RNA sebagai Bahan Genetik pada Virus Kecil

Semakin banyak virus diidentifikasi dan dipelajari, menjadi jelas bahwa banyak dari mereka
mengandung RNA dan protein, tetapi tidak ada DNA. Dalam semua kasus yang diteliti hingga saat
ini, jelas bahwa "virus RNA" ini menyimpan informasi genetik mereka dalam asam nukleat daripada
dalam protein seperti halnya semua organisme lain, meskipun dalam virus ini asam nukleatnya adalah
RNA. Salah satu percobaan pertama yang menetapkan RNA sebagai bahan genetik dalam virus RNA
adalah apa yang disebut percobaan rekonstitusi dari H. Fraenkle-Conrat dan B. Singer, yang
diterbitkan pada tahun 1957. Eksperimen Fraenkle-Conrat dan Singer yang sederhana, tetapi definitif,
dilakukan dengan tembakau mosaik virus (TMV), virus kecil yang terdiri dari satu molekul RNA
yang dienkapsulasi dalam mantel protein. Strain TMV yang berbeda dapat diidentifikasi berdasarkan
perbedaan komposisi kimia dari mantel protein mereka.

Dengan menggunakan perawatan kimia yang tepat, seseorang dapat memisahkan mantel
protein TMV dari RNA. Selain itu, proses ini bersifat reversibel; dengan mencampurkan protein dan
RNA dalam kondisi yang tepat, "pemulihan" akan terjadi, menghasilkan partikel TMV infektif yang
lengkap. Fraenkle-Conrat dan Singer mengambil dua jenis TMV yang berbeda, memisahkan RNA
dari mantel protein, dan menyusun kembali virus "campuran" dengan mencampurkan protein dari satu
galur dengan RNA dari galur kedua, dan sebaliknya. Ketika virus campuran ini digunakan untuk
menginfeksi daun tembakau, virus progeni yang dihasilkan selalu ditemukan secara fenotip dan
genotip identik dengan strain induk dari mana RNA telah diperoleh. Dengan demikian, informasi
genetik TMV disimpan dalam RNA, bukan dalam protein.

STRUKTUR DNA

Informasi genetik semua organisme hidup, kecuali virus RNA, disimpan dalam DNA. Lalu,
apa struktur DNA, dan dalam bentuk apa informasi genetik disimpan? Apa ciri-ciri struktur DNA
yang memungkinkan transmisi informasi genetik dari generasi ke generasi?

Asam nukleat, pertama disebut "nuklein" karena mereka diisolasi dari inti sel oleh F.
Miescher pada tahun 1869, adalah makromolekul yang terdiri dari subunit berulang yang disebut
nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari (1) gugus fosfat, (2) gula lima karbon (atau pentosa), dan (3)
senyawa yang mengandung nitrogen siklik yang disebut basa. Dalam DNA, gula adalah 2-
deoksiribosa (demikian nama asam deoksiribonukleat); dalam RNA, gula adalah ribosa (asam
ribonukleat). Ada empat basa berbeda yang biasa ditemukan dalam DNA: adenin, guanin, timin, dan
sitosin. RNA juga biasanya mengandung adenin, guanin, dan sitosin, tetapi memiliki basa yang
berbeda, urasil, sebagai pengganti timin. Adenin dan guanin adalah basa cincin ganda yang disebut
purin; sitosin, timin, dan urasil adalah basa cincin tunggal yang disebut pirimidin. Baik DNA dan
RNA, oleh karena itu, mengandung empat subunit atau nukleotida yang berbeda, dua nukleotida
purin, dan dua nukleotida pirimidin. RNA biasanya ada sebagai polimer beruntai tunggal yang
disusun untuk urutan panjang nukleotida. Namun, DNA memiliki satu tingkat tambahan organisasi
yang sangat penting; biasanya molekul beruntai ganda.

