BAB I

PENGANTAR

Tujuan umum
1. Siswa memahami definisi dan ruang lingkup bioteknologi serta bioteknologi lingkungan

Tujuan Khusus
1. Siswa memahami dasar utama dan aplikasi bioteknologi
2. Siswa memahami aplikasi paten dalam biologi molekuler dan fermentasi

1.1. Definisi Bioteknologi

Bioteknologi adalah penggunaan mikrobiologi, biokimia, dan rekayasa dalam mode

terpadu dengan tujuan menggunakan mikroorganisme dan kultur sel dan kultur jaringan (atau
bagian-bagiannya) untuk membuat produk yang bermanfaat. Bioteknologi dapat dibagi menjadi
dua kategori yang kadang-kadang disebut "bioteknologi tradisional" dan "bioteknologi baru".
Produk utama dari industri bioteknologi tradisional adalah makanan dan komposisi rasa, industri
alkohol, antibiotik, dan asam sitrat. Jumlah produk-produk ini, secara global, sekitar 300 miliar
dolar per tahun. Bioteknologi baru, yang melibatkan penggunaan teknik rekayasa genetika dan
fusi sel yang lebih baru untuk menghasilkan organisme yang mampu membuat produk yang
bermanfaat, memberikan produk saat ini dengan nilai total kurang dari 1 miliar dolar. Akan tetapi,
di masa depan, diperkirakan bahwa bioteknologi baru akan mencapai bagian yang jauh lebih besar
dari total industri bioteknologi.

1.2. Pondasi Utama dan Aplikasi Bioteknologi

Industri Mikrobiologi, fondasi utama dari bioteknologi; muncul dari pengembangan empiris
dalam produksi anggur, cuka, bir, dan sake, dan dengan fermentasi jamur tradisional yang
digunakan di Asia dan Afrika untuk produksi makanan. Pendekatan eksperimental untuk produksi
metabolit mikroba dimulai pada awal abad ke-20. Sampai saat Perang Dunia II, produk mikroba
utama yang telah dikembangkan dari pendekatan eksperimental ini adalah enzim seperti protease,
amilase, dan invertase.
Sebuah terobosan besar dalam biokimia dan rekayasa mikroba terjadi setelah Perang
Dunia II sebagai hasil dari produksi besar-besaran antibiotik pertama, penisilin. Untuk
menghasilkan antibiotik ini secara ekonomi, pengembangan rekayasa penting harus dibuat,
termasuk pengembangan teknik untuk sterilisasi skala besar, aerasi, dan pertumbuhan
mikroorganisme. Selain itu, metode genetik untuk perbaikan strain mikroba disempurnakan.
Dari Perang Dunia II hingga sekitar tahun 1960, produk bioteknologi baru yang utama
adalah antibiotik. Melalui upaya intens dari industri farmasi, banyak antibiotik baru ditemukan
dan sekitar 20 ini dimasukkan ke dalam produksi komersial. Selain itu, pada periode awal pasca-
Perang Dunia II ini, proses dikembangkan untuk transformasi kimia dari steroid, dan kultur sel
hewan untuk produksi vaksin virus telah disempurnakan.
Pada periode dari 1960 hingga 1975, proses mikroba baru untuk produksi asam amino
dan 5-nukleosida sebagai penambah rasa dikembangkan, terutama di Jepang. Selain itu, banyak
proses untuk produksi enzim untuk keperluan industri, analitik, dan medis disempurnakan. Selama
periode yang sama ini, teknik yang berhasil untuk imobilisasi enzim dan sel dikembangkan.
Selama waktu ini pengembangan lebih lanjut adalah penggunaan fermentasi terus menerus untuk
produksi protein sel tunggal dari ragi dan bakteri untuk digunakan sebagai makanan manusia dan
 hewan. Proses protein sel tunggal dikembangkan menggunakan mikroorganisme yang mampu
menggunakan bahan awal berbasis minyak bumi seperti gas oil, alkana, dan metanol. Dalam
periode yang sama ini, biopolimer mikroba seperti xanthan dan dekstran, digunakan sebagai bahan
tambahan makanan, juga dikembangkan menjadi proses komersial. Agak berbeda proses yang
maju selama periode ini adalah penggunaan mikroorganisme untuk pemulihan minyak tertier
(aspek geomikrobiologi) dan teknik yang sempurna untuk budidaya mikroorganisme anaerob,
yang diperoleh dari studi tentang proses pengolahan limbah.
Sejak 1975 bioteknologi telah memasuki beberapa fase baru yang penting. Pertama
adalah pengembangan teknik hybridoma untuk produksi antibodi monoklonal, terutama yang
menarik di bidang diagnosis medis. Segera setelah itu adalah produksi protein manusia
menggunakan Escherichia coli yang direkayasa secara genetika. Produk pertama, insulin manusia
diperkenalkan pada tahun 1982, diikuti segera oleh Faktor VIII, hormon pertumbuhan manusia,
interferon, dan urokinase. Saat ini, sejumlah besar protein manusia berada dalam tahap
pengembangan.
Meskipun produksi protein manusia oleh rekayasa bakteri umumnya diakui sebagai
"sorotan" utama dari periode sejak tahun 1975, pada kenyataannya produk lain secara ekonomis
lebih penting. Sebagai contoh, produksi etanol oleh immobilisasi sel telah menjadi proses utama.
Enzim glukosa isomerase telah menjadi industri 27 juta dolar dan digunakan untuk menghasilkan
sirup fruktosa tinggi yang sendiri memiliki nilai 2,5 miliar dolar. Aspartame, pemanis buatan
utama, diproduksi secara mikroba. Banyak antibiotik baru telah diperkenalkan. Lemak murah
(Cheap fats) sedang meningkat nilainya dengan esterifikasi enzimatik, enzim menjadi produk
mikro. Biodegradasi dari bahan kimia menggunakan strain mikroba yang dikembangkan secara
khusus sebagai biakan starter sedang diuji di lapangan.

1.3. Aplikasi Paten dalam Bioteknologi

Untuk menempatkan dalam kegiatan penelitian perspektif dalam bioteknologi

tradisional dan bioteknologi "baru" (menggunakan rekayasa genetika, dll.), Tabel 1.1
memberikan perbandingan jumlah aplikasi paten di seluruh bidang bioteknologi untuk tiga
negara industri utama , AS, Jepang, dan Republik Federal Jerman. Seperti dapat dilihat,
bioteknologi tradisional masih mendominasi, terutama di Jepang.

Tabel 1.1 Aplikasi paten pada 1984 untuk tiga negara dengan industri bioteknologi besar

Molecular biology Fermentation patents

Country
patent (including enzymes)

USA 100 160

Japan 90 700
Federal Republic of Germany 12 55
 BAB II
BIOKONVERSI

Tujuan Umum
1. Siswa memahami biokonversi dan penerapannya
2. Siswa memahami prosedur untuk biotransformasi

Tujuan Khusus
1. Siswa memahami alasan untuk melakukan biokonversi
2. Siswa memahami tentang jenis reaksi biokonversi
3. Siswa memahami tentang biotransformasi steroid dan sterol
4. Siswa memahami tentang biotransformasi senyawa non-steroid
5. Siswa memahami tentang biotransformasi antibiotik
6. Siswa memahami tentang biotransformasi pestisida

2.1. Pengantar
Mikroorganisme memiliki kemampuan untuk memodifikasi secara kimia berbagai senyawa
organik. Perubahan seperti itu disebut transformasi biologis atau mikroba, atau biokonversi secara
umum. Dalam reaksi enzimatik ini, substrat dapat dimetabolisme, tetapi dalam beberapa kasus
konversi dapat terjadi tanpa penambahan energi (co-metabolisme). Secara umum, proses industri dapat
diimplementasikan baik dengan sintesis kimia atau dengan biokonversi, tetapi biokonversi lebih
disukai karena alasan berikut:
 Spesifisitas substrat: Hanya satu langkah reaksi spesifik yang biasanya dikatalisis oleh
enzim.
 Spesifisitas lokasi (kekhususan lokasi): Jika terdapat beberapa kelompok fungsional
dari satu jenis dalam molekul, hanya satu posisi spesifik yang dapat terpengaruh.
 Stereoselektivitas: Jika campuran rasemix digunakan sebagai bahan awal, hanya satu
enansiomer spesifik yang dikonversi. Jika pusat asimetri muncul sebagai akibat dari
reaksi enzim, produk reaksi biasanya aktif secara optik.
 Kondisi reaksi: Reaksi enzimatik tidak menyebabkan penghancuran substrat sensitif,
karena kondisi konversi yang ringan. Beberapa reaksi dapat digabungkan, baik dalam
satu langkah fermentasi menggunakan organisme dengan sistem enzim yang sesuai,
atau dengan konversi bertahap menggunakan mikroorganisme yang berbeda. Reaksi
menyebabkan lebih sedikit bahaya lingkungan, karena terjadi terutama di air.
2.2. Jenis Reaksi Biokonversi
Reaksi transformasi mikroba yang paling penting diuraikan dalam Tabel 2.2. Secara kimia,
transformasi ini dapat dikelompokkan dalam kategori berikut: oksidasi, reduksi, hidrolisis, kondensasi,
isomerisasi, pembentukan ikatan C-C baru, dan pengenalan fungsi hetero. Reaksi oksidasi sangat
berguna dalam produksi industri. Pada tingkat lebih rendah, isomerisasi, reduksi, hidrolisis, dan
kondensasi juga memiliki aplikasi industri.

