1) Bakteri
Ada berbagai macam bakteri yang berperan penting dalam industri khususnya
proses fermentasi, antara lain sebagai berikut (Anonim, 2010):
1. Acetobacter acetii
Bakteri ini penting dalam produksi asam asetat yang mengoksidasi alkohol
sehingga menjadi asam asetat. Banyak terdapat pada ragi tapai, yang
menyebabkan tapai yang melewati 2 hari fermentasi akan menjadi berasa asam.
2. Acetobacter xylinum
3. Bacillus sp.
Bacillus sp. merupakan genus dengan kemampuan yang paling luas.
Pada mulanya hanya digunakan untuk menghasilkan enzim amilase. Namun kini
berkembang untuk bioinsektisida yang diwakili Bacillus thuringiensis maupun
untuk penanganan limbah Bacillus subtilis dan Bacillus megaterium. Melalui
rekayasa genetika, kini bakteri ini juga digunakan untuk produksi bahan baku
plastik ramah lingkungan.
4. Bividobacterium sp.
Bakteri ini bersifat anaerob dan digunakan sebagai mikroba probiotik.
Produk probiotik dari bakteri ini biasanya berbentuk padat.
5. Lactobacillus sp.
Bakteri ini cukup populer karena selain dapat digunakan dalam produksi
asam lakat juga berperan dalam fermentasi pangan seperti yogurt, saurkeraut dan
juga produk probiotik yang saat ini banyak diminati masyarakat. Probiotik
merupakan mikrobia yang dikonsumsi untuk mengatur flora usus. Asam laktat
dari bakteri ini dapat dibuat poli asam laktat sebagai bahan baku plastik ramah
lingkungan.
2) Khamir
Khamir ada yang yang bermanfaat dan ada pula yang membahayakan
manusia. Khamir banyak dimanfaatkan dalam bidang industri yaitu proses
fermentasi pada pembuatan roti, bir, wine, vinegar dan sebagainya. Khamir yang
tidak diinginkan adalah yang ada pada makanan dan menyebabkan kerusakan
pada saurkraut, jus buah, sirup, molase, madu, jelly, daging dan sebagainya.
3) Jamur
a) Suhu
· Mikroba psikofil/kriofil dapat tumbuh pada suhu antara 0o C-30o C, dengan suhu
optimum 15OC. Kebanyakan tumbuh ditempat-tempat dingin, baik di daratan
maupun dilautan.
· Mikroba termofil mempunyai suhu pertumbuhan antara 40-75 oC, dengan suhu
optimum 55-60oC.
b) Kelembaban
c) pH
d) Ion-ion logam
Ion-ion logam berat seperti Hg, Ag, Cu, Au dan Pb pada kadar yang sangat
rendah dapat bersifat toksik. Daya bunuh logam berat pada kadar rendah disebut
oligodinamik. Ion-ion logam dapat mengganggu sistem enzim sel. Misalnya Hg +
+
akan bergabung dengan gugus sulfidril (-SH) dalam enzim sehingga aktivitas
enzim dengan gugus aktif sulfidril akan terhambat aktivitasnya. Ion-ion Li ++ dan
Zn++ bersifat toksik bagi Lactobacillus dan Leuconostoc, namun demikian jika Ph
diturunkan maka peracunan Li++ dan Zn++ dapat dikurangi.
e) Iradiasi
Radiasi pengion dicirikan oleh energi yang sangat tinggi dan kemampuan
penetrasi yang besar. Demikian juga sifat letalnya. Penggunaan radiasi pengion
terutama pada bidang farmasi, kedokteran,proses industri, serta digunakan dalam
bidang mikrobiologi, misalnya menggunakan sinar ultraviolet dan sinar gamma.
Penggunaan lain UV pada bidang industri bahan makanan adalah pada
ruang pendingin yang dipergunakan untuk menyimpan daging. Tujuannya dalah
untuk menunda pertumbuhan mikroba permukaan. Iradiasi ultraviolet dengan
internsitas 2 mW/cm2 terhadap pseudomonas pada daging dapat mengurangi
kecepatan pertumbuhannnya menjadi 85% bila dibandingkan dengan kontrol, dan
akan menjadi 75% bila intensitas pada permukaan 24 mW/cm2.
