Vina Irene Sinurat

17032176/ Genetika Populasi

Resume

COVID-19/SARS-CoV-2/2019n-CoV
A. Virologi SARS-Cov-2
COVID-19 atau Corona Virus Disease adalah penyakit yang disebabkan oleh
coronavirus. SARS-Cov-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-
2) adalah jenis virus yang menyebabkan COVID-19 atau dikenal dengan 2019
Novel Coronavirus/ 2019 n- Cov. Virus ini diduga kemungkinan besar berasal
dari kelelawar di Wuhan, China pada akhir Desember 2019; teridentifikasi
menyerang system respiratori manusia karena adanya penyebaran (zoonosis)
virus tersebut dari kelelawar ke manusia (Gorbalenya, Baker, Baric et al.,
2020). Pada 30 Januari 2020, wabah akibat SARS-CoV-2 ditetapkan sebagai

wabah pandemik atau darurat kesehatan global oleh Organisasi Kesehatan

Dunia (WHO) (WHO, 2020).
a. Strukur SARS-CoV-2
 SARS-Cov-2 memiliki bentuk seperti mahkota bulat/ envelope dan
merupakan positive-sense single stranded RNA virus. Virus ini memiliki 2
struktur yaitu kapsid dan RNA. Pada kapsid terdapat protein membrane (M),
protein spike (S), protein envelope (E), protein Hemagglutinin Esterease Dimer
(HE) dan protein nukleokapsid(n) yang semua proteinnya dikodekan dalam
ujung 3’ genom virus. Struktur RNA nya dilindungi oleh protein nukleokapsid.
Protein S memanfaatkan urutan sinyal terminal-N untuk mendapatkan
akses ke ER(External Receptor). Protein S berbentuk lonjakan pada permukaan
pada virus sehingga memberi bentuk yang khas pada virus. Glikoprotein
trimerik S adalah protein fusi yang memediasi perlekatan virus pada reseptor
inang.
Protein M adalah protein kecil yang saling mengikat, menyusun
membrane virus. Studi terbaru menunjukkan kehadiran protein M sebagai
sebuah dimer pada virion, dan dapat mengadopsi dua konformasi yang berbeda
yang memungkinkan virus untuk meningkatkan kelengkungan membrane serta
mengikat nukelokapsid.
Protein E ditemukan dalam jumlah kecil dalam virion dan memiliki
ektodomain terminal-N dan endodomain terminal-C serta memiliki aktivitas
saluran ion. Protein E memfasilitasi perakitan dan pelepasan virus tetapi juga
memiliki fungsi lain dalam replikasi seperti untuk pathogenesis.
Protein N merupakan satu-satunya protein yang ada dalam
nukleokapsid. Protein N terdiri dari dua domain terpisah, domain N-terminal
(NTD) dan domain C-terminal (CTD), keduanya mampu mengikat RNA secara
in vitro, tetapi masing-masing domain menggunakan mekanisme yang berbeda
untuk mengikat RNA. Protein N mengikat genom virus dalam konformasi jenis
manik-manik.
Protein HE bertindak sebagai hemagglutinin, mengikat asam sialat pada
glikoprotein permukaan dan mengandung aktivitas asetil esterase. Kegiatan ini
 dianggap meningkatkan masuknya sel yang dimediasi protein S dan penyebaran
virus melalui mukosa( Fehr dan Perlman, 2016).
RNA virus merupakan positive-sense single stranded RNA. Genom
virus berjumlah 30kbp( Wu, Zhao, Yu et al., 2020).
b. Klasifikasi SARS-CoV-2
SARS-Cov-2 diklasifikasikan ke dalam ordo Nidovirales karena memiliki
bentukan mahkota atau halo seperti envelope glikoprotein. Coronaviridae
berhubungan dekat dengan Torovirus, yang memiliki kesamaan dalam bentuk,
serta protein penyusun virus tersebut( Gorbalenya, Baker, Baric et al., 2020).