2.3. Prosedur untuk Biotransformasi

Spora, kultur tumbuh, sel istirahat, enzim, sel terimobilisasi, atau sistem enzim terimobilisasi
dapat digunakan dalam konversi mikroba dari senyawa organik.
Dalam proses dengan kultur tumbuh, strain yang digunakan dibudidayakan dalam media yang sesuai
dan larutan substrat pekat ditambahkan setelah pertumbuhan kultur yang sesuai (6-24 jam). Varian
dari prosedur ini adalah menggunakan inokulum yang sangat besar dan untuk menambahkan substrat
pekat segera tanpa memungkinkan untuk periode pertumbuhan.
Pengemulsi seperti Tween atau pelarut yang larut dalam air dengan toksisitas rendah (etanol,
aseton, diethyl formamide, dimethyl sulfoxide) dapat digunakan untuk membantu melarutkan senyawa
yang kurang larut. Konversi steroid, di mana kelarutan rendah membatasi jumlah substrat yang dapat
ditambahkan, biasanya dilakukan pada konsentrasi substrat antara 0,1-10 g / 1 meium, meskipun dalam
beberapa kasus, hingga 30 g / 1 dapat dikonversi. Konsentrasi pelarut antara 5 dan 15 ml per liter media
dapat digunakan. Dalam beberapa transformasi steroid, substrat ditambahkan dan dikonversi dalam
bentuk kristal halus. Fermentasi pseudo-kristal ini dapat dilakukan dengan konsentrasi substrat yang
relatif tinggi (misalnya, 15-50 g / 1 dengan progesteron).
Untuk biotransformasi bahan lipofilik dimungkinkan untuk menggunakan sistem polifase. Fase
berair yang mengandung bahan sel atau enzim dilapis dengan fasa cairan air yang tidak dapat larut di
mana substrat telah larut. Substrat melewati secara perlahan ke dalam fase berair dan ketika reaksi
transformasi berlangsung, produk melewati kembali ke dalam fase pelarut. Dalam beberapa kasus,
trans-formasi yang sebenarnya terjadi pada antarmuka fase berair dan pelarut.
Tabel 2.2 Reaksi Biokonversi dari Berbagai Tipe
 Table 2.2 (LANJUTAN)

Waktu konversi terkait dengan jenis reaksi, konsentrasi substrat, dan mikroorganisme yang
digunakan. Reaksi oksidasi dan dehidrasi menggunakan bakteri sering selesai dalam beberapa jam;
konversi dengan ragi dan terutama jamur bisa memakan waktu beberapa hari. Reaksi hidrolisis dengan
sebagian besar jenis mikroorganisme dapat dilakukan dalam beberapa jam.
 Table 2.2 (LANJUTAN)

Reaksi transformasi dalam peralatan skala besar dilakukan di bawah kondisi steril di fermentor
aerasi dan diaduk, proses konversi dipantau secara kromatografi atau spektroskopi. Proses diakhiri
ketika titer maksimal tercapai. Kesterilan diperlukan karena kontaminasi dapat menekan reaksi yang
diinginkan, menginduksi pembentukan produk konversi yang salah, atau menyebabkan kerusakan total
substrat.
 Table 2.2 (LANJUTAN)

Jika induksi enzim oleh substrat yang ditambahkan tidak diperlukan, sel istirahat dapat
digunakan. Ini memiliki keuntungan besar bahwa hambatan pertumbuhan oleh substrat dihilangkan.
Kepadatan sel yang tinggi, yang meningkatkan produktivitas, dapat digunakan; pada saat yang sama,
risiko kontaminasi berkurang. Karena reaksi transformasi terjadi terutama dalam larutan buffer,
pemulihan produk relatif mudah.
Sejumlah proses transformasi mempekerjakan sel immobilisasi, menawarkan keuntungan
bahwa proses dapat dilakukan secara terus menerus dan sel dapat digunakan berulang-ulang. Sel-sel
bakteri yang diimobilisasi, yang mengkatalisasi reaksi satu tahap atau multi-tahap, saat ini digunakan
secara komersial dalam produksi asam aspartat, L-alanin, dan asam malat.
Ekstrak enzim bebas sel, umumnya melibatkan penggunaan enzim amobil, biasanya digunakan
dalam reaksi biotransformasi ketika reaksi samping yang tidak diinginkan atau gangguan lebih lanjut
dari produk reaksi harus dihindari atau ketika laju reaksi terhambat oleh pengangkutan substrat atau
produk melalui membran sel.
Penggunaan enzim terikat-pembawa juga memungkinkan pengembangan proses kontinu.
Telah dibahas bahwa penggunaan enzim amobil untuk beberapa proses yang dapat dianggap
biotransformasi, misalnya penicillin asilase, glukoamilase, dan isomerase glukosa. Proses skala pilot
telah dikembangkan untuk sintesis asam amino dengan aminasi reduktif asam a-keto oleh
dehidrogenase asam amino. Sistem ini memungkinkan regenerasi kofaktor NADH yang diperlukan.
Produk akhir dari reaksi transformasi biasanya ekstraseluler dan dapat terjadi dalam bentuk
terlarut atau tersuspensi. Untuk pengolahan lebih lanjut, bakteri dan ragi umumnya tidak dipisahkan,
sedangkan miselium jamur biasanya dihilangkan dengan filtrasi. Dalam semua kasus, bahan sel yang
terpisah harus dicuci berulang kali dengan air atau pelarut organik karena sejumlah besar produk reaksi
dapat diserap ke dalam sel. Bergantung pada kelarutan produk, pemulihan dilakukan dengan
pengendapan sebagai garam kalsium, dengan adsorpsi ke penukar ion, dengan ekstraksi dengan pelarut
yang sesuai, atau, untuk zat mudah menguap, dengan distilasi langsung dari media.

2.4. Aplikasi Biokonversi

Meskipun banyak biotransformasi telah dijelaskan, hanya beberapa dari proses ini yang telah
menemukan aplikasi industri. Beberapa proses memiliki hasil yang tidak mencukupi dan bagi yang
lain pasar terlalu terbatas. Di masa depan, berbagai aplikasi diharapkan muncul sehubungan dengan
teknologi baru, seperti proses yang lebih hemat biaya dengan menggunakan sel atau enzim yang
tidak bergerak. Peningkatan lainnya diharapkan dengan penggunaan strain yang telah dioptimalkan
secara genetik untuk proses tertentu.

2.5.Transformasi Steroid dan Sterol

Steroid yang terjadi secara alami memiliki sifat hormon. Contohnya adalah hormon korteks adrenal
(glukokortikoid dan mineral kortikoid), androgen, estrogen, dan hormon yang aktif selama kehamilan,
seperti progesteron. Semua steroid memiliki struktur dasar yang sama,
cyclopentanoperhydrophenanthrene.
Gambar 2.1 menunjukkan struktur tipe yang paling penting. Estrogen, progesteron, dan androgen
digunakan sebagai terapi; turunan progesteron dan estrogen juga digunakan sebagai kontrasepsi. Selain
itu, steroid digunakan sebagai obat penenang, dalam terapi antitumor, dan sebagai produk hewan.
Glukokortikoid adalah senyawa yang berharga dengan kegunaan terapeutik yang luas. Kortison sangat
berguna karena tindakan anti-inflamasi dalam kondisi seperti rheumatoid arthritis dan penyakit kulit.
 Gambar 2.1 Struktur Beberapa Hormon Steroid yang Terjadi Secara Alami

Dengan mengubah struktur, khususnya dengan memperkenalkan ikatan rangkap 1,2 di

cincin A molekul kortisol atau kortison untuk menghasilkan prednisolon atau prednison, zat dapat
diproduksi dengan efek antiinflamasi yang meningkat secara nyata. Penambahan gugus fluor dan metil
mengarah pada pembentukan senyawa dengan aktivitas kortikoid mineral berkurang (retensi Na +,
ekskresi K +), seperti 16a-hidroksi-9a-fluoroprednisolon (triamcinolone) atau 6a-metilprednisolon
(medrol). Melalui transformasi, steroid anabolik dengan efek androgenik yang berkurang telah
dikembangkan, seperti 1-metil-∆-androstenolon.

