LAPORAN PRAKTIKUM

GENETIKA PERTANIAN

SIKLUS SEL, PENGAMATAN KROMOSOM , DAN ISOLASI DNA TANAMAN

Fitria Yasmin Mazaya – 19/445786/PN/16301 – B3 / 3

INTISARI

Kata kunci:

PENDAHULUAN
Pemuliaan tanaman adalah salah satu aspek penting yang menjadi perhatian dalam
bidang pertanian dengan tujuan untuk meningkatkan produktivitas pertanian (Hayward et al.,
1993). Pemuliaan tanaman atau plant breeding memiliki kaitan erat dengan genetika
tanaman dan juga perombakkannya untuk mendapat tanaman dengan varietas yang unggul.
Dalam upaya untuk mendapat varietas unggulan, beberapa hal yang dapat dilakukan adalah
melakukan rekayasa genetika dengan kloning DNA, serta teknik penggandaan kromosom
dan juga isolasi DNA (Mangoendidjojo, 2003).
Isolasi DNA, dalam Maftuchah et al. (2014), adalah salah satu tahapan yang harus
dilakukan dalam analisis DNA, dan hasilnya dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti
kualitas tanaman serta perlakuan ketika melakukan isolasi DNA pada bagian tanaman.
Selain isolasi DNA tanaman, terdapat hal lain yang penting untuk diamati dalam pemuliaan
tanaman yaitu siklus sel yang kemudian berkaitan dengan pengamatan kromosom tanaman.
Dalam siklus sel terdapat beberapa fase, salah satunya adalah fase mitosis dimana sel
sudah bereplikasi dan terjadi empat tahap pembelahan sel yaitu profase, metafase, anafase,
dan telofase (Fukui, 2017). Dalam salah satu fase pembelahan tersebut dapat dilakukan
manipulasi untuk mendapatkan tanaman dengan varietas unggulan dan meningkatkan
produktivitas pertanian. Proses poliplodisasi, atau polyploidization, merupakan salah satu
upaya dalam pemuliaan tanaman yang dilakukan dengan menggunakan senyawa kolkisin
untuk meningkatkan hasil panen atau mengubah morfologi suatu tanaman (Noori et al.,
2017).
 Pada praktikum genetika pertanian acara I dan VI dilakukan pengamatan berturut
turut terhadap siklus sel dan kromosom tanaman serta isolasi DNA. Tujuan dari
dilaksanakannya pengamatan tersebut adalah mengetahui ciri khas dari kromosom selama
siklus sel dan membandingkan sel poliploidiasi dengan sel normal. Selain itu, pada
pengamatan isolasi DNA, hal yang menjadi tujuan pengamatan adalah pengukuran
kuantitas dan kualitas DNA yang sudah diisolasi serta mengetahui teknik isolasi DNA
dengan beberapa metode.
BAHAN DAN METODE
Praktikum genetika pertanian acara I “Siklus Sel dan Pengamatan Kromosom” dan
acara VI “Isolasi DNA Tanaman” dilaksanakan pada Rabu, 22 Maret 2020 melalui kelas
daring dengan hasil pengamatan diberikan oleh asisten praktikum. Pada acara I digunakan
bahan yaitu bawang merah (Allium cepa L.) atau shallot, larutan fiksatif Carnoy, zat pewarn
aceto carmine, serta alat seperti object class, de glass, tusuk gigi, silet, dan spiritus. Pada
acara VI bahan yang digunakan terbagi menjadi 2 sesuai dengan metode yang digunakan.
Pada metode isolasi DNA sederhana digunakan bahan diantaranya garam dapur, sabun
cuci piring, buah stroberi, mangga, pepaya, etanol atau isopropanol, dan aquadestilata
dengan alat yaitu plastik klip, gelas beker, serta kertas saring. Untuk acara VI metode cepat
(kit) bahan yang digunakan adalah beberapa daun tanaman dan kit dari produsen
Thermofisher.
Teknis pelaksanaan praktikum acara I adalah pertama-tama bawang merah
ditumbuhkan hingga muncul akar yang kemudian dipotong ujungnya sepanjang 4mm pada
pukul 09.00-10.00. Potongan akar kemudian dimasukkan pada larutan fiksatif carnoy selama
15-20 menit dan selanjutnya direndam dalam aceto carmine 0,5% dan dipanaskan agar
warna meresap dalam akar. Selanjutnya ujung akar ditaruh dalam object glas dan ditutup