Categories Coronaviruses
Realm : Riboviria
Order : Nidovirales
Suborder : Cornidovirineae
Family : Coronaviridae
Subfamily : Orthocoronavirinae
Genus : Betacoronavirus
Subgenus : Sarbecovirus
Species : SARS (Severe Acute Respiratory
Syndrome)
Individuum : SARS-Cov-2 Wuhan-Hu-1

(Gorbalenya, Baker, Baric et al., 2020)

c. Siklus
Hidup
1) Penempelan dan Masuk
Penempelan awal virion ke sel inang diawali oleh interaksi antara protein S
dan reseptornya. Situs domain pengikatan reseptor (RBD/ Receptor Binding
Protein) di dalam wilayah S1( terminal-C) dari protein S. Interaksi S-protein /
reseptor adalah penentu utama coronavirus untuk menginfeksi spesies inang dan
juga mengatur tropisme jaringan virus. Pada situs S1 terjadi pengikatan reseptor
inang (ACE2/ angiotensin-converting-enzyme-2), sedangkan pada situs S2 terjadi
mediasi virus dengan membran sel untuk berfusi oleh HR1 dan HR2. Lalu, virion
masuk ke dalam sel inang. Membran virion berfusi sehingga RNA dikeluarkan
menuju sitoplasma sel inang.
2) Replikasi dan Ekspresi Protein
Gen replicase mengkode dua ORFS besar, rep1a dan rep1b, yang
mengekspresikan dua poliprotein ko-terminal, pp1a dan pp1ab pada proses
translasi. Untuk mengekspresikan kedua poliprotein, virus menggunakan urutan
yang licin (5′-UUUAAAC-3 ′) dan pseudoknot RNA yang menyebabkan
pergantian bingkai ribosom dari frame pembacaan rep1a ke dalam ORF rep1b.
Poliprotein pp1a dan pp1ab masing-masing mengandung nsps 1–11 dan 1–16.
Dalam pp1ab, nsp11 dari pp1a menjadi nsp12 mengikuti ekstensi pp1a ke pp1b.
Coronavirus mengkode dua atau tiga protease yang membelah polyprotein yang
direproduksi.
Selanjutnya, banyak nsps berkumpul di dalam kompleks replicase-
transcriptase (RTC) untuk menciptakan lingkungan yang cocok untuk sintesis
RNA, dan akhirnya bertanggung jawab untuk replikasi RNA dan transkripsi RNA
sub-genomik. Selain fungsi replikasi, aktivitas lain, seperti memblokir respons
imun bawaan (nsp1; nsp16-2′-O-methyl transferase; nsp3-deubiquitinase) telah
diidentifikasi untuk beberapa nsps, dengan fungsi lain yang sebagian besar tidak
diketahui (nsp3-ADP -ribose-1 "-phosphatase; nsp15-endoribonuclease (NendoU))
juga diidentifikasi
3) Replikasi dan Transkripsi
Sintesis RNA virus mengikuti translasi dan perakitan kompleks replikasi
virus. Sintesis RNA virus menghasilkan RNA genomik dan sub-genomik. RNA
sub-genom berfungsi sebagai mRNA untuk gen struktural dan aksesori yang
berada di hilir polyprotein yang direproduksi. Diantara protein-protein ini, ada
yang berfungsi untuk pembentuk tubuh virus dan ada yang berfungsi untuk proses
replikasi/multiplikasi RNA. Sementara sebagian genome RNA lainnya digunakan
untuk sintesa RNA negatif. RNA negatif ini, kemudian dijadikan templet lagi
untuk sintesa RNA positif. Demikian seterusnya proses ini berlangsung
berulangkali. Dengan proses ini akhirnya RNA positif yang menjadi genom akan
bertambah banyak.
4) Perakitan dan Pelepasan
Setelah replikasi dan sintesis RNA subgenomik, protein struktural virus, S, E,
dan M diterjemahkan dan dimasukkan ke dalam retikulum endoplasma (ER).
Protein-protein ini bergerak di sepanjang jalur sekretoris ke kompartemen
menengah Golic-retgi endoplasma (ERGIC). Di sana, genom virus yang diringkas
oleh tunas protein N ke dalam membran ERGIC yang mengandung protein
struktural virus, membentuk virion dewasa. Setelah perakitan, virion diangkut ke
permukaan sel dalam vesikel oleh reseptor DPP4 dan dilepaskan secara
eksositosis( Fehr dan Perlman, 2016).