Saat ini, steroid yang tersedia melayani sebagian besar kebutuhan medis dengan cukup baik
sehingga pengembangan lebih lanjut dari proses transformasi steroid baru terbatas. Penelitian sekarang
terutama diarahkan pada optimalisasi proses yang ada, terutama dengan menggunakan sel atau enzim
yang tidak bergerak atau dengan optimalisasi sistem reaksi, seperti dengan menggunakan sistem
polifase. Pekerjaan pengoptimalan lebih lanjut adalah dalam arah menemukan bahan awal yang lebih
baik atau mengurangi reaksi samping degradatif. Penelitian rekayasa genetika pada mikroorganisme
yang digunakan untuk transformasi steroid juga sedang diselidiki. Selain itu, penelitian sedang
dilakukan pada penggunaan kultur sel tanaman untuk transformasi steroid.

2.5.1. Jenis-jenis Transformasi

Karena molekul steroid mengandung beberapa pusat asimetris, sintesis total sangat sulit. Proses
kimia asli melibatkan 31 langkah reaksi terpisah dan menghasilkan 1 g kortison asetat dari 615 g asam
deoksikolat. Proses kimia yang lebih baru lebih sederhana dan asam deoksikolat (dari empedu sapi)
saat ini digunakan sebagai substrat dalam beberapa proses produksi.
Penelitian pendahuluan tentang hidroksilasi 11α progesteron menunjukkan kemungkinan
pengenalan mikroba oksigen ke dalam nukleus steroid di tempat yang spesifik dan stereospesifik tanpa
aktivasi sebelumnya. Reaksi-reaksi ini bekerja dengan baik, dan produksi kortison yang hemat biaya
menjadi mungkin. Atom oksigen di C-11 sangat penting untuk efek anti-inflamasi kortison. Pada tahun
1949, 1 g kortison harganya $ 200 untuk diproduksi, tetapi sebagai hasil dari pengenalan proses
mikroba untuk 11a-hidroksilasi progesteron, biaya telah turun menjadi di bawah $ 1 pada tahun 1979.

Saat ini, hampir semua posisi molekul steroid dapat secara khusus dihidroksilasi oleh
mikroorganisme yang berbeda dan jumlah reaksi transformasi lebih besar daripada jumlah yang
dilakukan oleh jaringan hewan (Gambar 2.2). Reaksi hidroksilasi mikroba dilakukan oleh
monooksigenase yang sangat spesifik; beberapa ex-amples adalah 11α atau 11β-hidroksilase, 17
αhidroksilase dan 21-hidroksilase

Gambar 2.2 Hidroksilasi Steroid oleh Mikroorganisme sebagai perbedaan dengan Proses pada
Jaringan Hewan

Seperti diuraikan dalam Tabel 2.2, mikroorganisme mampu melakukan berbagai macam reaksi
transformasi steroid lainnya selain hidroksilasi.

Tabel 2.2 Jenis Reaksi Transformasi Mikroba dari steroid

A. Oksidasi
Konversi alkohol sekunder menjadi keton
Pengenalan kelompok hidroksil primer ke dalam rantai samping steroid
Pengenalan kelompok hidroksil sekunder ke dalam kerangka steroid dasar
Pengenalan kelompok hidroksil tersier ke dalam kerangka steroid dasar
Dehidrasi cincin A di posisi 1 (2) dan 4 (5)
Aromatisasi cincin A
Oksidasi gugus metilen menjadi gugus keto
Memisahkan rantai sisi kehamilan pada C-17 selama produksi keton
Pemisahan rantai samping kehamilan pada C-17 dan pembukaan cincin D selama produksi
testololakton
Pemisahan rantai samping steroid selama produksi kelompok karboksil
 Memisahkan rantai sisi kehamilan pada C-17 selama produksi alkohol sekunder
Produksi epoksida
Dekarboksilasi asam
B. Reduksi
Reduksi keton menjadi alkohol sekunder
Reduksi aldehida menjadi alkohol primer
Hidrasi ikatan rangkap di posisi 1 (2) di cincin A
Hidrasi ikatan rangkap di posisi 4 (5) di cincin A dan 5 (6) di cincin B
Eliminasi alkohol sekunder
C. Hidrolisis
Saponifikasi ester steroid
D. Produksi aster
Asetilasi

2.5.2. Transformasi Penting Secara Ekonomi

Dalam beberapa dekade terakhir, ribuan steroid yang dimodifikasi diproduksi oleh kombinasi
langkah-langkah reaksi kimia dan mikroba telah diuji untuk efektivitas terapeutik mereka. Contoh khas
dari sintesis gabungan tersebut adalah produksi kortison dan turunannya 1-dehydro dari diosgenin
melalui Reichstein's Substance S (11-deoxycortisol), seperti yang ditunjukkan pada Gambar 2.3.

Langkah-langkah reaksi mikroba yang tercantum dalam Tabel 2.3 adalah sangat penting secara
ekonomi. Selain itu, transformasi progesteron menjadi steroid C19 digunakan secara industri dalam
produksi testosteron dan estrogen dan dehidrasi mikroba cincin A digunakan dalam produksi estrogen.
Kondisi untuk beberapa reaksi biokonversi dari tipe ini diberikan pada Tabel 2.4. Transformasi steroid
sejauh ini telah dilakukan sebagai fermentasi batch, tetapi kemajuan sedang dibuat dengan penggunaan
sel atau enzim yang diimobilisasi.

Gambar 2.3. Produksi Senyawa Kortisol, Kortison, dan 1-dehidro dari Diosgenin melalui Zat
Reichstein S (A, beberapa langkah; B, 11-hidroksilasi dengan Curvularia Iunata; C, 1-dehidrasi dengan
simpleks Corynebacterium; D, oksidasi kimia; E , 1-dehidrasi dengan Corynebacterium simplex)
 Tabel 2.3 Contoh Proses Steroid Komersial

Reaksi Produk Substrat Microorganisme Pengusaha Pabrik

11 α-Hydroxylation Progesterone  l l α - Rhizopus nigricans Upjohn Company

Hydroxyprogesterone

11/3-Hydroxylation Curvularia lunata Pfizer Inc., Gist-

Component S  Cortisol
Brocades

16 α -Hydroxylation 9 α -Fluorocortisol  9 α - Streptomyces E. R. Squibb and

Fluoro roseochromogenes Sons, Lederle
 -16 α – Hydroxycortisol Laboratories

1-Dehydrogenation Cortisol  Prednisolone Arthrobacter simplex Schering Corp.

Diendiola  Triendiol Septomyxa affinis Upjohn Company

1-Dehydration, side Progesterone  1- Cylindrocarpon E. R. Squibb and

chain splitting Dehydrotestololactone radicicola Sons

β-Sitosterol -.
G. D. Searle and
Pemisahan rantai Androstadiendione, and/or 9 α – Mycobacterium sp., M.
Co., Upjohn
samping hydroxyandrostendione (see Fig. fortuitum mutants
Company
2.5 for structure)

Keuntungan yang terakhir termasuk pengurangan risiko kontaminasi, pemulihan produk yang
disederhanakan, waktu konversi yang lebih singkat, dan peningkatan konsentrasi substrat. Dalam
beberapa proses, lebih dari satu langkah biokimia dapat digabungkan. Sebagai contoh, miselium
Curvularia lunata atau sel amobil Arthrobacter simplex yang telah diimobilisasi telah digunakan untuk
melakukan reaksi dua langkah dari komponen S Reichstein ke prednisolon.

Dalam beberapa proses, spora jamur digunakan secara langsung untuk mengkatalisasi
transformasi. Karena sebagian besar substrat steroid tidak terlalu larut, kondisi transformasi telah
dikembangkan untuk beberapa steroid dalam sistem pelarut yang tidak dapat larut dalam air, misalnya,
untuk testosteron dengan sel amobil Nocardia rhodochrous. Karena pelarut organik sering beracun
bagi sel atau enzim, maka alternatifnya adalah penggunaan sistem dua fase berair. Misalnya, 1-
dehidrasi kortisol menjadi prednisolon dapat dilakukan oleh sel-sel Arthrobacter simplex dalam suatu
sistem yang terdiri dari 25% (b / b) polietilen glikol (PEG) 8000 dan 6 (b / b) dekstran T40.

Tabel 2.4 Kondisi untuk Operasi Beberapa Transformasi Steroid dan Sterol

Substrat Produk Yield (berat Microorganisme Medium Kondisi

%) yang
digunakan

1 50 a 72 h, 25°C
Cylindrocarpon
Progesterone Dehydrotestolo-
radicicola
lactone
 1,4- 85 b 96 h, 25°C
Progesterone Androstadiene- Fusarium solani
dione 3,17-

15α-Hydroxy- 11 c
Streptomyces
Progesterone 4-pregnene- 72 h, 25°C
uureus
3,20-dione

4-Androstene- 11-α -Hydroxy- 25 d

3,17-dione 4- androstene- Rhizopus arrhizus 96 h, 28°C
3,17-dione

Progesterone 11-α-Hydroxy- 91 Aspergillus e 120 h, 28°C

progesterone ochraceus

93 Arthrobacter f 120 h, 28°C

Hydrocorti-
Prednisolone simplex Pseudo
sone
crystal

1,4- 90 g 44 h, 30°C +
Arthrobacter
Cholesterol Androstadiene- chelating
simplex
3,17- dione agents

Data un- h 336 h, 30°C

β-Sitosterol
9-α-Hydroxy-4- available mutant with
Cholesterol Mycobacterium
androstene- block in
Stigmasterol fortuitum
3,17-dione breakdown
Campesterol
of steroid

2.5.3. Kerusakan Mikroba dari Rantai Samping Sterol

Permintaan steroid yang meningkat menyebabkan kekurangan prekursor steroid untuk biokonversi,
seperti senyawa diosgenin, yang diperoleh dari akar ubi Meksiko (Dioscorea composita) atau
tanaman Afrika Selatan Testudinaria sylvatica. Studi intensif dilakukan pada penggunaan sterol asal
hewan yang murah, seperti kolesterol, atau asal tanaman, seperti β-sitosterol dan stigmasterol (dari
kacang kedelai) atau campesterol (diproduksi dalam jumlah besar sebagai produk sampingan dari
pembuatan kertas ).

