LAPORAN PRAKTIKUM ANALISIS KEHALALAN OBAT,

MAKANAN, DAN KOSMETIK

Isolasi DNA pada Bakso dengan Metode Lisis Buffer

Disusun oleh :

Kelompok 3 C

1. Indriani Rohmawati S 11171020000052

2. Ghina Syarifah 11171020000056
3. Aliya Zahra 11171020000065
4. Asri Fauziyah 11171020000070
5. Ade Nanda Al Risky 11171020000073

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS ILMU KESEHATAN
UIN SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA
APRIL 2020
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Maraknya pencampuran bahan non halal seperti daging babi dalam produk
olahan makanan telah banyak meresahkan masyarakat terutama bagi penganut
agama islam. Makanan halal menjadi isu yang sangat penting bagi Negara
dengan penduduk mayoritas muslim seperti Indonesia. Namun pada era
globalisasi dan perdagangan bebas, sangat banyak produk import yang masuk
ke Indonesia. Salah satu produk yang rawan terhadap kehalalannya adalah
produk daging sapi. Produk daging sapi sering dicampur dengan daging babi.
Produk daging sapi yang mengandung daging babi terjadi di Malang, Bogor,
Bandung, Surabaya dan Bali, bahkan terjadi juga di Saudi Arabia . Karena itu
diperlukan analisis cemaran daging babi pada produk daging sapi yang akurat,
sensitive dan spesifik. Salah satu produk daging sapi yang disukai oleh
penduduk Indonesia adalah Bakso.Isolasi DNA menjadi bagian penting karena
merupakan tahap awal dimana adanya pemisahan dari kontaminan lain seperti
protein dan RNA sehingga didapat DNA murni. Isolasi DNA dilakukan
dengan tujuan memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein,
lemak, dan karbohidrat. Prinsip utama dalam isolasi DNA ada 3
yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan
padat seperti selulosa dan protein serta pemurnian DNA.
Beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA yaitu
m e t o d e n ya h a r u s e f e k t i f , metode yang dilakukan tidak boleh mengubah
struktur dan fungsi molekul DNA dan metode harus sederhana dan cepat.

1.2 Rumusan Masalah

Bagaimana mengisolasi DNA pada bakso dengan metode lisis buffer?

1.3 Tujuan
Mahasiswa mampu mengisolasi DNA pada bakso dengan metode lisis buffer.
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan makromolekul berupa benang

sangat panjang yang terbentuk dari sejumlah besar deoksiribonukleotida, yang
masing-masing tersusun dari satu basa, satu gula dan satu gugus fosfat. Apabila
kita ibaratkan suatu tubuh, maka DNA diibaratkan sebagai otak yang dapat
mengatur segala proses di dalam tubuh. Di samping itu, DNA juga mempunyai
peran penting dalam pewarisan sifat. DNA merupakan suatu senyawa kimia yang
penting pada makhluk hidup. Tugas utamanya membawa materi genetik dari suatu
generasi ke generasi berikutnya. DNA juga merupakan senyawa polinukleotida
yang membawa sifat-sifat keturunan yang khas pada kromosom. Istilah kromosom
dipopulerkan oleh Waldeyer (1888), berasal dari kata chroma yang berarti warna
dan soma yang berarti badan. Jadi, kromosom adalah benda-benda halus
berbentuk lurus seperti batang atau bengkok dan terdiri dari zat yang mudah
mengikat zat warna di dalam nukleus. Kromosom berfungsi membawa sifat
individu dan membawa informasi genetik karena di dalam kromosom terdapat
gen.

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan

komponen- komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan
pasangan basa. Pasangan basa pada DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin
dan pirimidin. Basa purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki
struktur cincinganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin
(T) yang memiliki struktur cincin-tunggal. Ketika guanin berikatan dengan
sitosin, maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan ketika adenin
berikatan dengan timin maka hanya akan terbentuk dua ikatan hidrogen. Satu
komponen pembangun (building block) DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu
gugus fosfat dan satu pasang basa yang disebut nukleotida. Sebuah sel memiliki
DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem
kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu
organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA dapat diisolasi, baik dari
sel hewan, manusia, maupun pada tumbuhan (Mukhlissul Faatih, 2009).
 DNA bisa ditemukan pada semua tipe sel pada suatu individu dengan
informasi genetik yang identik. DNA mitokondria (mtDNA) berperan pada studi
keanekaragaman genetika dan populasi pada hewan. mtDNA dapat digunakan
sebagai penanda genetika karena ukurannya relatif kecil. DNA adalah molekul
yang stabil dalam proses ekstraksi, dan analisa DNA bisa dikerjakan dari beberapa
tipe sampel yang berbeda (Jain, 2004).

