Disusun oleh:
1
UNIVERSITAS DIPONEGORO
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
PROGRAM STUDI ILMU KELAUTAN
M A T A K U L I A H : M I K R O B I O L O G I L A U T
KODE MK/SKS/SEMESTER : P K K 3 0 4 P / 3 S K S / I I I
WAKTU DAN TEMPAT PRAKTIKUM : S e m e s t e r G a s a l 2 0 1 5
Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi Laut Jurusan Ilmu Kelautan FPIK Univ. Diponegor o
DESKRIPSI SINGKAT MATA KULIAH : Mata kuliah mikrobiologi laut mempelajari mengenai kedudukan peran mikrobia dialam dan khususnya dilaut serta nilai ekonominya bagi manusia, struktur sel dan kimia sel mikrobia laut, nutrisi dan pertumbuhan, genetika mikrobia, ekologi mikrobia laut, taksonomi dan keanekaragaman hayati mikrobia laut, fenomena viable but non culturable, biodegradasi dan bioremediasi , pelapukan hayati laut, serta bioteknologi kelautan berbasis mikrobia laut
STANDAR KOMPETENSI MATA KULIAH : Setelah menyelesaikan mata kuliah ini mahasiswa akan dapat menjelaskan mengenai kedudukan dan peranan mikroorganisme di alam, dan di laut khususnya, struktur sel dan kimia sel, fisiologi mikroorganisme laut ( pertumbuhan dan genetika mikrobia ), ekologi dan keanekaragaman mikroorganisme laut serta potensi mikrobiologi laut dalam pengembangan bioteknologi kelautan.
2
Modul 1. Kompetensi Praktikum Mikrobiologi
3
MICROBIOLOGY LABORATORY SKILLS
4
MICROBIOLOGY LABORATORY THINKING SKILLS
Cognitive processes
formulating a clear, answerable question
developing a testable hypothesis
predicting expected results
following an experimental protocol
Analysis skills
collecting and organizing data in a systematic fashion
presenting data in an appropriate form (graphs, tables, figures, or
descriptive paragraphs)
assessing the validity of the data (including integrity and significance)
drawing appropriate conclusions based on the results
Communication skills
discussing and presenting lab results or findings in the laboratory
Interpersonal and citizenry skills
working effectively in teams or groups so that the task, results, and
analysis are shared
effectively managing time and tasks allowing concurrent and/or
overlapping tasks to be done simultaneously, by individuals and within a
group
5
integrating knowledge and making informed judgments about microbiology
in everyday life
Microbiology Laboratory Safety
A student successfully completing basic microbiology will demonstrate
ability to explain and practice safe
6
MICROBIOLOGY LABORAORY SAFETY
Microbiological procedures
reporting all spills and broken glassware to the instructor and receiving
instructions for clean up
methods for aseptic transfer
minimizing or containing the production of aerosols and describing the
hazards associated with aerosols
washing hands prior to and following laboratories and at any time
contamination is suspected
using universal precautions and following the requirements of the
waterborne Pathogen Standard
disinfecting lab benches and equipment prior to and at the conclusion of
each lab session, using an appropriate disinfectant and allowing a suitable
contact time
identification and proper disposal of different types of waste
reading and signing a laboratory safety agreement indicating that the
student has read and understands the safety rules of the laboratory
7
good lab practice, including returning materials to proper locations, proper
care and handling of equipment, and keeping the bench top clear of
extraneous materials
Protective procedures
wearing long pants or dresses (NO shorts); no sandals
tying long hair back, wearing personal protective equipment (eye
protection,
coats, gloves; glasses may be preferred to contact lenses), and using such
equipment in appropriate situations
always using appropriate pipetting devices and understanding that mouth
pipetting is forbidden
never eating or drinking in the laboratory
never applying cosmetics, handling contact lenses, or placing objects
(fingers, pencils, etc.) in the mouth or touching the face
Emergency procedures
locating and properly using emergency equipment (eye wash stations, first
aid kits, fire extinguishers, chemical safety showers, telephones, and
emergency numbers)
reporting all injuries immediately to the instructor
following proper steps in the event of an emergency
8
Grup: ......................................
Tujuan
1. Mempelajari bagian-bagian dan fungsi mikroskop cahaya
2. Mempelajari bagaimana cara menggunakan mikroskop cahaya dengan benar
3. Mempelajari bagaimana cara merawat dan membawa mikroskop cahaya
4. Membuat dan melakukan pengamatan preparat basah
Kompetensi
9
Prosedur Kerja
a. Bahan
1. Preparat beberapa jenis bakteri yang telah dicat
(berbentuk batang, kokus dan spiral)
2. Kertas tissue
b. Alat
1. Mikroskop cahaya
2. Gelas benda (gelas obyektif)
3. Gelas penutup (deckglass)
4. Pinset
5. Pipet tetes
6. ocular micrometer
7. stage micrometer
Prosedur
1. Sebelum mengangkat mikroskop, perhatikan bagian lengan dan bagian dasar
mikroskop
2. Gunakan selalu dua tangan untuk mengangkat mikroskop. Satu tangan untuk
memegang bagian lengan mikroskop dan yang satunya menyangga dari bawah
3. Praktekan cara mengangkat mikroskop sesuai dengan Gambar 2.
10
Bagian B. Mengenal nama dan fungsi bagian-bagian mikroskop Cahaya
1. Amati mikroskop yang digunakan dalam praktikum ini. Lakukan identifikasi bagian-
bagian mikroskop dengan cara membandingkan dengan gambar mikroskop yang
ada (Gambar 1). Masukan data pengamatan ke dalam Tabel pengamatan.
