PCR adalah suatu metode in vitro untuk menghasilkan sejumlah besar fragmen DNA spesifik dengan

panjang dan sekuens yang telah ditentukan dari sejumlah kecil template kompleks. PCR merupakan
suatu tekhnik sangat kuat dan sensitive yang dapat diaplikasi dalam berbagai bidang seperti biologi
molekuler, diagnostic, genetika populasi dan analisis forensik

PCR didasarkan pada amplifikasi enzimatik fragmen DNA dengan menggunakan dua oligonukleotida
primer yang komplementer dengan ujung 5 dari kedua rantai sekuens target. Oligonukleotida ini
digunakan sebagai primer (primer PCR) untuk memungkinkan DNA template dikopi oleh DNA
polymerase. Untuk mendukung terjadinya annealing primer ini pada template pertama kali
diperlukan pemisahan untai DNA yang double stranded melalui pemanasan. Suhu reaksi selanjutnya
diturunkan untuk membiarkan terjadinya perpasangan sekuens dan akhirnya reaksi polimerisasi
dilakukan oleh DNA polimeraseuntuk membentuk DNA komplementer. Proses ini dikenal dengan
siklus PCR.

Oleh karena produk terpolimerisasi baru tersebut berasal dari setiap primer dapat berperan sebagai
template untuk primer lain, maka setiap siklus dapat melipat gandakan jumlah fragmen DNA yang
dihasilkan pada siklus sebelumnya. Pengulangan siklus denaturasi, annealing primer pada sekuens
komplementernya danpengembangan primer yang teranealing tersebut dengan polymerase DNA
mengakibatkan amplifikasi segmen DNA. Hasil dari PCR ini adalah akumulasi eksponensial fragmen
target spesifik lebih dari berjuta kali lipat dalam beberapa jam. Teknik ini juga mampu
memperbanyak molekul target tunggal dalam suatucampuran RNA dan DNA kompleks.

Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu:

(1) pra-denaturasi DNA templat

(2) denaturasi DNA templat

(3) penempelan primer pada templat (annealing)

(4) pemanjangan primer (extension) dan

(5) pemantapan (postextension).

Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus), di mana pada setiap siklus
terjadi duplikasi jumlah DNA. Tahapan proses PCR dapat dilihat pada gambar.
Y = (2n – 2n)X

Y : jumlah amplicon

n : jumlah siklus

X : jumlah molekul DNA templat semula

Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Suatu Metode Analisis DNA Dalam Menjelaskan
Berbagai Fenomena Biologi.

(Random Amplified Polymorphic DNA Analysis Method and Biological Phenomena)

Evita ANGGEREINI

Program Studi Pendidikan Biologi, Jurusan P MIPA, FKIP Universitas Jambi Jl. Raya Jambi-Ma. Bulian
Km. 15, Mendalo Darat, JAMBI 36124

BiospeciesVolume 1 No 2, Juni 2008 hllm 73 – 76

Syarat mendesain primer biasa diantaranya kedua primer hendaknya tidak mengalami self
annealing  sehingga sekuen sepasang primer tidak saling komplemen, lalu khususnya pada ujung
3’, tidak terjadi primer -dimer, dan kedua  primer sebaiknya tidak mempunyai basa nukleotida T
pada ujung 3’ -nya karena akan menyebabkan mismatch

Rancangan primer PCR yang tepat adalah salah satu faktor yang paling penting dalam keberhasilan sekuensing DNA.

Keberhasilan reaksi PCR sangat ditentukan oleh beberapa faktor, yaitu: Deoksiribonukleotida trifosfat (dN-TP);
Oligonukleotida primer; DNA template; Susunan larutan bufer; Jumlah dauran reaksi; Enzim yang digunakan dan faktor
teknis lainnya, seperti pencemaran. Oligonukleotida primer (rancangan primer) memegang peran penting untuk kekhasan
terbesar dan keberhasil-gunaan PCR.

Primer yang baik ditentukan oleh beberapa sifat/cirinya yaitu: Panjangnya, Primer Melting Temperature (Tm), Primer
Annealing Temperature (Ta), Selisih Primer Melting Temperature (∆Tm), GC Content, GC Clamp, Secondary Structures,
Self−Complementary(SC) dan Pair−Complementary(PC), mengulang dan mengelolanya, kekhasan atau keunikan, panjang
hasilnya dan sisi keterbatasannya.

Syarat primer yang baik adalah memiliki panjang basa oligonukleotida antara 18-24 basa,
selanjutnya memiliki urutan basa-basa spesifik untuk melekat  pada DNA cetakan, selain itu tidak
terdapat basa-basa yang berkomplemen pada ujung 3’ sehingga terjadi dimer, dan komposisi basa
sitosin dan guanin adalah 50% dari seluruh basa. Selanjutnya dua primer yang di pasangkan
memiliki suhu melting yang tidak berbeda jauh

RANCANGAN PRIMER SPESIFIK GEN MACROPHAGE MANNOSE RECEPTOR (MMR) UNTUK

POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN SEKUENSING DEOXYRIBO NUCLEIC ACID(DNA)

{Macrophage Mannose Receptor Gene (MMR) Specific Primer Design for Polymerase Chain Reaction
(PCR) and DeoxyriboNucleic Acid (DNA) Sequencing}

Yani Triyani, Nurizzatun Nafsi, Lelly Yuniarti, Nanan Sekarwana, Endang Sutedja, Dida Ahmad
Gurnida, Ida Parwati, Bachti Alisjahbana