikroaerob, anaerob fakultatif, dan kapnofil. Jasad aerob ialah jasad yang
menggunakan oksigen bebas (O2) sebagai satu-satunya aseptor hidrogen yang terakhir dalam
proses respirasinya. Jasa anaerob, sering disebut anaerob obligat atau anaerob 100% ialah
jasad yang tidak dapat menggunakan oksigen bebas sebagai aseptor hidrogen terakhir dalam
proses respirasinya. Jasad mikroaerob ialah jasad yang hanya memerlukan oksigen dalam
jumlah yang sangat sedikit. Jasad aerob fakultatif ialah jasad yang dapat hidup dalam keadaan
anaerob maupun aerob. Jasad ini juga bersifat anaerob toleran. Jasad kapnofil ialah jasad
yang memerlukan kadar oksigen rendah dan kadar CO2 tinggi.

C. INTERAKSI ANTAR JASAD DALAM MENGGUNAKAN NUTRIEN

Jika dua atau lebih jasad yang berbeda ditumbuhkan bersama-sama dalam suatu
medium, maka aktivitas metabolismenya secara kualitatif maupun kuantitatif akan berbeda
jika dibandingkan dengan jumlah aktivitas masing-masing jasad yang ditumbuhkan dalam
medium yang sama tetapi terpisah.
Fenomena ini merupakan hasil interaksi metabolisme atau interaksi dalam
penggunaan nutrisi yang dikenal sebagai sintropik atau sintropisme atau sinergitik. Sebagai

7
contoh ialah bakteri penghasil metan yang anaerob obligat tidak dapat menggunakan glukosa
sebagai substrat, tetapi bakteri tersebut akan segera tumbuh oleh adanya hasil metabolisme
bakteri anaerob lain yang dapat menggunakan glukosa.
Contoh lain ialah biakan campuran yang terdiri atas dua jenis mikroba atau lebih
sering tidak memerlukan faktor tumbuh untuk pertumbuhannya. Mikroba yang dapat
mensintesis bahan selnya dari senyawa organik sederhana dalam medium, akan
mengekskresikan berbagai vitamin atau asam amino yang sangat penting untuk mikroba
lainnya. Adanya ekskresi tersebut memungkinkan tumbuhnya mikroba lain. Kenyataan ini
dapat menimbulkan koloni satelit yang dapat dilihat pada medium padat. Koloni satelit hanya
dapat tumbuh kalau ada ekskresi dari mikroba lain yang menghasilkan faktor tumbuh esensiil
bagi mikroba tersebut.
Bentuk interaksi lain adalah cross feeding yang merupakan bentuk sederhana dari
simbiose mutualistik. Dalam interaksi ini pertumbuhan jasad yang satu tergantung pada
pertumbuhan jasad lainnya, karena kedua jasad tersebut saling memerlukan faktor tumbuh
esensiil yang diekskresikan oleh masing-masing jasad.

D. MEDIUM PERTUMBUHAN MIKROBA

Susunan dan kadar nutrisi suatu medium untuk pertumbuhan mikroba harus
seimbang agar mikroba dapat tumbuh optimal. Hal ini perlu dikemukakan mengingat banyak
senyawa yang menjadi zat penghambat atau racun bagi mikroba jika kadarnya terlalu tinggi
(misalnya garam dari asam lemak, gula, dan sebagainya). Banyak alga yang sangat peka
terhadap fosfat anorganik. Disamping itu dalam medium yang terlalu pekat aktivitas
metabolisme dan pertumbuhan mikroba dapat berubah. Perubahan faktor lingkungan
menyebabkan aktivitas fisiologi mikroba dapat terganggu, bahkan mikroba dapat mati.
Medium memerlukan kemasaman (pH) tertentu tergantung pada jenis jasad yang
ditumbuhkan. Aktivitas metabolisme mikroba dapat mengubah pH, sehingga untuk
mempertahankan pH medium ditambahkan bahan buffer. Beberapa komponen penyusun
medium dapat juga berfungsi sebagai buffer.

