SINTESIS PROTEIN

Sebagian besar gen mengerahkan efeknya pada fenotipe melalui protein (enzim dan protein struktural)
yang strukturnya mereka tentukan. Protein adalah molekul makro kompleks yang menunjukkan tingkat
spesifisitas fungsional tingkat tinggi. Enzim yang diberikan, untuk. contoh, biasanya hanya akan
mengkatalisasi satu reaksi spesifik. Ini menjelaskan mengapa gen yang diberikan biasanya memiliki efek
spesifik pada fenotipe organisme. Namun, satu efek utama dari masing-masing gen dapat menyebabkan
banyak efek sekunder.

Protein tersusun dari satu hingga beberapa polipeptida, dengan masing-masing spesies polipeptida
dikodekan oleh satu gen (atau, dalam beberapa kasus, banyak salinan gen yang berlebihan). Setiap
polipeptida terdiri dari sekuens panjang asam amino yang dihubungkan bersama oleh ikatan peptida.
Dua puluh asam amino yang berbeda umumnya ditemukan dalam protein alami. Strukturnya (Gbr. 10.5),
dengan satu pengecualian, prolin, termasuk gugus amino gratis dan gugus karboksil gratis:

Asam amino berbeda satu sama lain oleh kelompok samping yang ada (Gbr. 10.5). Selama sintesis
protein, asam amino menjadi Hov secara kovalen oleh ikatan peptida yang dibentuk oleh hidrolisis dari
kelompok amino dan karboksil (lihat bagian bawah halaman ini).

Peptida adalah senyawa yang terdiri dari dua atau lebih asam amino. Polipeptida adalah sekuens
panjang asam amino, panjangnya berkisar dari 51 asam amino dalam insulin hingga lebih dari 1000 asam
amino dalam serat sutra protein. Mengingat 20 asam amino berbeda yang biasa ditemukan dalam
polipeptida, jumlah polepteptida berbeda yang mungkin sangat besar. Hitung, misalnya, jumlah urutan
berbeda yang dapat terjadi dalam polipeptida yang panjangnya 100 asam amino (20100)!

Urutan asam amino dalam polipeptida disebut struktur utamanya. Protein, bagaimanapun, memiliki
struktur tiga dimensi yang sangat bervariasi dan sangat kompleks, beberapa di antaranya telah
ditentukan oleh gelang difraksi sinar-X. Struktur sekunder polipeptida mengacu pada keterkaitan spasial
asam amino dalam segmen polipeptida. Sebagai contoh, suatu segmen polipeptida dapat
memperlihatkan suatu pengaturan al yang disebut sebagai a-heliks. Struktur protein mengacu pada
lipatan polipeptida dalam ruang tiga dimensi. Terakhir, struktur qua- ry mengacu pada asosiasi dua atau
polipeptida dalam protein multimerik.

Hemoglobin memberikan contoh yang sangat baik dari lexity protein, menunjukkan keempat level
organisasi ural (Gbr. 10.6). Ini terdiri dari empat peptida, dua rantai identik dan dua ns identik, yang
semuanya sangat terlipat. Pada sebagian besar, jika bukan protein, struktur sekunder, tersier, dan
kuarterner ditentukan oleh struktur primer polipeptida yang terlibat. Karena itu, untuk sisa bab ini, kita
akan membahas mekanisme pengendalian gen. struktur utama polipeptida.

Dogma sentral dari genetika molekuler adalah bahwa informasi genetik ditransfer (1) dari DNA ke DNA
(replikasi lihat Bab 5) selama transmisi dari generasi ke generasi dan (2) dari DNA ke RNA ke protein
selama ekspresi fenotipiknya dalam suatu organisme ( Gambar 10.7). (Baru-baru ini, informasi genetik
juga telah terbukti ditransfer dari RNA ke DNA dalam pembentukan provirus oleh virus tumor RNA).
Transfer informasi genetik dari DNA ke RNA ke protein, atau sintesis protein, melibatkan (1) transkripsi,
transfer informasi genetik dari DNA ke RNA, dan (2) terjemahan, transfer informasi dari RNA ke protein.

