MATERI GENETIC BAKTERI

Informasi genetik dari sebagian besar bakteri disimpan dalam kromosom utama tunggal
membawa beberapa ribu gen dan sejumlah variabel "Mini-kromosom" disebut plasmid dan
episomes. Plasmid secara otonom bereplikasi, molekul DNA melingkar yang membawa di mana
saja dari tiga gen untuk beberapa ratus gen. Beberapa bakteri mengandung sebanyak 11 plasmid
yang berbeda di samping kromosom utama. Episomes mirip dengan plasmid, tetapi episomes
dapat mereplikasi baik secara otonom atau sebagai bagian dari kromosom utama - dalam
keadaan terpadu seperti λ profage.
Bakteri bereproduksi secara aseksual melalui fisi sederhana, dengan setiap sel anakan
menerima satu salinan dari kromosom. Mereka monoploid tetapi "multinukleat"; yaitu, sel
biasanya berisi dua atau lebih identik salinan kromosom. Kromosom bakteri tidak melewati
siklus kondensasi mitosis dan meiotik yang terjadi selama pembelahan sel dan gametogenesis di
eukaryotes. Oleh karena itu, proses rekombinasi - independen bermacam-macam dan meiotik
menyeberang - yang terjadi selama reproduksi seksual di eukariota tidak terjadi pada bakteri.
Namun demikian, rekombinasi telah sama pentingnya dalam evolusi bakteri seperti yang
telah di evolusi eukaryotes. Memang, proses yang mirip dengan reproduksi seksual - proses
paraseksual - terjadi pada bakteri. Kami akan mempertimbangkan proses ini setelah membahas
beberapa jenis mutan yang digunakan dalam genetika bakteri dan sifat searah transfer gen antara
bakteri.

A. Transfer Gen Secara Tidak Langsung Pada Bakteri

Rekombinasi peristiwa yang terjadi pada bakteri melibatkan transfer gen dari satu bakteri
ke bakteri yang lain, daripada pertukaran timbal balik gen yang terjadi selama meiosis di
eukaryotes. Dengan demikian, transfer gen searah daripada dua arah. Rekombinasi peristiwa
dalam bakteri biasanya terjadi antara fragmen satu kromosom (dari sel donor) dan kromosom
lengkap (dalam sel Penerima), bukan antara dua kromosom lengkap seperti dalam eukaryotes.
Dengan pengecualian yang jarang terjadi, sel Penerima menjadi diploid parsial, yang berisi
bagian linier dari kromosom donor dan kromosom Penerima melingkar yang lengkap.
Akibatnya, crossover harus terjadi dalam pasangan dan harus memasukkan segmen kromosom
donor ke penerima kromosom (gambar 1 a). Jika satu crossover (atau jumlah yang ganjil dari
crossover) terjadi, itu akan menghancurkan integritas dari penerima kromosom, menghasilkan
molekul DNA linier yang tidak dapat diaktifkan (gambar 1 b).

Gambar 1. Rekombinasi pada bakteri. Proses parasexual yang terjadi pada bakteri menghasilkan
diploid parsial yang mengandung fragmen linier dari kromosom sel donor dan kromosom
sirkular utuh dari sel penerima. (a) Untuk menjaga integritas kromosom sirkular, crossover harus
terjadi berpasangan, memasukkan segmen kromosom donor ke dalam kromosom penerima. (B)
Sebuah crossover tunggal antara fragmen kromosom donor dan kromosom penerima melingkar
menghancurkan integritas kromosom sirkuler, menghasilkan molekul DNA linier yang tidak
dapat mereplikasi dan kemudian terdegradasi.