3. PENGERTIAN ENZIM
Enzim adalah suatu katalisator biologis yang dihasilkan oleh sel-sel hidup dan dapat
membantu mempercepat bermacam-macam reaksi biokimia. Dengan adanya katalisator
enzim ini, reaksi dapat dipercepat kira-kira 1012 sampai 1020 kali jika dibandingkan dengan
reaksi tanpa katalisator. Tanpa enzim maka reaksi di dalam sel akan sangat lambat dan tidak

8
terkendali. Katalis walaupun berjumlah sedikit mempunyai kemampuan untuk mempercepat
reaksi kimiawi tanpa enzim itu berubah setelah reaksi selesai. Katalis juga menunjukkan
kekhususan artinya suatu katalis tertentu akan berfungsi pada hanya suatu jenis reaksi tertentu
akan berfungsi pada hanya suatu jenis reaksi tertentu saja. Sekalipin semua enzim pada
mulanya dihasilkan di dalam sel, beberapa diekskresikan melalui dinding sel dan dapat
berfungsi di luar sel.(sumber: Sumarsih,Sri.2000)
Ada dua macam tipe enzim:
1. Enzim Ekstraseluler atau eksoenzim , fungsinya adalah melangsungkan perubahan-
perubahan pada nutrien di sekitarnya sehinnga memungkinkan nutrien tersebut
memasuki sel (berfungsi di luar sel) misalnya amilase menguraikan pati menjadi unit-
unit gula yang lebih kecil.
2. Enzim Intraseluler atau Endoenzim, Fungsinya adalah mensintesis bahan seluler
dan menguraikan nutrien untuk menyediakan energiyang diperlukan sel (berfungsi di
dalam sel) misalnya heksokinase mengkatalis fosforilasiglukosa dan heksosa di dalam
sel.

1.4 Sifat-sifat Enzim

Enzim dapat berupa protein murni atau gabungan antara protein dengan gugusan-
gugusan kimiawi lainnya. Enzim-enzim sifatnya spesifik. Banyak macam-macam enzim,
tetapi hanya dapat mempercepat reaksi kimia pada substansi atau substrat tertentu saja dan
tidak berlaku bagi substrat yang lain. Sifat spesifik enzim ini dapat diibaratkan sebagai anak
kunci dengan gembok. Anak kunci yang satu hanya dapat masuk kedalam gembok yang
sesuai dan tidak akan dapat membuka geembok lain. Contoh : satu enzim protease dapat
merombak substrat protein menjadi asam amino, tetapi enzim ini tidak mampu merombak
substrat lain, misalnya karbonhidrat, lipida dan lain sebagainya.
Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok:
oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif secara terus menerus
berubah bentuknya sesuai dengan interaksi anatara enzim dan substrat. Akibatnya, substran
tidak berikatan dengan tapak aktid yang kaku (Sumber: Hasanah, Uswatun. 2014).

9
 Gambar: Model Induksi Enzim
Sumber: http://id.wikipedia.org/wiki/Enzim. 2014
Menurut teori kunci-gembok, terjadinya reaksi antara substrat dengan enzim karena
adanya kesesuaian bentuk ruang antara substrat dengan situs aktif (active site) dari enzim,
sehingga sisi aktif enzim cenderung kaku. Substrat berperan sebagai kunci masuk ke dalam
situs aktif, yang berperan sebagai gembok, sehingga terjadi kompleks enzim-substrat. Pada
saat ikatan kompleks enzim-substrat terputus, produk hasil reaksi akan dilepas dan enzim
akan kembali pada konfigurasi semula. Berbeda dengan teori kunci gembok. Jika enzim
mengalami denaturasi (rusak) karena panas, maka bentuk sisi aktif berubah sehingga
substrat tidak sesuai lagi (Sumber: Poetjiadi, dkk.1994).
Dengan reaksi enzimatis terdapat ikatan sementara antara enzim dengan substratnya.
Sifat ikatan sementara enzim dengan substrat ini sangat labil, berlangsung dalam waktu
singkat saja, yaitu terjadi sebelum pembentukan senyawa baru yang berasal dari substrat
yang bersangkutan.
Banyak enzim-enzim terdiri dari protein yang bergabung dengan molekul organic
dengan berta molekul rendah yang dinamakan koenzim. Begian proteinnya disebut
apoenzim. Bila bergabung, kedua bagian tersebut membentuk enzim yang lengkap disebut,
holoenzim.

