Nama : Barizil Anwar

NIM : 171810301049
Kelas : Biomolekul A
Ujian DNA
1. Kita ketahui bahwa DNA disebut sebagai material genetik, jelaskan hal
tersebut dan jabarkan juga dalam tahapan penemuan yang membuktikan DNA
sebagai material genetik
Jawab :
Gen merupakan bagian dari DNA yang mengkode suatu karakter atau sifat.
DNA didalamnya mengandung nukleous yang terdapat mitokondria dan
plastida. Nucleus tersebut merupakan tempat informasi genetic disimpan.
Alasan lainnya adalah DNA didalamnya terkandung gen yang menjadi unit
dasar dari suatu sel induk. Penelitian yang membuktikan bahsa DNA adalah
sebagai materi genetic dilakukan oleh Avery Oswald pada tahun 1944. Avery
dan kawan-kawan melakukan eksperimen dengan memurnikan berbagai
macam zat yang terdapat dalam sisa sel bakteri yang patogen. Zat-zat tersebut
kemudian dicampurkan ke dalam sel bakteri yang tidak patogen. Hasil
penelitian Avery menunjukkan klon bakteri yang dicampur dengan asam
nukleat (DNA) yang berasal dari sisa bakteri patogen mengalami perubahan
sifat dari non patogen menjadi patogen, sehingga dapat disimpulkan bahwa
DNA tersebut membawa sifat pathogen kedalam bakteri. Penelitiannya ini
pula menghasilkan DNA yang memiliki struktur double helix.
2. Perpanjangan struktur DNA selalu melalui 5’ ke 3’, jelaskan hal tersebut
diatas gambarkan dalam struktur DNA
Jawab :
Replikasi DNA merupakan tugas dari DNA Polimerase. DNA
Polimerase merupakan katalis yang digunakan untuk membentuk ikatan
fosfodiester antara 3’OH dari deoksi dengan 5’ fosfat. Arah replikasi DNA
adalah 5’ ke 3’ . hal tersebut dikarenakan DNA memiliki dua rantai yang
saling berpilin (Double helix) dimana apabila dipecah akan terbagi menjadi
 dua rantai. Arah 5’-3’ dikarenakan pada rantai ini terdapat rantai koding yang
didalamnya terdapat kodon start.

Pemanjangan DNA dalam proses replikasi DNA selalu dari 5’ ke 3’

Replikasi DNA diawali dengan pembukaan double helix pada DNA dengan
menggunakan enzim helikase. Rantai double helix apabila sudah terbuka maka
enzim primase masuk untuk membentuk primer. Setelah primer terbentuk maka
akan terjadi proses elongasi atau pemanjangan. Pada proses elongasi ini enzim
polimerase berperan untuk membuat replikasi dari rantai tunggal pada dna dengan
menambahkan nukleotida. Pemanjangan ini dilakukan dari 5’ ke 3’ karena pada
saat penambahan nukleutida ikatan fosfodiester terbentuk antara 3’OH dari deoksi
dengan 5’ fosfat, sehingga arah replikasi DNA adalah 5’-3. Selanjutnya enzim
nuklease akan menghilangkan primer dan diganti dengan nukleutida baru. Enzim
polimerase akan mengisi kekosongan dari primer dengan nukleutida yang baru.
Tahap terakhir enzim ligase akan menyegel fragmen dna induk dan anak (hasil
replikasi).