B. Mekanisme Pertukaran Genetik pada Bakteri

Terdapat tiga proses pertukaran materi genetic pada bakteri, yaitu mekanisme
perpindahan DNA dari satu sel ke sel lainnya (Gambar 8.8). Transformasi melibatkan
pengambilan molekul DNA bebas yang dilepaskan dari satu bakteri (sel donor) oleh bakteri lain
(sel penerima). Konjugasi melibatkan transfer langsung DNA dari sel donor ke sel penerima.
Dan transduksi terjadi ketika gen bakteri dibawa dari sel donor ke sel penerima oleh bakteriofag.

Gambar 2. Tiga tipe proses transfer gen pada bakteri

 Ketiga proses tersebut dapat terjadi karena adanya kontak langsung antara sel bakteri
donor dan resipien, maupun dengan adanya deoksiribonuklease (DNase), suatu enzim yang
mendegradasi DNA. Sensitivitas terhadap DNase ditentukan hanya dengan menambahkan enzim
ke media di mana bakteri tumbuh. Jika transfer gen tidak lagi terjadi, prosesnya melibatkan
transformasi. Lapisan protein bakteriofag dan dinding serta membran sel bakteri melindungi
DNA donor dari degradasi oleh DNase selama transduksi dan konjugasi.
Ketiga proses parasexual tidak terjadi pada semua spesies bakteri; pada kenyataannya,
transduksi mungkin adalah satu-satunya proses yang terjadi pada semua bakteri. Apakah
transformasi atau konjugasi terjadi pada suatu spesies tergantung pada apakah gen yang
dibutuhkan dan mesin metabolisme telah berevolusi pada spesies itu. E. coli, misalnya, tidak
mengandung gen yang mengkode protein yang diperlukan untuk mengambil DNA gratis.
Dengan demikian, transformasi tidak terjadi pada E.coli yang tumbuh di bawah kondisi alami.
Hanya konjugasi dan transduksi yang terjadi pada sel E.coli yang tumbuh di habitat alami.
Namun, para ilmuwan telah menemukan cara mengubah sel E.coli di laboratorium dengan
menggunakan perawatan kimia atau fisik yang membuatnya dapat ditembus oleh DNA. Dalam
Bab 14, kita akan membahas penggunaan metode transformasi buatan untuk "mengkloning"
(membuat banyak salinan) gen asing dalam sel E. coli
1. Transformasi
Transformasi merupakan proses pemindahan DNA telanjang yang mengandung
sejumlah terbatas informasi DNA dari satu sel ke sel yang lain. DNA tersebut diperoleh dari
sel donor melalui lisis secara alamiah atau dengan cara ekstraksi kimiawi., begitu DNA
diambil oleh sel resipien maka terjadilah rekombinasi. Gejala transformasi ini ditemukan
perytama kali pada Streptococcus pneumonia oleh F. Griffith pada tahun 1928.
Pengamatannya menunjukkan bahwa ada dua macam tipe koloni bakteri tersebut, yaitu
koloni halus (tipr S atau smooth) yang bersifat pathogen dan koloni kasar (tipr R atau rough)
yang non pathogen. Dalam percobaannya ditemukan jika campuran bakteri tipe S yang telah
dimatikan dengan pemanasan dan sel tipe R hidup disuntikkan pada tikus maka tikus akan
mati dan dari bangkai tikus dapat diisolasi bakteri tipe S yang hidup. Griffith mengatakan
bahwa ada substansi yang berasal dari bakteri tipe S (mati) diambil oleh bakteri tipe R
(hidup) sehingga tipe R ini berubah menjadi tipe S yang pathogen. Perubahan dari tipe R ke
tipe S ini disebut transformasi.
 Gambar 3. Percobaan Griffith transformasi pada S. peumoniae
2. Konjugasi
Pada tahun 1946, Joshua Lederberg dan Edward Tatum ditemukan bahwa sel E. coli
mentransfer gen melalui konjugasi. Penemuan penting ini dibahas lebih lanjut dalam A
Milestone in Genetics: Conjugation di Escherichia coli di situs Sahabat Pelajar. Konjugasi
terbukti menjadi metode penting pemetaan genetika pada bakteri spesies di mana itu terjadi,
dan itu adalah alat yang sangat berharga dalam penelitian genetika.
Selama konjugasi, DNA ditransfer dari sel donor ke sebuah sel penerima melalui
saluran intraseluler khusus yang terbentuk di antara mereka (Gambar 8.13). Perhatikan
bahwa sang donor dan sel-sel penerima berada dalam kontak langsung selama konjugasi; itu
pemisahan yang diamati pada Gambar 8.13 adalah hasil dari gaya regang selama persiapan
untuk mikroskop.
 Sel donor memiliki pelengkap permukaan sel yang disebut F pili (singular, F
pilus). Sintesis Fili ini dikendalikan oleh gen yang ada pada molekul DNA sirkular kecil
yang disebut faktor F (untuk faktor kesuburan). Sebagian besar faktor F berukuran sekitar
105 pasang nukleotida (lihat Gambar 8.20). Bakteri yang mengandung faktor F mampu
mentransfer gen ke bakteri lain. Fili sel donor melakukan kontak dengan sel penerima
yang tidak memiliki faktor F dan menempel pada sel itu, sehingga kedua sel dapat ditarik
ke dalam kontak dekat. Di masa lalu, DNA dianggap berpindah dari sel donor ke sel
penerima melalui F pilus. Namun, percobaan yang lebih baru menunjukkan ide ini salah.
Fili hanya terlibat dalam membangun kontak sel, bukan dalam transfer DNA. Setelah Fili
menyatukan sel donor dan sel penerima, saluran konjugasi terbentuk antara sel, dan DNA
ditransfer dari sel donor ke sel penerima melalui saluran ini.