Isolasi DNA merupakan teknik yang penting dalam pengembangan ilmu

ini. Derajat kemurnian dan kualitas dalam isolasi DNA sangat mempengaruhi
hasil yang akan diperoleh. Secara umum, prosedur ekstraksi yang baik untuk
isolasi DNA mencakup tiga hal penting, yaitu harus bisa dihasilkan DNA dengan
kemurnian yang tinggi, DNAnya harus utuh, dan jumlahnya mencukupi
(konsentrasi tinggi) (Clark, 1997). Isolasi DNA juga merupakan langkah pertama
dalam studi sekuen DNA dari populasi DNA kompleks dan dalam analisis
struktur genom dan ekspresi gen. Kuantitas, kualitas dan integritas DNA akan
mempengaruhi hasil yang diperoleh secara langsung (Surzycki,2000).

Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari partikel-partikel

lainnya seperti lipid, protein, polisakarida, dan zat lainnya. Isolasi DNA berguna
untuk beberapa analisis molekuler dan rekayasa genetika seperti genom editing,
transformasi dan PCR. Banyak sekali metode isolasi DNA yang bisa digunakan,
akan tetapi pada dasarnya tahapan dari isolasi DNA pada semua bahan dan semua
metode adalah sama, yakni lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi
kompleks nukleoprotein, dan inaktivasi nuklease (Tan et al, 2009). Isolasi DNA
meliputi, penghancuran sel dan jaringan, penghilangan protein dan RNA
(purifikasi), dan presipitasi DNA (Muladno, 2010).

Secara umum prosedur ekstraksi untuk isolasi DNA harus memenuhi tiga kriteria
utama:

1. Harus bisa menghasilkan DNA yang murni, untuk penggunaan

selanjutnya. Misalnya untuk analisa RFLP, harus digunakan DNA yang
cukup murni untuk bisa dipotong oleh restriction endonuclease dan
ditransfer ke membrane untuk analisis Southern. Untuk analisis
polymerase chain reaction (PCR) ekstrak DNA harus tidak mengandung
kontaminan DNA yang dapat mengganggu PCR.
2. DNA harus utuh untuk memberikan pola migrasi yang akurat pada gel
electriphoresis.
3. DNA yang dihasilkan harus mencukupi.
4. Prosedur yang digunakan harus cepat, sederhana dan murah, dan jika
memungkinkan bisa dihindari penggunaan bahan kimia yang berbahaya
(Clark, 1997).
Meskipun banyak metode yang dapat digunakan untuk isolasi DNA, tetapi pada
dasarnya, isolasi DNA membutuhkan langkah-langkah sebagai berikut :
1. Perlakuan untuk membuka sel dan melepaskan DNA
2. Metode untuk menghilangkan atau menonaktifkan enzim yang dapat
mendegradasi DNA
3. Dan perlakuan yang dapat memisahkan DNA dari protein dan molekul
kontaminan yang lain (Guilfoile, 2002).

Sedangkan menurut (Mukhlissul Faatih, 2009) isolasi DNA memiliki beberapa

tahapan, yaitu:

1. Isolasi sel
2. Lisis dinding dan membran sel
3. Ekstraksi dalam larutan
4. Purifikasi
5. Presipitasi
Sedangkan, prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA ada 2, yaitu
sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan
substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya
sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan
substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut
dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan
kecepatan yang bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000
rpm (Mukhlissul Faatih, 2009).