dengan de glass lalu preparat diamati menggunakan mikroskop.
Pada acara VI, metode yang dilakukan terbagi menjadi 2 yaitu sederhana dan
dengan kit. Urutan teknis pengerjaan metode isolasi DNA sederhana dimulai dari buah
dimasukkan dalam plastik klip dan dihaluskan. Kemudian larutan lisis dibuat dengan sabun
cuci piring dan garam dalam 100ml aquadestilata dan dimasukkan ke dalam plastik klip.
Setelahnya isi plastik dituang ke gelas beker melalui kertas saring dan ditambahkan alkohol
hingga terjadi pemisahan. DNA kemudian akan mengendap di atas permukaan gelas beker.
Berbeda dengan isolasi DNA sederhana, pada isolasi DNA cepat sampel daun
ditimbang dan dimasukkan ke micro tube yang kemudian dimasukkan dua butir gotri dan
buffer lisis A sebanyak 350 mikro liter. Setelahnya micro tube ditaruh dalam grinder selama
20 detik sebanyak 2 kali. Kemudian buffer lisis B 50 mikro liter dan RNAse 20 mikro liter
dimasukkan dan divortex 1 menit. Larutan kemudian diinkubasi 10 menit pada water bath
dan ditambahkan precipitation solution sebanyak 130 mikro liter dan diinkubasi kembali
pada lemari pendingin. Setelahnya larutan disentrifugasi 5 menit dengan kecepatan 14000
rpm sehingga akan terbentuk supernatant yang diambil sebanyak 400 mikro liter dan
dimasukkan dalam micro tube lainnya.
Setelahnya, micro tube diisi dengan binding solution 400 mikro liter dan divorteks 1
menit dan diambil 600 mikro liter untuk dimasukkan pada filter column dan disentrifugasi 1
menit pada kecepatan 8000 rpm. Tahapan tersebut kemudian diulang menggunakan sisa
larutan yang sama. Setelahnya endapat DNA pada filter column dicuci dan disentrifugasi 1
menit dalam 10000 rpm dengan wash buffer 1 500 mikro liter. Selanutnya ditambahkan
wash buffer 2 dan disentrifugasi 3 menit dalam 10000rpm. Setelahnya, spin column
dipindahkan pada microtube yang baru dan ditambahkan elution buffer 100 mikro liter di
tengahnya. Larutan kemudian diinkubasi dan disentrifugasi dengan kecepatan 1000rpm.
Setelahnya larutan disimpat dalam suhu 4 atau -20 derajat celcius untuk penyimpanan
jangka panjang.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Tanaman mengalami pembelahan sel dalam siklus selnya, dan dalam pertumbuhan
vegetatifnya yang dimulai dari fase metabolisme serta kemudian fase mitosis. Pada kedua
fase ini, kromosom bermorfologi dan dapat diamati. Fase mitosis kemudian dibagi menjadi
fase profase, prometafase, metafase, anafase, dan telofase (Fukui, 2017). Sel sejatinya
memiliki susunan berpasangan diploid (2n), namun demikian untuk mendapatkan varietas
yang lebih baik dilakukan poliploidisasi. Poliploidisasi merupakan suatu upaya untuk
melakukan doubling pada sel yang sejatinya diploid (Hayward et al., 1993). Tujuan dari
poliploidisasi selain untuk mendapatkan varietas yang lebih baik juga dapat digunakan untuk
membuat varietas yang tahan akan cekaman abiotik (Noori et al., 2017). Pada pengamatan
pembelahan sel, fase metafase adalah fase yang paling sering diamati karena pada fase
tersebut kromosom telah terkondensasi pada bagian benang spindel atau microtubulenya
(Fukui, 2017).
Pengamatan kromosom dilakukan dengan menggunakan metode squash atau
metode pewarnaan pada saat sel sedang aktif membelah (Fukui, 2017). Pada metode ini,
biasanya kromosom yang diamati adalah yang datang dari komoditas berkromosom besar
seperti pada genus Lilium. Tanaman bawang merah (Allium cepa L.) digunakan pada
praktikum ini karena memiliki kromosom besar seperti tanaman lili yang sama –sama
memiliki bentuk bulbus (bulb) (Fukui, 2017).
Tabel 1. Hasil pegam atan kromosom tanaman
Fase Mitosis Kontrol Kolkisin
 Profase