2. Tergantung dari model mikroskopnya, nyalakan sumber cahaya. Jika sumber
cahaya tidak menyatu dengan mikroskop atur cermin yang ada untuk
mengarahkan cahaya agar bisa masuk kedalam mikroskop.
3. Kondersor mempunyai lensa yang berfungsi untuk mengumpulkan cahaya,
gerakan kondersor ini naik dan turun menggunakan knop yang ada.
4. Diafragma berfungsi mengatur jumlah cahaya masuk ke kondensor. Temukan tuas
penggerak diafragma dan gerakan untuk membuka dan menutup diafragma. Catat
arah gerakan tuas penggerak dengan membuka atau menutupnya diafragma.
5. Meja benda berfungsi untuk menempatkan preparat atau obyek yang akan
diamati. Pada meja benda ini terdapat penjepit. Meja benda dapat digerakan
keatas dan kebawah serta kekanan dan kekiri dan juga ke depan dan kebelakang.
Temukan ke dua alat penggerak meja benda ini. Praktekan untuk memutar ke alat
penggerak meja ini secara bergantian. Catat arah gerakan tuas penggerak dengan
arah bergeraknya meja benda. Turunkan meja benda pada posisi paling rendah
dengan cara menggerakan alat penggerak meja benda, selanjutnya praktekan
untuk menggunakan alat penjepit ini untuk menjepit gelas benda yang telah
disediakan
11
6. Pada bagian atas lengan terdapat tabung yang membawa lensa-lensa pembesar.
Pada bagian bawah tabung ini terdapat revolver atau rotating nosepiece dengan 3
atau 4 lensa obyektif masing dengan perbesaran yang berbeda (tanda garis merah
adalah lensa obyektif primer untuk perbesaran 4x, tanda kuning lensa perbesaran
lemah untuk perbesaran 10x & tanda hijau lensa perbesaran kuat untuk resolusi
40X). Praktekan memindah-mindahkan lensa obyektif dengan cara memutar
revolver hingga bunyi klik. Pada bagian tabung terdapat lensa okuler. Lensa ini
dapat dilepas. Praktekan untuk melepas lensa okuler dan membuka penutup lensa
okuler selanjutnya ditutup kembali dan dimasukan kembali ke posisi semula
12
Kekuatan Obyektif : rendah tinggi dengan imersi
Total perbesaran :
1. Matikan lampu dan lepas kabel dari sumber listrik, dan simpan secara benar
2. Turunkan meja benda hingga maksimum dengan memutar makrometer
3. Lepas dan ambil gelas benda (slide) dari meja benda
4. Bersihkan semua lensa menggunakan kertas pembersih lensa – lensa okuler, lensa
dengan pembesaran lemah, kuat dan minyak imersi. Jika diperlukan pakai
pembersih lensa.
5. Bersihkan sisa minyak menggunakan Kimwipes atau kertas tissue
6. Putar scanning objective ke posisinya. Gunakan makrometer untuk menggerakan
meja benda ke posisi paling dekat dengan lensa.
7. Kembalikan mikroskop ke tempat penyimpanan
13
Gambar 3. Preparasi hanging drop slide
14
Gambar 4. Kalibrasi okuler micrometer
15
Pembahasan
1. Bagian-bagian mikroskop
b. Fungsi kondensor…………………………………………………………………………………….
c. Fungsi revolver………………………………………………………………………………………..
d. Fungsi makrometer……………………………………………………………………………….
e. Fungsi micrometer……………………………………………………………………………………..
16
3. Perhatikan mikroskop yang digunakan dalam praktikum ini
a. Jumlah lensa okuler………………… mempunyai perbesaran …………………………………
b. Jumlah lensa obyektif yang ada di revolver ….......................................................
c. Sebutkan masing-masing perbesaran lensa obyektif tersebut……………………………
d. Hitung total pembesaran untuk tiap tiap kombinasi okuler/obyektif dari mikroskop
yang digunakan untuk praktikum ini
Menggunakan Mikroskop
17
8. Mengapa minyak imersi diperlukan pada saat menggunakan lensa obyektif
perbesaran 100
12. Di mikrobiologi lensa okuler dengan kekuatan berapa yang biasa digunakan?
Jelaskan
18
Simpulan dan Saran
Pustaka
Nilai Akhir:...............................................................................
19
Grup: ......................................
Tgl: .........................................
TOPIK II: Teknik Pengecatan
Teori Pengantar
Sel bakteri pada umumnya tidak berwarna dan hampir tidak dapat dilihat karena tidak
mempunyai kontras dengan air. Oleh karena itu pengecatan dibutuhkan agar sel-sel
bakteri dapat dilihat untuk diamati baik morfologi maupun struktur inraseluler.