Tujuan dari penelitian ini adalah pengangkatan selektif rantai samping alifatik tanpa kerusakan
lebih lanjut dari inti steroid. Namun, prosedur skrining dengan kolesterol sebagai substrat hanya
menyebabkan strain melakukan pemecahan total sterol menjadi CO2 dan H2O. Pemecahan rantai
samping untuk menghasilkan C-17 ke senyawa, ditunjukkan pada Gambar 2.4, melibatkan mekanisme
yang mirip dengan β-oksidasi asam lemak. C-1 (2) -dehydration dan 9α-hydroxylation wajib untuk
kerusakan lebih lanjut dari cincin steroid. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 2.5, produk
pemecahan 3-hidroksi¬9,10-secoandrostatriene-9,17-dion dihasilkan dari kolesterol melalui
pembukaan cincin B, dengan produksi dua produk antara yang bermanfaat, androstendione dan
androstadiendione. Untuk memodifikasi nukleus steroid tanpa memutus cincin apa pun, diperlukan
metode untuk memblokir serangan pada cincin secara selektif.
 Gambar 2.4. Perincian Rantai Samping Sterol

Beberapa metode tersedia untuk secara selektif memblokir pemecahan inti steroid:

 Reaksi kerusakan dapat diblokir oleh modifikasi kimia pada substrat.

 Konversi dapat terjadi di hadapan penghambat yang mencegah C-1 (2) -dehidrasi atau 9a-
hidroksilasi, seperti senyawa yang mengkelat Fe2 + atau Cu2 +, ion bivalen yang menggantikan
Fe2 +, atau zat yang menghambat fungsi sulfhidril, seperti Ni2 +, Co2 +, dan Pb2 +.
 Mutan dengan C-1 (2) -dehydrogenase dan / atau 9α-hydroxylase yang tidak aktif dapat
digunakan. Mutan Mycobacterium yang mengubah choles¬terol, stigmasterol, dan sitosterol
menjadi produk utama androstenedion dan produk sekunder androstadiendione telah diisolasi.
Dengan mutan ini, tidak ada kerusakan lebih lanjut dari senyawa yang terakhir ini.

Beberapa proses yang baru saja disebutkan digunakan secara komersial (lihat Tabel 2.4).

Gambar 2.5 Biotransformasi Kolesterol menjadi Androstadiendione dan Androstatriendione

oleh Mycobacteria

2.6. Transformasi Senyawa Non-steroid

Selain transformasi steroid, transformasi mirobial dari alkana, senyawa alisiklik,

aromatik, dan heterosiklik, terpen, dan alkaloid telah dijelaskan. Dalam beberapa kasus,
transformasi mikroba sulit dikendalikan. Sebagai contoh, dalam percobaan dengan giberelin,
karotenoid, dan kapur barus, reaksi kerusakan mendominasi dan hanya ada sedikit akumulasi
produk perantara yang dapat dimanfaatkan; upaya untuk mengisolasi mutan yang tersumbat
dalam reaksi kerusakan tidak berhasil. Dalam kasus lain, seperti dalam biotransformasi alkaloid,
laju reaksi terlalu rendah untuk proses komersial. Namun, beberapa reaksi transformasi penting
secara ekonomi (mis., Asam glukonat, asam kojat, pembuatan asam Laminino melalui pemisahan
ras atau pembelahan hidantoin, asilase penisilin, isomerase glukosa). Beberapa biokonversi yang
lebih signifikan secara komersial di antara banyak reaksi yang diketahui dibahas di sini.

2.6.1. Asam L-Askorbat (Vitamin C)

Proses yang ditetapkan untuk memproduksi asam L-askorbat adalah apa yang disebut
sintesis Reichstein-Griissner, ditunjukkan pada Gambar 2.6. Proses ini terdiri dari beberapa
langkah kimia dan satu konversi mikroba. Asam L-askorbat digunakan dalam persiapan
vitamin atau sebagai antioksidan dalam pembuatan makanan dan produksi dunia dengan proses
ini adalah sekitar 40.000 ton per tahun. Tahap oksidasi dari D-sorbitol ke L-sorbose dilakukan
oleh Acetobacter suboxydans dalam proses terendam pada 30-35 ° C dengan pengadukan dan
aerasi yang kuat. Sorbitol ditambahkan pada konsentrasi awal 20% ke larutan nutrisi yang
terdiri dari 0,5% ekstrak ragi atau cairan curam jagung, dan CaCO3. Konversi kuantitatif
selesai setelah sekitar 24 jam; konsentrasi sorbitol yang lebih tinggi memperpanjang waktu
konversi. Hari ini proses ini dilakukan terus menerus dalam dua tahap; bahkan ada beberapa
instalasi di mana sel amobil poliakrilamid digunakan. Dalam keseluruhan proses, sekitar 1 kg
asam L-askorbat dihasilkan dari 2 kg glukosa.
Selain sintesis Reichstein-Grüssner yang ditunjukkan pada Gambar 2.6, proses
fermentasi dua langkah telah dikembangkan dan dilakukan untuk produksi komersial. Seperti
ditunjukkan dalam Gambar 2.7, langkah pertama melibatkan oksidasi glukosa oleh spesies
Erwinia menjadi asam 2,5-diketo-D-glukonat (2,5-DKG), melalui asam D-glukonat dan 2-
keto-D-glukonat asam. Selama inkubasi 26 jam, 328 g / 1 kalsium 2,5-DKG terbentuk dengan
efisiensi 94%.

Gambar 2.6 Dehidrasi Mikroba D-sorbitol menjadi L-sorbose dalam Produksi Asam L-
askorbat (sintesis Reichstein-Grüssner)
 Langkah kedua, pengurangan 2,5-DKG menjadi asam 2-keto-l-gulonic, dikatalisis oleh
Corynebacterium sp. Dalam proses ini, setelah Corynebacterium telah tumbuh selama 16 jam,
diberi makan dengan kultur Erwinia yang disterilkan. Setelah 66 jam inkubasi, 106 g kalsium 2-
keto-L-gulonate terbentuk, dengan efisiensi 92%. Produk yang terakhir ini mudah diubah secara
kimia menjadi asam L-askorbat dan keseimbangan keseluruhan, berdasarkan pada konsumsi
glukosa, adalah 86%. Para ilmuwan di Genentech Company telah berhasil mengkloning dan
mengekspresikan gen untuk reductase Corynebacterium 2,5-DKG menjadi Erwinia herbicola,
membuka kemungkinan proses satu langkah dari glukosa menjadi asam 2-keto-L-gulonic.
Namun, strain hibrida yang dihasilkan menunjukkan toleransi yang rendah terhadap konsentrasi
glukosa yang tinggi dan hasil asam 0,6 g / 1 dari 2-ketoL-gulonat yang diperoleh dari 20 g / 1
glukosa setelah inkubasi 57 jam.

Gambar 2.7 Fermentasi Dua Tahap untuk Produksi Asam 2-keto-L-gulonic dari D-glukosa

2.6.2. Dihydroxyacetone dari Glycerol

Konversi mikroba gliserol menjadi dihidroksiaseton (digunakan dalam lotion berjemur dan kosmetik),
adalah beberapa hal yang penting (Gambar 2.8). Berbagai bakteri asam asetat mengkonversi 10%
gliserol dalam larutan nutrisi yang sesuai (ekstrak ragi 0,5%, KH2PO4 0,5%, CaCO3 2%) pada suhu
28 ° C dan pada pH di bawah 6,0. Waktu konversi adalah 72-96 jam tetapi dapat dikurangi menjadi 33
jam dengan Gluconobacter melanogenus IFO 3293 dengan menggunakan udara yang diperkaya O2
(tekanan parsial oksigen 0,05 bar). Pertumbuhan tidak terpengaruh, tetapi jumlah dihydroxyacetone
yang dihasilkan dinaikkan dari 12,2 g / g biomassa dalam kultur aerasi normal menjadi 35,8 g / g pada
kultur dengan pasokan oksigen yang ditingkatkan.
 Gambar 2.8 Konversi Gliserol ke Dihidroksiaseton

2.6.3. Prostaglandin
Prostaglandin adalah asam lemak C20 tak jenuh yang berfungsi sebagai hormon jaringan.
Mereka semakin penting secara medis karena beragam aktivitas fisiologis mereka. Saat ini dipasarkan
adalah PGE2 sebagai kontrasepsi, PEG2 untuk mengurangi rasa sakit saat melahirkan, PEG1 untuk
pengobatan gagal jantung bawaan, dan turunan metil PEG1 untuk pengobatan penyakit pencernaan.
Prostaglandin PGE1, PGE2, PGF1, dan PGF2 dapat diproduksi dari asam lemak tak jenuh (terutama
asam arakidonat) (Gambar 2.9) melalui transformasi mikroba dengan jamur. Isolasi senyawa dengan
peningkatan efektivitas dapat diharapkan mengingat laporan baru tentang keberhasilan biotransformasi
molekul ini.