Keberadaan komponen bahan makanan yang mengandung babi dalam

bahan dan produk pangan dapat diidentifikasi melalui lemak, protein maupun
DNA (Purwaningsih, 2003). DNA dapat dieksploitasi dan digunakan untuk
identifikasi organisme berdasarkan stabilitasnya pada temperatur tinggi dan
strukturnya pada semua jaringan tubuh (Ong et al., 2007). Identifikasi DNA
untuk mendeteksi adanya kandungan daging babi pada produk pangan telah
banyak dilakukan. (Tanabe et al, 2007) menggunakan teknik PCR untuk
mendeteksi DNA babi dari sampel daging segar dan daging olahan (sosis, salami,
bakso, bacon, steak, dan gyoza).

Metode Polymerase Chain Reaction PCR

PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah

molekul DNA dengan cara mensintesis molekul DNA baru yang berkomplemen
dengan molekul DNA cetakan dengan bantuan enzim DNA Polymerase dan
primer dalam suatu thermocyler (Mullis dan Faloona, 1987). Teknik ini pertama
kali dikembangkan oleh (Karry Mullis, 1985). Teknik PCR dapat digunakan untuk
mengamplifikasi segmen DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa
jam. Dengan diketemukannya teknik PCR di samping juga teknik-teknik lain
seperti sekuensing DNA, telah merevolusi bidang sains dan teknologi khususnya
di bidang diagnosa penyakit genetik, kedokteran forensik dan evolusi molekular.

Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) atau reaksi berantai

polimerase dapat juga disebut sebagai metode enzimatis untuk melipatgandakan
(amplification) secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in
vitro. Dengan metode ini dapat diperoleh pelipatgandaan suatu sekuen DNA
dalam genom virus yang mana hanya dengan mencampurkan kulturnya di
dalam tabung Polymerase Chain Reaction (PCR) (Yuwono, 2006). Selain PCR
secara konvensional pada masa kini sudah terdapat PCR modern yang
bernama Real Time-PCR.

Real Time PCR adalah teknik yang digunakan untuk memonitor

progress reaksi PCR pada waktu yang sama (Biosoft, 2007). RT-PCR juga
dikenal sebagai quantitative PCR (qPCR). Jumlah produk PCR (DNA, cDNA
atau RNA) yang relatif sedikit, dapat dihitung secara kuantitatif (Buski, 2018).
Analisis menggunakan Real time PCR memiliki sensitivitas tinggi dan lebih
spesifik oleh karena itu perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui
perbedaan antara metode PCR Konvensional dengan Real Time. untuk
produk PCR tertentu. Real time PCR juga meliputi Real TimeRT PCR
dimana PCR dilakukan secara Real Time menggunakan enzim Reverse
Transcriptase secara langsung pada waktu yang bersamaan. Real Time-RT
PCR memiliki tambahan siklus Reverse Transcription yang memacu
perubahan molekul DNA dari molekul RNA. Real Time-RT PCR diperlukan
karena RNA kurang stabil dibandingkan dengan DNA.

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode berbasis DNA yang

paling umum digunakan untuk mengidentifikasi pemalsuan sumber hewan pada
suatu produk makanan. Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik pilihan
yang digunakan untuk mengidentifikasi beberapa jenis ternak (Cespedes et al.,
1999). Metode PCR merupakan teknik yang dapat digunakan dalam
mengidentifikasi kontaminasi babi (Farouk et al., 2006).

Target PCR yaitu asam nukleat (DNA) untai ganda yang diekstraksi dari
berbagai macam sel dan terdenaturasi menjadi asam nukleat beruntai tunggal.
Komponen proses reaksi PCR terdiri atas pasangan primer yang berupa
oligonukleotida spesifik untuk target gen yang dipilih, enzim (umumnya Taq
polymerase, enzim thermostable dan thermoactive yang berasal dari Thermus
aquaticus) dan trifosfat deoxynucleoside (dNTP) digunakan untuk
mengamplifikasi target gen secara eksponensial dengan hasil replikasi ganda dari
target awal. Reaksi ini dilakukan pada mesin pemanas yang diprogram secara
otomatis dapat mengatur suhu beserta siklusnya yang disebut thermocycler. Mesin
tersebut menyediakan kondisi termal yang diperlukan untuk proses amplifikasi
(Nollet & Toldra 2011). Proses yang terjadi pada mesin PCR meliputi tiga tahap
utama yaitu denaturasi (pemisahan untai ganda DNA), annealing (penempelan
primer) dan ekstensi (pemanjangan primer). Proses dimulai dari proses denaturasi,
kemudian penempelan dan ekstensi yang mana dalam satu proses tersebut disebut
satu siklus. Produk PCR divisualisasikan dengan menggunakan proses
elektroforesis dan digunakan untuk analisis lebih lanjut (Weissensteiner et al.
2004). Produk PCR dipisahkan dengan elektroforesis gel yang diwarnai dengan
bromida dan divisualisasikan menggunakan sinar ultraviolet (Nollet & Toldrá
2011)