The Watson dan Crick DNA Double Helix

 Struktur DNA yang benar pertama kali disimpulkan oleh J.D. Watson dan F.H.C. Crick pada
tahun 1953. Model double-helix struktur DNA mereka didasarkan pada dua jenis bukti utama.

1. Ketika komposisi DNA dari banyak organisme berbeda dianalisis oleh E. Chargaff dan rekannya,
diamati bahwa konsentrasi sitosin selalu sama dengan konsentrasi guanin. Ini sangat menyarankan
bahwa timin dan adenin serta sitosin dan guanin hadir dalam DNA dengan beberapa keterkaitan tetap.
Tentu saja, itu juga mengharuskan bahwa konsentrasi total pirimidin (timin ditambah sitosin) selalu
sama dengan konsentrasi total purin (adenin plus guanin). Namun, rasio (thymine + adenine) /
(cytosine + guanine) ditemukan sangat bervariasi dalam DNA dari spesies yang berbeda.

2. Ketika sinar X difokuskan melalui makromolekul terisolasi atau kristal molekul yang dimurnikan,
sinar X dibelokkan oleh atom-atom molekul dalam pola tertentu, yang disebut pola difraksi, yang
menyediakan informasi tentang pengorganisasian komponen-komponen molekul. Pola-pola difraksi
sinar-X ini dapat direkam pada film -ray-sensitif seperti halnya memotret pola cahaya dengan kamera
dan film peka-cahaya. Watson dan Crick memiliki data kristalografi sinar-X yang tersedia pada
struktur DNA dari studi MHF Wilkins, R. Franklin, dan rekan kerja mereka. Data ini menunjukkan
bahwa DNA adalah struktur multi-untai yang sangat tertata, dengan sub-struktur berulang yang
ditempatkan setiap 3,4 angstrom [1 angstrom (Å) = 10-8 cm]di sepanjang molekul.

Atas dasar data kimia Chargaff, data difraksi sinar-X Wilkins dan Franklin, dan kesimpulan
yang diambil dari pembangunan model, Watson dan Crick mengusulkan bahwa DNA ada sebagai
heliks ganda di mana dua rantai polinukleotida saling melingkar dalam spiral. Setiap rantai
polinukleotida terdiri dari urutan nukleotida yang dihubungkan bersama oleh ikatan fosfodiester,
bergabung dengan gugus deoksiribosa yang berdekatan. Dua untaian polinukleotida disatukan dalam
konfigurasi heliksnya dengan ikatan hidrogen antara basa dalam untai yang berlawanan, basa-basa
yang dihasilkan ditumpuk di antara dua rantai yang tegak lurus dengan sumbu molekul seperti
langkah-langkah tangga spiral. Pasangan-dasar adalah spesifik; adenin selalu dipasangkan dengan
timin, dan guanin selalu dipasangkan dengan sitosin. Dengan demikian, semua pasangan basa terdiri
dari satu purin dan satu pirimidin. Spesifisitas hasil pemasangan-basa dari kapasitas ikatan hidrogen
dari pangkalan dalam konfigurasi normal mereka. Dalam konfigurasi struktural mereka yang paling
umum, adenin dan timin membentuk dua ikatan hidrogen, dan guanin dan sitosin membentuk tiga
ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen yang analog antara sitosin dan adenin, misalnya, tidak dimungkinkan
kecuali bila mereka ada dalam keadaan struktural langka mereka.

Setelah urutan basa dalam satu untai DNA heliks ganda diketahui, urutan basa pada untai
lainnya juga dikenal karena pasangan-basa spesifik. Dua helai heliks ganda DNA dengan demikian
dikatakan saling melengkapi (tidak identik); sifat inilah, saling melengkapi dari dua untaian, yang
membuat DNA secara unik cocok untuk menyimpan dan mengirimkan informasi genetik (lihat bagian
berikut dari replikasi DNA).

