Sistem Biologis
Oleh:
FAKULTAS TEKNIK
UNIVERSITAS RIAU
2019
Pembangkit Energi dan Pemanfaatan dalam Sistem Biologis
∆𝐺 = ∆𝐻 − 𝑇 ∆𝑆
di mana ∆H adalah perubahan entalpi (atau energi internal). T adalah suhu absolut
tempat reaksi berlangsung, dan ∆S adalah perubahan entropi. Satuan ∆G adalah
kalori per mol. Kalori didefinisikan sebagai jumlah energi panas yang diperlukan
untuk menaikkan suhu satu gram air murni dari 14,5 menjadi 15,5 C pada tekanan
atmosfer. (Simbol ∆F memiliki arti yang sama persis dengan ∆G.) Perubahan
energi bebas standar ∆G didefinisikan sebagai nilai ∆G untuk reaksi dalam
kondisi standar, ketika semua reaktan hadir pada konsentrasi awal I mol / L.
Hanya reaksi untuk ∆G yang memiliki nilai negatif diproses secara spontan
karena ∆G adalah ukuran dari perubahan jumlah energi yang berguna dalam
sistem. Jika energi bermanfaat meningkat, harus ada aliran masuk sumber daya
eksternal; yaitu, reaksi tidak akan terjadi secara spontan. Dengan demikian, arah
perubahan dalam jumlah energi bebas menentukan apakah suatu reaksi dapat
terjadi, dan besarnya perubahan menentukan sejauh mana reaksi akan dilanjutkan
menuju penyelesaian.
A+B⇌C+D
Proses akan berlanjut dari kiri ke kanan dan pada keseimbangan ∆G = 0
entropi berada pada nilai maksimumnya. Reaksi kesetimbangan, K adalah t
sampai kesetimbangan tercapai. Pada keseimbangan konstan untuk perbandingan
produk konsentrasi saluran terhadap produk konsentrasi reaktan, suatu entrasi
reaksi
di sini R adalah konstanta gas (1,987 cali (molkdeg) l. Dalam sistem biologi
konsentrasi molar dari reaktan tidak diharapkan dan energi bebas aktual ∆G
terkait dengan perubahan energi bebas standar dengan persamaan
Reaksi dalam sel hidup adalah berurutan, beranjak dari substrat awal ke
produk atau produk akhir, dan serangkaian reaksi berurutan semacam itu
membentuk suatu jalur metabolik dua reaksi berurutan, atau serangkaian reaksi,
dianggap digabungkan karena produk reaksi pertama adalah reaktan dalam reaksi
berikut. Reaksi termodinamik yang tidak menguntungkan karenanya dapat
"ditarik" oleh reaksi berikut yang menghilangkan produk dan dengan demikian
menggeser kesetimbangan ke kanan. Dalam reaksi berpasangan di mana A
dikonversi menjadi B, B ke C, dan C ke D
𝐴→𝐵→𝐶→𝐷
reaksi B→C hanya melanjutkan sedikit atau tidak sama sekali dalam
isolasi, tetapi penghapusan C oleh konversi ke D dalam reaksi berpasangan
memungkinkan konversi B ke C untuk melanjutkan ke completion. Ini hanyalah
cara lain untuk mengatakan bahwa jika serangkaian reaksi ingin terjadi secara
spontan, itu hanya keseluruhan, jumlah aljabar dari nilai ∆G untuk reaksi individu,
menjadi negatif . Tidak perlu bahwa reaksi terjadi sebagai bagian dari urutan
reaksi yang sama atau jalur metabolisme untuk digabungkan. Faktanya, konsep
pemanfaatan energi yang dilepaskan dari sumber energi dalam reaksi katabolik
untuk menggerakkan anabolik yang membutuhkan energi, atau reaksi biosintesis
didasarkan pada jenis reaksi reaksi yang berbeda. Jenis ini melibatkan reaksi yang
memanfaatkan molekul "pembawa" yang umum. Yang paling penting dari
molekul pembawa tersebut adalah nukleotida piridin, NAD dan NADP, yang
menggabungkan reaksi oksidatif dan reduktif dengan bertindak sebagai pembawa
elektron umum, dan ATP, yang bertindak sebagai pembawa fosfat dan
mentransfer energi dari eksergonik ke reaksi endergonik. Molekul-molekul ini
adalah koenzim; yaitu, mereka berpartisipasi dalam sejumlah besar reaksi
enzimatik yang berbeda dan dengan demikian menghubungkan reaksi yang tidak
berhubungan sehingga sekutu reaksi yang tidak menguntungkan menjadi mungkin
secara termodinamika.