10
 Gambar 1.4
Sumber: http://smakita.net/pengertian-macam-macam-enzim-dan-fungsinya/. 2014
Molekul-molekul enzim amatlah efisien dalam mempercepat pengubahan substrat
menjadi molekul produk akhir. Tetapi, enzim bersifat tidak stabil. Aktivitasnya dapat
berkurang dengan nyata atau hancur oleh berbagai kondisi fisik atau kimiawi. Dalam hal ini
terdapat perbedaan dasar di antara enzim yang berbeda-beda. Beberapa dapat menjadi tidak
aktif oleh perubahan-perubahan yang amat kecil di sekitarnya, seperti misalanya dibiarkan
sebentar saja dalam suhu kamar.
Dua cirri amat menyolok mengenai enzim adalah (1) efisiensi kataliknya yang tinggi
dan (2) drajat kekhususannya yang tinggi terhadap subtract. Satu enzim tunggal akan
bereaksi akan bereaksi dengan hanya satu subtract tunggal atau dalam beberapa hal dengan
gugusan kimiawi tertentu saja pada substrat-substrat yang secara kimiawi berkerabat.
Artinya, sel biasanya menghasilkan enzim yang berbeda untuk setiap senyawa yang
harus dikenai proses metabolism olehnya. Lagi pula, setiap enzim menyebabkan perubahan
satu langkah pada substratnya. Misalnya; khamir mengubah glucose menjadi alcohol dan
karbon dioksida (Sumber: Hasanah, Uswatun. 2014).

1.5 Bagian-bagian Enzim

Beberapa enzim terutama terdiri dari protein-protein, tetapi banyak juga enzim-enzim
yang hanay mengandunng sebuah protein yang dinamakan Apoenzim yang tidak aktif tanpa
sati komponen yang disebut kofaktor. Apoenzim dan kofaktor bersama-sama merupakan
holoenzim yang aktif. Kofaktor ini dapat merupakan ion-ion logam atau molekul-molekul
organic yang kompleks, dinamakan koenzim. Koenzim membantu kegiatan enzim dengan
menerima atom-atom yang dipindahkan dari substrata tau member atom-atom yang

11
dibutuhkan oleh substrat. Kita mengenal 2 macam koenzim yang penting dalam metabolism
sel yaitu: NAD dan NADP.
Enzim-enzim yang dapat memindahkan atom-atom dari suatu substrat disebut
dehydrogenase dan prosesnya disebut dehydrogenansi. Enzim-enzim flavin seperti FMN
(Flavin Mono Nucleotid) dan FAD (Flavin Adenin Dinucleotide) mengandung derivate dari
vitamin B dan sangat penting dalam reaksi fotosintesis. Seperti halnya NADP dan
NAD,koenzim ini juga berfungsi dalam reaksi-rekasi transfer hydrogen dengan enzim
dehydrogenase.
Koenzim lainnya yang penting adalah koenzim A (Coa A) mempunyai satu derivate
asam pantotenat, memegang pranan penting dalam sintesis dan pemecahan atau
pembongkaran lemak dalam satu seri reaksi-reaksi oksidasi yang disebut siklus krebs.
Apabila koenzim terikat ketat dengan apoenzim, maka konzim disebut gugusan prostetik.
Jika apoenzim terpisah dari koenzimnya, maka aopenzim ini tidak dapat berfungsi. Akan
tetapi jika apoenzim dicampur atau digabungkan kembali dengan koenzimnya, maka
apoenzim tersebut akan dapat berfungsi. Akan tetapi jika apoenzim dicampur atau
digabungkan kembali dengan koenzimnya maka apoenzim tersebut akan berfungsi sebagai
enzim yang aktif.
Siktokrom adalah enzim yang berfungsi sebagai pembawa electron (electron carrier)
dalam proses-proses respirasi dan fotosintesi. Senyawa ini mengandung pigmen dan ion-ion
logan yang strukturnya berkaitan dengan hemoglobin dan klorofil. Beberapa contoh kofaktor
adalh ion-ion logam termasuk besi, tembaga, magnesium, mangan, seng kalsium, dan kobalt
(Sumber: Hasanah, Uswatun. 2014).
Oleh Commision on Enzymes of the International Union of Biochemistry, enzim
dibagi dalam enam golongan besar. Penggolongan ini didasarkan atas reaksi kimia dimana
enzim memegang peran. Enam golongan enzim tersebut adalah:
1. Oksidoreduktase
Enzim yang melaksanakan katalis dengan melibatkan reaksi oksidasi suatu senyawa
ataupun reduksi dengan senyawa lain.
2. Transferase
Enzim melaksanakan katalis reaksi yang mengalihkan suatu gugus yang mengandung
C, P, N, S suatu senyawa ke senyawa lain
3. Hidrolase
Enzim yang melaksanakan katalis pemecah hidroik atau sebaliknya
4. Liase