Pasangan basa dalam DNA ditumpuk 3,4 Å terpisah dengan 10 pasangan basa per putaran
(360˚) dari heliks ganda. Tulang punggung gula-fosfat dari dua untai komplementer bersifat
antiparalel; yaitu, mereka memiliki polaritas kimia yang berlawanan. Ketika seseorang bergerak tanpa
arah di sepanjang heliks ganda DNA, ikatan fosfodiester dalam satu untai berubah dari karbon 3 'satu
nukleotida ke karbon 5' dari nukleotida yang berdekatan, sedangkan yang di untai komplementer
bergerak dari karbon 5 'menjadi 3' ' karbon. Polaritas berlawanan dari untaian komplementer ini
sangat penting mengingat mekanisme replikasi DNA.
 Derajat stabilitas tinggi dari heliks ganda DNA sebagian disebabkan oleh banyaknya ikatan
hidrogen antara pasangan basa (walaupun masing-masing ikatan hidrogen dengan sendirinya cukup
lemah, jauh lebih lemah dari ikatan kovalen) dan sebagian dari ikatan hidrofobik (atau "gaya susun")
antara pasangan-dasar yang ditumpuk. Sisi planar dari pasangan basa relatif nonpolar dan karenanya
cenderung tidak larut dalam air ("hidrofobik"). Inti hidrofobik dari pasangan basa yang ditumpuk ini
memberikan stabilitas yang cukup besar bagi molekul DNA yang ada dalam protoplasma air sel
hidup.

Fleksibilitas Konformasi Molekul DNA

Sebagian besar molekul DNA hadir dalam protoplasma berair sel hidup yang hampir pasti ada
dalam bentuk heliks ganda Watson-Crick yang baru saja dijelaskan. Ini adalah bentuk B dari DNA.
Bentuk B adalah konformasi yang diambil DNA dalam kondisi fisiologis (dalam larutan encer yang
mengandung garam dengan konsentrasi rendah). Namun, DNA bukanlah molekul statis dan invarian.
Sebaliknya, molekul DNA menunjukkan sejumlah besar fleksibilitas konformasi.

Struktur molekul DNA berubah sebagai fungsi lingkungannya. Konformasi yang tepat dari
molekul DNA tertentu dari segmen molekul DNA akan tergantung pada sifat molekul yang
berinteraksi. Faktanya, DNA bentuk-B intraseluler tampaknya memiliki rata-rata 10,4 pasangan
nukleotida per putaran, daripada 10 seperti yang ditunjukkan pada gambar 5.9. Dalam konsentrasi
garam yang tinggi atau dalam keadaan dehidrasi, DNA ada dalam bentuk-A, yang memiliki 11 pasang
nukleotida per putaran. Sangat tidak mungkin molekul DNA pernah ada dalam bentuk-A in vivo.
Struktur ini menarik. Namun, karena itu adalah konformasi heterodupleks DNA-RNA (heliks ganda
yang mengandung basa DNA-dipasangkan dengan untai RNA komplementer) atau dupleks RNA-
RNA in vivo.

Baru-baru ini, sekuens DNA tertentu telah terbukti ada dalam bentuk heliks kidal unik yang
disebut Z-DNA (Z untuk jalur zig-zag pada gula-fosfat tulang punggung struktur). Heliks DNA
bentuk A dan B terluka dengan cara yang benar. Selain itu, segmen spesifik molekul DNA dapat
mengalami pergeseran konformasi dari bentuk-B ke bentuk-Z dan sebaliknya. Faktanya, protein
regulator tertentu hanya dapat berikatan dengan bentuk-Z (atau bentuk-B) dari sekuens DNA dan
menyebabkannya bergeser ke bentuk-B (dari bentuk-Z). Bagaimanapun, kita harus ingat bahwa
struktur DNA tidak invarian dan bahwa variasi struktural dalam molekul DNA dapat memainkan
peran biologis yang penting.