Gambar Faktor F pada E.coli. (a). sebuah sel F- yang tidak memiliki faktor F (b). sebuah
sel F+ yang memiliki faktor F dan yang bereplikasi secara independen pada kromosom (c).sel
Hfr yang mengendung faktor F yang terintegrasi secara kovalen pada kromosom.

Faktor F dapat ada di salah satu dari dua keadaan: (1) keadaan otonom, di mana ia
mereplikasi secara independen dari kromosom bakteri, dan (2) keadaan terintegrasi, di
mana ia secara kovalen dimasukkan ke dalam kromosom bakteri dan bereplikasi seperti
segmen lain dari kromosom itu (Gambar 8.14). Elemen genetik dengan sifat-sifat ini
disebut episom (lihat Plasmid dan Episom nanti dalam bab ini). Sel donor yang
membawa faktor F otonom disebut sel F +. Sel penerima yang tidak memiliki faktor F
disebut sel F-. Ketika sel F+ terkonjugasi (atau "pasangan") dengan sel penerima F, hanya
faktor F yang ditransfer. Kedua sel (donor dan penerima) menjadi sel F + karena faktor F
 direplikasi selama transfer, dan masing-masing sel menerima salinan. Jadi, jika populasi
sel-sel F+ dicampur dengan populasi sel F-, hampir semua sel akan memperoleh faktor F.
Faktor F dapat diintegrasikan ke dalam kromosom bakteri dengan peristiwa
rekombinasi spesifik lokasi (_Gambar 8.15). Integrasi faktor F dimediasi oleh sekuens
DNA pendek yang hadir dalam banyak salinan di kedua faktor F dan kromosom bakteri.
Dengan demikian, faktor F dapat berintegrasi di banyak lokasi berbeda dalam kromosom
bakteri. Sel yang membawa faktor F terintegrasi disebut sel Hfr (untuk rekombinasi
frekuensi tinggi). Dalam keadaan terintegrasi, faktor F memediasi transfer kromosom dari
sel Hfr ke sel penerima (F-) selama konjugasi. Biasanya, sel-sel terpisah sebelum transfer
kromosom selesai; dengan demikian, jarang sekali seluruh kromosom dipindahkan dari
sel Hfr ke sel penerima.

