Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi,
dkk, 2003). Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan
aktivitas kehidupan antara lain dapat dapat mengalami pertumbuhan, menghasilkan energi dan
bereproduksi dengan sendirinya. Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi
karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar
sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi
zat yang tinggi pula. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil, maka tidak ada tempat untuk
menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan. Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan
tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan.enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk
perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada.
Sekilas, makna praktis dari mikroorganisme disadari tertutama karena kerugian yang
ditimbulkannya pada manusia, hewan, dan tumbuh-tumbuhan. Misalnya dalam bidang
mikrobiologi kedokteran dan fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang pathogen
yang menyebabkan penyakit dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. Walaupun di bidang
lain mikroorganisme tampil merugikan, tetapi perannya yang menguntungkan jauh lebih
menonjol. Menurut Schlegel ( 1994) beberapa bukti mengenai peranan mikrobiologi dapat
dikemukakan sebagai berikut:
Di Jepang dan Indonesia sudah sejak zaman dahulu kacang kedelai diolah dengan menggunakan
bantuan fungi, ragi, dan bakteri asam laktat. Bahkan sudah sejak zaman perang dunia pertama
fermentasi terarah dengan ragi digunakan untuk membuat gliserin. Asam laktat dan asam sitrat
dalam jumlah besar yang diperlukan oleh industri makanan, masing-masing dibuat dengan
pertolongan bakteri asam laktat dan cendawan Aspergillus niger.
Produk Antibiotika
Penemuan antibiotik telah menghantarkan pada terapi obat dan industri obat ke era baru.
Karena adanya penemuan penisilin dan produk-produk lain sekresi fungi, aktinomiset, dan
bakteri lain, maka kini telah tersedia obat-obat yang manjur untuk memerangi penyakit infeksi
bakteri.
Fermentasi klasik telah diganti dengan cara baru untuk produksi dan konversi
menggunakan mikroba. Senyawa karotenoid dan steroid diperoleh dari fungi. Sejak ditemukan
bahwa Corynebacterium glutamicum memproduksi glutamat dengan rendemen tinggi dari gula
dan garam amonium, maka telah diisolasi berbagai mutan dan dikembangkan proses baru yang
memungkinkan pembuatan banyak jenis asam amino, nukleotida, dan senyawabiokimia lain
dalam jumlah besar. Mikroorganisme juga diikutsertakan oleh para ahli kimia pada katalisis
sebagian proses dalam rangkaian sintesis yang panjang; biokonversi oleh mikroba lebih spesifik
dengan rendemen lebih tinggi, mengungguli koversi secara kimia; amilase untuk hidrolisis pati,
proteinase pada pengolahan kulit, pektinase untuk penjernihan sari buah dan enzim-enzim lain
yang digunakan di industri diperoleh dari biakan mikroorganisme.
Beberapa bahan dasar yang terutama tersedia dalam jumlah besar, seperti minyak bumi,
gas bumi, dan selulosa hanya dapat diolah oleh mikroorganisme dan dapat mengubahnya
kembali menjadi bahan sel (biomassa) atau produk antara yang disekresi oleh sel.
Kejelasan mengenai mekanisme pemindahan gen pada bakteri dan peran dari unsur-unsur
ekstrakromosom, telah membuka kemungkinan untuk memindahkan DNA asing ke dalam
bakteri. Manipulasi genetik memungkinkan untuk memasukkan sepotong kecil pembawa
informasi genetik dari manusia ke dalam bakteri sehingga terjadi sintesis senyawa protein yang
bersangkutan. Kegiatan ini sering dilakukan dalam hal pembuatan hormon, antigen, dan antibodi.
Berdasarkan penjelasan di atas, mikroorganisme memiliki peranan yang cukup besar
dalam kehidupan, baik peranan yang merugikan maupun yang menguntungkan.
Materi fekal yang masuk ke dalam badan air, selain membawa bakteri patogen juga akan
membawa bakteri pencemar yang merupakan flora normal saluran pencernaan manusia,
misalnya E. coli. Kehadiran bakteri ini dapat digunakan sebagi indicator pencemaran air oleh
materi fekal.
Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi
kehidupan hewan, tumbuhan, dan manusia, misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan
fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang pathogen yang menyebabkan penyakit
dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. Meskipun demikian, masih banyak manfaat yang
dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut. Penggunaan mikroorganisme dapat
diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan, saperti bidang pertanian, kesehatan, dan
lingkungan. Beberapa manfaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut:
1. Bidang pertanian
Selain itu, mikroorganisme ini juga dapat digunakan sebagai agen pembusuk alami,
yang akan mendekomposisi sampah-sampah organik menjadi materi inorganik sehingga
dapat mengurangi kuantitas sampah, menyuburkan tanah dan dapat menjadi sumber nutrisi
bagi tumbuhan (Anonim a, 2006). Seorang peneliti dari Amerika Serikat yaitu Waksman
telah menemukan mikroorganisme tanah yang menghasilkan streptomisin, yaitu bakteri
Streptomyces.
Beberapa bahan makanan yang sampai saat ini dibuat dengan menggunakan
mikroorganisme sebagai bahan utama prosesnya, misalnya pembuatan bir dan minuman
anggur dengan menggunakan ragi, pembuatan roti dan produk air susu dengan bantuana
bakteri asam laktat, dan pembuatan cuka dengan bantuan bakteri cuka.
3. Bidang bioteknologi