Transkripsi

Pada organisme eukariotik, gen kromosom, yang terdiri dari DNA, tetap berada dalam inti sel, sedangkan
protein disintesis dalam sitoplasma. Oleh karena itu, DNA tidak dapat berfungsi langsung sebagai
templat untuk sintesis protein. Alih-alih, satu untai DNA, yang disebut untai indera, digunakan sebagai
templat untuk sintesis untaian komplementer RNA, yang disebut messenger RNA (atau MRNA) atau RNA
pre-messenger (jika memerlukan pemrosesan sebelum terjemahan), dalam suatu proses yang disebut
transkripsi (Gbr. 10.8). Untai yang ditranskripsi (rasa) dari dua gen yang berbeda, bahkan gen yang
berdekatan, tidak selalu merupakan untai yang sama. Namun, untuk gen yang diberikan hanya satu
untai biasanya ditranskripsi. MRNA kemudian membawa informasi genetik dari situs sintesis di dalam
nukleus ke situs sintesis protein, ke ribosom di sitoplasma. Sintesis mRNA (atau pra-MRNA) dalam
nukleus dan transpor selanjutnya ke sitoplasma dapat didokumentasikan dengan eksperimen pelabelan
nadi, percobaan pelabelan nadi-pengejaran, dan autoradiografi (Gambar 10.9). Jika sel terpapar dengan
prekursor RNA radioaktif (seperti [H] uridine atau [3H] cytidine) selama beberapa menit, dan lokasi
intraseluler dari radioaktivitas inkorpornted ditentukan oleh autoradiografi, hampir semua yang baru
lahir, diberi label RNA ditemukan dalam nukleus (Gbr. 10.9a). Jika, aktif. sisi lain, paparan singkat
("pulsa") ke prekursor RNA berlabel diikuti oleh periode pertumbuhan dalam media nonradioaktif
("percobaan pengejaran pulsa") sebelum melakukan autoradiografi, sebagian besar radioaktivitas yang
tergabung ditemukan diangkut ke sitoplasma (Gambar 10.9b). (Eksperimen pengejaran nadi dilakukan
dengan (1) mengendapkan sel-sel dari media radioaktif atau (2) menambahkan sejumlah besar prekursor
nonradioaktif sehingga mencairkan prekursor radioaktif ke konsentrasi yang dapat diabaikan.]

Bukti kuat untuk perantara RNA dalam sintesis protein juga dihasilkan dari studi pada sel E. coli yang
terinfeksi fag T2. Protein fag terbukti disintesis pada ribosom yang ada dalam sel sebelum infeksi.
Spesifisitas menentukan urutan asam amino polipeptida bukan triePen sebelum bagian integral dari
struktur ribosom. E. Volkin dan L Astrachan menunjukkan bahwa ada ledakan besar sintesis RNA tak
lama setelah infeksi fag T2, dan molekul RNA yang berumur pendek ini (paruh hanya beberapa menit)
memiliki komposisi nukleotida seperti DNA fag T2 dan tidak suka DNA inang. Tak lama kemudian,
molekul-molekul RNA yang tidak stabil ini terbukti saling melengkapi dengan segmen-segmen untai DNA
dalam kromosom fag. Banyak molekul mRNA fag penyangga kini telah diisolasi dan terbukti
mengarahkan sintesis protein fag spesifik dengan sintesis protein vitro (lihat bagian berikut berjudul
Terjemahan).

RNA polimerase yang tergantung-DNA yang mengkatalisasi transkripsi biasanya merupakan protein
multimerik yang kompleks. E. coli RNA polimerase, yang paling banyak dipelajari dari semua RNA
polimerase, memiliki molekul molekuler sekitar 490.000 dan terdiri dari enam polipeptida (Gambar
10.10). Dua di antaranya identik; dengan demikian enzim tersebut mengandung lima polipeptida yang
berbeda. Salah satu subunit ini, faktor sigma (o), hanya terlibat dalam inisiasi transkripsi; itu tidak
memiliki fungsi katalitik. RNA polimerase mo'e yang lengkap. cule, yang disebut "holoenzyme,"
mengandung dua a-polipeptida dan satu polipeptida dari masing-masing jenis berikut: B, B ', w, dan o.
Setelah inisiasi sintesis rantai RNA, o-faktor dilepaskan dan perpanjangan rantai dikatalisis oleh apa yang
disebut enzim inti, yang memiliki komposisi 2a, B B ', w. Fungsi sigma adalah untuk mengenali dan
mengikat RN. Polimerase ke situs inisiasi yang benar, situs promotor (lihat Bab 14), pada inti DNA RNA
polimerase (signia absent) akan mengkatalisasi sintesis RNA dari templat DNA in vitro, tetapi, dalam
melakukan hal itu, ia memulai di situs acak pada kedua untai DNA. Holoenzyme (hadir sigma), di sisi lain,
memulai in vitro hanya di situs yang digunakan in vivo.