Gambar Perkawinan antara sel F+ dan sel F-. Faktor F sel donor direplikasi selama transfer dari
sel F+ ke sel F-. Ketika proses selesai, setiap sel memiliki salinan faktor F.

Plasmid dan Episom

Seperti disebutkan sebelumnya, materi genetik bakteri dibawa dalam satu kromosom
utama plus dari satu ke beberapa molekul DNA ekstraachromosomal yang disebut plasmid.
Menurut definisi, plasmid adalah elemen genetik yang dapat mereplikasi secara independen dari
kromosom utama dalam keadaan ekstrachromosomal. Sebagian besar plasmid dapat diberikan
kepada inang; artinya, mereka tidak diperlukan untuk kelangsungan hidup sel tempat mereka
tinggal. Namun, di bawah kondisi lingkungan tertentu, seperti ketika ada antibiotik, mereka
mungkin penting jika mereka membawa gen untuk resistensi terhadap antibiotik.
Ada tiga jenis utama plasmid dalam E. coli: faktor F, R plasmid, dan Col plasmid. Faktor
kesuburan (F) telah dibahas sebelumnya (lihat Konjugasi). R plasmid (resistensi plasmid)
membawa gen yang membuat sel inang resisten terhadap antibiotik dan obat antibakteri lainnya.
Plasmid col (sebelumnya disebut faktor colicinogenic) mengkode protein yang membunuh sel-
sel E. coli yang sensitif. Ada sejumlah besar plasmid Col yang berbeda; Namun, mereka tidak
akan dibahas lebih lanjut di sini.
Beberapa plasmid memberikan sel inang dengan kemampuan konjugasi. Semua F
plasmid, banyak R plasmid, dan beberapa Plasmid Col memiliki sifat ini; kami mengatakan
bahwa mereka adalah plasmid konjugatif. Plasmid R dan Col lainnya tidak memberikan
kemampuan konjugasi pada sel; kita
mengatakan bahwa mereka tidak konjugatif. Sifat konjugatif dari banyak R plasmid
memainkan peran penting dalam penyebaran cepat gen antibiotik dan resistensi obat melalui
populasi bakteri patogen, seperti yang dibahas pada awal bab ini. Evolusi plasmid R yang
membuat bakteri inang kebal terhadap beberapa antibiotik telah menjadi masalah medis yang
serius, dan penggunaan antibiotik untuk tujuan nontherapeutik telah berkontribusi pada evolusi
cepat beberapa bakteri yang kebal obat.
Pada tahun 1958 François Jacob dan Elie Wollman mengakui bahwa faktor F dan elemen
genetik tertentu lainnya memiliki sifat unik. Mereka mendefinisikan kelas elemen ini dan
menyebutnya episom. Menurut Jacob dan Wollman, episome adalah elemen genetik yang tidak
penting bagi inang dan yang dapat mereplikasi baik secara otonom atau diintegrasikan
(dimasukkan secara kovalen) ke dalam kromosom bakteri inang. Istilah plasmid dan episome
bukan sinonim. Banyak plasmid tidak ada dalam keadaan terintegrasi dan karenanya bukan
episom. Demikian pula, banyak kromosom fag lisogenik, seperti genom fag, adalah episom
tetapi bukan plasmid.
Kemampuan episom untuk memasukkan diri ke dalam kromosom tergantung pada
keberadaan sekuens DNA pendek yang disebut sekuens penyisipan (atau elemen IS). Elemen-
elemen IS ada di kedua episom dan kromosom bakteri. Urutan pendek ini (dari sekitar 800
hingga sekitar 1.400 pasang nukleotida) bersifat transposable; yaitu, mereka dapat berpindah dari
satu kromosom ke kromosom yang berbeda (lihat Bab 17). Selain itu, elemen IS memediasi
rekombinasi antara elemen genetik yang tidak homogen. Peran elemen IS dalam mediasi
integrasi episom didokumentasikan dengan baik dalam kasus faktor F dalam E. coli. Melintasi
antara elemen IS dalam faktor F dan kromosom bakteri menghasilkan Hfr dengan asal dan arah
transfer yang berbeda selama konjugasi.