Ada empat komponen utama yang dibutuhkan untuk melakukan proses PCR
yaitu:

1. DNA template (cetakan)

Template DNA merupakan molekul DNA untai ganda yang mengandung
sequen target yang akan di amplifikasi. Ukuran DNA bukan faktor utama
untuk keberhasilan PCR, karena berapapun panjang untai DNA bila DNA
tidak mengandung sequen yang diinginkan maka proses PCR tidak akan
berhasil. Sebaliknya bila ukuran DNA pendek tetapi mengandung sequen
yang diinginkan maka proses PCR akan berhasil (Sulistyaningsih, 2007).
Kemurnian dan kuantitas atau konsentrasi merupakan dua hal penting pada
cetakan. Sebaiknya DNA cetakan yang digunakan berkisar antara 105-106
molekul. (Yusuf, 2010). Apabila konsentrasinya terlalu rendah primer
tidak dapat menemukan target dan jika konsentrasi terlalu tinggi akan
meningkatkan mispriming. Kemurnian template haruslah diperhatikan
karena akan mempengaruhi hasil reaksi PCR (Sulistyaningsih, 2007).
2. Primer
Primer merupakan salah satu komponen yang menjadi tolak ukur
keberhasilan PCR. Pasangan primer terdiri dari 2 oligonukleotida yang
mengandung 18-28 nukleotida dan mempunyai 45-60% GC content yang
digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA (Yusuf, 2010). Sequen
primer yang lebih pendek dapat memicu amplifikasi produk PCR yang
 spesifik. Ujung 3’ primer penting dalam menentukan spesifisitas dan
sensivitas PCR. Ujung ini tidak boleh mempunyai 3 atau lebih basa G atau
C, karena dapat menstabilisasi annealing primer, sehingga memungkinkan
untuk menambahkan sequen tertentu seperti sisi retriksi enzim, start codon
ATG atau sequen promoter. Untuk merangsang urutan primer ,perlu
diketahui urutan nukleotida pada awal dan akhir DNA target. DNA
synthesizer merupakan alat yang digunakan untuk mensintesis Primer
Oligonukliotida (Gaffar, 2007).
3. DNA polymerase
DNA polymerase merupakan enzim yang mengkatalis polimerisasi DNA.
Pada awalnya, PCR dilakukan dengan menggunakan Klenow fragment
DNA. Polimerase 1 selama reaksi polimerisasinya. Pada proses denaturasi
enzim ini tidak aktif secara termal, sehingga peneliti harus menambahkan
enzim disetiap siklusnya. Seiring dengan perkembangannya, kini
digunakan digunakan enzim TaqDNA polymerase yang memiliki
keaktifan pada suhu tinggi sehingga tidak perlu menambahkan enzim pada
setiap siklus dan proses PCR dapat dilakukan dalam satu mesin (Gaffar,
2007).
4. Deoxynucleotida Triphosphate (dNTP)
Deoxynucleotida Triphosphate merupakan bahan utama untuk sintesis
DNA dalam proses PCR yang terdiri atas dATP (deoksiadenosin infosfat),
dGTP (deoksiguanosin trifosfat), dCTP (deoksitidin trifosfat) dan dTTP
(deoksitimidin trifosfat). Konsentrasi dNTP masing-masing sebesar 20-
200 µM dapat menghasilkan keseimbangan optimal antara hasil, spesifitas
dan ketetapan PCR. Konsentrasi masing-masing dNTP haruslah seimbang
untuk meminimalisir kesalahan penggabungan. Deoxynucleotide
Triphosphate akan menurunkan Mg2+ bebas sehingga mempengaruhi
aktifitas polimerase dan menurunkan annealing primer. Konsentrasi dNTP
yang rendah dapat mengurangi terjadinya mispriming pada daerah non
target dan menurunkan terjadinya kemungkinan perpanjangan nukleotida
yang salah. Oleh karena itu spesifitas dan ketetapan PCR meningkat pada
konsentrasi dNTP yang lebih rendah (Sulistyaningsih, 2007).
Proses PCR melibatkan beberapa tahap seperti:

1. Pra-denaturasi DNA templat

2. Denaturasi DNA templat
Pembukaan utas ganda DNA menjadi utas tunggal (biasanya pada suhu
92-94oC)
3. Penempelan primer pada templat(annealing)
Penempelan primer pada DNA cetakan biasanya tergantung pada Melting
Temperature primer yang digunakan)
4. Pemanjangan primer (extension)
Pemanjangan primer dengan melakukan reaksi polimerisasi nukleotida
untuk membentuk rantai DNA (biasanya pada suhu 72oC)
5. Pemantapan (postextension)

Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus), di mana pada
setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA. Jumlah salinan (copy) DNA hasil
amplifikasi adalah 2n, dimana n adalah jumlah siklus. Tahapan proses PCR adalah
suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang (siklus) dan pada
setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda. Untai ganda DNA
templat (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal dan kemudian
didinginkan hingga mencapai suatu suhu tertentu untuk memberi waktu pada
primer menempel (anneal primers) pada daerah tertentu dari target DNA.
Polimerase DNA digunakan untuk memperpanjang primer (extend primers)
dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP dan dTTP) dan buffer yang sesuai.
Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 – 40 siklus. Target DNA yang
diinginkan (short ”target” product) akan meningkat secara eksponensial setelah
siklus keempat dan DNA non-target (long product) akan meningkat secara linier
seperti tampak pada bagan di atas (Newton and Graham, 1994).

Teknik penanda berdasarkan PCR dapat dikelompokkan menjadi dua, yaitu:

1. Menggunakan primer acak atau tidak memerlukan sekuen spesifik
2. Menggunakan primer spesifik atau ada sekuen target tertentu.
 Gen-gen yang paling sering digunakan sebagai penanda jenis hewan atau
daging diantaranya adalah sitokrom b (cyt b), 12S dan 16S subunit ribosom RNA
Displacement Loop (D-loop). Sitokrom b (cyt b) telah digunakan beberapa
peneliti untuk membedakan bahan yang berasal dari jenis hewan yang berbeda,
pada cyt b terdapat variasi mutan yang menyebabkan gen ini banyak digunakan
sebagai penanda untuk mengelompokkan jenis hewan. Gen cyt b memiliki
kekhasan yaitu adanya daerah yang hampir sama untuk semua jenis hewan.
Sitokrom b (cyt b) merupakan gen yang dikodekan oleh DNA mitokondria
dan terlibat dalam transportasi elektron. Sitokrom b (cyt b) berisi delapan
transmembran heliks yang dihubungkan oleh intramembran atau domain
ekstramembran. Sekuen gen cyt b memiliki keunikan yaitu terdapat bagian yang
sifatnya kekal di dalam tingkat spesies, sehingga banyak peneliti yang melakukan
pengelompokkan atau penentuan hubungan kekerabatan antar jenis hewan dengan
menggunakan gen cyt b tersebut (Widayanti, 2006). Sekuen gen cyt b yang
berasal dari Sus scrofa mempunyai panjang sekuen 1140 pb (Han et al., 2004).
Hasil dari beberapa penelitian menunjukkan bahwa teknik PCR mempunyai
sensitivitas tinggi untuk mendeteksi gen sitokrom b babi (porcine cytochrome b
gene). Penelitian Muladno et al. (1999) menggunakan teknik PCR untuk
mendeteksi keberadaan daging babi pada bakso. Penelitian ini memanfaatkan
primer p14 yang merupakan salah satu dari ke-13 lokus PRE-1 yang terdapat pada
genom babi (Sulandari et al., 1997).
 BAB III
METODOLOGI PRAKTIKUM