12
 Enzim yang melaksanakan katalis pemusatan ikatan C-C, C-O, C-N dsb, tanpa
melibatkan hidrolisis atau oksidasi reduksi
5. Isomerase
Enzim yang melaksanakan katalis reaksi isomerisasi yang merupakan penataan
kembali atom yang membentuk suatu molekul
6. Ligase
Enzim yang melaksanakan katalis reaksi-reaksi pembentukan ikatan antara dua
moekul substrat yang terkait dengan pemusatan ikatan pirofosfat dalam ATP atau
senyawa energi tinggi lainnya (Sumber: Murray Rk, dkk. 2013).

1.6 Mekanisme Kegiatan Enzimatis

Mekanisme kerja ennzim yang utam adalah konsep aktivitas substrat yang terjadi
setelah pembentukan kompleks enzim-substrat (ES). Aktivasi memungkinkan substrat
diubah oleh kerja enzim. Terjadinya aktivasi molekul substrat ini disebabkan oleh afinitas
kimiawi substrat yang tinggi terhadap daerah-daerah tertentu pada peemukaan enzim yang
disebut situs aktif.
Secara umum urutan tahap-tahap reaksi enzimatis dapat diringkas sebagai berikut:
a. Permukaan dari substrat bersentuhan atau kontak dengan bagian khusus pada
permukaan molekul enzim yang dinamakan “active side”.
b. Terbentuk ikatan sementara antara enzim dengan substrat.
c. Molekul substrat dirombak oleh pengaturan kembali atom-atom yang ada, prombakan
molekul substrata atau kombinasi dari beberapa molekul substrat.
d. Pengubahan molekul substrat, hasil-hasil reaksi, bergerak meninggalkan molekul
enzim.
e. Enzim bebas dan siap untuk berekasi dengan molekul substrat lain.
Substran berhubungan (kontak) dengan bagian aktif dari enzim. Kemudian
substratnya dirombak sehingga dihasilkan senyawa baru dan enzim bebas.

Nomenklatur enzim

Dalam tahun 1956 “Internasional Union of Biology “ Membentuk suatu komisi internasional
yang bertugas dalam pengaturan dan pengadaan nomenklatur atau cara pemberian nama

13
enzim-enzim secara sistematik. Rekomendasi pertama diterbitkam pada tahun 1961,dan
sudah diadaptasi dan digunakan dengan luas.

Cara pemberian nama enzim ada 2 macam

1. Berdasarkan nama substrat yang dapat dirombak atau yang dapat dikatalis oleh enzim
tertentu dengan menambahkan akhiran –ase pada nama substratitu sendiri.kalau
substratnya protein,maka nama enzim yang dapat merombak protein menjadi asam-
asam amino adalah protease. Enzim yang merombak amilum amylase
2. Berdasarkan atas tipe reaksi yang dikatalis ,juga menambahkan akiran –ase pada
substrat yang dirombaknya,misalnya pemecahan senyawa-senyawa dengan
hidrolisa,maka nama enzimnya hidrolase. Kalau pemecahan senyawa-senyawanya
substrat dengan cara fosforilasi,maka nama enzimnya adalag fosforilase.

Klasifikasi Enzim
Banyak enzim yang telah dinamakan dengan menambahkan akhiran ase kepada nama
substratnya, misalnya urease mengkatalisis hidrolisis urea, amilase menghidrolisis amilum.
Tetapi banyak pula enzim yang dinamakan tidak berdasarkan nama substratnya, misalnya
tripsin dan pepsin.Juga ada enzim yang dikenal dengan dua nama, misalnya amilase yang
dihasilkan kelenjar ludah dinamakan pula ptialin. Karena itu, dan juga dengan terus
meningkatnya jumlah enzim yang baru ditemukan, suatu dasar penggolongan enzim secara
sistematis telah dikemukakan oleh persetujuan Internasional. Sistem ini menempatkan semua
enzim ke dalam enam kelas utama, masing-masing dengan subkelas, berdasarkan atas jenis
reaksi yang dikatalisisnya

Tabel 3.3 Klasifikasi Enzim Secara Internasional

No Kelas Tipe Reaksi Kimia Contoh
1 Oksidoreduktase Transfer elektron Alkohol
dehidrogenase