Pengecatan didasarkan pada muatan yang berlawanan saling tarik menarik dan muatan
yang sama tolak menolak. Sebagian besar bakteri bila diletakan dalam lingkungan akuosa
dengan ph netral (sekitar 7) mempunyai muatan listrik negative. Sel sel yang bermuatan
negative ini akan menarik molekul-molekul yang bermuatan positif dan menolak molekul-
molekul yang bermuatan negative. Ion bebas dari cat asam (acidic dyes) adalah anion
(bermuatan negative) akan berkombinasi dengan kation, yaitu bagian basa dalam sel-sel
dan membentuk garam. Sedangkan cat basa (basic dyes) mengandung kation (bermuatan
positif) dan akan berkombinasi dengan suatu asam membentuk garam. Sel bakteri kaya
akan asam ribonukleat sehingga sangat mudah untuk dicat dengan cat basa. Cat basa
meliputi methilen blue, crystal violet dan safranin.Cat-cat ini digunakan untuk pengecatan
sederhana.Jika suatu cat ditolak oleh bakteri (biasanya cat asam), warna cat akan
mewarnai latar belakang sel bakteri dan sel tampak tidak berwarna. Contoh cat asam
adalah nigrosin.Cat netral (neutral stains) dibuat dengan mengkombinasikan antara cat
asam dan cat basa. Cat ini sangat berguna untuk pengecatan sel-sel kompleks karena
adanya diferensiasi struktur interior sel. Sel dan struktur sel yang tercat dengan cat basa
disebut basophilic dan yang tercat dengan cat asam disebut acidophilic.
Tujuan
1. mempelajari fungsi teknik pengecatan pada bidang mikrobiologi
2. mempelajari bermacam-macam jenis cat dan mekanisme pengecatannya
3. melakukan pengecatan sel dan struktur sel (flagella, endospora dan kapsula)
Kompetensi
Pengecatan negative
Pengecatan negative disebut juga pengecatan tidak langsung atau pengecatan latar Cat
yang digunakan dalam pengecatan negative ini adalah cat negative seperti nigrosin, tinta
India atau eosin Pada pengecatan negative cat tidak masuk ke dalam sel dan mewarnai
sel-sel bakteri . hal ini terjadi karena adanya tolak menolak antara muatan negative dari
cat dengan dinding sel bakteri yang bermuatan negative. Sebaliknya cat ini menghasilkan
20
deposit disekitar bakteri atau menghasilkan latar belakang gelap, sehingga sel bakteri yang
tidak tercat tampak tidak berwarna dengan latar belakang gelap.
Bahan:
1. Kultur cair Bacillus subtilis, Micrococcusluteus, Spirillum volutans umur 24-48 jam
2. Larutan Dorner’s nigrosin , India ink, atau eosin blue
Alat :
1. Gelas benda
2. Jarum ose / inoculating loop
3. Minyak immersi
4. mikroskop
5. Kertas pembersih lensa dan pembersih lensa
6. Pensil
7. Lampu spiritus / Bunsen burner
Prosedur
1. Beri label pada sudut kiri gelas benda dan tulis nama praktikan dan nama bacteria
yang akan dicat
2. Ambil sedikit biakan bakteri menggunakan jarum ose dan letakan diatas gelas
benda (Gambar 1.a)
3. Tambahkan 1 sampai 2 loop larutan cat nigrosin , tinta india atau eosin dan
campur dengan cepat (Gambar 1.b)
4. Ratakan campuran suspensi bakteri dan cat menggunakan gelas benda. Gelas
benda bersih diletakan diatas gelas benda yang telah diberi bakteri dan larutan cat
dengan sudut 45o kemudian ditarik untuk membentuk lapisan tipis suspensi
bakteri-cat (Gambar 1.c)
5. Keringanginkan. Jangan dipanaskan.
6. Amati dibawah mikroskop dengan perbesaran lemah
7. Gunakan minyak emersi untuk pengamatan pada perbesaran kuat.
8. Gambar hasil pengamatan dan beri keterangan
21
Gambar 5. Prosedur pengecatan negatif
22
Hasil
3. Mengapa sel bakteri tetap tidak tercat pada prosedur pengecatan sederhana ?
5. Mengapa pada pengecatan negative suspensi bakteri tidak boleh difiksasi dengan
panas sebelum pengecatan?
7. Mengapa pada waktu membuat smear tipis gelas benda diposisikan pada sudut 45 o
diatas gelas benda yang mengandung suspensi bakteri-cat ?
23
Membuat preparat smear dan fiksasi
Jumlah sel yang ditempatkan diatas gelas benda merupakan factor yang sangat penting.
Jumlah organisme yang terlalu sedikit akan menyulitkan untuk menemukannya pada saat
diamati dengan mikroskop. Jumlah yang terlalu banyak akan menyulitkan untuk
mengamatan individu sel terutama untuk menentukan bentuk dan morfologi. Sekurang-
kurangnya 500.000 sel per mL diperlukan untuk dapat dilakukan pengamatan dengan baik.
Heat fixingmembantu melekatkan sel ke gelas benda, sehingga tidak akan lepas pada saat
dilakukan pencucian selama proses pengecatan, mematikan sel-sel sehingga slide menjadi
tidak berbahaya bagi peneliti, mengubah dinding sel untuk pengecatan.