F Faktor dan Sexduction

Seperti dibahas pada bagian sebelumnya, strain Hfr dihasilkan oleh integrasi faktor F ke
dalam kromosom melalui rekombinasi antara elemen-elemen IS dalam kromosom dan elemen-
elemen IS dalam faktor F (lihat Gambar 8.20). Apakah Anda berpikir bahwa proses rekombinasi
ini mungkin reversibel? Memang, sel F langka hadir dalam kultur Hfr, menunjukkan bahwa
eksisi faktor F memang terjadi (dengan proses yang pada dasarnya adalah kebalikan dari acara
integrasi yang ditunjukkan pada Gambar 8.20b). Selain itu, peristiwa eksisi anomali seperti yang
ditunjukkan pada Gambar 8.21 menghasilkan faktor F otonom yang membawa gen bakteri.
Faktor-faktor F yang dimodifikasi ini, yang disebut faktor F ("F prima"), pertama kali
diidentifikasi oleh Edward Adelberg dan Sarah Burns pada tahun 1959. Faktor-faktor F berkisar
dalam ukuran dari mereka yang membawa gen bakteri tunggal ke yang membawa hingga
setengah kromosom bakteri (Gambar 8.22).
Transfer faktor F ke sel penerima (F’) disebut penghilangan seks; Itu terjadi dengan
mekanisme yang sama dengan transfer faktor F- dalam perkawinan F+ x F- (lihat Gambar 8.16)
—dengan satu perbedaan penting: gen bakteri yang dimasukkan ke dalam faktor F ditransfer ke
sel penerima pada frekuensi yang jauh lebih tinggi. Faktor F adalah alat yang berharga untuk
studi genetika; mereka dapat digunakan untuk menghasilkan diploid parsial yang membawa dua
salinan gen apa pun atau set gen terkait. Dengan demikian, sexduction dapat digunakan untuk
menentukan hubungan dominasi antara alel dan melakukan tes genetik lainnya yang
membutuhkan dua salinan gen dalam sel yang sama.
Pertimbangkan faktor F’ thr+ leu+ yang dihasilkan oleh eksisi anomali faktor F dari Hfr
H, seperti yang ditunjukkan pada Gambar 8.21. Perkawinan antara sel donor F’ thr+ leu+ dan
sel penerima thr- leu- menghasilkan thr- leu- / F’ thr+ leu+ diploid parsial. Diploid parsial ini
tidak stabil karena faktor F dapat hilang, menghasilkan haploid thr- leu-, atau rekombinasi dapat
terjadi antara kromosom dan F’, menghasilkan rekombinan thr+ leu+ stabil. Untuk memeriksa
penggunaan diploid parsial dalam pemetaan genetika secara lebih rinci, lihat Menyelesaikannya:
Bagaimana Anda Dapat Memetakan Gen-Gen yang Terkait Dengan Menggunakan Diploid
Sebagian?

