4. Pada struktur protein apakah terjadi pelipatan protein ?

Jawaban :

Protein mempunyai struktur yang sangat kompleks. Protein ini terbentuk dari urutan asam amino
dengan karakteristik berbeda-beda. Secara hierarki, struktur protein dapat dikelompokkan
menjadi 4 struktur utama yaitu struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier dan
struktur kuartener

[1]. Struktur primer merupakan urutan asam amino yang dihasilkan dari ikatan peptida.

2. Struktur sekunder adalah rangkaian asam amino yang membentuk struktur membelit,
melingkar, dan melipat. Bentuk struktur ini dikelompokkan menjadi struktur alpha-helix (H),
beetha-sheet (B), dan coil (C).

Adapun struktur tersier merupakan gabungan dari berbagai struktur sekunder yang terjadi
setelah proses pelipatan (folding). Peranan protein ini terlihat jelas setelah rangkaian asam
amino melakukan pelipatan dalam bentuk 3 dimensi (3D) sebagai struktur tersier. Namun
struktur tersier (3D) tersebut ditentukan oleh struktur sebelumnya baik struktur primer maupun
struktur sekundernya. Oleh karena itu penentuan struktur sekunder protein menjadi salah satu
kajian yang banyak dilakukan di bidang bioinformatika.

Struktur tersier protein mencapai bentuk tiga dimensi dan interaksi asam amino , muatan ion ,
ataupun gugus yang terdapat pada struktur sekunder . Pada interaksi inilah memungkinkan
terjadinya pelipatan protein (protein folding ) dari struktur sekunder . Protein folding dapat terjadi
melalui ikatan hidrogen , atau ikatan disulfida yang terdapat pada struktur alpha-helix ataupun beta-
sheet

Interaksi muatan ion , yang di sebabkan oleh muatan positif gugus ammonium (seperti leusin)
dengan muatan negatif dari gugus karboksil ( seperti yang terdapat pada glutamat) juga membantu
proses protein folding . Selain itu , interaksi hidrofobik yang melibatkan asam amino bergugus
hidrofobik ( triptofan , tirosin dan fanilalanin) akan bergabung untuk menghindari air karena sifatnya
yang tidak larut dalam air (hidrofobik) sebaliknya , asam amino bergugus hidrofilik , seperti lisin dan
leusin cenderung akan berinteraksi satu sama lain sehingga lebih mudah terkespor ke dalam larutan
(air) struktur tersier tergolong kedalam struktur yang cukup kompleks dan telah bersifat fungsional
yang membutuhkan pengkodean folding sedemikian rupa. Diperkirakan protein folding dapat terjadi
dalam kurun waktu yang sangat singkat ( perseribu detik)

Sumber : ardi.s.b , Haryanto.t .2015. Penggunaan fitur kimia fisik dan posisi atom untuk prediksi
struktur sekunder protein . Vol 1, no 2 .viewed on 21 september 2019 . From