3.1 Alat dan Bahan

Alat: Bahan:
 Mortar  TE (Tris-Cl & EDTA) pH 8.0
 Pipet mikro  Etanol 70%, isopropanol
 Tip  Potassium acetate solution
 Lemari pendingin 4°C  DNase-free Rnase
 Mesin PCR  Proteinase K
 Tabung mikrosentrifus 1,5 ml  Buffer PCR LA Taq
 Rak tabung  Agarosa
 Mesin sentrifugasi  Buffer 1xTAE
 Timbangan  Sybr safe 1x
 Vorteks  Loading dye
 Microwave  dH2O.
 Spatula
 Pisau
 Elektroforesis tray
 Chamberelektroforesis
 Scanner
 Comb
 Gel documentation
 Gelas ukur
 Labu Erlenmeyer (100 ml & 250
ml)
 Gelas Beaker (250 ml)
 Tabung penyimpanan bahan (50
ml, 100 ml, 250 ml & 500 ml)
3.2 Cara Kerja Isolasi DNA Sampel
Proses isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan Wizard® Genomic DNA
Purification Kit (Promega).
1. Preparasi Jaringan Hewan dan Pelisisan Sel
Sebanyak 20 mg daging sapi segar, daging babi segar, dan sampel sosis
sapi dihancurkan sampai halus menggunakan pisau steril, lumpang alu dan
blender. Masing-masing daging dan sampel dimasukkan ke dalam
mikrosentrifuge tube 1,5 ml lalu ditambahkan 600μl Nuclei Lysis Solution.
Masing-masing campuran tersebut dihomogenkan selama 10 detik
kemudian diinkubasi pada suhu 65˚C selama 30 menit.
2. Degradasi RNA dan Presipitasi Protein
Masing-masing campuran yang sudah diinkubasi ditambahkan 3 μl larutan
RNAse lalu diinkubasi kembali pada suhu 37˚C selama 30 menit.
Selanjutnya ditambahkan 200 μl Protein Precipitation Solution dan
divortex, kemudian didiamkan dalam ice selama 5 menit lalu
disentrifugasi dengan kecepatan 16.000 rpm selama 4 menit.
3. Presipitasi dan Pelarutan DNA
Supernatan yang terbentuk ditambahkan 600 μl isopropanol kemudian
dihomogenkan lalu disentrifugasi dengan kecepatan 16.000 rpm selama 1
menit. Endapan yang terbentuk ditambahkan 600 μl etanol 70% kemudian
dihomogenkan lalu disentrifugasi kembali dengan kecepatan 16.000 rpm
selama 1 menit. Endapan yang terbentuk dipisahkan dengan etanol 70%
lalu endapan di keringkan selama 15 menit kemudian ditambahkan 100
μlDNARehydration Solution, selanjutnya didiamkan selama 1 jam pada
suhu 65˚C dan disimpan pada suhu 4˚C
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil

Bahan Isolasi DNA Keterangan

Daging Sapi Berhasil diisolasi Terdapat serat putih

Daging Babi Berhasil diisolasi Terdapat serat putih

Sampel Bakso Berhasil diisolasi Terdapat serat putih

4.2 Pembahasan

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara
seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA memiliki
struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan komponen-komponennya,
yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa. Di dalam
inti sel suatu organisme, terdapat materi genetik. Materi genetik ini harus
mempunyai kemampuan untuk mengkode suatu informasi secara spesifik dan
menggandakan suatu informasi secara tepat. DNA/RNA adalah informasi
genetik yang dibentuk oleh asam deoksiribonukleat untuk DNA atau
Ribosanukleat untuk RNA.

Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi DNA dari suatu sel sebagai tahap
awal suatu analisis genetik. Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau
rusaknya jaringan atau sel. Proses ini sangat penting untuk penghancuran
struktur protein dan memungkinkan untuk pelepasan asam nukleat dari inti.
Lisis dilakukan dalam larutan garam, deterjen yang mengandung protein
denaturasi atau protease (enzim mencerna protein), seperti proteinas. Hal ini
mengakibatkan kerusakan sel dan melarutkan membran. Isolasi DNA adalah
sebuah proses yang sederhana (Soewoto, 2000). Isolasi DNA merupakan
langkah mempelajari DNA.
 Pada praktikum kali ini yang akan dilakukan adalah menganalisis daging
babi yang terkandung dalam bakso sapi. Menganalisis daging babi pada
produk daging sapi sangat penting dilakukan melihat banyaknya produk daging
sapi yang dicampur dengan daging babi karena harga daging babi yang lebih
murah dibandingkan dengan daging sapi. Isolasi DNA dilakukan dari gelatin
babi dan sapi dengan cara mengekstraksi nya. Metode yang dilakukan dengan 2
cara, yaitu dengan menggunakan kit komersial High Pure PCR Template
preparation (Roche) dan larutan ekstraksi SDS 1% (Sodium Dodecyl Sulphate).
Prinsip metode tersebut inti nya sama yaitu penghancuran membrane sel (cell
lysis) pemurniaan sel debris dan protein (purifikasi) dan presipitasi DNA
(Muladno, 2010 dan Roche, 2007). Namun, metode yang dilakukan pada
praktikum kali ini tidak.

Alat yang digunakan dalam praktikum ini yaitu mortar, pipet mikro, tip,
lemari pendingin 4°C, mesin PCR, tabung mikrosentrifus 1,5 ml, rak tabung,
mesin sentrifugasi, timbangan, vorteks, microwave, spatula, pisau,
elektroforesistray, chamber elektroforesis, scanner, comb, gel documentation
dan alat gelas seperti gelas ukur, labu Erlenmeyer (100 ml & 250 ml), gelas
Beaker (250 ml), dan tabungpenyimpananbahan (50 ml, 100 ml, 250 ml & 500
ml).Bahan yang digunakanyaitu TE (Tris-Cl & EDTA) pH 8.0, etanol 70%,
isopropanol, potassium acetate solution, DNase-free RNase, Proteinase K,
buffer PCR LA Taq, agarosa, buffer 1xTAE, sybr safe 1x, loading dye dan
dH2O.

Tahap pertama pada proses isolasi yaitu preparasi jaringan hewan dan
pelisisan sel. Preparasi dilakukan dengan mengambil 20 mg daging babi, sapi
dan bakso yang sudah dihaluskan. Pelisisan sel adalah proses melarutkan DNA
yang terdapat dalam sel daging. 20 mg daging yang sudah dihaluskan tersebut
disentrifugasi dalam tabung sentrifus yang bervolume 1,5 ml selama 10 detik.
Dalam tabung tersebut ditambahkan cairan pelisis sel yang berfungsi untuk
membantu proses penghancuran sel. Larutan pelisis sel mengandung Tris-HCl
sebagailarutan bufferdan Tris-EDTA sebagai larutan isotonis agar DNA tidak
rusak (Researchergate 2012: 3-5). Salah satu prinsip isolasi DNA yaitu dengan
sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan
berada pada bagian atas tabung (Mader, 1993). Jika sudah terlihat pemisahan,
maka tabung diinkubasi dengan suhu 65˚C selama 30 menit.

Tahap kedua dari proses isolasi DNA yaitu degradasi RNA yang dilakukan
dengan cara menambahkan RNAse sebagai penghancur RNA ke dalam
campuran yang sudah diinkubasi. Campuran ini kembali diinkubasi selama
37˚C selama 30 menit. Suhu yang digunakan lebih rendah digunakan dalam
proses inkubasi untuk menghindari kerusakan DNA. Presipitasi protein juga
dilakukan pada tahap ini. Hal ini dilakukan untuk mengendapkan protein-
protein yang terdapat dalam DNA. Hal ini dilakukan dengan menambahkan
larutan pengendap protein yang mengandung SDS (Sodium DodecylSulfate)
untukmelarutkanmembran dan protein yang terdenaturasi, dan
larutanpresipitasi protein (HAc) mengendapkan protein yang berasosiasidengan
DNA. Larutan dan campuran direndam dalam ice selama 5 menit dan
disentrifugasi dengan kecepatan 16.000 rpm selama 4 menit.

