Lek-10

Peraturan transkripsi
Hasil belajar (LO)
Setelah siswa belajar kuliah ini, mahasiswa mampu
menjelaskan:

10.1 lac operon

10.2 trp operon
 operon

• Yakub dan Monod mengusulkan model operon pada tahun 1961 untuk
pengaturan koordinasi transkripsi gen yang terlibat dalam jalur metabolik
tertentu.
• operon adalah unit dari ekspresi gen dan regulasi yang biasanya meliputi:

• Gen-gen struktural ( setiap gen selain regulator) untuk enzim yang

terlibat dalam jalur biosintesis tertentu yang ekspresinya adalah
co-ordinately dikendalikan.
• elemen kontrol seperti urutan operator, yang merupakan urutan DNA
yang mengatur transkripsi gen-gen struktural.

• gen regulator (s) yang produknya mengenali elemen kontrol, misalnya

represor yang mengikat dan mengatur urutan Operator

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 Laktosa operon
• Escherichia coli dapat menggunakan laktosa sebagai sumber karbon.
• Enzim yang dibutuhkan untuk operon penggunaan laktosa sebagai sumber
karbon hanya disintesis ketika laktosa tersedia sebagai sumber karbon
tunggal.
• Itu operon laktosa ( atau lac operon, Gambar. 1) terdiri dari tiga gen struktural:

• lacZ, yang kode untuk β-galaktosidase, enzim yang bertanggung jawab

untuk hidrolisis laktosa untuk galaktosa dan glukosa;

• renda, yang mengkode permease galaktosida yang bertanggung jawab

untuk transportasi laktosa di dinding sel bakteri; dan

• lacA, yang mengkode transasetilase thiogalactoside.

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 Laktosa operon

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 Laktosa operon
• Tiga gen struktural dikodekan dalam unit transkripsi tunggal, lacZYA, yang
memiliki promotor tunggal,
Plac.
• organisasi ini berarti bahwa tiga operon laktosa struktural
protein diekspresikan bersama-sama sebagai
mRNA polisistronik mengandung lebih dari satu daerah coding di bawah
kendali peraturan yang sama.
• Itu lacZYA Unit transkripsi berisi Operator situs
Olac yang diposisikan antara dasar -5 dan 21 di 5-akhir plac daerah
promoter.
• Situs ini mengikat protein yang disebut lac represor yang merupakan
inhibitor poten dari transkripsi ketika terikat ke operator.

• Lac represor dikodekan oleh gen regulator yang terpisah

Laci yang juga merupakan bagian dari operon laktosa; Laci terletak hanya
hulu dari Plac.
LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon
 The lac represor
• Itu Laci gen mengkodekan represor lac, yang aktif sebagai tetramer dari
subunit identik.
• Ini memiliki afinitas yang sangat kuat untuk lac Operator-mengikat situs,
Olac, dan juga memiliki afinitas umumnya tinggi untuk DNA.
• Itu lac Operator situs terdiri dari 28 bp yang
palindromic.
• Dengan tidak adanya laktosa, represor menempati situs operator mengikat.

• Tampaknya bahwa baik lac represor dan RNA polimerase dapat mengikat
secara bersamaan dengan lac promotor dan Operator situs.

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 The lac represor

• Lac represor sebenarnya meningkatkan pengikatan polimerase ke lac promotor

oleh dua lipat. Ini

• berarti bahwa ketika lac represor terikat ke Olac

Operator urutan DNA,
• polimerase juga kemungkinan untuk terikat untuk berdekatan plac
promotor urutan.

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 Induksi

• Dengan tidak adanya inducer, represor blok lac semua tapi tingkat yang sangat
rendah transkripsi lacZYA.
• Ketika laktosa ditambahkan ke sel-sel, tingkat basal rendah permease
memungkinkan penyerapan nya, dan β-galaktosidase mengkatalisis konversi
beberapa laktosa untuk alolaktosa (Gbr. 2).