3. Beri alasan kenapa basa Adenin dengan Timin dan Citosin dengan Guanin
selalu berpasangan untuk membentuk struktur DNA
Jawab :
Adenin selalu berpasangan dengan timin dan guanin selalu berpasangan
dengan sitosin karena adanya faktor – faktor sterik ikatan hidrogen. Pembatasan
sterik pada ikatan hidrogen disebabkan oleh sifat heliks tulang punggung gula
fosfat yang teratur pada setiap rantai polinukleotida. Adenin tidak dapat
berpasangan dengan sitosin karena akan terdapat dua hidrogen di dekat salah satu
tempat pengikatan dan tidak ada hidrogen di tempat lainnya begitu pula ketika
timin berpasangan dengan guanin.
Basa nitrogen Adenin-Timin dihubungkan dengan 2 ikatan hydrogen dan
pada basa nitrogen Guanin_Citosin diantaranya terdapat 3 ikatan hidrgen. Ikatan
hydrogen tersebut sangat kuat sehingga sulit dilakukan pemutusan. Basa nitrogen
akan selalu berpasangan A-T dan G-C. hal tersebut dikarenakan kedua pasangan
tersebut telah membentuk system yang setimbang. Apabila pasangannya dirubah
maka akan terjadi kegagalan proses penerjemahan informasi genetic pada suatu
rantai DNA. Susunan basa nitrogen tersebut tidak dapat dirubah, apabila dirubah
akan menghasilkan struktur yang tidak stabil dengan ikatan hydrogen yang lemah.
4. Bagaimana Watson and Crick menggambar struktur double helix DNA
Jawab :
James D Watson dan Frances H C Crick menemukan struktur DNA
berbentuk ganda helix. Mereka menemukan bahwa struktur DNA ialah polimer
helix ganda atau spiral dari dua untai DNA. Keduanya mengandung rantai
panjang monomer nukleotida, terpilin satu sama lain. Hasil penemuan mereka
menunjukkan bahwa molekul DNA terdiri dari dua untaian pita yang saling
berhadapan dan berputar, seperti tangga yang melengkung atau bengkok. Untaian
ini tersusun atas molekul linear panjang, yang dibuat dari unit yang lebih kecil
yang disebut nukleotida. Nukleotida ini saling mengikat hingga membentuk rantai
atau pita yang panjang. Setiap nukleotida di untaian pita terbuat dari gugus gula
(deoksiribosa) dan gugus fosfat yang berselang-seling. Nukleotida pada masing
masing bagian gugus gula Ribosa, terikat satu dari empat jenis basa nitrogen:
adenin (A), sitosin (C), guanin (G), atau timin (T). Basa nitrogen ini akan
mengikatkan nukleotida dengan nukleotida pasangannya. Dalam ikatan basa
nitrogen ini, adenin akan membentuk pasangan basa dengan timin (A-T), dan
sitosin membentuk pasangan basa dengan guanin (C-G). Pasangan basa selalu
terjadi antara A & T , dan C & G membuat Watson danCrick menyadari bahwa
aturan pasangan ini berarti bahwa salah satu untai berisi semua informasi
yang diperlukan untuk membuat salinan baru dari seluruh molekul, dan bahwa
urutan basa dapat memberikan "kode genetik" .
5. Apa arti dari kalimat tidak semua DNA berfungsi untuk diterjemahkan
menjadi protein
Jawab :
DNA pada sel manusia memiliki kurang lebih 200.000 gen yang tersusun dari
rangkaian nukleotida khusus, jumlah yang berkisar antara 1000 dan 186.000
sesuai protein yang berhubungan. Gen-gen ini menyimpan kode dari hampir
200.000 protein yang berfungsi di dalam tubuh manusia dan mengendalikan
produksi protein-protein ini. Tidak semua gen mengkode urutan asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein. Peristiwa replikasi DNA terdapat dua
jenis DNA yang dihasilkan yakni DNA coding dan non coding. DNA coding akan
diterjemahkan lebih lanjut menjadi protein yang disebut dengan ekstron. DNA
noncoding berfungsi untuk proses pendukung kegiatan genetik dalam DNA itu
sendiri. Sebagai contoh, sekuens DNA nonkode yang diulangi di ujung kromosom
membentuk telomer. Telomer melindungi ujung kromosom agar tidak
terdegradasi selama penyalinan materi genetic. DNA nonkode berulang juga
membentuk DNA satelit, yang merupakan bagian dari elemen struktural lainnya.
DNA satelit adalah dasar dari sentromer, yang merupakan titik penyempitan dari
pasangan kromosom berbentuk-X. DNA satelit juga membentuk heterokromatin,
yang merupakan DNA padat yang penting untuk mengendalikan aktivitas gen dan
mempertahankan struktur kromosom.
6. Apa beda proses replikasi DNA di prokariot dan eukariot
Jawab :
Perbedaan replikasi DNA di prokariot dan eukariot antara lain di sel-sel
prokariotik memiliki struktur yang lebih sederhana dari sel eukariotik, maka
proses replikasi DNA sel prokariotik lebih sederhana. Replikasi sel prokariotik
terjadi dalam sitoplasma sedangkan replikasi sel eukariotik terjadi di inti.replikasi
dalam sel prokariotik terbatas pada satu tempat, sementara ada lebih dari 1.000
dalam sel eukariotik. Replikasi pada sel prokariotik, terjadi satu titik pada suatu
waktu, sementara replikasi eukariotik terjadi di semua titik secara bersamaan. Sel-
sel prokariotik hanya memiliki satu replikasi percabangan sementara sel-sel
eukariotik memiliki banyak replikasi percabangan. Kromosom sel prokariotik
tidak memiliki kromatin, sedangkan kromosom membentuk sebagian besar dari
dalam sel eukariotik. Tabel Perbedaan dapat dilihat pada table berikut :

Replikasi DNA
Komponen Replikasi DNA eukariotik
prokariotik

Replikasi DNA
Replikasi DNA eukariotik
Situs prokariotik terjadi di
terjadi di dalam nukleus
dalam sitoplasma

Hanya ada satu asal Asal replikasi banyak (lebih

Asal replikasi replikasi per molekul dari 1000) dalam setiap
DNA kromosom eukariotik

Terbentuk sekitar 100-200 Terbentuk sekitar 150

Nukleotida
atau lebih nukleotida nukleotida

Replikasi DNA terjadi di

Replikasi DNA terjadi
beberapa titik secara
Titik replikasi pada satu titik di setiap
bersamaan di setiap
molekul DNA prokariotik
kromosom.

