Adanya banyak membran intraseluler yang menyekat sel menjadi sejumah organel
yang terpisah merupakan sifat utama sel eukariot. Tiap organel mempunyai fungsi khusus
yang diperlukan untuk memelihara sel. Sel prokariot tidak mempunyai nukleus yang
sesungguhnya karena DNA tidak terpisah dari sitoplasma oleh suatu pembungkus nukleus.
Demikian pula DNA sel prokariot tidak terdapat sebagai kromosom tersendiri yang
berjumlah banyak, seperti pada sel eukariot, tetapi dalam bersel tunggal yang berimbang.
Namun kelak akan kita ketahui banyak sel prokariot juga memiliki potongan-potongan kecil
DNA di luar kromosom yang juga membantu dalam metabolisme sel, disamping itu
kromosom prokariot berwujud sebagai struktur DNA lingkaran tertutup secara kovalen, sama
sekali tidak mengandung histon yang merupakan ciri kromosom eukariot.
Perbedaan yang paling jelas antara sel eukariot dan prokariot terletak pada
kesederhanaan struktur sel prokariot. Sel ini dapat membelah menjadi dua sel bebas dalam
waktu relatif singkat 15 menit, jika dibandingkan dengan sel eukariot yang membelah diri
dalam waktu 18 hingga 24 jam.
Berikut perbedaan sel prokariot dengan sel eukariot berdasarkan karakteristik/sifat
menurut gambaran : sitologi, analisis kimia, metabolisme, enzim, reproduksi, komponen
biologi molekuler, nutrisi, dan kerentanan terhadap antibiotik.