Figure 2.9 Biotransformation of Arachidonic Acid to Prostaglandins

2.6.4. Transformasi Antibiotik

Selain prosedur penyaringan, penelitian dalam beberapa tahun terakhir juga telah diarahkan
pada produksi antibiotik baru dan lebih baik dengan transformasi mikroba dari senyawa yang ada.
Tujuannya di sini adalah pengembangan antibiotik difabel dengan peningkatan efektivitas,
pengurangan toksisitas, spektrum antimikroba yang lebih luas, peningkatan penyerapan oral,
penurunan perkembangan resistensi, atau efek alergi yang lebih rendah. Dalam kebanyakan kasus,
setiap langkah transformasi menyebabkan inaktivasi antibiotik parsial atau lengkap. Dengan demikian,
banyak biotransformasi harus dicoba dan produk mereka diuji untuk menemukan kasus-kasus langka
di mana produk yang dimodifikasi memiliki sifat ditingkatkan yang diinginkan.
Beberapa contoh khas dari banyak kemungkinan reaksi diberikan di sini.
Transformasi tidak langsung Penambahan zat penghambat atau prekursor yang
dimodifikasi pada medium dapat menghasilkan sintesis antibiotik yang diubah melalui biosintesis
terkontrol. Sebagai contoh, di hadapan cis-4-metilprolin, Streptomyces parvulus menghasilkan dua
aktinomisin baru (K1c dan K2c di mana prolin diganti dengan analog linier ini. Senyawa baru telah
ditemukan ketika mutan tersumbat dalam sintesis partikel. antibiotik ticular digunakan. Misalnya,
ribos¬tamycin (Gambar 2.10) terakumulasi sebagai produk antar-mediat dari biosintesis neomycin
dengan mutan produsen neomycin S. fradiae.

Gambar 2.10 Formasi Ribostamycin oleh Mutan Streptomyces fradiae yang diblokir dalam Produksi
Neomycin

Beberapa antibiotik yang ditingkatkan telah diisolasi setelah sintesis mutasi yang hanya 5-
epi-sisomicin telah membuktikan utilitas yang memadai untuk menjalani uji klinis. Beberapa
teknik genetik, mutagenesis, rekombinasi intra dan interspesifik dengan fusi protoplas, dan
teknologi DNA rekombinan, telah digunakan untuk mengisolasi galur yang mampu
menghasilkan versi modifikasi dari rifamycin, aminoglycosides, dan tylosin.
 Transformasi langsung Reaksi asilasi telah dijelaskan untuk berbagai antibiotik. Senyawa tidak
aktif berkembang dalam banyak kasus tetapi dalam kasus lankacidin-C-l4-butyrate, produk
biokonversi yang terbentuk dari lankacidin C dan methylbutyrate oleh Bacillus megaterium
IFO 12108, meningkatkan aktivitas antimikroba dengan toksisitas yang lebih rendah. Reaksi
deasilasi telah dijelaskan secara khusus untuk antibiotik makrolida.

Gambar 2.11 Struktur Gentamisin dengan Indikasi Lokasi Aksi Enzim Inaktivasi

Produk deasilasi yang kurang aktif secara biologis kemudian dapat digunakan untuk produksi
senyawa semisintetik. Fosforilasi melalui berbagai fosfotransferase dan adenylylation melalui
adenyltransferases berlangsung terutama dengan aminoglikosida dan menyebabkan inaktivasi.
Asetilasi (Ac), fosforilasi (P), dan adenylylation (Ad) adalah reaksi yang terutama bertanggung jawab
untuk pengembangan resistensi bakteri terhadap aminoglikosida. Contoh gentamisin pada Gambar
2.11 menunjukkan target di mana tiga enzim pengubah bekerja.

Reaksi hidrolisis terutama signifikan pada / 3-laktam antibiotik (Gambar 2.12). Hidrolisis
melibatkan pemisahan cincin lakton dari penisilin dan sefalosporin oleh Q-laktamase, yang
menyebabkan inaktivasi antibiotik. Resistensi bakteri terhadap (3-laktam antibiotik terutama
disebabkan oleh reaksi ini. Di sisi lain, pemisahan enzim penisilin oleh penisilin asilase menjadi asam
6-aminopenicillanic adalah sangat penting secara ekonomi.
 Gambar 2.12 Microbial Transformasi Microba dari Penicilin G

Hidroksilasi adalah reaksi transformasi mikroba yang sering terjadi pada antibiotik (contoh
pada Gambar 2.13).

2.6.5. Transformasi Pestisida

Sampai sekarang, kami telah membahas transformasi mikroba yang mengarah pada produksi
senyawa yang bermanfaat secara komersial. Kami sekarang mengubah perspektif kami dan
mendiskusikan beberapa transformasi yang menyebabkan penghancuran kelas utama senyawa yang
berguna secara komersial, pestisida. Agen untuk penyakit tanaman dan pengendalian hama diperlukan
untuk kelangsungan hidup populasi dunia. Saat ini sepertiga dari panen dunia hilang karena organisme
yang merusak. Diperkirakan sepertiga lainnya akan hilang tanpa menggunakan agen kontrol kimia.
Penyakit menular seperti malaria, penyakit chagas, tifus, kolera, dan demam berbintik telah berkurang
parahnya dan di beberapa daerah sepenuhnya dihilangkan melalui kontrol vektor serangga pembawa
penyakit. Stabilitas tinggi (persistensi) dari senyawa yang digunakan sangat penting untuk program
pengendalian vektor ini, tetapi stabilitas ini memiliki efek negatif terhadap lingkungan.
 Gambar 2.13 Hidroksilasi Narbomycin

Masalah ketekunan lingkungan ini terlihat dengan insektisida hidrokarbon terklorinasi. seperti
DDT, lindane, dan dieldrin. Keberhasilan yang luar biasa dalam pengendalian penyakit menular dapat
dikaitkan dengan DDT, tetapi karena ketahanannya terhadap penguraian, senyawa terakumulasi dalam
mikroorganisme dan dengan demikian masuk ke dalam rantai makanan. Perkembangan ini, bersama
dengan terbatasnya penggunaan DDT sejak awal tahun 1970-an, telah menyebabkan penelitian untuk
metode kontrol baru dan preparat yang aman secara toksikologis dan ramah lingkungan.

Dalam konteks ini, transformasi mikroba menarik bukan untuk produksi agen aktif baru, tetapi
untuk detoksifikasi lingkungan yang paling memungkinkan. Ini melibatkan konversi enzimatik dari
apa yang disebut xenobiotik, substrat yang biasanya tidak terjadi di alam, seperti hidrokarbon
terhalogenasi, senyawa nitro aromatik, dan turunan asam sulfonat. Banyak enzim yang terlibat dalam
transformasi ini harus diinduksi dan berbagai organisme sering terlibat dalam penguraian senyawa.
Tergantung pada struktur kimianya, beberapa senyawa tidak dapat dengan mudah dikonversi; dengan
demikian waktu kegigihan dalam tanah berkisar dari beberapa hari hingga beberapa tahun.
Penghapusan xenobiotik dari ekosistem dapat dilakukan melalui berbagai mekanisme.
Metabolisme Xenobiotik dapat berfungsi sebagai substrat untuk pertumbuhan mikroba dan produksi
energi. Rincian lengkap beberapa zat menjadi CO2 dan H2O telah dijelaskan. Gambar 2.14
menunjukkan contoh herbisida dalapon, asam lemak terklorinasi, yang dikonversi oleh Arthrobacter
sp. ke piruvat setelah dehalo-genasi oksidatif.
 Gambar 2.14 Kerusakan Mikroba Dalapon

Cometabolism. Dalam cometabolism, mikroorganisme tidak memperoleh energi dari reaksi

transformasi dan membutuhkan substrat lain untuk pertumbuhan. Oleh karena itu, kometabolisme
biasanya menyebabkan modifikasi molekul belaka, yang dapat mengakibatkan penurunan atau
peningkatan toksisitas. Rincian lebih lanjut dapat dicapai melalui aksi gabungan dari berbagai
organisme.
Beberapa contoh kometabolisme diberikan pada Tabel 2.5.
 BAB III
APLIKASI BIOTEKNOLOGI DALAM AIR LIMBAH