ATP sangat cocok untuk perannya dalam transfer energi karena dua
alasan Pertama, itu adalah senyawa yang kaya energi. Ini mengandung tiga fosfat
dalam susunan linier, yang pertama bergabung dengan ribosa oleh suatu
hubungan ester. dan ikatan yang menghubungkan fosfat satu sama lain adalah
ikatan anhidrida. ikatan terbentuk dengan mengeluarkan air dari dua molekul
asam fosfat.
Hidrolisis salah satu energi tinggi dari sejumlah besar energi, yang dapat
digunakan untuk membentuk senyawa terfosforilasi dari energi yang lebih rendah.
Dengan kata lain, ATP memiliki kecenderungan untuk menyumbangkan fosfat ke
senyawa lain. Alasan kedua untuk peran ATP sebagai "catu daya seluler" sel
(Casey, 1962) adalah kemampuan ATP untuk menerima gugus fosfat dari
senyawa fosforilasi lain dari tingkat energi yang lebih tinggi untuk membentuk
ATP. Posisi antara ATP antara senyawa kaya energi dan miskin energi
menjadikannya pembawa fosfat yang ideal. Tabel 7-1 menunjukkan energi bebas
hidrolisis sejumlah senyawa biologis.
molekul penting terfosforilasi. Energi bebas hidrolisis ATP adalah sekitar 7000
kal / mol pada pH 7,0 dalam kondisi standar, dan ini secara sewenang-wenang
didefinisikan sebagai garis pemisah antara ikatan energi tinggi dan rendah. Ester
fosfat, seperti glukosa 6-fosfat, adalah counpounds yang relatif stabil dengan
kecenderungan yang jauh lebih rendah untuk menyumbangkan kelompok fosfat
mereka sedangkan intermediet metabolik terfosforilasi lainnya memiliki potensi
transfer fosfat yang lebih tinggi dan mampu menyumbangkan fosfat ke ADP
untuk membentuk ATP Pentingnya gradien potensi transfer fosfat ini akan
menjadi jelas dalam diskusi kita nanti. jalur metabolisme. Nilai yang diperoleh
dengan metode yang berbeda (atau oleh eksperimen yang berbeda) bervariasi
beberapa ratus kalori , seperti yang disebutkan sebelumnya, nilai-nilai ini tentu
saja tidak mewakili perubahan energi bebas aktual dalam kondisi fisiologis.
Berbagai perkiraan ∆G untuk hidrolisis ATP dalam sel menunjukkan bahwa
nilainya mungkin mendekati 12.000 kal / mol. Nilai-nilai lain yang diberikan
tentu saja membutuhkan penyesuaian yang sama. Dalam Bab. 3, kami
menggunakan contoh hipotetis untuk menggambarkan fungsi ATP dalam
menggabungkan reaksi eksergonik dan endergonik. Menggunakan nilai-nilai AG
pada Tabel 7-I, kita sekarang dapat memeriksa dua reaksi aktual digabungkan
melalui ATP sebagai perantara umum. Asetilfosfat dapat dibentuk sebagai produk
dari metabolisme elusosa, dengan energi yang dibutuhkan untuk pembentukannya
dipasok oleh dekarboksilasi oksidatif asam piruvat . Energi yang disimpan dapat
ditransfer melalui ATP dan digunakan dalam pembentukan a-gliserol fosfat, yang
diperlukan untuk sintesis lipid tertentu Karena asetilfosfat memiliki energi
hidrolisis bebas yang lebih tinggi daripada ATP, ia dapat mentransfer fosfat ke
ADP untuk membentuk ATP .
