Pada mitokondria utuh, air merupakan komponen utama yang dominan dan ditemukan di
seluruh mitokondria kecuali dalam lapisan bilayer lipida. Air selain berperan dalam reaksi –
reaksi kimia, juga berperan sebagai medium fisik dimana metabolisme dapat berdifusi diantara
system enzim. Komponen utama mitokondria adalah protein. Persentase protein yang
sebenarnya berkaitan dengan jumlah membran protein yang ada. Protein mitokondria dapat
dikelompokkan menjadi dua bentuk yaitu protein terlarut dan tidak terlarut. Komposisi lipida
bentuk yang dominan. Umumnya fosfolipida yang terdiri dari ¾ total lipida. Fosfatidilamin dan
mitokondria. Namun demikian, ditemukan kadar kadiolipin dan kolesterol dengan konsentrasi
yang rendah.