Gambar Siklus Hidup SARS-CoV-2 ( Song, Xu, Bao et al, 2019).

d. Patogenisitas
1. Coronavirus baru, memproduksi variasi antigen baru dan populasi
tidak memiliki imunitas terhadap strain mutan virus sehingga dapat
menyebabkan pneumonia.
2. Virus menyerang saluran pernapasan bawah, menggunakan ACE2
sebagai reseptor yang memediasi masuknya virus dengan cara
endositosis untuk menginfeksi sel dan mengakibatkan inflamasi
(Burhan, Isbaniah, Susanto dkk., 2020).
 Gambar Latar Belakang COVID-19 ( Guo, Cao, Hong et al., 2020)

e. Organisasi Genom

Organisasi genom SARS-CoV-2 (isolasi Wuhan-Hu-1, Aksesi GenBank

MN908947) (Wu, Zhao, Yu et al., 2020)
B. Metode Deteksi Suspect COVID-19
a. Pengecekan melalui Alat Pemindai Suhu dan
Alat pemindai suhu seperti thermal scanner, thermometer infrared dapat
digunakan untuk mengecek suhu tubuh manusia. Jika teridentifikasi suhu tubuh
meningkat (≥38ºC) atau tubuh dalam keadaan demam, maka harus dilakukan
observasi dan wawancara lebih lanjut. Pengamatan visual diperlukan terhadap
pelaku perjalanan yang menunjukkan ciri-ciri penderita COVID-19. Demam
merupakan salah satu respon imun tubuh di saat terjadi peningkatan aktivitas sel
imun sehingga memerlukan ATP(energi) lebih untuk memerangi benda asing yang
masuk ke dalam tubuh. Meningkatnya aktivitas sel imun mendorong sistem tubuh
lainnya untuk bekerja( Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian
Penyakit, 2020).
b. Real Time- Polymerase Chain Reaction COVID-19 (RT-PCR COVID-
19)
RT-PCR COVID-19 merupakan uji untuk deteksi kualitatif asam nukleat
dari SARS-CoV-2 pada spesimen pernapasan atas dan bawah (seperti swab
nasofaring atau orofaring, dahak, aspirasi saluran pernapasan bawah, lavage
bronchoalveolar, dan pencucian / aspirasi nasofaring atau nasal aspirasi) yang
dikumpulkan dari orang-orang yang diduga COVID-19 oleh petugas medis.
SARS-CoV-2 RNA umumnya dapat dideteksi dalam spesimen pernapasan selama
fase akut infeksi. Hasil positif menunjukkan adanya RNA SARS-CoV-2; korelasi
klinis dengan riwayat pasien dan informasi diagnostik lainnya diperlukan untuk
menentukan status infeksi pasien. Hasil positif tidak mengesampingkan infeksi
bakteri atau koinfeksi dengan virus lain. Agen yang terdeteksi mungkin bukan
penyebab penyakit yang pasti( FDA, 2020).
c. Rapid Test
Rapid test akan memeriksa antibodi yang efektif untuk mengetahui
seseorang terserang Covid-19. Sampel yang diambil pada rapid test adalah darah.
Meski virus corona tidak hidup dalam darah, namun seseorang yang terinfeksi
virus corona akan membentuk antibodi atau Immunoglobulin yang bisa dideteksi
darah. Jadi, immunoglobulin inilah yang dapat dideteksi saat rapid test. Waktu
yang dibutuhkan yaitu selama 20 menit untuk mendapatkan hasil apakah sampel
mengandung antibodi atau tidak. Namun, Rapid Test hanya dapat mengindikasikan
pasien yang berada pada fase symptomatic; karena pada masa symptomatic
terbentuk antibody pada tubuh dan begitu juga sebaliknya. Rapid test juga tidak
akurat, sehingga harus dilakukan test RT-PCR untuk diketahui apakah suspect
positif COVID-19 atau ngatif COVID-19. (CNBC Indonesia, 2020).
C. Analisis Pemeriksaan Sampel Suspect COVID-19 di Laboratorium
Biologi Universitas Negeri Padang
Untuk memeriksa sampel suspect COVID-19 harus dengan standar
Laboratorium (BSL yang ditetapkan oleh WHO. Menurut WHO Biosafety Level
untuk laboratorium dengan tujuan uji spesimen secara molekuler adalah BSL-2.
Sedangkan Biosafety Level untuk laboratorium dengan tujuan kultur atau
perbanyakan virus minimum pada tingkat BSL-3. Untuk menganalisis
pemeriksaan sampel suspect COVID-19 harus menggunakan Laboratorium dengan
BSL-2. Laboratorium Biologi dengan BSL-2 adalah Laboratorium Mikrobiologi,
Laboratorium Bioeknologi, dan Laboratorium Peneitian. Lab ini dapat digunakan
untuk pemeriksaan sampel dengan syarat memenuhi perlengkapan peneliti dalam
bekerja, lab dalam keadaan bersih, tidak banyak barang yang tidak diperlukan atau
barang yang tidak seharusnya berada di dalam lab, melengkapi atau membeli alat
yang sudah rusak dan autoclave harus berada di ruangan yang berbeda dengan
ruangan bekerja. Pintu harus berada dalam keadaan tertutup, dan orang yang tidak
berkepentingan atau tidak bekerja dalam lab tidak diperkenankan untuk masuk.
Laboratorium Fisiologi Tumbuhan tidak dapat digunakan dalam pengujian sampel
supect COVID-19 karena autoclave berada di dalam ruangan bekerja.
 DAFTAR KEPUSTAKAAN