Metafase

Anafase

Telofase

Berdasarkan hasil pengamatan pada kromosom bawang merah menggunakan

metode squash atau pewarnaan, didapatkan hasil pengamatan untuk kontrol berjalan seperti
biasanya pada fase mitosis mulai dari profase hingga telofase sedangkan pada perlakuan
kolkisin hanya sampai pada taham metafase karena setelahnya benang spindel tidak
terbentuk dan kromosom tidak terkondensasi. Kolkisin, dalam Noori et al. (2017),
merupakan senyawa yang digunakan untuk mendapatkan hasil poliploidisasi pada sel
tanaman. Pada tanaman yang diberi kolkisin, benang spindel tidak muncul, karenanya sel
tidak bereplikasi sebagaimana sel diploid seharusnya. Pada tanaman dengan perlakuan
kontrol (normal), benang spindel terbentuk dan terkondensasi pada proses metafase
sehingga kemudian sel dapat bereplikasi dengan sempurna sampai dengan tahap telofase.
Pengamatan pada siklus sel dan kromosom tidak lepas dari keberadaan DNA itu
sendiri. DNA atau Deoxyribo Nucleic Acid merupakan gen yang berisi materi genetik dan
terdapat pada sel makhluk hidup. Berbeda dengan sel yang mengandung DNA pada hewan,
sel tanaman memiliki dinding sel yang tebal sehingga akan berpengaruh dalam usaha untuk
mengisolasi sel DNA tanaman (Fukui, 2017). Karenanya, bagian tanaman yang akan
diisolasi haruslah dalam keadaan segar dan sedapat mungkin disimpan dalam lemari
pendingin untuk penyimpanan jaringan jangka pendek, atau dilakukan penyimpanan beku
untuk penyimpanan jaringan jangka panjang (Maftuchah et al., 2014).
Isolasi DNA itu sendiri merupakan usaha untuk memisahkan DNA dari bagian sel
yang lain dan ketika dilakukan harus memperhatikan beberapa hal seperti buffer yang
digunakan karena dapat mempengaruhi hasil isolasi DNA. Tanaman merupakan makhluk
hidup yang memiliki struktur sel eukariotik, karenanya, proses isolasi DNA dimulai dari tahap
menghancurkan dinding sel, kemudian memisahkan dan menghilangkan RNA dan protein,
serta proses pengendapan DNA itu sendiri (Maftuchah et al., 2014). Terdapat berbagai
macam metode untuk ekstraksi atau isolasi DNA tanaman yang sudah dikembangkan dan
dalam praktikum ini dilakukan metode sederhana dan metode cepat menggunakan kit.
Perbedaan yang paling terlihat dari kedua metode ini adalah waktu pengerjaan dan juga
tingkat akurasi sampel.
Menurut Arfa et al. (2018), isolasi DNA menggunakan sabun atau garam (metode
sederhana) lebih murah namun konsentrasi DNA yang dihasilkan tidak dapat setinggi ketika
digunakan metode kit menggunakan CTAB atau cetyl trimethyl ammonium bromide.
Ekstraksi DNA menggunakan metode kit juga lebih cepat dan dapat digunakan untuk
mendeteksi sampel yang lebih banyak. Pada metode kit digunakan buffer yang senyawa
campurannya diproduksi oleh pembuat kit dengan fungsi untuk mengisolasi DNA sedangkan
pada metode sederhana, detergen (sabun) digunakan untuk melisiskan sel (Fitriya et al.,
2015).
Tabel 2. Hasil kuantifikasi DNA tanaman

Metode Jenis Sampel Konsentrasi Kemurnian

DNA Stroberi
Sederhana 200 1
Konvensional
DNA Pepaya
200 2
Konvensional
DNA Mangga
899 1,286
Konvensional
DNA Stroberi
Kit (Secara cepat) 300 1,5
CTAB
DNA Pepaya
300 1
CTAB
DNA Mangga
1498 1,875
CTAB
Blangko 2000 2
 Berdasarkan hasil pengamatan, pada metode sederhana untuk DNA stroberi,
pepaya, dan mangga berturut-turut didapatkan konsentrasi 200, 200, dan 899 dengan
kemurnian 1, 2, dan 1.286. Pengukuran dengan metode kit menunjukkan hasil konsentrasi
berturut turut pada stroberi, pepaya, dan mangga 300, 300, dan 1498 dengan kemurnian
1.5, 1, dan 1.875. Menurut Heller (2003) rasio A260/A280 yang digunakan dalam isolasi
DNA menunjukkan tingkat kemurnian dimana kemudian DNA dikatakan memiliki kemurnian
tinggi atau murni jika berada dalam rentang 1,7 – 1,9. Pada Sambrook et al. (1989) cit Arfa
et al. (2018) dikatakan DNA murni memiliki rentang 1,8 – 2,0. Karenanya, berdasarkan
pengamatan pada metode sederhana maka pepaya konvensional termasuk ke dalam DNA
murni sedangkan pada metode kit yang termasuk DNA murni adalah mangga. Dalam Heller
(2003) disebutkan bahwa jika tingkat rasio kemurnian rendah, hal tersebut dapat
dipengaruhi oleh adanya kontaminasi dari protein yang tersisa saat isolasi DNA. Hal
tersebut kemudian dapat dilihat pada tingkat rasio kemurnian metode sederhana yang
cenderung lebih rendah dan dapat menjadi indikasi adanya kontaminasi protein.
KESIMPULAN
Sebagai kesimpulan, dalam siklus sel terdapat tahap metabolisme dan mitosis
dimana mitosis dibagi menjadi empat tahap yaitu profase, metafase, anafase, dan telofase.
Berdasarkan pengamatan pada sel yang diberikan kolkisin mitosis hanya sampai pada
tahap metafase sebagai akibat pemberian kolkisin yang mengehentikan terjadinya
kondensasi kromosom pada tahap metafase. Kemudian, pada isolasi DNA tanaman, rasio
kemurnian dan konsentrasi yang dihasilkan melalui metode kit cenderung lebih tinggi
ketimbang menggunakan metode sederhana. Hal tersebut dapat dipengaruhi oleh adanya
kontaminasi protein yang mungkin masih tertinggal saat isolasi DNA menggunakan metode
sederhana.

DAFTAR PUSTAKA
Maftuchah
Arfa
Fitriya
Fukui
Noori
Hayward
Mangoendidjojo
 LAMPIRAN
Jurnal
Gambar kromosom mitosis kontrol dan kolkisin