Hanya dua cabang

replikasi dibentuk di setiap Sejumlah cabang replikasi
Cabang replikasi kromosom prokariotik, terbentuk secara bersamaan
replikasi DNA adalah dua di setiap DNA replikasi.
arah

Molekul DNA eukariotik

memiliki sejumlah besar
kromosom prokariotik replikon (50.000 atau
Replikon
memiliki satu replikon lebih), tetapi replikasi tidak
terjadi secara bersamaan
pada semua replikon

Banyak gelembung
Satu gelembung replikasi
replikasi terbentuk dalam
Gelembung replikasi terbentuk selama replikasi
satu molekul DNA
DNA
bereplikasi.

Inisiasi replikasi DNA di Inisiasi replikasi DNA

Inisiasi prokariota dilakukan oleh dilakukan oleh protein
DnaA protein dan DnaB multisubunit

Okazaki fragmen Okazaki fragmen besar, Okazaki fragmen pendek,

 1000-2000 nukleotida 100-200 nukleotida panjang
panjang

Replikasi sangat cepat, Replikasi lambat,

Kecepatan ditambahkan sekitar 2000 ditambahkan sekitar 100
nukleotida per detik nukleotida per detik

7. Dapatkan anda ceritakan DNA dalam membantu kasus tertentu

Jawab :
DNA adalah deoxyribonucleic acid atau asam deoksiribonukleat, yaitu kode
genetik yang mendifinisikan karakteristik biologis setiap orang. DNA adalah
rantai dari empat mata rantai nukleotida individu yang urutannya menyandikan
informasi genetik. Untaian DNA ini digulung menjadi paket yang disebut
kromosom. Kromosom ditemukan di inti sel. Setiap nukleus mengandung 23
kromosom berpasangan. Salah satu pasangan ini terdiri dari dua kromosom X
untuk wanita atau kromosom X dan Y untuk pria. 22 kromosom berpasangan
lainnya dikenal sebagai autosom. Materi genetika yang dibentuk oleh DNA itulah
yang dapat memberikan informasi dalam berbagai cara untuk mengidentifikasi
anggota keluarga. DNA dapat dijadikan suatu acuan untuk mengetahui,
mengidentifikasi, atau mendeteksi suatu unit sel kehidupan(hewan atau manusia)
dalam suatu kasus kecelakaan pesawat terbang misalnya, DNA menjadi kunci
utama untuk melakukan identifikasi atau proses pengenalan terhadap korban.
Misal dalam kasus pembunuhan, untuk membandingkan sampel DNA dari
tersangka/pelaku kejahatan atau korban hanya dibutuhkan sedikit darah yang
tercecer ketika ditemukan di tempat kejadian perkara. Tes DNA merupakan salah
satu tes yang paling valid
8. Jelaskan masing2 fungsi larutan yang digunakan untuk isolasi DNA
Jawab :
- Larutan I yang terdiri dari campuran glukosa, Tris-HCl dan Na-EDTA
berfungsi sebagai larutan yang melisis membrane sel. Larutan glukosa
berfungsi untuk menjaga tekanan isotonis dan sebagai larutan buffer yang
menjaga pH larutan berada pada pH 12
- Tris-HCl juga berfungsi sebagai larutan buffer yang menjaga larutan dalam
suasana basa (pH 7,6-8) setelah proses lisis
- Komponen Na-EDTA berfungsi sebagai chelating agent agar DNA tidak
mengalami denaturasi dengan cara menonaktifkan enzim DNAse.
- Larutan II merupakan campuran dari SDS, NaOH, dan ddH2O steril. SDS
termasuk deterjen ionik yang mampu melarutkan molekul hidrofobik yang
memberikan muatan negatif pada seluruh struktur protein. SDS akan melisis
sel dengan cara merusak membran sel pada bagian fosfolipidnya. Kandungan
NaOH berfungsi memberikan suasana basa sehingga terjadi denaturasi pada
DNA yang terjadi akibat pemutusan ikatan hidrogen pada DNA plasmid.
- Larutan III yang terdiri atas kalium asetat 5M, asam asetat glasial, dan
ddH2O dingin berfungsi untuk proses renaturasi pET-endo
- Larutan III juga berfungsi yakni untuk memisahkan DNA plasmid dengan
komponen-komponen lainnya seperti protein, DNA kromosomal, dan debris
sel setelah proses pelisisan sel. Larutan III ini juga berfungsi menetralkan pH
campuran sehingga DNA plasmid tidak mengalami kerusakan. Kalium asetat
yang terkandung dapat mampu menurunkan pH, sehingga DNA plasmid
dapat segera mengalami renaturasi
- Fenol berfungsi untuk mendegradasi protein, kloroform untuk mendegradasi
lemak, sedangkan isoamil alkohol sebagai zat anti buih.
- buffer TAE berfungsi untuk melarutkan bubuk agarosa (untuk elektroforesis).
- Bromofenol (BPB) berfungsi untuk mengindikasikan adanya peregerakan
molekul DNA. Larutan Sukrosa 40% berfungsi membuat sampel menjadi
berat sehingga sampel tidak dapat melayang keluar.