PENAMBATAN MOLEKUL (MOLECULAR DOCKING)

I. Tujuan

Tujuan dari praktikum ini adalah untuk menentukan besarnya energi bebas (ΔG) dan
interaksi yang terjadi antara kompleks ligand-protein hasil docking.

II. Prinsip
a. Energi bebas gibs

Energi bebas Gibbs adalah ukuran potensi kerja yang dapat dipulihkan atau maksimum
yang dapat dilakukan oleh sistem pada suhu dan tekanan konstan (Thoughtco, 2018).

b. Afinitas ikatan

Dalam kimia, afinitas ikatan adalah suatu keterikatan antara dua atom atau dua molekul
(Carnot, 2015).

c. Ikatan hidrogen

Ikatan hidrogen adalah jenis gaya ikatan lemah dipol-dipol yang terjadi ketika atom
hidrogen terikat pada atom elektronegatif kuat yang berada di sekitar atom elektronegatif lain
dengan pasangan elektron bebas. Ikatan ini umumnya lebih kuat daripada gaya dipol-dipol dan
dispersi biasa, tetapi lebih lemah dari ikatan kovalen dan ionik (Chang, 2003).

d. Interaksi van der waals

Interaksi Van der Waals terjadi karena dorongan oleh induksi interaksi elektrik antara dua atau
lebih atom atau molekul yang sangat dekat satu sama lain. Interaksi Van der Waals adalah jenis
interaksi yang paling lemah dari semua interaksi antarmolekul (Atkins, 2006).

III. Reaksi
-
IV. Teori Dasar
senyawa kalian (bebas gada persyaratan tapi jga2 3 jurnal 2 buku aja) :

- pengertian
- struktur
- penelitian sebelumnya terkait target penyakit
- target penyakitnya
 - reseptor
- software (autodock)
V. Alat dan Bahan

5.1 Alat 5.2 Bahan

1. Komputer/Laptop 1. Autodock Tools
2. Autodock Vina
3. Chemdraw
4. Chem3D
5. senyawa masing2
6. reseptornya
VI. Prosedur

No. Prosedur Hasil

1. Persiapan Reseptor
Mengunduh reseptor dengan kode berapa
kodenya di Protein Data Bank
http://www.rcsb.org/

Memisahkan protein dengan ligand standar

(nama ligand standar nya apa) yang ada di
dalamnya menggunakan program SPDB
Viewer.

Memperbaiki struktur molekul protein dengan

menambahkan atom hidrogen polar dan
Kollman charges menggunakan program
(AutoDockTools)

Menyimpan molekul protein dengan format

.pdbqt
2. Persiapan Ligan
Menggambar struktur ligand/senyawanya apa
menggunakan program ChemDraw.
 Mengoptimasi molekul ligand/senyawanya
apa menggunakan program Chem3D.
Menambahkan parameter torsi dan Gasteiger
charges menggunakan program
AutoDockTools.
Menyimpan molekul ligand dengan format
.pdbqt
3. Proses Docking
Menentukan koordinat dan luas area kantung
aktif dari protein nama reseptor (kode)
menggunakan Grid Box pada program
AutoDockTools.
Menyimpan parameter koordinat dan luas area
kantung aktif dengan format .txt
Melakukan proses docking menggunakan
program AutoDock Vina dengan
menjalankannya pada command prompt
(cmd).
4. Analisis Hasil Docking
Menentukan konformasi yang terbaik dengan
melihat energi bebas Gibbs (ΔG) yang
dihasilkan
Menentukan interaksi apa saja yang terjadi
antara molekul ligand dengan protein
menggunakan program AutoDockTools
 DAFTAR PUSTAKA

Atkins, Peter and Julio de Paula. 2006. Physical Chemistry for the Life Sciences. Oxford, UK:
Oxford University Press.

Carnot, S. 2015. Affinity Bond. Tersedia Online di http://www.eoht.info/page/Affinity+bond

[diakses pada tanggal 24 September 2018 puku l2.50].

Chang, Raymond. 2003. General Chemistry:The Essential Concepts. 3rd ed. New York:
Mcgraw Hill.

Thoughtco. 2018.Definition of Gibbs Free Energy. Tersedia Online di

https://www.thoughtco.com/definition-of-gibbs-free-energy-605869 [diakses pada
tanggal 24 September 2018 puku l2.42].