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 Induksi
• Alolaktosa bertindak sebagai inducer dan mengikat ke represor lac.

• Hal ini menyebabkan perubahan dalam konformasi dari tetramer represor,

mengurangi afinitas untuk lac operator (Gambar. 3).

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 Induksi
• Penghapusan represor lac dari situs operator yang memungkinkan polimerase (yang sudah
diletakkan di promotor yang berdekatan) untuk secara cepat memulai transkripsi gen
lacZYA. Dengan demikian, penambahan laktosa, atau inducer sintetis seperti isopropil-β-D-thiogalacto

( IPTG) ( Gambar. 2), sangat cepat merangsang transkripsi gen-gen struktural laktosa operon.

• Penghapusan berikutnya inducer mengarah ke penghambatan hampir segera transkripsi

induksi ini, karena lac represor bebas cepat kembali menempati situs operator dan lacZYA transkrip
RNA sangat tidak stabil.

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 protein reseptor cAMP
• Plac promotor tidak promotor yang kuat. plac dan promotor terkait tidak
memiliki urutan -35 kuat dan beberapa bahkan memiliki urutan lemah -10
konsensus.
• Untuk transkripsi tingkat tinggi, mereka membutuhkan aktivitas protein
aktivator spesifik yang disebut cAMP reseptor protein (CRP).

• CRP juga dapat disebut katabolit protein aktivator atau CAP. Ketika
glukosa hadir, E. coli tidak memerlukan sumber karbon alternatif seperti
laktosa.
• Oleh karena itu, operon katabolik, seperti operon laktosa, biasanya tidak
diaktifkan.
• Peraturan ini dimediasi oleh. CRP yang ada sebagai dimer yang tidak
dapat mengikat DNA sendiri, atau mengatur transkripsi.

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 protein reseptor cAMP
• Glukosa mengurangi tingkat cAMP dalam sel.
• Ketika glukosa tidak ada, kadar cAMP di E. coli meningkatkan dan CRP mengikat
cAMP.
• CRP-cAMP kompleks mengikat promotor operon laktosa
plac hanya hulu dari situs untuk RNA polimerase.
• CRP mengikat menginduksi sebuah tikungan di DNA 90 °, dan ini diyakini untuk
meningkatkan RNA polimerase mengikat promotor, meningkatkan transkripsi 50 kali lipat.

• Situs CRP mengikat adalah ulangi terbalik dan mungkin berdekatan dengan
promotor (seperti dalam operon laktosa), mungkin terletak di dalam promotor
sendiri, atau mungkin jauh lebih hulu dari promotor.

• Perbedaan dalam situs CRP-mengikat promotor dari operon katabolik yang berbeda
dapat memediasi berbagai tingkat respon dari operon ini untuk cAMP in vivo.

LO 10.1: Mahasiswa mampu menjelaskan lac operon

 Triptofan operon
• Itu trp operon mengkodekan lima gen struktural yang aktivitasnya diperlukan
untuk sintesis triptofan ( Gambar. 1).
• operon mengkodekan unit transkripsi tunggal yang menghasilkan
transkrip 7 kb yang disintesis hilir dari trp promotor dan trp situs Operator

Ptrp dan Otrp.

• Seperti banyak yang operon terlibat dalam asam amino
biosintesis, yang trp operon telah berkembang sistem untuk ekspresi
terkoordinasi gen ini ketika produk dari jalur biosintesis, triptofan, dalam
pasokan pendek dalam sel.

• Seperti dengan lac operon, produk RNA dari ini

Unit transkripsi sangat tidak stabil, memungkinkan bakteri untuk merespon dengan
cepat perubahan kebutuhan untuk tryptophan.

LO 10.2: Mahasiswa mampu menjelaskan trp operon

 Triptofan operon

Gambar. 1. Struktur trp operon dan fungsi dari represor trp.

