Pada kasus ini karena buruknya pengolahan dan pembuangan limbah yang dilakukan Pabrik Chisso,

ditemukannya 200-600 ton Hg merkuri yang terdapat di teluk Minamata, terdapat pula mangan, thalium
dan selenium yang sangat jelas berefek negatif jika masuk ke dalam tubuh manusia. Kasus pertama
Minamata terjadi pada tahun 1956 dimana penderita mengalami gejala kerusakan otak dan jaringan
saraf tulang belakang.

Semakin lama, jumlah penderita yang mengalami penyakit serupa bertambah, hingga dilakukan
penelitian serius oleh Universitas Kumamoto. Kesimpulan dari penelitian tersebut adalah adanya
kandungan logam berat dan tinggi pada tubuh penderita karena memakan ikan yang berasal dari teluk
Minamata yang sudah tercemar oleh limbah Pabrik Chisso. Pada tahun 1968, Jepang sudah
mengumumkan bahwa penyakit yang dijangkit oleh masyarakat di kawasan Minamata disebabkan oleh
pencemaran limbah Pabrik Chisso.

Meskipun banyak masalah yang disebabkan oleh Pabrik Chisso, namun pemerintah Jepang saat itu tidak
dengan segera melakukan tindakan tegas. Sebaliknya, pemerintah Jepang, Menteri Industri dan
Perdagangan Nasional Hayato Ikeda, justru geram dan meminta penelitian tersebut untuk dihentikan
karena berita tersebut dinilai akan mengancam kemajuan ekonomi Jepang. Hal ini disebabkan karena
Pabrik Chisso merupakan perusahaan raksasa kimia terbesar di Jepang serta menguasai pasar global dan
menunjang perekonomian Jepang saat itu. Meskipun banyak kasus yang diakibatkan dari pencemaran
Pabrik Chisso tersebut, bahkan hingga dibawa ke pengadilan, pemerintah Jepang tetap mengijinkan
Pabrik Chisso beroperasi. Pabrik Chisso bahkan pada awalnya telah memberikan uang tutup mulut
kepada penduduk agar Pabrik Chisso tetap berjalan.

Hingga tahun 1990, tercatat ada 987 korban meninggal dan 2.900 penderita penyakit Minamata yang
masih hidup menurut biro lingkungan hidup Jepang. Saat itu pemerintah Jepang memerlukan waktu 15
tahun untuk mereklamasi dan mensterilkan teluk Minamata dari kandungan logam berat.