Ratusan promotor sekarang telah diurutkan dalam E. coli, dan urutan ini secara mengejutkan memiliki
sedikit kesamaan. Dua urutan pendek dalam promotor ini cukup dilestarikan untuk dikenali, tetapi
bahkan ini jarang identik dalam dua promotor yang berbeda. Titik tengah dari dua sekuens yang
diawetkan terjadi pada sekitar 10 dan 35 pasangan nukleotida, masing-masing, sebelum situs transkripsi-
inisiasi. Dengan demikian, mereka sering disebut urutan-10 "dan" -35 urutan, "berturut-turut. Urutan
-10 yang paling umum atau konsensus (juga disebut" kotak Pribnow ") adalah TATAAT. Urutan konsensus
-35 (juga disebut "urutan pengenalan") adalah TTGACA.

Dalam eukariota, ada tiga RNA polimerase yang berbeda, I, II, dan III. RNA polimerase I terletak di
nukleolus dan mengkatalisis sintesis rRNA RNA polimerase II dan III yang hadir dalam nukleoplasma (di
luar nukleolus) RNA polimerase III menerjemahkan gen untuk RNAS dan tRNAS nuklir kecil. Situs
pengikatannya terletak di dalam gen-gen ini, bukan pada sisi gen 5 'atau "upstreaun" gen.

RNA polimerase II menyalin mayoritas gen struktural nuklir, yang bertanggung jawab atas sintaksis pra-
MRNA. Perbandingan sekuens dari 1 promotor atau situs pengikatan RNA polimerase II dari lebih dari
200 gen eukariotik yang berbeda mengungkapkan urutan konsensus yang terletak pada sekitar 25 dan 75
nukleotida -pasangan, masing-masing, menjadi kedepan situs mulai transkripsi. Consens adalah urutan
untuk "-25 sequence" (juga disebut "Hogness box" dan "TATA bax") dan 75 sequence "(juga disebut"
CAAT box ") masing-masing adalah TATAAAA dan GGCCAATCT.

Mekanisme Sintesis RNA analog dengan sintesis DNA (lihat Bab 5) kecuali bahwa (1) prekursor adalah
ribonukleosida trifosfat, (2) hanya segmen terbatas dari untaian tunggal yang disalin, dan (3) RNA
komplementer dilepaskan dari template sebagaimana adanya. disintesis. Ekstensi kovalen terjadi seperti
dengan sintesis DNA (lihat Bab 5), dengan penambahan mononukleotida pada ujung rantai 3 ', dengan
pelepasan atau pirofosfat.

Pengakhiran transkripsi terjadi pada urutan tern.inator tertentu dalam DNA. Sebagian besar MRNAS
prokariofik berakhir dengan urutan 5'UUUUUUA-3 ', menyarankan bahwa urutan 3'-AÄAAAAT-5 dalam
untaian arti DNA setidaknya merupakan bagian dari urutan ierminato transkripsi (lihat Bab 14, Gambar
14.1la). Beberapa sinyal terminasi transkripsi membutuhkan keberadaan protein yang disebut rho,
sedangkan yang lain tidak.

Meskipun hanya satu dari dua untai DNA yang ditranskripsi di wilayah tertentu, kedua untai DNA dalam
kromosom biasanya berpartisipasi dalam transkripsi, dengan beberapa nRNAS ditranskripsi dari satu
untai dan mRNAS lainnya (dari gen yang berbeda) ditranskripsi dari untai lainnya. Karena dua untai
heliks ganda DNA memiliki polaritas yang berlawanan, peristiwa transkripsi menggunakan untai yang
berlawanan sebagai templat akan melanjutkan dalam arah yang berlawanan di sepanjang molekul DNA.
Bahkan pada virus sederhana seperti A dan T4 (lihat Bab 12, Gambar 12.11), transkripsi terjadi pada
kedua untai DNA (tetapi jarang di wilayah yang sama).