Dari segi perindustrian, mikroba merupakan pabrik zat kimia yang mampu
melakukan perubahan yang dikehendaki. Mikroba merombak bahan mentah dan
mengubah bahan mentah menjadi suatu produk baru. Beberapa prasyarat yang
harus dipenuhi dalam proses mikrobiologi industri, antara lain (Waluyo, 2005):
a. Organisme
Organisme yang akan digunakan harus dapat menghasilkan produk dalam jumlah
yang cukup banyak. Karakteristik penting yang harus dimiliki mikroorganisme
industri yaitu harus tumbuh cepat dan menghasilkan produk yang diharapkan
dalam waktu yang relatif singkat, memiliki sifat-sifat genetik yang stabil, mampu
menghasilkan substansi yang menarik, serta dapat dipelihara dalam periode waktu
yang sangat panjang di laboratorium. Mikroba yang digunakan dalam industri
adalah kapang, khamir, bakteri, dan virus.
b. Medium
Substrat yang digunakan oleh organisme untuk membuat produk baru harus murah
dan tersedia dalam jumlah yang banyak. Misalnya, limbah yang banyak
mengandung nutrisi dari industri persusuan dan industri kertas untuk
menghasilkan bahan-bahan yang bernilai tinggi.
c. Hasil
d. Tidak berbahaya bagi manusia, dan secara ekonomik penting bagi hewan dan
tumbuhan.
e. Bersifat non-patogen dan bebas toksin, atau jika menghasilkan toksin harus cepat
di-inaktifkan.
g. Mikroorganisme lebih disukai jika berukuran besar, karena sel lebih mudah
dipindahkan dari biakan dengan penyaringan (dengan bahan penyaring yang
relatif murah). Sehingga, fungi, ragi, dan bakteri berfilamen lebih disukai. Bakteri
unisel, berukuran kecil sehingga sulit dipisahkan dari biakan cair.
1. Antibiotika
venezuelae)
Streptomyces griseus
Bahan antibiotik yang sudah diketahui, lebih dari 8.000, dan beberapa ratus
antibiotika ditemukan dalam beberapa tahun. Dan sejumlah peneliti mempercayai
bahwa berbagai antibiotika baru dapat ditemukan lagi jika penelitian dilakukan
terhadap kelompok mikroorganisme selain Streptomyces, Penicillium,
dan Bacillus. Sekali diketahui urutan struktur gen mikroorganisme penghasil-
antibiotika, dengan teknik rekayasa genetika memungkinkan pembuatan
antibiotika baru.
Antibiotika Contoh
1. Antibiotika mengandung-karbohidrat
- Aminoglikosida Streptomisin
- Ortosomisin Everninomisin
- N-glikosida Streptotrisin
- C-glikosida Vankomisin
- Glikolipid Moenomisin
2. Lakton makrosiklik
- Ansamisin Rifamisin
- Makrotetrolida Tetranaktin
- Antibiotika nukleosida
- Antibiotika polieter
Sikloheksimida
7. Turunan alisiklik
Asam fusidat
- Turunan sikloalkan
- Antibiotika steroid
Kloramfenikol
8. Antibiotik aromatik
Griseofulvin
- Turunan benzen
Novobiosin
- Antibiotika aromatik terkondensasi
9. Antibiotika alifatik
Suatu antibiotika yang dihasilkan secara komersial, pada awalnya harus
berhasil diproduksi pada fermentor industri berskala-besar. Salah satu gugus-tugas
penting adalah pengembangan efisiensi metode pemurnian. Metode elaborasi
(yang terperinci) sangat penting dalam ekstraksi dan pemunian antibiotika, karena
jumlah antibiotika yang terdapat dalam cairan fermentasi hanya sedikit.