Bahan
1. Kultur E coli
2. Akuadest
3. Gelas benda
Alat
1. Jarum ose
2. Lampu spiritus
3. Jarum ose
Prosedur
24
Gambar Preparasi smear bakteri
Kenapa sebelum dilakukan pengecatan bakteri dilakukan terlebih dahulu pembuatan smear
dan fiksasi
Pada waktu membuat smear mengapa kultur yang dipindahkan ke gelas benda tidak boleh
terlalu banyak
Mengana pada proses fiksasi dengan pemanasan, smear tidak boleh terlalu lama
dipanaskan diatas lampu spiritus.
25
Pengecatan Gram
Nama gram, pada teknik pengecatan gram diambil dari nama ahli bakteriologis Denmark
Hans Christian Gram (1853 –1938). Metode pengecatan diferensial ini membedakan jenis
bakteri ke dalam dua kelompok besar berdasarkan sifat fisik dan kimia dinding selnya yaitu
gram positif dan gram negative.Reaksi gram ini membagi eubacteria kedalam dua
kelompok dasar berdasarkan kemampuannya untuk dicat merupakan salah satu dasar
identifikasi bakteri.Pengecatan gram tidak digunakan untuk mengklasifikasi archae karena
mikroorganisme memberikan respon yang sangat bervariasi.
Pengecatan gram terdiri dari empat komponen yaitu :
Gram utama (Crystal violet, methyl violet atau Gentian violet)
Mordant (Gram's Iodine)
Decolourizer (ethyl alcohol, acetone atau 1:1 ethanol-acetone mixture)
Counterstain (carbol fuchsin, safranin atau neutral red)
Bahan
1. Kultur cair Staphyloccus aureus, Escherichia coli, dan campuran S. aureus dan E.
coli
2. Larutan crystal violet,
3. Gram’s iodine (2 gpotassium iodide dalam 300 ml akuades ditambah 1 g iodine
crystals),
4. 95% ethanol dand/atau campuran isopropanol-acetone (3:1 v/v),
5. safranin
Alat
1. Gelas benda
2. Jarum ose (inoculating loop)
3. Bunsen burner
4. bibulous paper
5. microscope
6. Kertas lensa atau pembersih lensar
7. Minyak imersi
8. Pemanas gelas benda
9. rak pengecatan
Prosedur :
1. Buat smear E. coli, S. aureus, dan campuran E. coli dan S. Aureus diatas gelas
benda.
2. Fiksasi diatas lampu spiritus (bunsen)
3. Letakan gelas benda di rak pengecatan
4. Teteskan smear dengan kristal violet dan biarkan selama 30 detik (Gambar 2.1)
5. Cuci dengan air mengalir (Gambar 2.2)
6. Tambahkan gram iodine mordant, biarkan selama 1 menit (Gambar 2.3.)
7. Cuci dengan air mengalir (Gambar 2.4)
8. Tambahkan Decolourizer, diamkan selama 30 detik (Gambar 2.5)
9. Cuci dengan air mengalir (Gambar 2.6)
10. Tambahkan Counterstain, dan diamkan selama 60 detik
11. Cuci dengan air mengalir
12. Keringanginkan dan beri Label (gambar 2.7)
13. Amati dibawah mikroskop mulai dari perbesaran lemah hingga kuat (dengan
minyak imersi)
26
Gambar 8. Prosedur pengecatan Gram
Hasil
27
Pembahasan
b. Cat utama
c. Decolorizer
d. Counterstain
4. Tahapan mana yang paling penting atau yang paling menjadi penyebab hasil
pengecatan gram yang buruk? Jelaskan
7. bagian sel apakah yang paling terlibat dalam pengecatan gram ? mengapa?
8. Jelaskan bagaimana mekanisme respon bakteri gram positif dan bakteri gram
negatif terhadap tiap tahapan dalam prosedur pengecatan gram !
28
Grup: ......................................
MODUL 3: NUTRISI DAN PERTUMBUHAN
TOPIK 1 : Pembuatan Media dan Sterilisasi Tgl: .........................................
29
Jenis media berdasarkan komposisi bentuknya
Berdasarkan konsistensi media terdiri atas : Padat (solid medium), misalnya
bulyon agar dan agar nutrisi (konsentrasi agar 2%); Cair (fluid medium),
misalnya air pepton airdan Setengah padat (semi solid medium), misalnya agar
nutrisi dengan konsentrasi agar 0,5%
Sterilisasi adalah proses pemusnahan semua bentuk kehidupan pada media dan
peralatan. Guna memusnahkan sel dan spora mikroba dilakukan upaya sterilisasi..
Sel vegetatif ragi dan cendawan dapat dimusnahkan pada suhu 50 - 60° C
selama 5 - 1 0 menit, sedangkan sporanya pada suhu 70 - 80° C. Sel-sel
vegetatif bakteri dapat dimusnahkan pad suhu 60 - 70 °C selama 5 - 2 0
menit, sedangkan sporanya membutuhkan suhu lebih tinggi dan waktu
sterilisasi lebih lama. Misalnya spora Bacillus antrhracis musnah pad suhu 100 C
selama 15 menit atau pada suhu 105° C selama 5 - 1 0 menit. Pemusnahan spora
B. Subtilis memerlukan waktu beijam-jam pada suhu 100° C atau 5-25 mn2it
pada suhu 105°C.