LO 10.2: Mahasiswa mampu menjelaskan trp operon

 The trp represor
• Sebuah produk gen yang terpisah trpR operon, represor trp, khususnya
berinteraksi dengan situs operator dari operon trp.

• Urutan Operator simetris, yang membentuk trp situs represor-mengikat,

tumpang tindih dengan urutan trp promotor antara dasar -21 dan 3.

• Inti situs mengikat adalah palindrom dari 18 bp.

• The trp represor mengikat triptofan dan hanya dapat mengikat operator
ketika kompleks dengan triptofan.
• represor adalah dimer dari dua subunit yang memiliki kesamaan struktur
dengan protein CRP dan lac represor.

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 The trp represor
• Represor dimer memiliki struktur dengan inti pusat dan dua fleksibel
DNA-membaca setiap terbentuk dari karboksi-terminal setengah dari satu
subunit kepala.
• Hanya ketika triptofan terikat untuk represor adalah membaca
mengepalai jarak yang benar terpisah, dan rantai samping dalam
konformasi yang benar, untuk berinteraksi dengan
alur utama berturut-turut dari DNA di urutan operator yang trp.

• Tryptophan, akhir-produk dari enzim dikodekan oleh trp operon, oleh karena
itu bertindak sebagai co-represor dan menghambat sintesis sendiri melalui
penghambatan produk akhir.
• represor mengurangi inisiasi transkripsi sekitar 70 kali lipat.

• Ini adalah efek transkripsi jauh lebih kecil dari yang dimediasi oleh
pengikatan represor lac.

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 attenuator
• Pada awalnya, ia berpikir bahwa represor bertanggung jawab atas semua
regulasi transkripsi dari trp operon.
• Namun, ia mengamati bahwa penghapusan urutan antara operator dan trpE
gen coding wilayah mengakibatkan peningkatan kedua basal dan
diaktifkan (derepressed) tingkat transkripsi.

• Situs ini disebut attenuator dan terletak menjelang akhir urutan pemimpin
ditranskripsikan dari 162 nt yang mendahului trpE inisiator kodon.

• attenuator adalah situs terminator rho-independent yang memiliki

palindrom kaya GC pendek diikuti oleh delapan residu U berturut-turut.

• Jika urutan ini mampu membentuk struktur jepit rambut di transkrip RNA,
maka itu bertindak sebagai sangat efisien
transkripsi terminator dan hanya transkrip 140 bp disintesis.

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 RNA pemimpin

• Pemimpin urutan trp operon RNA berisi empat wilayah urutan

komplementer yang dapat membentuk struktur RNA dasar-dipasangkan
berbeda (Gambar 2).
• Ini disebut urutan 1, 2, 3 dan 4.
• Attenuator hairpin adalah produk dari dasar pasangan dari urutan 3 dan 4
(3: 4 struktur).
• Urutan 1 dan 2 juga saling melengkapi dan dapat membentuk kedua 1: 2 jepit
rambut.
• Namun, urutan 2 juga melengkapi urutan
3. Jika urutan 2 dan 3 bentuk 2: struktur jepit rambut 3, 3: 4 attenuator jepit
rambut tidak dapat dibentuk dan terminasi transkripsi tidak akan terjadi.

• Dalam kondisi normal, pembentukan 1: 2 dan 3: 4 jepit rambut adalah

energetik (Gambar 2a.).

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 RNA pemimpin

Gambar. 2.Transcriptional pelemahan dalam operon trp. Sebuah

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 Pemimpin peptida
• Urutan RNA pemimpin berisi situs pengikatan ribosome- efisien dan dapat
membentuk pemimpin peptida 14-asam amino dikode oleh basis 27-68 dari
RNA pemimpin.
• Kodon 10 dan 11 pemimpin peptida encode ini residu triptofan
berturut-turut, akhir-produk dari enzim sintetis dari operon trp.