2 Transferase Transfer gugus Heksokinase

fungsi

3 Hidrolase Reaksi hidrolisis Tripsin

14
 4 Liase
5 Isomerase
Pemutusan ikatan Piruvat
C-C, C-O, C-N, dekarboksilase
membentuk ikatan
rangkap
Pemindahan gugus Maleat Isomerase
di dalam molekul,
membentuk isomer

6 Ligase Pembentukan Piruvat karboksilase

(sintetase) ikatan

Tiap-tiap enzim ditetapkan ke dalam empat tingkat nomor kelas dan diberikan suatu nama
sistematik, yang mengidentifikasi reaksi yang dikatalisis. Contoh, enzim yang mengkatalisis
reaksi:
ATP + D-glukosa ADP + D-glukosa – 6 – fosfat

Nama sistematik formal enzim ini adalah: fosfotransferase ATP: glukosa, yang
menunjukkan bahwa enzim ini mengkatalisis pemindahan gugus fosfat dari ATP ke
glukosa.Enzim ini ditempatkan ke dalam kelas 2 pada tabel 4, dan nomor klasifikasinya
adalah 2.7.1.1, dengan bilangan pertama (yaitu 2) menunjukkan nama kelas (transferase),
bilangan kedua (7 ) bagi subkelas (fosfotransferase) dan bilangan ketiga (1) bagi sub-sub
kelas (fosfotransferase dengan gugus hidroksil sebagai penerima), dan bilangan keempat (1)
bagi D-glukosa sebagai penerima gugus fosfat.Jika nama sistematiknya rumit, maka nama
biasa dari enzimini adalah heksokinase.

6. Faktor-faktor Yang Mempengaruhi Kerja Enzim,

Aktivitas enzim dipengaruhi beberapa faktor, antara lain:
a. Suhu
Kerja suatu enzim sangat dipengaruhi suhu lingkungannya.Setiap kenaikan suhu 10o C,
kecepatan enzim akan menjadi dua kali lipat, sampai batas suhu tertentu. Enzim dan protein
pada umumnya dinonaktifkan oleh suhu tinggi. Enzim berdarah panas dan manusia bekerja
paling efisien pada suhu 37o C, sedangkan enzim hewan berdarah dingin pada suhu 25o C.

15
b. pH
Semua enzim peka terhadap perubahan pH, dan nonaktif pada lingkungan pH sangat rendah
(asam kuat) dan pH tinggi (basa kuat). Contoh, enzim pepsin memiliki pH optimum 2,
sedangkan enzim tripsin memiliki pH optimum 8,5.

c. Konsentrasi Enzim, Substrat dan Kofaktor.

Jika pH dan suhu suatu sistem enzim adalah konstan, dan jumlah substrat berlebihan, maka
laju reaksi adalah sebanding dengan jumlah enzim yang ada. Sebaliknya jika pH, suhu dan
konsentrasi enzim konstan, maka laju reaksi adalah sebanding dengan jumlah substrat.

d. Inhibitor
Aktivitas suatu enzim dapat dihambat oleh suatu senyawa yang dikenal sebagai inhibitor.
Inhibitor digolongkan menjadi 2 jenis utama, yaitu: a) yang bekerja secara tidak dapat balik
(irreversible), b) yang bekerja secara dapat balik (reversible). Jenis kedua adalah,
penghambat enzim yang dapat balik, yang dapat digolongkan menjadi 2 jenis, yaitu: 1) zat
penghambat yang bersaingan (kompetitif), 2) zat penghambat yang tidak bersaingan (non-
kompetitif).
Zat penghambat yang bersaingan itu mempunyai struktur mirip dengan struktur molekul
substrat. Suatu penghambat kompetitif berlomba dengan substrat untuk berikatan dengan sisi
aktif enzim, tetapi, sekali terikat tidak dapat diubah oleh enzim tersebut. Ciri penghambat
kom Pengantar
petitif adalah penghambatan ini dapat dihilangkan dengan
meningkatkan konsentrasi substrat.
E + S « ES « E + P (produk)
E + S + I ® EI + S (enzim inaktif)
+
substrat enzim kompleks enzim substrat (aktif)
+
inhibitor kompetitif enzim enzim inhibitor (inaktif)