30
Jenis-jenis Sterilisasi
Pada dasarnya sterilisasi terdiri atas:
A..Pemanasan:
1. Pemanasan udara panas: - 160 - 180° C selama 1,5 - 3 jam ,
digunakan untuk sterilisasi alat- alat dan gelas.
C Zat kimia: seperti ethilen oksida, akohol, dll untuk sterilisasi pipet dan cawan
petri;beta propiolakton : untuk steriliasi jaringan hidup.
Tujuan:
1. Mahasiswa dapat mengetahui macam-macam medium untuk pertumbuhan
mikroorganisma.
2. Mahasiswa mampu menakar dan menyiapkan media sintetis untuk
pertumbuhan mikroba.
3. Mahasiswa mampu melakukan sterilisasi media pertumbuhan mikroba
dengan cara sterilisasi autoklaf.
Kompetensi
Prosedur Kerja
a. Bahan :
1. Media Nutrient Broth (NB)
2. Media Nutrient Agar (NA)
3. Media Zobel Broth dan Agar
4. Media Potato Dekstro Agar (PDA )
5. Air laut steril
31
b. Alat :
1. Autoklaf
2. Tabung reaksi
3. Kapas penyumbat
4. Cawan Petri
5. Lampu spirtus
6. Kertas Koran pembungkus
1. Persiapkan media NA, NB, PDA, Zobel padat dan cair menurut petunjuk
pemakaian dengan volume sesuai kebutuhan. Panaskan hingga agar larut.(lihat
lampiran 1. resep media )
2. Tuangkan media yang sudah dimasakatau larut ini dengan hati-hati ke dalam
tabung reaksi sebanyak 5 ml. untuk media agar miring dan 10 ml untuk agar din
dan datar. Sumbat baik-baik dengan kapas dan sebagian dimasukkan dalam
erlenmeyer 250 cc. Taruhlah tabung-tabung reaksi tersebut dalam wadah dan
tutupi dengan kertas..
3. Taruh tabung reaksi yang berisi agar dan erlenmeyer dalam autoklaf dan
sterilisasikan .
4. Setelah tahap sterilisasi selesai, dinginkan media yang telah dibuat pada
suhu kamar.
5. Media tersebut dapat disimpan pada lemari pendingin (suhu 4°C),
dengan tujuan untuk menghindarkan kontaminasi dan mengurangi
dehidrasi media. Pergunakan media tersebut pada saat yang
diperlukan pada tahap praktikum selanjutnya.
6. Catatan : untuk media yang mau dibuat agar miring didinginkan dalam
posisi miring sehingga apabila memadat media tersebut sudah dalam
posisi miring pada tabung reaksi.
32
Prosedur sterilisasi media menggunakan Non-disposable filtration apparatus
33
Pembahasan
4. Kenapa pada saat membuat media agar dilakukan pengadukan secara menerus ?
6. Ada berapa macam sterilisasi media yang anda ketahui ? jelaskan jawaban anda !
34
Simpulan dan saran :
Pustaka
Nilai Akhir:...............................................................................
35
Lampiran 1.Resep media
36
Grup: ......................................
Tgl: .........................................
MODUL 3: NUTRISI DAN PERTUMBUHAN
37
Menindahkan biakan secara aseptis
38
Memindahkan biakan dari cawan
39
Memindahkan cairan dengan pipet
40
Menuang media
41
MODUL 3: NUTRISI DAN PERTUMBUHAN
TOPIK 3:Penanaman dan Isolasi Grup: ......................................
Tgl: .........................................
Pengertian
Di alam populasi mikroba tidak terpisah sendiri menurut jenisnya, tetapi terdiri dari
campuran berbagai macam sel. Di dalam laboratorium populasi bakteri inidapat diisolasi
menjadi kultur murni yang terdiri dari satu jenis yang dapat dipelajari morfologi, sifat dan
kemampuan biokimiawinya.
1.1. Swab (ulas), dilakukan menggunakan cotton bud steril pada sampel yang memiliki
permukaan luas dan pada umumnya sulit dipindahkan atau sesuatu pada benda tersebut.
Contohnya adalah permukaan daun lamun dan rumput laut , permukaan karang atau
organisme laut dll. Caranya dengan mengusapkan cotton bud memutar sehingga seluruh
permukaan kapas dari cotton bud kontak dengan permukaan sampel. Swab akan lebih
baik jika cotton bud dicelupkan terlebih dahulu ke dalam larutan atraktan semisal pepton
water.
42
1.2. Rinse (bilas) ditujukan untuk melarutkan sel-sel mikroba yang menempel pada
permukaan substrat yang luas tapi relatif berukuran kecil, misalnya daun lamun dan
rumput laut atau organisme laut dll. Rinse merupakan prosedur kerja dengan
mencelupkan sampel ke dalam air laut steril dengan perbandingan 1 : 9 (w/v).
Contohnya sampel daun diambil dan ditimbang 5 g kemudian dibilas dengan air laut steril
45 ml yang terdapat dalam beaker glass.
43
2. Teknik Pengenceran Bertingkat
Tujuan dari pengenceran bertingkat yaitu memperkecil atau mengurangi jumlah mikroba
yang tersuspensi dalam cairan. Penentuan besarnya atau banyaknya tingkat
pengenceran tergantung kepada perkiraan jumlah mikroba dalam sampel. Digunakan
perbandingan 1 : 9 (w/v) untuk sampel dan pengenceran pertama dan selanjutnya,
sehingga pengenceran berikutnya mengandung 1/10 sel mikroorganisma dari
pengenceran sebelumnya.
