Secara garis besar, desain penelitian dalam epidemiologi terbagi menjadi dua group besar;
penelitian experimental dan penelitian observasional. Penelitian eksperimen merupakan
metode yang paling kuat untuk mengungkapkan hubungan sebab akibat. Hambatan utama dalam penelitian eksperimen pada manusia adalah faktor etis. Walaupun sampai saat ini masih terdapat hambatan faktor etis, tetapi penelitian eksperimen telah banyak dilakukan terutama untuk menemukan obat yang lebih efisien dalam pengobatan suatu penyakit. Umumnya pda penelitian eksperimental ini subjek penelitian ditetapkan secara acak (random), menjadi kelompok kelola dan kelompok kontrol. Lalu hasil penelitian kedua kelompok dibandingkan, biasanya secara analisis statistik. Rancangan penelitian dapat dibedakan menjadi rancnagan eksperimen murni dan eksperimen semu (quasi experiment). Berdasarkan lokasi penelitian, umumnya penelitian eksperimen dapat dilakukan di klinik (clinical trial = uji klinis) dan dilakukan di lapangan (field trial = penelitian intervensional). Sedangkan penelitian observasional pada umumnya memiliki resiko rendah terhadap subjek penelitian, tidak menggunakan intervensi yang berbahaya, dan seringnya hanya menggunakan kuesioner, pemeriksaan fisik, dan pemeriksaan penunjang (pemeriksaan Rontgen). Penelitian epidemiologi observasional ada 3 jenis, yaitu cross sectional (potong lintang), case control study dan cohort study. Case control adalah rancangan studi epidemiologi yg memepelajari hubungan penyakit dan paparan (faktor penelitian) dengan cara mengamati status paparandan penyakit dalam waktu serentak pada individu-individu dari populasi tunggal, pada satu saat atau tahun yg sama. Cross sectional bertujuan menilai aspek kesehatan penduduk atau uji hipotesis tentang penyebab penyakit atau faktor resiko yang dicurigai. Case control study adalah rancangan studi epidemiologi yg mempelajari hubungan antara paparan (faktor penelitian) dan penyakit, dengan cara membandingkan kelompok kasus dan kontrol status paparannya. Sedangkan penelitian cohort adalah rancangan penelitian epidemiologi analitik observasional yang mempelajari hubungan antara paparan dan penyakit, dengan cara membandingkan kelompok terpapar dan kelompok tidak terpapar berdasarkan status penyakit. Studi Kohort adalah studi yang mempelajari hubungan antara faktor risiko dan efek (penyakit atau masalah kesehatan), dengan memilih kelompok studi berdasarkan perbedaan faktor risiko. Kemudian mengikuti sepanjang periode waktu tertentu untuk melihat berapa banyak subjek dalam masing-masing kelompok yang mengalami efek penyakit atau masalah kesehatan. Studi kohort dibedakan menjadi dua, yaitu: kohort prospektif dan kohort retrospektif. Studi kohort disebut prospektif apabila faktor risiko, atau faktor penelitian diukur pada awal penelitian, kemudian dilakukan follow up untuk melihat kejadian penyakit dimasa yang akan datang. Lamanya follow up dapat ditentukan berdasarkan lamanya waktu terjadinya penyakit. Pada studi kohort retrospektif, faktor risiko dan efek atau penyakit sudah terjadi dimasa lampau sebelum dimulainya penelitian. Dengan demikian variabel tersebut diukur melalui catatan historis. Prinsip studi kohort retrospektif tetap sama dengan kohort prospektif, namun pada studi ini, pengamatan dimulai pada saat akibat (efek) sudah terjadi. Yang terpenting dalam studi retrospektif adalah populasi yang diamati tetap memenuhi syarat populasi kohort, dan yang diamati adalah faktor risiko masa lalu yang diperoleh melalui pencatatan data yang lengkap. Dengan demikian, bentuk penelitian kohort retrospektif hanya dapat dilakukan, apabila data tentang faktor risiko tercatat dengan baik sejak terjadinya paparan pada populasi yang sama dengan efek yang ditemukan pada awal pengamatan. Ciri-ciri studi kohort adalah sebagai berikut. 1. Studi kohort bersifat observasional 2. Pengamatan dilakukan dari sebab ke akibat 3. Studi kohort sering disebut sebagai studi insidens 4. Terdapat kelompok kontrol 5. Terdapat hipotesis spesifik 6. Dapat bersifat prospektif ataupun retrospektif 7. Untuk kohort retrospektif, sumber datanya menggunakan data sekunder