Tahap ketiga dari proses isolasi DNA yaitu presipitasi dan pelarutan DNA.
Supernatan yang terbentuk ditambah dengan isopropanol yang berfungsi
sebagai medium agregasi plasmid DNA agar DNA terlihat dan dihomogenkan
dengan sentrifuge dengan kecepatan yang sama seperti sebelumnya. Campuran
yang sudah homogen ditambah dengan etanol yang dapat berfungsi sebagai
fase pencucian DNA untuk menghilangkan isopropanol dan garam yang
terkandung. Endapan yang terbentuk dikeringkan dan diberikan larutan
penghidrasi untuk didiamkan selama 1 jam dalam suhu 65˚C dan disimpan
pada suhu 4˚C.

Dari proses isolasi yang telah dilakukan didapatkan hasil yaitu terdapat
serat putih yang terbentuk yang diduga DNA dari masing-masing sampel yang
diuji. Setelah mendapatkan hasil seperti ini, DNA di analisis untuk melihat
pola DNA dari sampel menggunakan PCR. Metode yang akan dipraktikkan
selanjutnya yaitu PCR Konvensional dan PCR Real-Time.
 BAB V

PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi DNA dari suatu sel sebagai tahap
awal suatu analisis genetik. Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau
rusaknya jaringan atau sel. Praktikum kali ini menganalisis daging babi yang
terkandung dalam bakso sapi. Dari proses isolasi yang telah dilakukan
didapatkan hasil yaitu terdapat serat putih yang terbentuk yang diduga DNA
dari masing-masing sampel yang diuji. Setelah mendapatkan hasil seperti ini,
DNA di analisis untuk melihat pola DNA dari sampel menggunakan PCR.
Metode yang akan dipraktikkan selanjutnya yaitu PCR Konvensional dan PCR
Real-Time.
 DAFTAR PUSTAKA

Doyle, A., Griffith S.J.B., 2000, Cell and Tissue Culture for Medical
Research,John Willey and Sons, Ltd., New York.

Faatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Surakarta: Jurnal
Penelitian Sains dan Teknologi.

Hartl, D. L. and A. G. Clark.1997. Principle of Population Genetic. Sinauer

Associates, Inc Publisher. Sunderland.

Jain, S. 2004. Use of Cytochrome B Gene Variability In Detecting Meat Species

By Multiplex PCR Assay. University Anan: Departement of Veterinary
Public Health, College of Veterinary Science and Animal Husbandry,
Anand Agricultural.

Klug, W.S., and M.R. Cummings. 1991. Concept of Genetics. Third edition.
Macmillan Publishing Company. New York, USA.

Mader S.S. (1993). Biology. Wm. C Brown Publishers: Lowa

Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika Edisi Ke-2. Bogor : IPB Press.

Mullis. K.B., and F.A. Faloona. 1987. Spesific syntesis DNA amplification in vitro
via a Polimerace Catalyzed Chain Reaction.

Newton, C.R. and A. Graham. 1994. PCR. UK: Bios Scientific Publisher.

Nollet, L. M. L., Toldra, F. 2011. Safety Analysis of Foods of Animal Origin. New
York: CRC Press.

Rahmawati, Putri. (2012). Analisis cemaran babi pada produk dendeng sapi yang
beredar di wilayah ciputat dengan menggunakan metode amplifikasi DNA
menggunakan real-time PCR. Skripsi. Program Studi Farmasi. Fakultas
Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.

Raven, P. H., and Johnson, G. B. 2002. Biology. 6th ed. McGraw-Hill Company
Inc.,New York. 1239p.
Surzycki, S. 2000. Basic Techniques in Molecular Biology. Spinger-Verlag.
Berlin. Heidelberg, New York.

Soewoto, Hafiz, dkk. 2000. Biokimia Eksperimen Laboratorium. Jakarta:

WidyaMedika

Tan et al. 2007. Intellectual capital and financial returns of companies. Journal of
Intellectual Capital Vol. 8

Yusuf, Z.K., 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR). Saintek

Yuwono T. 2006b. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Yogyakarta:

CV Andi.