Burhan, Erlina., Isbaniah, Fathiyah., Susanto, A.Dwi., dkk. 2020. Pnemonia COVID-
19: Diagnosis dan Penatalaksanaan di Indonesia. Jakarta: Perhimpunan
Dokter Paru Indonesia.
CNBC Indonesia. 2020. Jangan Bingung, Ini Cara Kerja Rapid Test Covid-19.
https://www.cnbcindonesia.com/tech/20200327185948-37-148074/jangan-
bingung-ini-cara-kerja-rapid-test-covid-19 diakses pada 27 Maret 2020.
Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit. 2020. Pedoman
Kesiapsiagaan Menghadapi Coronavirus Disease (COVID-19). Jakarta:
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia.

FDA. 2020. Acceleratd Emergency Use Authorization (EUA) Summary COVID-19

RT-PCR Test. https://www.fda.gov/media/136151/download diakses pada
02 Februari 2020.

Fehr, A.R., Perlman, Stanley.2015. Coronaviruses: An overview of their replication

and pathogenesis. Methods Mol Biol. Vol(1282): 1-23.

Gorbalenya, A.E., Baker, S.C., Baric, R.S. et al. 2020.  The species Severe acute
respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and
naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol 5, 536–544.

Guo, Y., Cao, Q., Hong, Z. et al. 2020. The origin, transmission and clinical therapies
on coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak – an update on the
status. Military Med Res 7, 11.

Song, Zhiqi., Xu, Yanfeng., Bao, Linlin. et al. 2019. From SARS to MERS, thrusting
Coronaviruses into the Spotlight. Viruses. Vol11(1): 59.

WHO, 2020. Coronaviruses disease (COVID-19) pandemic.

https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019

Wu, F., Zhao, S., Yu, B. et al. 2020. A new coronavirus associated with human
respiratory disease in Chin. Nature 579(7798): 265-269.