3. Teknik Penanaman.
44
3.2. Teknik Penanaman dengan Goresan (Streak)
Bertujuan untuk mengisolasi mikroorganisme dari campurannya atau meremajakan kultur
ke dalam medium baru. Ada 3 jenis teknik goresan yaitu :
1. Goresan Sinambung
2. Goresan T
3. Goresan Kuadran (Streak quadrant)
Tujuan:
Kompetensi
1. Mampu menjelaskan bermacam-macam cara menanam
mikroorganisme yang berasal dari sampel
2. Mampu menjelaskan bermacam-macam teknis isolasi
mikroorganisme yang berasal dari sampel
3. Mampu menjelaskan teknik memindahkan mikrobia ‘
4. Mahasiswa dapat memisahkan mikroba dari campurannya
sehingga didapat kultur murni.
5. Trampil menanam mikrobia dengan benar
6. Trampil mengisolasi mikrobia dengan benar
7. Trampil memindahkan mikrobia dengan benar
Prosedur Kerja
a. Bahan :
1. Media Nutrient Broth (NB)
2. Media Nutrient Agar (NA),
3. Media Zobel Agar dan Broth
4. Media Potato Dekstro Agar (PDA )
5. Sampel sedimen
6. Sampel air laut
7. Sampel biota laut
b. Alat :
7. Autoklaf
8. Tabung reaksi dan durham
9. Kapas penyumbat
10. Cawan Petri
11. Lampu spirtus
12. Mikropipet
13. Pipet tetes dan ukur
14. Erlemmeyer
15. Mortal dan pestle
16. Beaker glass
17. Kertas Koran pembungkus
18. Batang L dan jarum ose
19. Cotton bud
45
c. Metoda dan Hasil Pengamatan
1. Siapkan cawan steril, tabling pengenceran yang akan ditanam dan media padat
yangmasih cair (>45°C).
2. Teteskan 1 ml secara aseptis.suspensi sel kedalam cawan kosong.
3. Tuangkan media yang masih cair ke cawan kemudian putar cawan untuk
menghomogenkan suspensi bakteri dan media, kemudian diinkubasi.
46
Gambar 2. Teknik Pour Plate (Agar Tuang)
Alasan diteteskannya bakteri sebanyak 0,1 ml untuk spread plate dan 1 ml untuk pour
plate karena spread plate ditujukan untuk menumbuhkan dipermukaanya saja,
sedangkan pour plate membutuhkan ruang yang lebih luas untuk penyebarannya
sehingga diberikan lebih banyak dari pada spread plate.
a. Goresan Sinambung
Adapun prosedur yang dilakukan adalah sebagai berikut:
1. Sentuhkan inokulum loop pada koloni dan gores secara kontinyu sampai
setengahpermukaan agar.
2. Jangan pijarkan loop, lalu putar cawan 180°C lanjutkan goresan sampai habis.
Goresan sinambung umumnya digunakan bukan untuk mendapatkan koloni
tunggal,melainkan untuk peremajaan ke cawan atau medium baru.
47
b. Goresan T
: Adapun prosedur yang dilakukan adalah sebagai berikut:
Hampir sama dengan goresan T, namun berpola goresan yang berbeda yaitu dibagi empat.I>aerah 1
merupakan goresan awal sehingga masih mengandung banyak sel
mxroorganisma. Gores an selanjutnya dipotongkan atau disilangkan dari goresan pertamasehingga
jumlah semakin sedikit dan akhimya terpisah-pisah menjadi koloni tunggal.
48
Gambar 6. Teknik isolasi bakteri
49
Gambar 7. Teknik
1. Ose dibakar sampai pijar, kemudian didinginkan kembali di daerah dekat api I Biakan bakteri
diambil dan sumbatnya dibuka, kemudian mulut tabung dibakar.
2. Ose dimasukkan ke dalam biakan bakteri tersebut, kemudian ose dikeluarkan lagi. -. Medium
cair yang akan ditanami, dibuka sumbatnya, mulut tabungnya dibakar dan ose yang sudah
mengandung suspensi bakteri dimasukkan ke dalamnya.
3. Ose dikeluarkan, mulut tabung dibakar kembali dan ditutp dengan sumbatnya.
4. Ose bekas pakai kemudian dibakar kembali hingga pijar.
5. Nama dan tanggal penanaman kemudian dituliskan pada tabung dengan bantuan potlot gelas
6. spidol) pada tabung yang baru ditanami. S. Medium yang telah mengandung bakteri
dimasukkan ke dalam inkubator (lemari pengeram).