Acetylphosphate dan gliserol tentu saja tidak bereaksi secara langsung, tetapi
energi yang ditangkap dalam ikatan asetilfosfat yang kaya energi mendorong
reaksi endergonik sintesis a-Elycerol fosfat dengan menyambungkan dua reaksi
melalui ATP, yang berfungsi sebagai kofaktor untuk kedua reaksi. Reaksi
berpasangan seperti itu sering digambarkan sebagai berikut:
Pembentukan atp
Asam piruvat yang pertama pada studi awal dari langkah-langkah yang
terlibat dalam fermentasi glukosa alkohol dan karbon dioksida oleh ragi,
ditemukan bahwa glukosa difosfolitasi untuk membentuk ester glukosa 6-fosfat
sebelum menjadi lebih lanjut dimetabolisme.penguraian lengkap jalur
mengungkapkan bahwa hampir semua senyawa anatar yang terbentuk dalam
mengubah glukosa menjadi alkohol dan karbon dioksida atau asam laktat (produk
yang dibentuk oleh fermentasi glukosa dalam otot)terfosforilasi.asam piruvat
digunakan dalam beberapa cara untuk menghasilkan produk contohnya
fermentasi alkohol ragi dan asam laktat atau bakteri asam laktat seperti
streptococcus lactis yang digunakan dalam industry susu.secara aerob asam
piruvat sepenuhnya teroksidasi menjadi karbon dan air.
Oksidatif phosphorylase
Protein kecil yang mengandung zat besi (nonheme) yang diperumit dengan
belerang, dalam susunan yang sama ditemukan pada flavoprotein tertentu, juga
berfungsi dalam sistem transportasi elektron, khususnya pada bakteri. Ini disebut
protein besi-sulfur. Sejumlah protein tersebut telah ditemukan dan, sementara
beberapa fungsi dengan cara yang diketahui dalam proses seperti fiksasi nitrogen
dan fotosintesis, fungsi-fungsi yang lain tidak dipahami. Skema yang tampaknya
mewakili setidaknya jalur utama untuk transpor elektron mitokondria ditunjukkan
pada Gambar 7-4.
Efisiensi konservasi energi
Tabel 7-2 menunjukkan E0 nilai untuk beberapa sistem redoks yang penting
secara biologis. Dengan menggunakan nilai ABi yang dihitung di atas untuk
sintesis ATP, kita dapat menentukan bahwa dalam sistem transportasi klektron
mitokondria ada tiga kemungkinan lokasi untuk sintesis ATP. Untuk oksidasi
NAD tereduksi oleh flavoprotein, jumlah energi yang dikeluarkan dapat dihitung
sebagai
Transpor elektron dan sel eukariotik oksidatif fosforatif. Karena bakteri tidak
memiliki mitokondria (yang merupakan hewan berdarah panas), banyak sumber
energi digunakan untuk memulihkan suhu panas internal yang konstan; asi pada
bakteri berbeda dalam beberapa cara penting dari proses yang sama dalam ukuran
yang kira-kira sama dengan satu. mitokondria), sistem trans por elektron mereka
terletak di c dengan enzim terkait dan alat sintesis ATP adalah membran
cytoplasmic.
Jenis pembawa elektron yang ditemukan pada bakteri pada umumnya sama
dengan yang ditemukan pada mitokondria yaitu:
Fotofosforilasi
Sintesis ATP pada organisme fotosintesis, seperti pada trofi kemo aerob,
digabungkan dengan transpor elektron, dan, seperti dalam kasus fosforilasi
oksidatif, mekanisme kopling tidak diketahui. Untuk semua organisme
fotosintesis kecuali satu kelompok bakteri, karbon dioksida berfungsi sebagai
satu-satunya sumber karbon seluler, dan sintesis bahan sel dari karbon dioksida
membutuhkan ATP dan "daya pereduksi," yaitu, hidrogen (elektron) dalam bentuk
NADPH2. Sistem transpor elektron dari organisme ini memasok keduanya.
