Rolling Circel

Bakteriofage ΦX174 adalah wakil dari sekelompok virus kecil (baik bacterial maupun
eukariotik) yang menyimpan informasi genetik dalam molekul DNA yang bundar (circular)
ber-strand tunggal. Di saat virus ini menginfeksi sel induk E. coli pada ΦX174, DNA viral
berstrand tunggal (+) akan menjadi bentuk double helix (RF) melalui sintesa strand (-)
tambahan. RF ini kemudian akan bereplikasi sampai beberapa kali untuk menghasilkan
populasi yang terdiri oleh molekul RF progeny (strand double) dan pada waktunya
akanbereplikasi asimetris dan menghasilkan strand yang (+) progeny dengan kuantitas
banyak. Strand ini akan bergabung dengan mantel protein untuk mengakhiri suatu siklus
reproduksi. Replikasi dari kromosom ΦX174 lalu dibagi menjadi tiga yaitu (1) parental
strand (+) menjadi parental RF, (2) parental RF menjadi progeny RFs dan CS menjadi
progeny strand (+). Dua tahapan terakhir, akan terjadi sintesis DNA dengan mekanisme yang
berbeda yang disebut rolling circle.

Replikasi rolling circel dimulai ketika endonuklease memiliki rangkaian khusus pada
fage ΦX174. Sebuah protein memotong untaian positif parietal RF pada asal replikasi
.Aktivitas endonuklease ini terjadi di lokasi tertentu (site specific) memotong kromosom
oX174 hanya pada satu tempat yaitu asal replikasi. Proses ini menghasilkan 3'-OH dan 5'-
fosfat termini di situs potongan untai (+); untai (-) tetap utuh. Ujung 5 'dari untai (+) tidak
dilepas dan "dikupas" sedangkan untai (-) berputar pada sumbunya (dengan demikian nama
"rolling circel"). Ini menyebabkan strand memiliki ekor. Seperti yang awalnya disebutkan
oleh W. Gilbert dan D. Dressler, model rolling circel dari replikasi DNA membutuhkan
enzim spesifik, yang disebut "transferase," yang mengikat ujung tepian straind (+) dengan
lokasi tertentu pada membran selnya. Meskipun sebagian besar, kromosom yang bereplikasi
terikat ke membran, hanya sedikit info yang diketahui mengenai sifat alami dari ikatan
semacam ini. Banyak kasus yang menganggap ikatan membran semacam ini bukanlah
perangkat esensial dari replikasi rolling circle, karena pada saat lingkaran berputar dan ujung
tepi 5’ berpindah, polymerase DNA meng-katalisasi ekstensi kovalen pada ujung tepi (3’-
OH) yang lainnya.

Selama RF orangtua untuk replikasi progeni, untai positif yang baru digunakan
sebagai template untuk sintesis berulang tanpa putus (diskontinyu) dari untai negatif
komplementer. Dalam beberapa kasus, sintesis untaian komplementer dapat terjadi secara
tidak terputus pada ekor beruntai tunggal sebelum sintesis untai pertama telah selesai. Dalam
kasus seperti itu, Pergantian proses sintesis DNA RF dengan strand dobel menjadi sintesis
DNA viral (+) dengan strand tunggal terjadi saat ada protein tertentu di dalam mantel protein
sedang diproduksi didalam sel. Replikasi rolling circle terus berlangsung, namun pada saat
strand viral berganti tempat, mantel protein akan mengikatnya dan mencegah terjadinya
sintesis pada strand (-) tambahannya.
Fage ΦX174 dari gen protein A adalah protein kunci dalam proses replikasi ΦX174.
ia memiliki banyak perangkat aktivitas. (1) gen protein A mempunyai aktivitas endonuklease
pada lokasi khusus (site specific) yang bisa memecah strand (+) pada daerah asalnya (origin).
(2) gen protein A kemudian mampu mempertahankan energi dari pecahan ikatan fosfodiester
dalam bentuk ikatan kovalen pada terminus 5’ fosforil itu sendiri. (3) gen protein A terus
mengikat ujung terminus 5’ pada strand (+)-nya dan juga pada ‘garpu replikasi’ yang
melintasi perputaran template dari strand (-). (4) ketika strand (+) mulai disintesiskan, gen
protein A memecah dan membentuk asal (origin) baru, ligasi termini 3’ hidroxil dan 5’
fosforil, dan sekali lagi akan terikat secara kovalen kepada 5’ terminus strand positif yang
baru dihasilkan. Daur aktivitas gen protein A ini akan terus berulang sampai sebuah populasi
progeny RFs (tahap II) atau progeny strand (+) (tahap III) akan diproduksi.