16
1.10 Metabolisme Anaerob : Glikolisi dan Fermentasi

 GLIKOLISIS

Glikolisis adalah jalur metabolism yang dibunakan oleh sebagian besar organism
heterotrofil, kedua-duannya aerob dan anaeronbik, untuk memulai penguraian glukosa.
Glikolisis tidak memerlukan oksigen, tetapi jug adapt pada kondisi ada atau tidaknya
oksigen. Empat kejadian penting yang terjadi pada glikoslisis adalah: 1) Fosforilisasi tingkat
substra, 2) Memecah molekul 6C (glukosa) menjadi dua molekul 3C, 3) Mentransfer dua
electron kepada koenzim NAD dan, 4) Menangkap energy dalam ATP.
Fosforilisasi adalah penambahan fosfat group pada molekul, biasanya dari ATP.
Secara umum penambhan ini menurunkan energy molekul. Hanya saja, fosfat grup biasanya
membantu sebagai pembawa energy dalam reaksi kimia. Dalam glikolisi awalnya fosfat
grup dari dua molekul ATP ditambah kepada glukosa. Pengunaan dua ATP ini menaikkan
tingkat energy dari glukos agar dapat berpartisipasi dalam reaksi berikutnya dan
mengembalikan ketidak mampuan akhir sel.
Setelah fosforilisasi, glukosa diuraikan menjadi dua molekul 3C dan masing-masing
molekul dioksidasi, dua electron ditransfer ke NAD. Produk akhirnya adalah dua molekul
asam piruvat dan dua molekul tereduksi,.
Menangkap energy dari ATP pada tingkat substrat kemudian memisah ATP dalam
dua reaksi pemisah dalam glikolisis. Dengan ADP dan fosfat inorganic (Pi) dalam
sitoplasma. Pelepasan energy dari molekul subtract digunakan untuk membentuk ikatan
berenergi tinggi diantara ADP dan Pi dengan reaksi sebagai berikut : ADP + Pi +
Energi → ATP
Glikolisis member sel energy dalam jumlah yang relative kecil. Energy dari dua
molekul ATP selam metabolism dari masing-masing molekul yang relative kecil. Energy
dari dua molekul ATP selam metabolism dari masing-masing molekul 3C, dan total 4 ATP
yang dibentuk dari metabolisme satu molekul 6C glukosa menjadi dua molekul piruvat.
Karena energy dari dua ATP telah digunakan untuk fotofosforilisasi hasil bersih dari
glikolisis hanya dua per molekul glukosa.

 Lintasan Embden – Mayer hoff

17
 Perombakan glukosa terjadi pada sel aerobic maupun anaerobic pada eukariotik dan
prokariotik, bila ada O2, glikolisi menghasilkan asam piruvat, bila tidak ada O2. Asam laktat.
Setiap mol glukosa diuraikan : 8 TAP = 2 mol ATP dan 2 mol NADH (6ATP).

 Lintasan Pentosa Fosfat

Perombakan karbohidrat melalui bebrapa lintasan glikolisis glikolitik dan

pembentukan pentose fosfat (gula fosfat C5) pada prokariot dan eukariot. Bukan jalur utama
oksidasi glukosa, menyediakan pentose fosfat dan biosintesis nukleutida (as.nukleat).

 Lintasan Entner-Doudoroff

Lintasan pintas dari proses glikolisi dengan dihasilkanny asam 6-fosfoglukonat, pada
prokariot aerob dan anaerob contoh : Pseudomonas

 FERMENTASI

Fermentasi adalah proses produksi energy dalam sel dalam keadaan anaerobic (tanpa
oksigen). Secara umum, fermentasi adalah salah satu bentuk respirasi anaerobic, akan tetapi,
terdapat definisi yang lebih jelas yang mendefinisikan fermentasi sebgai respirasi dlam
lingkungan anaerobic tanpa akseptor elektrom internal.
Gula adalah bahan yang umum dalam fermentasi. Beberapa contoh hasil fermentasi
adalah etanol, asam laktat, dan hydrogen. Akan tetapi beberapa komponen lain dapat juga
dihasilkan dari fermentasi seperti asam butirat dan aseton. Ragi dikenal sebagai bahan yang
umum dipergunakan dalam fermentasi untuk menghasilkan etano dalam bir, anggur dan
minuman beralkhol lainnya.
Fermentasi dapat pula diartikan sebagai suatu proses:
1. Pembebasan energy dari gula atau molekul-molekul organi seperti asam-asam amino,
asam-asam organic, purin dan pirimidin.
2. Tidak membutuhkan adanya oksigen, namun demikian kadang-kadang dapat juga terjadi.
3. Tidak melalui rantai transfor electron.
4. Mengunakan molekul-molekul organic sebagai akseptor electron akjir.
5. Menghasilkan sejumlah kecil ATP (hanya 2 molekul).