7. Suhu dan lamanya bergantung pada keperluan dan menurut sifat bakterinya.
50
Penanaman pada Lempeng Agar
Adapun prosedur yang dilakukan adalah sebagai berikut:
51
Pembahasan
6. Bagaimana menentukan bahwa media yang akan digunakan benar-benar steril sebelum
digunakan
8. Jelaskan apa yang dimaksud dengan kultur cair dan apa bedanya dengan kultur miring
6. Mengapa diperlukan membuat seri pengenceran agar proses penanaman dan isolasi mikrobia
9. Pada semua pekerjaan laboratorium yang menggunakan cawan petri, kenapa label diletakan di
bawah cawan petri
10. Pada teknik streak-plate, bagaimana mikroorganisme diencerkan dan disebar untuk membentuk
koloni individu
11. Pada area yang mana dari media dalam cawan petri yang akan ditumbuhi paling padat oleh
pertumbuhan bakteri ? Dan dimana yang terdapat pertumbuhan paling sedikit ? jelaskan
12. Apakah setiap koloni yang terpisah menggambarkan pertumbuhan satu sel ? Bagaimana
membuat agar diperoleh koloni tunggal?
53
13. Bagaimana streak-plate dapat terkontaminasi
14. Bagaimana hasil metode pou-plate dibandingkan dengan streak-plate dan spread-plate
15. Sebutkan keuntungan utama metode pour-plate dibandingkan metode isolasi bakteri yang lain?
16. Mengapa agar (yang telah dilelehkan) pada suhu 48° dan 50°C tidak mematikan sebagian
besar bakteri.
18. Mengapa cawan petri harus dibalik pada saat dilakukan inkubasi
Daftar pustaka
54
MODUL 4: Penghitungan Jumlah Total bakteri
TOPIK I: Teknik Total Plate Count
Tujuan
1. menghitung jumlah total bakteri secara langsung
2. menghitung jumlah total bakteri menggunakan teknik plate count
Kompetensi
Prosedur Kerja
a. Bahan
1. Sampel jaringan ikan laut
2. 4 tabung larutan buffer phosphate steril
3. 6 tabung berisi 10 mL NA 48° sampai 50°C
4. Larutan cuka 40%
5. Larutan cat rose bengal
b. Alat
3. Mikroskop
4. Gelas benda
5. Pipet 1 mL dan 0,1 mL
6. 6 cawan petri
7. Bunsen burner
8. Rak tabung reaksi
9. Inkubator
55
Bagian A. Cara melakukan penghitungan secara langsung
Prosedur
1. Haluskan contoh jaringan dengan mortar setril
2. Timbang 10 gram dan masukan ke dalam 99 mL larutan garam steril yang mengandung 0,015 %
agar, selanjutnya digojog hingga homogeny
3. Pipet 0,1 mL suspense ke atas gelas benda, ratakan seluas 1 x 4 cm
4. Keringkan noda secara mendatar di atas uap air mendidih
5. Setelah dingin rendam dalam larutan asam cuka 40% selama 3 menit, cuci dengan air mengalir dan
kering anginkan
6. Bubuhkan larutan cat rose Bengal 1 % pada noda, keringkan diatas uap air mendidih ( minimal 1
menit)
7. Setelah dingin cuci dengan air mengalir dan kering anginkan
8. Amati dibawah mikroskop dengan perbesaran kuat. Tentukan jumlah bakteri rata-rata tiap bidang
pemandangan dari 25 bidang pemandangan, dan hitung jumlah bakteri tiap mL contoh suspense
bakteri
Tabel pengamatan
B i d a n f p e m a n d a n g a n k e J u m l a h b a k t e r i
1
2
3
4
5
6
7
8
9
1 0
1 1
1 2
1 3
1 4
1 5
1 6
1 7
1 8
1 9
2 0
2 1
2 2
2 3
2 4
2 5
Bagian B. Cara melakukan penghitungan jumlah bakteri dengan metode plate count
56
9. Inokulasikan 100 uL suspense pengenceran 1:10.000, 1:100.000 dan 1:1.000.000 ke dalam cawan
petri seteril, kemudian tuang secara aseptic medium agar yang telah dicairkan, putar cawan petri
hingga suspense bahan tercampur secara merata dengan medium.
10. Biarkan dingin dan memadat, kemudian cawan petri dibungkus kertas dan diinkubasi secara terbalik
pada suhu kamar selama 24-48 jam
11. Hitung jumlah koloni yang ditumbuh pada masing-masing petridish
12. Pilih cawan petri yang mengandung 25-250 koloni. Cawan petri dengan jumlah koloni lebih dari 250
tidak dapat dihitung dan ditetapkan sebagai terlalu banyak untuk dihitung (TNTC). Cawan petri
dengan jumlah koloni kurang dari 25 dinyakatan sebagai terlalu sedikit untuk dihitung (TFTC)
13. Hitung jumlah bakteri (CFU) per gram contoh bahan dengan cara membabagi jumlah koloni dengan
factor pengenceran. Sebagai contoh pada pengenceran 10-6 diperoleh jumlah koloni per mL adalah
230 maka dihitung :
Jumlah bakteri/mL = 230 : 10-6 = 1.3 x 108
57
1. Mengapateknikplate countdianggap sebagaipengukuran tidak langsungdarikepadatan sel,
Pustaka
Harley−Prescott:, 2002, Laboratory Exercises in Microbiology, Fifth Edition, The McGraw−Hill Companies, 449 p
Nilai Akhir:...............................................................................