Tujuan Umum
1. Siswa memahami penerapan bioteknologi dalam pengolahan air limbah
2. Siswa memahami pengembangan dan penerapan pengolahan air limbah

Tujuan Khusus
1. Siswa memahami peran mikroorganisme dalam penerapan bioteknologi dalam pengolahan air
limbah
2. Siswa memahami klasifikasi mikroorganisme yang terlibat dalam pengolahan air limbah
3. Siswa memahami biokimia bakteri, penguraian limbah, dan populasi dinamika yang terlibat dalam
pengolahan air limbah
4. Siswa memahami produksi metana dalam dekomposisi anaerob
5. Siswa memahami beberapa jenis peralatan dalam pengolahan air limbah

3.1. Pengantar
Di negara-negara perkotaan, sejumlah besar air limbah industri dan domestik diperlakukan
secara biologis. Saat ini, air limbah diolah terutama oleh proses lumpur aktif klasik, aerob, dengan
aerasi permukaan (Gambar 3.1) atau dengan oksigen yang dipasok oleh udara paksa. Dalam jenis lain
dari proses pengolahan aerobik (filter menetes), lapisan batu atau pasir digunakan dan air limbah
dibiarkan mengalir di atas media pendukung, organisme yang tumbuh melekat pada permukaan lapisan
filter dan mengoksidasi organik senyawa dalam bahan limbah. Dalam proses lain, pencernaan
anaerobik digunakan (Gambar 3.2), kadang-kadang langsung pada air limbah mentah atau lebih sering
pada bahan padat (lumpur) yang diperoleh dari sedimentasi dalam proses pengolahan aerobik.
Sistem aerobik memiliki kelemahan sebagai berikut: konstruksi terbuka yang membatasi
kontrol proses, populasi organisme yang tidak terkendali, polusi lingkungan akibat emisi bau, dan
pembentukan kabut.
 Gambar 3.1 Proses lumpur aktif: di atas, bak aerasi; di bawah, saluran oksidasi
Masalah kritis selanjutnya adalah fenomena bulking in sludge, yang menghambat proses
pengendapan di dalam bak klarifikasi. Bulking disebabkan oleh perkembangan mikroorganisme
berfilamen yang tidak mengendap dengan baik. Meskipun bulking dapat dikendalikan dalam beberapa
kasus dengan memperkenalkan proses pengapungan, dalam air limbah domestik solusi teknis ini
terlalu mahal. Oleh karena itu, solusi mikrobiologis untuk masalah bulking harus ditemukan sehingga
limbah bening yang memuaskan dapat dikirim dari bak pengendapan akhir.

Gambar 3.2 Digester Sludge

Salah satu perkembangan yang paling menggembirakan selama beberapa dekade terakhir
adalah penurunan yang luar biasa dalam bahan organik dalam limbah industri. Ini telah dihasilkan dari
aplikasi yang luas dari upaya penelitian dan pengembangan dan pengeluaran yang cukup besar untuk
instalasi perawatan baru.

3.2 Mikrobiologi Air Limbah

3.2.1. Peran Mikroorganisme
Stabilisasi bahan organik dilakukan secara biologis menggunakan berbagai mikroorganisme.
Mikroorganisme digunakan untuk mengubah bahan organik koloid dan terlarut karbon menjadi
berbagai gas dan menjadi jaringan sel. Karena jaringan sel memiliki gravitasi spesifik yang sedikit
lebih besar daripada air, jaringan yang dihasilkan dapat dihilangkan dari cairan yang diolah dengan
pengendapan gravitasi.
Penting untuk dicatat bahwa kecuali jaringan sel yang dihasilkan dari bahan organik
dihilangkan dari larutan, perawatan lengkap tidak akan tercapai karena jaringan sel, yang itu sendiri
organik, akan diukur sebagai BOD dalam limbah. Jika jaringan sel tidak dihilangkan, satu-satunya
pengobatan yang akan dicapai adalah yang terkait dengan konversi bakteri dari sebagian bahan organik
yang semula hadir ke berbagai produk akhir gas.

3.2.2. Klasifikasi Mikroorganisme

Dari kingdoms. Mikroorganisme diorganisasikan ke dalam tiga kelompok besar berdasarkan

perbedaan struktural dan fungsionalnya. Kelompok-kelompok itu disebut kingdoms. Tiga kerajaan
adalah binatang, tumbuhan, dan protista. Contoh dan karakteristik diferensiasi yang representatif
ditunjukkan pada Gambar 3.3.

Dari sumber energi dan karbon. Hubungan antara sumber karbon dan sumber energi untuk
mikroorganisme adalah penting. Karbon adalah blok pembangun dasar untuk sintesis sel. Energi harus
diperoleh dari luar sel untuk memungkinkan sintesis berlangsung. Tujuan kami dalam pengolahan air
limbah adalah mengubah karbon dan energi dalam air limbah menjadi mikroorganisme yang dapat
kami buang dari air dengan mengendap. Oleh karena itu, kami ingin mendorong pertumbuhan
organisme yang menggunakan bahan organik untuk karbon dan sumber energi mereka.

Gambar 3.3 Klasifikasi Mikroorganisme menurut Kerajaan

Jika mikroorganisme menggunakan bahan organik sebagai suplai karbon, itu disebut heterotrofik.
Autotroph hanya membutuhkan CO2 untuk memasok kebutuhan karbon mereka.
Organisme yang hanya mengandalkan matahari untuk energi disebut fototrof. Chemotrophs
mengekstrak energi dari reaksi oksidasi / reduksi organik atau anorganik. Organotrof menggunakan
bahan organik, sedangkan lithotroph mengoksidasi senyawa anorganik.

Dari hubungan dengan oksigen. Bakteri juga diklasifikasikan berdasarkan kemampuan

atau ketidakmampuan mereka untuk memanfaatkan oksigen sebagai akseptor elektron terminal dalam
reaksi oksidasi / reduksi. Aerob obligat adalah mikroorganisme yang harus memiliki oksigen sebagai
akseptor elektron terminal. Ketika air limbah mengandung oksigen dan dapat mendukung aerob
obligat, itu disebut aerobik.

Anaerob obligat adalah mikroorganisme yang tidak dapat bertahan hidup dengan adanya
oksigen. Mereka tidak dapat menggunakan oksigen sebagai akseptor elektron terminal. Air limbah
yang tidak mengandung oksigen disebut anaerob. Anaerob fakultatif dapat menggunakan oksigen
sebagai akseptor elektron terminal dan, dalam kondisi tertentu, mereka dapat tumbuh tanpa adanya
oksigen.

Dalam kondisi anoksik, sekelompok anaerob fakultatif yang disebut denitrifiers menggunakan nitrit
(NO2) dan nitrat (NO3) sebagai akseptor elektron terminal. Nitrat nitrogen dikonversi menjadi gas
nitrogen tanpa oksigen. Proses ini disebut denitrifikasi anoksik.

Dari rezim suhu yang disukai. Setiap spesies bakteri bereproduksi paling baik dalam kisaran suhu
terbatas. Empat rentang suhu digunakan untuk mengklasifikasikan bakteri. Mereka yang tumbuh
paling baik pada suhu di bawah 20 ° C disebut psy¬chrophiles. Mesofil tumbuh paling baik pada suhu
antara 25 dan 40 ° C. Antara 45 dan 60 ° C, termofil tumbuh paling baik. Di atas 60 ° C,
stenothermophiles tumbuh paling baik. Kisaran pertumbuhan termofil fakultatif memanjang dari
rentang termofilik ke rentang mesofilik. Rentang ini kualitatif dan agak subyektif. Anda akan mencatat
celah antara 20 dan 25 ° C dan antara 40 dan 45 ° C. Jangan membuat kesalahan dengan mengatakan
bahwa organisme yang tumbuh dengan baik pada suhu 20,5 ° C adalah mesofil. Aturannya tidak begitu
sulit dan cepat. Bakteri akan tumbuh pada kisaran suhu dan akan bertahan pada kisaran suhu yang
sangat besar. Misalnya, Escherichia coli, diklasifikasikan sebagai mesofil, akan tumbuh pada suhu
antara 20 dan 50 ° C dan akan bereproduksi, meskipun sangat lambat, pada suhu turun hingga 0 ° C.
Jika dibekukan dengan cepat, mereka dan banyak mikroorganisme lainnya dapat disimpan tanpa
tingkat kematian yang signifikan.