STRUKTUR NUKLEOID PROKARYOT

Umumnya kromosom eukariotik adalah kromosom meiosis atau mitosis yang sangat
padat, keadaan kromosom yang tidak aktif secara metabolik. Diketahui bahwa kromosom
kaktus fungsional berfungsi sebagai "nukleoid" memiliki sedikit kemiripan dengan struktur
yang terlihat dalam autoradiograf Cairns seperti halnya metabolis aktif. kromosom
interphase dari eukariota memiliki sedikit kemiripan morfologis dengan kromosom metafase
mitosis atau meiotik. Panjang kontur molekul DNA melingkar dari E. coli adalah sekitar
1100 μm. Sel bakteri E.coli memiliki diameter hanya 1-2 μm. Ketika kromosom E. coli
diisolasi dengan prosedur tanpa adanya deterjen ionik (biasanya digunakan untuk melisiskan
sel) dan disimpan pada keadaan kation yang berkonsentrasi tinggi seperti poliamina (protein
yang bermuatan positif) atau 1 M garam untuk menetralkan gugus fosfat bermuatan negatif
dari DNA, kromosom tetap dalam keadaan sangat terkondensasi sebanding dengan ukuran
nukleoid di tivo. Struktur ini, disebut "genom terlipat" tampaknya merupakan fungsi
fungsional dari kromosom E. coli. Dalam keadaan genom terlipat, molekul DNA tunggal
bakteri E coli disusun menjadi sekitar 50 domain, yang berkelok kelok atau disebut
"supercoiled" (mirip seperti kabel telepon yang dililit erat). Struktur ini terdiri dari RNA dan
protein, yang keduanya merupakan komponen genom terlipat. Genom yang terlipat dapat
direnggangkan melalui proses deoksiribonuklease (DNase) atau ribonuklease (RNase).
Supercoiling DNA adalah fitur penting dari semua kromosom, mulai dari virus terkecil
hingga yang dimiliki eukariota.
Reverse Transcription

Rverse transcription adalh proses pembentukan rantai ganda molekul DNA dengan
template berupa rantai tunggal RNA. Disebut dengan transkripsi balik karena pada prosesnya
berlawanan dengan proses transkripsi dan transkripsi balik ini dilakukan oleh retrovirus.
Retrovirus merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa RNA dan dapat mereplikasi
DNA dan prosesnya disebut transkripsi balik. Virus ini dapat melakukan transkripsi balik
dengan bantuan enzim reverse transcriptase. Contoh retrovirus adalah Human
Immunodeficiency Virus (HIV) dan Human T-Lymphotropic virus (HTLV).

Bagian dari RNA (Primer Binding Site (PBS)), bagian ini terletak dekat ujung 5` RNA
virus akan bersilangan dengan tRNA sel inang yang spesifik. Setelah itu tRNA ini akan
menjadi ujung 3` dari untai DNA yang sesuai dengan kode pada RNA virus. Kemudian ujung
bagian luar PBS akan terlepas dari untai RNA virus dengan bantuan enzim Rnase H.

Selanjutnya DNA akan berpindah dari ujung 5` ke segmen R pada ujung 3` RNA virus.
dari ujung ini, DNA akan mengalami polimerisasi dan mengikuti kode pada RNA virus.
Sebagian dari RNA telah terlepas akibat RNase H. Di sisa untai RNA virus yang masih ada
,dibentuk untai DNA kedua sesuai dengan kode pada DNA yang pertama. Terjadi
perpindahan kembali, bagian PBS pada DNA pertama bertemu dengan PBS DNA untai
kedua. Kemudian dari masing-masing untai DNA melakukan polimerisasi sehingga
terbentuklah DNA untai ganda (dobel helix).

1. Mengapa pada perobaan digunakan medium yang harus memiliki isotop 15N ?
Karena dengan basa nitrogen 15N, molekul DNA memiliki tingkat kerapatan yang
lebh tinggi dibanding dengan molekul DNA normal yaitu 14N. Molekul dengan
kerapatan yang berbeda bisa urai atau dipisahkan dengan proses disentrifuge.
2. Apa yang dimaksud dengan supercoiled ?
molekul DNA tunggal bakteri E coli disusun menjadi sekitar 50 domain, yang
berkelok kelok (mirip seperti kabel telepon yang dililit erat). Struktur ini terdiri dari
RNA dan protein, yang keduanya merupakan komponen genom terlipat