3. Transduksi
Transduksi merupakan proses pemindahan bahan genetic dari suatu bakteri ke
bakteri lain melalui bakteriofage. Bila bakteriofage menyerang bakteri maka DNA
bakteriofage diinjeksikan ke dalam sel bakteri. Saat DNA fage dikemas didalam
pembungkusnya untuk membentuk bakteri-bekteri fage baru DNA fage tersebut dapat
membawa sebagian dari DNA bakteri yang telah mnejadi inangnya. Selanjutnya bila fage
menginfeksi bakteri lainnya, maka fage akan memasukkan DNA nya yang mengandung
sebagian dari DNA bakteri inang sebelumnya. Dengan demikian fage tidak hanya
memasukkan DNA nya sendiri dalam sel bakteri tapi juga memasukkan DNA dari bakteri
lain yang ikut terbawa pada DNA fage. Ada dua kemungkinan yang terjadi yaitu sel
mengalami lisis atau bersifat lisogenik.
a. Transduksi umum
Fase transduksi umum dapat mengangkut gen bakteri apa pun dari satu sel ke sel
lainnya — dengan demikian, nama transduksi umum. Fag transduksi umum yang paling
dikenal adalah P22 dalam S. typhimurium dan P1 dalam E. coli. Hanya sekitar 1 hingga 2
persen partikel fag yang diproduksi oleh bakteri yang terinfeksi P22 atau P1 mengandung
DNA bakteri, dan hanya sekitar 1 hingga 2 persen DNA yang ditransfer dimasukkan ke
dalam kromosom sel penerima melalui rekombinasi. Dengan demikian, prosesnya sangat
tidak efisien; frekuensi transduksi untuk gen bakteri tertentu adalah sekitar 1 per 106
partikel fag.
b. Transduksi khusus
Transduksi khusus adalah karakteristik virus yang hanya mentransfer gen tertentu
di antara bakteri. Bacteriophage lambda (λ) adalah fag transduksi khusus yang paling
terkenal; hanya membawa gal (yang diperlukan untuk pemanfaatan galaktosa sebagai
sumber energi) dan gen bio (esensial untuk sintesis biotin) dari satu sel E. coli ke yang
lain. Sebelumnya dalam bab ini, kami membahas penyisipan kromosom spesifik lokasi ke
dalam kromosom E. coli untuk membentuk keadaan lisogenik (lihat Bacteriophage
Lambda). Situs penyisipan adalah antara gen gal dan gen bio pada kromosom E. coli
(lihat Gambar 8.5), yang menjelaskan mengapa hanya transduksi gen ini.
Kromosom terintegrasi λ — profage λ — dalam sel lisogenik mengalami eksisi
spontan (sekitar satu dari 105 sel), di mana ia memasuki jalur litik. Eksisi profag juga
dapat diinduksi, misalnya, dengan menyinari sel lisogenik dengan sinar ultraviolet. Eksisi
normal pada dasarnya adalah kebalikan dari proses integrasi spesifik lokasi dan
menghasilkan fag sirkular utuh dan kromosom bakteri (Gambar 8.23a). Kadang-kadang,
eksisi anomali, dengan crossover terjadi di situs selain situs lampiran asli. Ketika ini
terjadi, sebagian dari kromosom bakteri dieksisi dengan DNA fag dan sebagian dari
kromosom fag tersisa di kromosom inang (Gambar 8.23b). Eksisi profag anomali ini
menghasilkan fag transduksi khusus yang membawa baik gal atau gen bio inang. Fag
transduksi ini dilambangkan dengan dgal (untuk fag λ yang membawa gen gal) dan λ
dbio (λ defage fag yang membawa gen bio). Mereka adalah partikel fag yang rusak
karena satu atau lebih gen yang diperlukan untuk reproduksi litik atau lisogenik dibiarkan
dalam kromosom inang.
Karena ukuran kepala fag yang kecil, hanya gen bakteri yang berada dekat dengan
profag yang dapat dieksisi dengan DNA fag dan dikemas dalam kepala fag. Fase
transduksi khusus lainnya, Φ80, terintegrasi di dekat gen E. coli trp (diperlukan untuk
sintesis asam amino triptofan); fag ini transduces penanda trp. Jika partikel transduksi
khusus terbentuk selama eksisi profag, seperti yang ditunjukkan pada Gambar 8.23b,
mereka harus diproduksi hanya ketika sel lisogenik memasuki jalur litik. Memang,
partikel transduksi tidak hadir dalam lisat yang dihasilkan dari infeksi litik primer.
Frekuensi transduksi partikel dalam lisat yang dihasilkan oleh induksi sel lisogenik
adalah sekitar satu dari 106 partikel progeni; oleh karena itu, lisat ini disebut lisat
(transduksi frekuensi rendah).