3.3. Beberapa Mikroba Yang Menarik dalam Pengolahan Air Limbah

 Bakteri. Populasi mikroorganisme tertinggi dalam pengolahan air limbah akan menjadi
milik bakteri. Mereka adalah protista bersel tunggal. Kondisi di pabrik pengolahan disesuaikan
sehingga chemoheterotrophs mendominasi. Tidak ada spesies tertentu yang dipilih sebagai "yang
terbaik."
Jamur. Untuk tujuan kami, kami mendefinisikan jamur sebagai protista herotrofik
multiseluler, non-fotosintesis. Jamur adalah aerob obligat yang direproduksi dengan berbagai metode
termasuk fisi, tunas, dan pembentukan spora. Mereka membentuk bahan sel normal dengan setengah
nitrogen yang dibutuhkan oleh bakteri. Dalam air limbah yang kekurangan nitrogen, mereka
mendominasi lebih dari bakteri.
Alga. Kelompok mikroorganisme ini adalah photoautotrophs dan dapat berupa uniseluler
atau multiseluler. Karena klorofil yang terkandung dalam sebagian besar spesies, mereka
menghasilkan oksigen melalui fotosintesis. Di hadapan sinar matahari, produksi oksigen fotosintesis
lebih besar dari jumlah yang digunakan dalam respirasi. Pada malam hari mereka menggunakan
oksigen dalam pernapasan. Jika jam siang melebihi jam malam dengan jumlah yang wajar, ada
produksi bersih dari oksigen.
Protozoa. Untuk tujuan kita, kita dapat mengatakan bahwa protozoa adalah hewan bersel
tunggal yang direproduksi oleh fisi biner (membelah dua). Sebagian besar adalah chemotroph aerobik,
dan mereka sering mengkonsumsi bakteri. Mereka diinginkan dalam limbah cair karena mereka
bertindak sebagai pemoles dalam mengkonsumsi bakteri.
Rotifera dan krustasea. Baik rotifera dan krustasea bersifat aerob, kemoheterotrof
multiseluler. Rotifer mendapatkan namanya dari gerakan berputar yang tampak dua set silia di
kepalanya. Silia menyediakan mobilitas dan mekanisme untuk menangkap makanan. Rotifer
mengonsumsi bakteri dan partikel kecil bahan organik. Crustacea dicirikan oleh struktur cangkangnya.
Mereka adalah sumber makanan untuk ikan dan tidak ditemukan dalam sistem pengolahan air limbah
sampai batas tertentu kecuali di laguna yang kekurangan muatan. Kehadiran mereka menunjukkan
tingkat oksigen terlarut yang tinggi dan tingkat bahan organik yang sangat rendah.

3.4. Biokimia Bakteri

3.4.1. Metabolisme
Istilah umum yang menggambarkan semua aktivitas kimia yang dibentuk oleh sel adalah metabolisme.
Ini pada gilirannya dibagi menjadi dua bagian: katabolisme dan anabolisme. Katabolisme mencakup
semua proses biokimia di mana substrat terdegradasi menjadi produk akhir dengan pelepasan energi.
Dalam pengolahan air limbah, substrat dioksidasi. Proses oksidasi melepaskan energi yang ditransfer
ke pembawa energi yang menyimpannya untuk digunakan di masa depan oleh bakteri (Gambar 3.4).
 Gambar 3.4 Skema Umum Metabolisme Bakteri
Anabolisme mencakup semua proses biokimia di mana bakteri mensintesis sel-sel baru. Proses sintesis
didorong oleh energi yang disimpan dalam pembawa energi.

3.4.2. Dekomposisi Limbah

Jenis akseptor elektron yang tersedia untuk katabolisme menentukan jenis dekomposisi (yaitu, aerob,
anoksik, atau anaerob) yang digunakan oleh kultur campuran mikroorganisme. Setiap jenis
dekomposisi memiliki karakteristik khusus yang mempengaruhi penggunaannya dalam pengolahan
limbah.
Dekomposisi aerobik. Dari diskusi kami tentang metabolisme bakteri, Anda akan ingat
bahwa molekul oksigen (O2) harus hadir sebagai akseptor elektron terminal untuk penguraian yang
dilanjutkan dengan oksidasi aerob. Seperti dalam badan air alami, oksigen diukur sebagai DO. Ketika
oksigen hadir, itu adalah satu-satunya akseptor elektron terminal yang digunakan. Oleh karena itu,
produk akhir kimia dari dekomposisi terutama adalah karbon dioksida, air, dan bahan sel baru (Tabel
3.1). Produk akhir gas ganas dijaga agar tetap minimum. Dalam sistem air alami yang sehat,
dekomposisi aerobik adalah cara utama pemurnian diri.
Spektrum yang lebih luas dari bahan organik dapat dioksidasi secara aerobik daripada jenis
dekomposisi lainnya. Fakta ini, ditambah dengan fakta bahwa produk akhir dioksidasi ke tingkat energi
yang sangat rendah, menghasilkan produk akhir yang lebih stabil (yaitu, produk yang dapat dibuang
tanpa merusak lingkungan dan tanpa menciptakan kondisi gangguan) daripada yang bisa dicapai oleh
sistem oksidasi lainnya.
Karena besarnya jumlah energi yang dilepaskan dalam oksidasi aerob, sebagian besar
organisme aerob mampu menghasilkan tingkat pertumbuhan yang tinggi. Akibatnya, ada produksi sel-
sel baru yang relatif besar dibandingkan dengan sistem oksidasi lainnya. Ini berarti bahwa lebih banyak
lumpur biologis dihasilkan dalam oksidasi aerobik daripada dalam sistem oksidasi lainnya.
Dekomposisi aerobik adalah metode pilihan untuk sejumlah besar air limbah encer (BOD5
kurang dari 500 mg / L) karena dekomposisi cepat, efisien, dan memiliki potensi bau rendah. Untuk
air limbah berkekuatan tinggi (BOD5 lebih besar dari 1.000 mg / L), itu tidak cocok karena kesulitan
dalam memasok oksigen yang cukup dan karena sejumlah besar lumpur biologis yang dihasilkan.
Dalam komunitas kecil dan dalam aplikasi industri khusus di mana laguna aerasi digunakan, limbah
cair dengan BOD5 hingga 3.000 mg / L dapat diperlakukan dengan memuaskan dengan dekomposisi
aerobik.
Dekomposisi Anoxic. Beberapa mikroorganisme akan menggunakan nitrat (NO3) sebagai
akseptor elektron ter-minal tanpa adanya oksigen molekuler. Oksidasi oleh rute ini disebut
denitrifikasi.
Denitrifikasi sangat penting dalam pengolahan air limbah di mana nitrogen harus dikeluarkan
untuk melindungi tubuh penerima. Dalam hal ini, langkah perlakuan khusus ditambahkan ke proses
konvensional untuk menghilangkan bahan berkarbon. Satu aspek penting lain dari denitrifikasi adalah
sehubungan dengan klarifikasi akhir air limbah yang diolah. Jika lingkungan final clier menjadi anoxic,
pembentukan gas nitrogen akan menyebabkan gumpalan besar lumpur mengapung ke permukaan dan
melarikan diri dari pabrik pengolahan ke dalam air penerima. Dengan demikian, perlu untuk
memastikan bahwa kondisi anoksik tidak berkembang pada clarifer akhir.
Dekomposisi anaerob. Untuk mencapai dekomposisi anaerob, molekul-ular oksigen dan
nitrat tidak boleh ada sebagai akseptor elektron terminal. Sulfat (SO42-), karbon dioksida, dan senyawa
organik yang dapat direduksi berfungsi sebagai akseptor elektron terminal. Pengurangan hasil sulfat
dalam produksi hidrogen sulfida (H2S) dan sekelompok senyawa sulfur organik yang sama-sama tidak
berbau yang disebut merkaptan.
Dekomposisi anaerob (fermentasi) bahan organik umumnya dianggap sebagai proses dua
langkah. Pada langkah pertama, senyawa organik kompleks difermentasi menjadi asam lemak berat
molekul rendah (asam volatil). Pada langkah kedua, asam organik dikonversi menjadi metana. Karbon
dioksida berfungsi sebagai akseptor elektron.
Karena hanya sejumlah kecil energi yang dilepaskan selama oksidasi anaerob, jumlah
produksi sel rendah. Dengan demikian, produksi lumpur rendah. Kami memanfaatkan fakta ini dalam
pengolahan air limbah dengan menggunakan dekomposisi anaerob untuk menstabilkan lumpur yang
dihasilkan selama dekomposisi aerobik dan anoksik.
Dekomposisi anaerobik langsung dari air limbah umumnya tidak layak untuk limbah encer.
Suhu pertumbuhan optimal untuk bakteri anaerob berada di ujung atas kisaran mesofilik. Dengan
demikian, untuk mendapatkan biodegradasi yang wajar, harus meningkatkan suhu kultur. Untuk air
limbah encer, ini tidak praktis. Untuk limbah terkonsentrasi (BOD5 lebih besar dari 1.000 mg / L),
pencernaan anaerob cukup tepat.