Fotosintesis oksigen dan anoksigenik
Ada dua jenis tesis fotosintesis yang berkaitan dengan sumber daya pereduksi
yang digunakan oleh organisme yaitu :
1. Fotosintesis oksigenik, air berfungsi sebagai sumber daya pereduksi
(donor elektron) dan oksigen diproduksi sebagai produk sampingan.
Fotosintesis oksigen dilakukan oleh tanaman hijau, ganggang, dan
cyanobacteria - (ganggang biru-hijau). Persamaan untuk fotolisis air
adalah
2. Fotosintesis bakteri bersifat anoksigenik, yaitu, tidak ada oksigen yang
dihasilkan, fotosintesis bakteri hanya terjadi tanpa oksigen.
Jenis-jenis bakteri yang bersifat fotosintesis adalah anaerob yang ketat. Dalam
fotosintesis bakteri, daya pereduksi disuplai oleh senyawa anorganik tereduksi
atau, dalam satu kelompok bakteri, oleh senyawa organik seperti asetat atau malat,
Banyak bakteri fotosintetik mampu menggunakan hidrogen molekuler, H2,
sebagai donor elektron. Senyawa sulfur yang berkurang, atau unsur sulfur,
digunakan oleh bakteri hijau dan ungu; misalnya
Dalam fotofosforilasi siklik, sesuai namanya, elektron yang hilang dari pusat
reaksi klorofil melewati rantai transpor elektron dan kembali ke klorofil dari mana
asalnya. Ketika elektron dikeluarkan dari pusat reaksi, klorofil digunakan untuk
mengurangi NADP menjadi NADPH2 (aliran elektron non-siklik), mereka harus
digantikan oleh elektron dari donor hidrogen, air.
Dalam fotofosforilasi non-siklik ini, arah aliran elektron adalah kebalikan dari itu
dalam fosforilasi oksidatif, di mana elektron mengalir menurun dari NADH2 yang
lebih elektronegatif (E0=-32) melalui pembawa elektron negatif yang lebih sedikit
dan akhirnya ke oksigen untuk membentuk air (E0=+0,82). Aliran elektron dalam
fotosintesis sebenarnya menghasilkan pengurangan NADP oleh air. Ini secara
termodinamik tidak mungkin tanpa energi input, dan energi itu dilengkapi oleh
cahaya, yang meningkatkan redoks.
Seperti yang telah kami nyatakan di awal bab ini, proses-proses di mana
mikroorganisme memperoleh dan menyimpan energi adalah terkait erat dengan
siklus karbon oksysen dan karenanya merupakan faktor penting dalam sistem
pendukung kehidupan kita. Algac dan bakteri bluc-green menggunakan cahaya
sebagai sumber energi dan membantu memasok organisme lain, termasuk
manusia, dengan oksigen dan bahan organik, yang memasuki rantai makanan dan
dapat berfungsi sebagai sumber energi kimia. Penggunaan sumber energi bersifat
tidak konsumtif. misalnya, karbon dioksida adalah produk pembangkit energi
dalam akrobat menggunakan sumber energi organik, dan produksi dan
pelepasannya sangat penting untuk pemeliharaan siklus karbon. Jika sumber
energi anorganik, produk-produk oksidasi dapat memiliki pengaruh yang
signifikan terhadap lingkungan.
Banyak bakteri yang dapat mengurangi nitrat adalah no: denitrifiers, karena
mereka mengurangi nitrat hanya menjadi nitrit. Denitrifikasi adalah proses yang
sangat penting secara ekologis dengan efek menguntungkan dan gangguan,
tergantung pada keadaan di mana ia terjadi. Sebagai bagian penting dari siklus
nitrogen, denitrifikasi diperlukan untuk mendaur ulang nitrogen ke atmosfer.
Denitrifikasi, sendirian atau dalam kombinasi dengan nitrifikasi, juga penting
dalam menghilangkan nitrogen dari air, di mana keberadaan senyawa nitrogen
anorganik dalam jumlah berlebihan dapat menyebabkan beberapa jenis masalah.
Senyawa nitrogen organik terurai oleh bakteri dan jamur, dan setidaknya sebagian
nitrogen umumnya dilepaskan sebagai amonia.