Jika antibiotika larut dalam pelarut organik yang tidak dapat bercampur
dengan air, maka pemurniannya relatif lebih mudah, karena memungkinkan untuk
mengekstraksi antibiotika ke dalam suatu pelarut bervolume kecil, sehingga lebih
mudah mengumpulkan antibiotika tersebut. Jika antibiotika tidak larut dalam pelarut,
selanjutnya harus dipindahkan dari cairan fermentasi melalui adsorpsi, pertukaran
ion, atau presipitasi secara kimia. Pada semua kasus, tujuannya untuk
tidak mudah terkristalisasi dan sulit dimurnikan. Masalah yang berhubungan adalah,
kultur sering menghasilkan produk akhir lain, termasuk antibiotika lain, dalam hal
ini penting mengakhiri proses dengan suatu produk yang hanya terdiri dari
antibiotik tunggal. Pemurnian secara kimia mungkin dibutuhkan untuk
mengembangkan metode dalam rangka menghilangkan produk sampingan yang
tidak diharapkan, tetapi dalam beberapa kasus hal tersebut penting untuk ahli
mikrobiologi untuk menemukan strain yang tidak menghasilkan senyawa kimia
dan tidak diharapkan.
2. Vitamin
Vitamin merupakan faktor pertumbuhan yang sering digunakan dalam farmasi
atau ditambahkan kepada makanan. Beberapa vitamin yang penting, dihasilkan
secara komersial melalui proses mikrobiologi. Vitamin digunakan sebagai
tambahan pada makanan manusia dan pakan ternak. Produksi vitamin, berada
kedua setelah antibiotika dalam hal penjualan total produk farmasi dengan nilai
lebih dari $ 700 juta per tahun. Sebagian besar vitamin dibuat secara komersial
melalui sintesis bahan kimia. Sejumlah vitamin terlalu sulit disintesis dengan
biaya murah tapi keuntungannya vitamin dapat dibuat dengan fermentasi
mikrobial. Vitamin B12 dan riboflavin yang terpenting dalam kelompok vitamin.
Asam amino digunakan secara luas dalam industri makanan, tambahan pakan,
dalam obat, dan sebagai bahan pemula pada industri kimia. Sebagian besar asam
amino yang penting secara komersial adalah asam glutamat, yang digunakan
untuk meningkatkan rasa. Dua asam amino yang juga penting, asam aspartat dan
fenilalanin, yang menyusun bahan pemanis buatan, aspartat, merupakan unsur
penting dalam minuman ringan diet dan makanan lain yang dijual sebagai
produk bebas-gula. Lisin, merupakan asam amino esensial untuk manusia, dihasilkan
oleh Brevibacterium flavum, juga digunakan sebagai tambahan makanan.
Meskipun sebagian besar asam amino dapat dibuat secara kimia, sintesis bahan
kimia menyebabkan pembentukan bentuk DL inaktif. Jika secara biokimia bentuk
L dibutuhkan, maka diperlukan metode enzimatik atau metode mikrobiologi pada
pembuatannya. Produksi asam amino secara mikrobiologi juga dapat melalui
fermentasi langsung, dimana mikroorganisme menghasilkan asam amino dalam
suatu proses fermentasi standar, atau melalui proses enzimatik, dimana
mikroorganisme sebagai sumber enzim dan enzim tersebut digunakan dalam
proses produksi.
4. Enzim
dalam jumlah yang kecil dan dilibatkan dalam proses seluler. Bagaimanapun, enzim
tertentu dihasilkan dalam jumlah yang besar oleh beberapa organisme, dan
dibutuhkan dalam sel, dikeluarkan ke dalam medium. Enzim ekstraseluler biasanya
dapat menguraikan bahan nutrien yang tak-larut misalnya selulosa, protein, pati,
dan hasil pencernaan selanjutnya diangkut ke dalam sel, dimana enzim digunakan
sebagai nutrien untuk pertumbuhan. Beberapa enzim ekstraseluler digunakan
dalam makanan, perusahaan susu, pabrik obat, dan industri tekstil dan dihasilkan
dalam jumlah yang besar melalui sintesis mikrobiologi. Enzim tersebut sering
digunakan karena spesifisitas dan efisiensi pada reaksi katalisis yang dibutuhkan,
pada suhu dan pH yang wajar. Reaksi yang sama dapat dicapai dengan bahan
kimia yang umumnya membutuhkan kondisi suhu dan pH ekstrim, dan kurang
efisien dan kurang spesifik.