58
MODUL 5: Hidrolisis polimer
TOPIK I: Hidrolisis Pati
Tujuan
1. Memahami biokimia hidrolisis pati
2. Melakukan uji hidrolisis pati
Kompetensi
59
Prosedur Kerja
a. Bahan
1. 24- to 48-hour tryptic soy agar slant cultures of Bacillus subtilis (ATCC 6051), Escherichiacoli (ATCC
11229), dan Proteus vulgaris (ATCC 13315)
2. 1 starch agar plate
3. Gram’s iodine (1 g I2, 2 g KI, 300 ml distilledwater)
4. Bunsen burner
b. Alat
1. cawan petri
2. wax pencil
3. inoculating loop
4. Bunsen burner
5. Inkubator
Prosedur
Tahap 1.
1. Denganpensillilin, membagicawan petri patiagarmenjaditiga bagianlurusseperti yang
ditunjukkan. Beri label setiapbagian yang akandiinokulasidenganbakteri. Tambahkan
namadan tanggalke cawan petri.
2. Menggunakanteknik aseptik , streak (goresan) bakterisecara lurus masing-masing ke cawan petri
sesuai dengan kode yang telah dibuat.
3. Inkubasipiringselama 24 sampai48 jampada 35 °C.
Tahap ke 2
Periodekedua
1. TempatkanbeberapatetesyodiumGrampadamasing-masinggaris-garisgarispada
platepatiagar.Jikadaerahsekitar garispertumbuhanterdapat zona bening
berartipatitelahdihidrolisis, dantes inipositif; jika disekitar garis pertumbuhan berubah biru,
patibelumterhidrolisis, dantesnegatif.
60
1. Jelaskanfungsihidrolase.
2.Jelaskankimiapatihidrolisis.
Pustaka
Harley−Prescott:, 2002, Laboratory Exercises in Microbiology, Fifth Edition, The McGraw−Hill Companies, 449 p
Nilai Akhir:...............................................................................
61
MODUL 5: Hidrolidid polimer
TOPIK 2: Hidrolisis Protein
Tujuan
1. Memahami biokimia hidrolisis protein
2. Melakukan uji hidrolisis protein
Kompetensi
Prosedur Kerja
a. Bahan
1. 24- to 48-hour tryptic soy agar slant cultures of Bacillus subtilis (ATCC 6051), Escherichia coli (ATCC
11229), dan Proteus vulgaris (ATCC 13315)
2. 1 skim milk agar plate
b. Alat
1. cawan petri
2. wax pencil
3. inoculating loop
4. Bunsen burner
5. Inkubator
Prosedur
Tahap 1.
1. Denganpensillilin, membagicawan petri patiagarmenjaditiga bagianlurusseperti yang
ditunjukkan. Beri label setiapbagian yang akandiinokulasidenganbakteri. Tambahkan
namadan tanggalke cawan petri.
2. Menggunakanteknik aseptik , streak (goresan) bakterisecara lurus masing-masing ke cawan petri
sesuai dengan kode yang telah dibuat.
5. Inkubasipiringselama 24 sampai48 jampada 35 °C.
62
Tahap ke 2
Periodekedua
1. Amatipadamasing-masinggaris-garispada plateskim mlikagar.Jikadaerahsekitar
garispertumbuhanterdapat zona bening berartipatitelahdihidrolisis, dantes inipositif; jika
disekitar garis pertumbuhan berubah biru, patibelumterhidrolisis, dantesnegatif.
J e n i s b a k t e r i I n d i k a t o r h i d r o l i s i s K e t e r a n g a n
3. Indikator terjadinya hidrolisis protein pada medium skim milk adalah ……………………..
Pustaka
Harley−Prescott:, 2002, Laboratory Exercises in Microbiology, Fifth Edition, The McGraw−Hill Companies, 449 p
Nilai Akhir:...............................................................................
63
MODUL 6: Uji aktivitas antibakteri
TOPIK 1. Hole-plate Diffusion Method
Uji aktivitas antibakteri dapat dilakukan diantaranya melalui metode diffusi, menggunakan teknik paper disc atau
hole-plate.Paper disc method merupakan metode yang paling sederhana.Kertas cakram steril diletakan secara
teratur di atas media agar yang telah diinokulasi dengan bakteri uji di dalam cawan petri. Kemudian bahan yang
akan diuji dipipetkan dengan volume tertentu tergantung dari ukuran kertas cakram. Terbentuknya zona jernih
yang merupakan zone penghambatan pertumbuhan merupakan indicator terjadinya aktivitas
antibakteri.Sedangkan metode hole-plate, menggunakan 2 lapis agar.Lapis pertama adalah agar keras dan lapis
ke dua adalah agar lunak yang telah diinokulasi dengan bakteri uji.Lubang sumuran dapat dibuat menggunakan
cetakan atau menggunakan alat pelubang agar.
Tujuan
1. Memahami prinsip kerja metode diffuse untuk uji aktivitas antibakyteri
2. Melakukan uji aktivitas antibakteri dengan metode hole-plate agar
Kompetensi
Prosedur Kerja
a. Bahan
1. antibiotic
2. mediumNutrien agar
3. Seed culture bakteri Bacillus dan Vibrio harveyii
b. Alat
1. cawan petri
2. wax pencil
3. pipet ukur
4. Bunsen burner
5. Inkubator
Hasil pengamatan
B a k t e r i U j i Konsentrasi antibiotik Diameter zona hambat
4. Jelaskan factor apa saja yang mempengaruhi besarnya diameter zone hambat
Nilai Akhir:............................................................................
65