3.5 Dinamika Populasi

3.5.1. Persyaratan Pertumbuhan Bakteri
Dalam diskusi tentang perilaku kultur bakteri yang mengikuti, ada asumsi yang melekat bahwa semua
pertumbuhan persyaratan awalnya ada. Karena persyaratan ini cukup luas dan ketat, perlu luangkan
waktu sejenak untuk merekapitulasi. Daftar berikut ini merangkum persyaratan utama yang harus
dipenuhi:

- Akseptor elektron terminal

- Bahan gizi makro
a. Sebuah. Karbon untuk membangun sel
b. Nitrogen untuk membangun sel
c. Fosfor untuk ATP (pembawa energi) dan DNA
- Zat gizi mikro
a. Sebuah. Melacak logam
b. Vitamin dibutuhkan oleh beberapa bakteri
- Lingkungan yang sesuai
Sebuah. Kelembaban
b. Suhu
c. pH

3.5.2. Pertumbuhan dalam Budaya Murni

Sebagai ilustrasi, mari kita periksa situasi hipotetis di mana 1.400 bakteri dari satu spesies dimasukkan
ke dalam media cair sintetis. Awalnya tidak ada yang terjadi. Bakteri harus menyesuaikan diri dengan
lingkungan barunya dan mulai mensintesis protoplasma baru. Pada sebidang pertumbuhan bakteri
versus waktu (Gambar 3.5), fase pertumbuhan ini disebut fase lag.

Gambar 3.5. Pertumbuhan bakteri dalam kultur murni: "Kurva Pertumbuhan Log."
Pada akhir fase lag, bakteri mulai membelah. Karena semua organisme tidak membelah pada saat
yang bersamaan, ada peningkatan populasi secara bertahap. Fase ini diberi label percepatan
pertumbuhan pada plot pertumbuhan.
Pada akhir fase pertumbuhan dipercepat, populasi organisme cukup besar dan perbedaan dalam
waktu generasi cukup kecil sehingga sel-sel tampak membelah secara teratur. Karena reproduksi
adalah dengan pembelahan biner (setiap sel membelah menghasilkan dua sel baru), peningkatan
populasi mengikuti perkembangan geometric: : 1  2  4  8  16  32 dan seterusnya.
Populasi bakteri (P) setelah generasi ke-n diberikan oleh ekspresi berikut:
P = P0(2)n (3-1)
di mana P0 adalah populasi awal pada akhir fase pertumbuhan dipercepat. Jika kita mengambil log
dari kedua sisi Persamaan 3-1, kita memperoleh yang berikut:
log P = log P0 + n log 2 (3-2)

Ini berarti bahwa jika kita memplot populasi bakteri pada skala logaritmik, fase pertumbuhan
ini akan plot sebagai garis lurus kemiringan n dan memotong P0 pada t0 sama dengan akhir fase
pertumbuhan dipercepat. Jadi, fase pertumbuhan ini disebut fase pertumbuhan log atau fase
pertumbuhan eksponensial.

Fase pertumbuhan log berkurang karena substrat menjadi habis atau sebagai racun oleh produk
menumpuk. Karena itu, pada titik waktu tertentu, populasi menjadi konstan baik sebagai akibat dari
penghentian fisi atau keseimbangan dalam tingkat kematian dan reproduksi. Ini digambarkan oleh fase
diam pada kurva pertumbuhan.

Setelah fase diam, bakteri mulai mati lebih cepat daripada mereka bereproduksi. Fase kematian
ini disebabkan oleh berbagai penyebab yang pada dasarnya merupakan perpanjangan dari mereka yang
mengarah ke fase diam.

3.5.3. Pertumbuhan dalam Budaya Campuran

Dalam pengolahan air limbah, seperti di alam, kultur mikroorganisme murni tidak ada.
Sebaliknya, campuran spesies bersaing dan bertahan dalam batas yang ditentukan oleh lingkungan.
Dinamika populasi adalah istilah yang digunakan untuk menggambarkan keberhasilan berbagai
spesies dalam persaingan dalam waktu. Ini dinyatakan secara kuantitatif dalam hal massa relatif
mikroorganisme.

Faktor utama yang mengatur dinamika berbagai mikroba adalah kompetisi untuk makanan.
Faktor terpenting kedua adalah hubungan predator-mangsa.

Keberhasilan relatif dari sepasang spesies yang bersaing untuk substrat yang sama adalah
fungsi dari kemampuan spesies untuk memetabolisme substrat. Spesies yang lebih sukses akan
menjadi yang memetabolisme substrat lebih lengkap. Dengan melakukan hal itu, ia akan memperoleh
lebih banyak energi untuk sintesis dan akibatnya akan mencapai massa yang lebih besar.

Karena ukurannya yang relatif lebih kecil dan, dengan demikian, area permukaan yang lebih
besar per satuan massa, yang memungkinkan penyerapan substrat yang lebih cepat, bakteri akan
mendominasi daripada jamur. Untuk alasan yang sama, jamur mendominasi protozoa.

Ketika pasokan substrat organik terlarut menjadi habis, populasi bakteri kurang berhasil dalam
reproduksi dan populasi predator meningkat. Dalam sistem tertutup dengan inokulum awal campuran
mikroorganisme dan substrat, populasi akan berputar ketika bakteri memberi jalan ke organisme
tingkat yang lebih tinggi yang pada gilirannya mati karena kekurangan makanan dan kemudian
didekomposisi oleh set bakteri yang berbeda (Gambar 3.6. ).

Gambar 3.6 Dinamika populasi dalam sistem tertutup

Dalam sistem terbuka, seperti instalasi pengolahan air limbah atau sungai, dengan aliran terus-
menerus dari substrat baru, populasi yang dominan akan berubah melalui panjang instalasi (Gambar
3.7). Keadaan ini; dikenal sebagai keseimbangan dinamis. Ini adalah keadaan yang sangat sensitif, dan
perubahan karakteristik berpengaruh harus diatur secara ketat untuk menjaga keseimbangan yang tepat
dari berbagai populasi.
 Gambar 3.7 Dinamika populasi dalam sistem terbuka

3.5.4. Persamaan Monod

Untuk jumlah besar dan kultur campuran mikroorganisme yang ditemukan dalam sistem
pengolahan limbah, lebih mudah untuk mengukur biomassa daripada jumlah organisme. Dalam fase
pertumbuhan kayu, ekspresi laju peningkatan biomassa adalah:

dX
 X (3-3)
dt

dimana:

dX
= laju pertumbuhan biomassa, mg / L.t
dt

μ = konstanta laju pertumbuhan, t-1

X = konsentrasi biomassa, mg / L

Karena sulitnya pengukuran langsung k dalam kultur campuran, Monod mengembangkan model
persamaan yang mengasumsikan bahwa tingkat pemanfaatan makanan, dan karenanya laju produksi
biomassa, dibatasi oleh laju reaksi enzim yang melibatkan senyawa makanan yang ada di dalam.
pasokan terpendek relatif terhadap kebutuhannya. Persamaan Monod adalah

m S
 (3-4)
Ks  S

dimana:
  m = laju pertumbuhan biomassa, mg / L.t

S = konsentrasi membatasi makanan dalam larutan, mg / L

K s = konstanta saturasi setengah, mg / L

konsentrasi membatasi makanan ketika = 0,5

Tingkat pertumbuhan biomassa mengikuti fungsi hiperbolik seperti yang ditunjukkan pada Gambar
3.8.

Gambar 3.8 Konstan Tingkat Pertumbuhan Monod sebagai Fungsi Membatasi Pangan Konsentrasi

Dua kasus pembatas menarik dalam penerapan Persamaan 3-4 untuk sistem pengolahan air limbah.
Dalam kasus di mana ada kelebihan makanan pembatas, maka S >> KS dan konstanta laju
pertumbuhan, μ, kira-kira sama dengan µm. Persamaan 3-3 kemudian menjadi orde pertama dalam
biomassa. Pada ekstrem yang lain, ketika S << KS, sistem ini terbatas makanan dan laju pertumbuhan
menjadi nol urutan sehubungan dengan biomassa, yaitu, tidak tergantung pada biomassa.

Persamaan 3-4 mengasumsikan hanya pertumbuhan mikroorganisme dan tidak memperhitungkan

kematian alami. Secara umum diasumsikan bahwa kematian atau peluruhan massa mikroba adalah
ekspresi orde pertama dalam biomassa dan karenanya Persamaan 3-3 dan 3-4 diperluas ke:

dX  m SX
  kd X (3-5)
dt K S  S

di mana kd = konstanta laju peluruhan endogen, t-1.

Jika semua makanan dalam sistem dikonversi menjadi biomassa, tingkat pemanfaatan makanan (dS /
dt) akan sama dengan tingkat produksi biomassa. Karena tidak efisiennya proses konversi, maka
tingkat pemanfaatan makanan akan lebih besar daripada laju pemanfaatan biomassa, jadi
 dS 1 dX
  (3-6)
dt Y dt

di mana Y = fraksi desimal dari massa makanan yang dikonversi menjadi biomassa

= koefisien hasil, biomassa mg / L per mg / L makanan yang digunakan

Menggabungkan persamaan 3-3, 3-4, dan 3-6,

dS 1  m SX
  (3-7)
dt Y K S  S

Persamaan 3-5 dan 3-7 adalah bagian mendasar dari pengembangan persamaan desain untuk proses
pengolahan air limbah.

Dalam bab ini, proses pengolahan baru akan dibahas yang berpotensi meningkatkan efisiensi
pengolahan air limbah.