Secara komersial enzim dihasilkan dari fungi dan bakteri. Proses produksi
biasanya aerobik, dan medium biakan sama dengan yang digunakan pada fermentasi
antibiotik. Enzim itu sendiri umumnya hanya sedikit dibentuk selama fase
pertumbuhan aktif tetapi akumulasi dalam jumlah besar terjadi selama fase
stasioner pertumbuhan.
Enzim mikroorganisme dihasilkan dalam jumlah yang sangat banyak pada
suatu industri dasar adalah protease bakteri, digunakan sebagai tambahan dalam
deterjen pencuci. Sejak tahun 1969, 80% deterjen pencuci mengandung enzim,
khususnya protease, juga amilase, lipase, reduktase, dan enzim lain. Tetapi mulai
tahun 1971, penggunaannya menurun setelah terjadi alergi pada pemakai dan
konsumen, sehingga dikembangkan teknik pemrosesan khusus
misalnya ‘microencapsulation’ untuk menjamin pengolahan bebas-debu.
Enzim penting lain yang dibuat secara komersial adalah amilase dan
glukoamilase, yang digunakan dalam produksi glukosa dari pati. Setelah
dihasilkan glukosa, selanjutnya dengan bantuan glukosa isomerase akan diubah
menjadi fruktosa (yang lebih manis dari glukosa dan sukrosa) dan menghasilkan
produk akhir pemanis fruktosa-tinggi dari pati jagung, gandum, atau kentang.
Penggunaan proses tersebut dalam industri makanan mengalami peningkatan,
khususnya dalam produksi minuman ringan.
Tiga reaksi yang terjadi dalam perubahan pati jagung menjadi produk yang
Koagulasi susu
Mengobati pasien
karena
serangan
jantung
PCR/polymerase
chain reaction
Meningkatkan
rasa,
menghilangka
n noda
1. Wine
“Wine” merupakan produk fermentasi alkohol oleh ragi pada jus buah atau
bahan lain yang mengandung gula tinggi. Sebagian besar “wine” dibuat dari
anggur, kecuali kalau dikhususkan untuk produk lain, “wine” dunia mengarah
pada produk yang dihasilkan dari fermentasi jus anggur. Wine pertamakali dibuat
di Mesir dan Mesopotamia sebelum tahun 2000 S.M. dan menyebar luas ke daerah
Mediterania.
C. Produksi Vaksin
a) Benih Virus
Produksi vaksin dimulai dengan sejumlah kecil virus tertentu (atau disebut
benih). Virus harus bebas dari ‘kotoran’, baik berupa virus yang serupa atau
variasi dari jenis virus yang sama. Selain itu, benih harus disimpan dalam kondisi
“ideal”, biasanya beku, yang mencegah virus menjadi lebih kuat atau lebih lemah
dari yang diinginkan. Benih disimpan dalam gelas kecil atau wadah plastik.
Jumlah yang kecil hanya 5 atau 10 sentimeter kubik, mengandung ribuan hingga
jutaan virus, nantinya dapat dibuat menjadi ratusan liter
vaksin. Freezer dipertahankan pada suhu tertentu. Grafik di luar freezer akan
mencatat secara terus menerus suhu freezer. Sensor terhubung dengan alarm yang
dapat didengar atau alarm komputer yang akan menyala jika suhu freezer berada
di luar suhu yang seharusnya.
b) Pertumbuhan Virus
Setelah mencairkan dan memanaskan benih virus dalam kondisi tertentu
secara hati-hati (misalnya, pada suhu kamar atau dalam bak air), sejumlah kecil
sel virus ditempatkan ke dalam “pabrik sel,” sebuah mesin kecil yang telah
dilengkapi sebuah media pertumbuhan yang tepat sehingga sel memungkinkan
virus untuk berkembang biak.