18
 Selama fermentasi, electron atau hydrogen ditransfer dari NADH2, menjadi asam
piruvat, yang dapat dirombak menjadi berbagai hasil akhir. Beberapamacam
mikroorganisme, mampu memfermantasikan berbagai macam substrat dengan enzim-enzim
aktif. Analisis kimia dari produk-produk akhir reaksi enzimatis ini, berguna dalam
mengidentifikasi mikroorganisme. Suatu hal yang perlu diketahui mengenai fermentasi
adalah bahwa fermentasi hanya menghasilkan 2 molekul ATP, karena banyak energy yang
tetap tinggal didalam ikatan kimia dari produk akhir, seperti asam laktat dan etanol. Perlu
diingat bahwa fermentasi tidak mengalami siklus krebs, dan rantai transfor electron. Setelah
glukosa dipecah menjadi molekul asam piruvat melalui reaksi glikolisi, maka asam piruvat
ini akan menjadi fermentasi menghasilkan berbagai produk akhir.

19
 KESIMPULAN

Kebanyakan enzim dapat berupa protein murni gabungan antara protein dengan
gugusan kimia yang lainya. Enzim memiliki sifat yang spesifik. Enzim memiliki banyak
macamnya, tatpi sebagian enzim hanya dapat mempercepat reaksi kimia atau substrat
tertentunya saja, hal ini diibaratkan seperti gembok dan kuncinya.
Beberapa enzim terutama terdiri dari protein-protein, tetapi banyak juga enzim-enzim
yang hanay mengandunng sebuah protein yang dinamakan Apoenzim yang tidak aktif tanpa
sati komponen yang disebut kofaktor. Apoenzim dan kofaktor bersama-sama merupakan
holoenzim yang aktif. Kofaktor ini dapat merupakan ion-ion logam atau molekul-molekul
organic yang kompleks, dinamakan koenzim. Kita mengenal 2 macam koenzim yang
penting dalam metabolism sel yaitu: NAD dan NADP.
Mekanisme kerja ennzim yang utam adalah konsep aktivitas substrat yang terjadi
setelah pembentukan kompleks enzim-substrat (ES). Aktivasi memungkinkan substrat
diubah oleh kerja enzim

(setelah kesimpulan pembhasan rika baru masukkan kesimpulan yg bawah ini)

Pada metabolism anaerob dibagi menjadi 2 yaitu: glikolis dan fermentasi. Glikolisis
adalah jalur metabolism yang dibunakan oleh sebagian besar organism heterotrofil, kedua-
duannya aerob dan anaeronbik, untuk memulai penguraian glukosa. Glikolisis tidak
memerlukan oksigen, tetapi jug adapt pada kondisi ada atau tidaknya oksigen. Empat
kejadian penting yang terjadi pada glikoslisis adalah: 1) Fosforilisasi tingkat substra, 2)
Memecah molekul 6C (glukosa) menjadi dua molekul 3C, 3) Mentransfer dua electron
kepada koenzim NAD dan, 4) Menangkap energy dalam ATP.
Fermentasi adalah proses produksi energy dalam sel dalam keadaan anaerobic (tanpa
oksigen). Secara umum, fermentasi adalah salah satu bentuk respirasi anaerobic, akan tetapi,
terdapat definisi yang lebih jelas yang mendefinisikan fermentasi sebgai respirasi dlam
lingkungan anaerobic tanpa akseptor elektrom internal.

20
 DAFTAR PUSTAKA

Hasanah,Uswatun. 2014. MIKROBIOLOGI. Medan: UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW, 2003, Biokimia Harper, Edisi XXV,
Penerjemah Hartono Andry, Jakarta: EGC

Poedjiadi, Anna dan F. M. Titin Supriyanti. 1994. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta:

Universitas Indonesia (UI-Press).

Ristiati, Ni Putu. 2000. PENGANTAR MIKROBIOLOGI UMUM. Jakarta: Direktorat

Jenderal Pendidikan Tinggi Deparetemen Pendidikan Nasional

Sumarsih,Sri. 2003. Mikrobiologi Dasar. Yogyakarta: FAKULTAS PERTANIAN

UPN”VETERAN”: YOGYAKARTA

21