• Pemimpin ini tidak memiliki fungsi yang jelas sebagai polipeptida, dan tryptophan
merupakan asam amino yang langka; Oleh karena itu, kemungkinan dua kodon
triptofan dalam suksesi rendah dan, dalam kondisi ketersediaan triptofan yang
rendah, ribosom akan diharapkan untuk berhenti sejenak di situs ini.

• Fungsi peptida pemimpin ini adalah untuk menentukan ketersediaan

triptofan dan untuk mengatur terminasi transkripsi.

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 attenuation
• Atenuasi tergantung pada fakta bahwa transkripsi dan translasi yang erat
di E. coli; terjemahan dapat terjadi sebagai mRNA sedang ditranskrip.

• 3'-akhir peptida pemimpin trp coding urut tumpang tindih urutan

komplementer 1 (Gambar 2.); dua kodon trp berada dalam urutan 1 dan
kodon stop adalah antara urutan 1 dan 2.

• Ketersediaan triptofan (produk akhir dari enzim disintesis oleh operon trp)
dirasakan melalui makhluk yang diperlukan dalam terjemahan, dan
menentukan apakah atau tidak terminator (3: 4) bentuk jepit rambut di
mRNA.

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 attenuation
• Sebagai transkripsi dari hasil operon trp, RNA polimerase berhenti pada
akhir urutan 2 sampai ribosom mulai menerjemahkan peptida pemimpin.

• Dalam kondisi ketersediaan triptofan tinggi, itu

ribosom cepat menggabungkan triptofan di dua kodon trp dan dengan
demikian diterjemahkan ke akhir pesan pemimpin.

• Ribosom kemudian occluding urut 2 dan, sebagai RNA polimerase

mencapai urutan terminator, 3: 4 jepit rambut dapat membentuk, dan
transkripsi dapat diakhiri (Gambar 2b.).

• Ini adalah proses pelemahan.

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 c

Gambar. 2.Transcriptional pelemahan dalam operon trp. b

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 attenuation
• Atau, jika triptofan dalam pasokan langka, tidak akan tersedia sebagai
tRNA aminoasil untuk penerjemahan, dan ribosom akan cenderung
berhenti di dua trp kodon, occluding urut 1.

• Hal ini membuat urutan 2 bebas untuk membentuk sebuah jepit rambut dengan urutan 3
(Gambar. 2c), yang dikenal sebagai anti-terminator.
• Terminator (3: 4) jepit rambut tidak dapat membentuk, dan transkripsi berlanjut ke trpE
dan seterusnya.
• Dengan demikian tingkat produk akhir, triptofan, menentukan probabilitas
bahwa transkripsi akan memutuskan lebih awal

(Atenuasi), daripada melanjutkan melalui seluruh operon.

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 c

Gambar. 2.Transcriptional pelemahan dalam operon trp. b

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 Pentingnya redaman
• Kehadiran triptofan menimbulkan penindasan 10 kali lipat dari trp operon
transkripsi melalui proses pelemahan saja.

• Dikombinasikan dengan kontrol oleh represor trp (70 kali lipat), ini berarti bahwa
tingkat tryptophan mengerahkan efek peraturan 700 kali lipat pada ekspresi dari
operon trp.
• Pelemahan terjadi pada setidaknya enam operon yang mengkode enzim yang
bersangkutan dengan biosintesis asam amino.
• Sebagai contoh, operon Nya memiliki pemimpin yang mengkode peptida
dengan tujuh kodon histidin berturut-turut.
• Tidak semua ini operon lain memiliki kombinasi yang sama dari kontrol
regulasi yang ditemukan di trp operon.
• Operon Nya tidak memiliki peraturan represor-operator, dan redaman
membentuk satu-satunya mekanisme kontrol umpan balik.

CP 10.2: operon menjelaskan trp

 Berikutnya....

pengolahan mRNA, kode genetik,

dan sintesis protein