Setiap jenis virus tumbuh terbaik di media tertentu, namun semua media
umumnya mengandung protein yang berasal dari mamalia, misalnya protein murni
dari darah sapi. Media juga mengandung protein lain dan senyawa organik yang
mendorong reproduksi sel virus. Penyediaan media yang benar, pada suhu yang
tepat, dan dengan jumlah waktu yang telah ditetapkan, virus akan bertambah
banyak.
Selain suhu, faktor-faktor lain harus dipantau adalah pH. pH adalah ukuran
keasaman atau kebasaan, diukur pada skala dari 0 sampai 14. dan virus harus
disimpan pada pH yang tepat dalam pabrik sel. Air tawar yang tidak asam atau
basa (netral) memiliki pH 7. Meskipun wadah di mana sel-sel tumbuh tidak terlalu
besar (mungkin ukuran pot 4-8 liter), terdapat sejumlah katup, tabung, dan sensor
yang terhubung dengannya. Sensor memantau pH dan suhu, dan ada berbagai
koneksi untuk menambahkan media atau bahan kimia seperti oksigen untuk
mempertahankan pH, tempat untuk mengambil sampel untuk analisis
mikroskopik, dan pengaturan steril untuk menambahkan komponen ke pabrik sel
dan mengambil produk setengah jadi ketika siap.
c) Pemisahan Virus
Ketika sudah tercapai jumlah virus yang cukup banyak, virus dipisahkan
dari manik-manik dalam satu atau beberapa cara. Kaldu ini kemudian dialirkan
melalui sebuah filter dengan bukaan yang cukup besar yang memungkinkan virus
untuk melewatinya, namun cukup kecil untuk mencegah manik-manik dapat
lewat. Campuran ini sentrifugasi beberapa kali untuk memisahkan virus dari
manik-manik dalam wadah sehingga virus kemudian dapat dipisahkan. Alternatif
lain yaitu dengan mengaliri campuran manik-manik dengan media lain sehingga
mencuci manik-manik dari virus.
Vaksin bisa dibuat baik dari virus yang dilemahkan atau virus yang
dimatikan. Pemilihan satu dari yang lain tergantung pada sejumlah faktor
termasuk kemanjuran vaksin yang dihasilkan dan efek sekunder. Virus yang
dibuat hampir setiap tahun sebagai respon terhadap varian baru virus penyebab,
biasanya berupa virus yang dilemahkan. Virulensi virus bisa menentukan pilihan;
vaksin rabies, misalnya, selalu vaksin dari virus yang dimatikan.
Jika vaksin dari virus dilemahkan, virus biasanya dilemahkan sebelum
dimulai proses produksi. Strain yang dipilih secara hati-hati dibudidayakan
(ditumbuhkan) berulang kali di berbagai media. Ada jenis virus yang benar-benar
menjadi kuat saat mereka tumbuh. Strain ini jelas tidak dapat digunakan untuk
vaksin ‘attenuated’. Strain lainnya menjadi terlalu lemah karena dibudidayakan
berulang-ulang, dan ini juga tidak dapat diterima untuk penggunaan vaksin.
Virus ini kemudian dipisahkan dari media tempat dimana virus itu tumbuh.
Vaksin yang berasal dari beberapa jenis virus (seperti kebanyakan vaksin)
dikombinasikan sebelum pengemasan. Jumlah aktual dari vaksin yang diberikan
kepada pasien akan relatif kecil dibandingkan dengan jumlah medium yang
dengan apa vaksin tersebut diberikan. Keputusan mengenai apakah akan
menggunakan air, alkohol, atau solusi lain untuk injeksi vaksin, misalnya, dibuat
setelah tes berulang-ulang demi keselamatan, steritilitas, dan stabilitas.
e) Pengontrolan Kualitas
Tidak seperti patogen serangga lainnya (misalnya bakteri dan virus) yang
umumnya harus di makan dan dicerna agar dapat menginfeksi inangnya, jamur
dapat menginfeksi inangnya (dalam hal ini serangga hama) dengan cara penetrasi
langsung. Apabila spora jamur menempel pada kulit serangga, dan apabila kondisi
mendukung, maka spora akan berkecambah, menembus kutikula serangga dan
masuk kedalam tubuh serangga. Dalam tubuh serangga jamur akan berkembang
membentuk hifa dan miselium hingga memenuhi bagian dalam tubuh serangga,
hingga serangga akhirnya mati. Jamur kemudian hidup sebagai saprofit dan
menyerap hara dari tubuh serangga yang sudah mati. Tubuh buah jamur kemudian
muncul dari bangkai serangga inang, menghasilkan spora, dan siap disebarkan
untuk menginfeksi serangga lainnya.
Tanaka dan Kaya (1993) telah mendata jamur penyebab penyakit serangga
(entomopatogen) yang terdapat dalam 8 kelas, 13 ordo dan 57 genus. Banyak
diantaranya yang bersifat sangat spesifik (hanya menginfeksi serangga tertentu).
Isolat ini digunakan untuk mengendalikan penggerek buah kopi, lundi (uret),
penngerek buah kapas, ulat potong (cutworm), wereng batang coklat dan ulat
kubis, pada tanaman teh, kopi, kapas, tomat, okra, terung dan
Isolat GHA terutama efektif untuk mengendalikan kutu kebul (whitefly), thrips,
aphids, serta kutu dompolan, pada tanaman sayuran dan tanaman hias.
B. bassiana isolat ATCC 74040 efektif untuk mengendalikan Coleoptera dan
Hemiptera pada lapangan rumput dan tanaman hias.
Jamur yang dimanfaatkan sebagai insektisida ini pernah dikenal dengan nama
Beauveria tenella. Dewasa ini ada 3 isolat yang dikomersialkan, yakni isolat Bb96
(isolat Swiss) dan IMBST 95.031 serta 95.041 (isolat Austria). Seperti jamur
entomopatogen lainnya, jamur ini juga menyerang tubuh serangga sasaran. Spora
(konidia) jamur akan menempel pada kutikula serangga, dan saat berkecambah,
benang jamur (hifa) akan menembus kutikula dan berkembang didalam tubuh
serangga.
Jamur ini khusus digunakan untuk mengendalikan belalang. Produk komersial terdiri atas
isolat IMI 330189 dan FI-985.
Varitas khusus untuk mengendalikan larva kumbang (uret, lundi) Dermolepida albohirtum
pada perkebunan tebu.
Produk ini khusus untuk mengenalikan hama thrips (Megalurothrips sjostedti, Thrips tabaci
dan Frankliniella occidentalis), pada tanaman sayuran dan tanaman hias.
1. Granulosis Virus
Adoxophyaes orana granulosis virus (AoGV) adalah virus yang terdapat luas
secara alami sebagai penyakit (patogen) pada fruit tortrix moth (Adoxophyes
orana). Produk insektisida biologi komersial diisolasi dari A. orana yang
terinfeksi. AoGV digunakan hanya untuk mengendalikan fruit tortrix moth
(Adoxopyes orana) pada beberapa tanaman buah.
Virus ini merupakan penyakit alami dari codling moth (Cydia pomonella),
semacam hama yang umum menyerang buah apel dan pir.
Virus ini merupakan penyaki sejenis hama gudang yang merusak buah-buahan
kering dan kacang-kacangan. Virus ini dibiakkan dan diproduksi secara komersial
sebagai insektisida biologi untuk mengendalikan hama ini.
Virus ini diisolasi dari Autographa californica yang terinfeksi. AcNVP sebagai
insektisida biologi memiliki spektrum pengendaliannya cukup luas (lebih dari 30
spesies Lepidoptera) untuk mengendalikan larva Lepidoptera, pada jagung,
sayuran, tanaman buah-buahan, dan tanaman hias.
Virus ini merupakan penyakit bagi Spodoptera exigua yang luas terdapat di alam
(juga di Indonesia). Sebagai insektisida biologi, SeNPV khusus digunakan untuk
mengendalikan larva Spodoptera exigua (ulat bawang) pada berbagai tanaman,
seperti sayuran, kapas, tanaman hias, anggur dsb.
Nosema locustae diproduksi sebagai insektisida biologi dari rearing in vivo pada
tubuh belalang, dan digunakan terutama untuk mengendalikan belalang.