Manajemen

Mutu Hasil
Pemeriksaan
Covid 19
Tanggung jawab laboratorium klinik
(Pemeriksaan Covid 19)

memberi informasi hasil pemeriksaan laboratorium kepada

peklinik yang dapat digunakan untuk menegakkan diagnosis, dan
tindak lanjut pengobatan terhadap penderita.

Lab Klinik harus memiliki kemampuan

‘memenejemen mutu pemeriksaan’
 Dampak kesalahan dalam pelaporan hasil
diagnose Covid 19
False Positif False Negatif
- Pengobatan yang tidak perlu - Meningkatkan risiko penularan
- Masalah social terutama jika yg - Meningkatkan kemungkinan
terinfeksi bekerja di layanan mengkontaminasi lingkungan/benda
masyarakat seperti polisi, pengurus - Keparahan infeksi → kematian
panti asuhan dll

Lab Klinik harus memiliki kemampuan

‘memenejemen mutu’ pemeriksaan
Manajemen Mutu
Pengumpulan
Sampel
Pre analitik
Penerimaan dan
Pelaporan penilaian
sample
Pada tahap
Post analitik manakah
manajemen mutu
boleh diabaikan?
Pencatatan
hasil dan
manajemen Pengujian
data

QA and QC

Analitik
Manajemen
Mutu
 Pengumpulan
Sampel
Pre analitik
Penerimaan dan
Pelaporan penilaian
sample
Post analitik

Pencatatan
1. Dilakukan oleh Personel terlatih hasil dan
2. Menggunakan (gown, respirator manajemen Pengujian
(N95 or FFP2), pelindung mata data
(goggle) or wajah (face shield)
and sarung tangan . QA and QC

Masukkan Swab ke tabung VTM,

patahkan, pastikan tabung dapat
ditutup rapat)
Jenis sampel pernafasan

Viral Trasnport Medium (VTM)

Saluran nafas atas :
- Isotonik dan tidak toksik untuk sel mamalia
- nasofaring - Menjaga viabilitas virus selama proses transportasi
- orofaring dan penyimpanan pada -70oC
- Mencegah pertumbuhan bakteri
- Mengandung pH indicator
Saluran nafas bawah : - phosphate based saline harus dihindari →
- sputum menghambat PCR
- cairan brokoalveolar Swab :
- aspirasi trachea • Tip : terbuat dari dacron atau nylon
• Batang : plastic atau aluminium
Swabs mengandung calcium alginate, kayu, atau kapas harus
dihindari karena kemungkinan mengandung bahan yang dapat
menghambat reaksi PCR.
 Viral Transport Medium (VTM)

Komposisi :
- Hanks Balanced Salt Solution
- Bovine serum albumin (BSA)
- Cystein - Tanggal kaladulawarsa
- Gelatine, - Penyimpanan ( 4-6 oC untuk waktu singkat atau -20 oC
- Sucrose penimpanan jangka Panjang)
- Asam Glutamat - pH → perubahan warna menunjukkan adanya
- Vancomycine
- Ampotericine B
perubahan pH → metabolism
- Collistin - Kekeruhan
- HEPES
- Phenol REd
http://rsparurotinsulu.org/po-content/po-
upload/Pemeriksaan-Lab-COVID-19.pdf
Penerimaan sampel
Personel protective equipment (PPE)
melindungi sample dan personel

Kesesuaian data

= =

Dokumentasi : personel
Data ke komputer/log book
Penyimpanan di lab
 Pengumpulan
Sampel

Penerimaan dan
Pelaporan penilaian
sample

Pencatatan
hasil dan
manajemen Pengujian
data

QA and QC

Analitik
Workflow (Biologi Molecular)
1. Clean Area
Penyiapan primer dan probes
Larutkan primer dan probes → aliquo
Hindari freezing thawing berlebih

2. Grey Room
Ekstraksi RNA,
penyimpanan sampel

3. Red Area
Positif control (simpan dlm aliquo dan
hindari freezing thawing)
 Isolasi RNA Covid 19

– Biosafety Level 2
– BSC tipe
– APD : Gown, goggle/face
shield, sarung tangan, sepatu
lab /show cover
 Tip berfilter → tip yang kontak
dengan sample dibilas dengan
bleach 5% sebelum dimasukkan ke
dalam tempat pembuangan

Lisis virus dengan buffer

mengandung guanidine dilakukan
di dalam BSC
Kontrol:
Pengambilan sampel

Isolasi RNA

Amplifikasi
Kontrol kualitas (QC) Courtesy of Pennsylvania
Department of Health
Bureau of
Laboratories/Wikimedia
Kontrol negative ekstraksi : menunjukkan kontaminasi terjadi A microbiologist manually
pada tahap ekstraksi (VTM atau Air) extracts the coronavirus

Kontrol positif ekstraksi : menunjukkan kualitas Template SARS-CoV-2 virus particles

(pink dots) on a dying cell.
(RNA/materi genetic) yang diekstraksi dan control adanya National Institute of Allergy
inhibitor PCR (sampel manusia yang memiliki nilai Ct untuk sel and Infectious Diseases, NIH

target manusia (contohnya RNASe P) rendah (25-30)

Kontrol PCR tanpa template (pada tahap PCR ) :

menunjukkan tidak ada kontaminasi pada reagen PCR

Kontrol positif PCR berupa template DNA/RNA sintetik SARS

CoV dlm bentuk fragmen atau genom utuh : mengindikasikan
batas deteksi dan performa assay
Kontrol kualitas (QC)

Jika kontrol mengalami kegagalan, misalnya kontrol

positif menjadi negatif, maka hasil pengujian tidak valid
→ tes harus diulang,
bisa dari aliquotan sampel atau sampel baru dari
pasien setelah dilakukan analisis kegagalan (misalnya
kontaminasi, degradaso, atau reagen sudah
kadaluwarsa) .

Jika hasil sudah dikeluarkan : pasien harus dipanggil

ulang dan diberi penjelasan alasan pengambilan ulang
sampel.
 Bottle neck pemeriksaan COVID 19

• Deteksi molekuler virus COVID-19 → spesifik untuk COVid 19 →

• Hasil positif mengkonfirmasi deteksi virus.
• Hasil negatif tidak selalu berarti tidak ada infeksi virus COVID-19
• Kualitas sampel, penanganan, transportasi, dan / atau penyimpanan yang buruk (untuk
mengontrol hal ini, deteksi kualitatif house keeping gene [misalnya, RNase P dapat
dilakukan).
• Ekstraksi sampel yang buruk / gagal, adanya penghambat PCR dalam RNA yang diekstraksi
(untuk mengendalikan hal ini, kontrol ekstraksi dapat digunakan, atau deteksi gen
housekeeping dilakukan seperti yang disebutkan di atas).
• Sampel dikumpulkan pada waktu di mana pasien tidak menghasilkan jumlah virus yang
cukup, misalnya sangat awal atau sangat terlambat selama infeksi (titik ini sangat relevan
karena dinamika keberadaan virus dalam berbagai jenis sampel belum sepenuhnya
ditetapkan.
• Mutasi virus dapat memengaruhi sensitivitas deteksi.
- Kit isolasi RNA → bervariasi
- Kit amplifikasi → bervariasi

bervariasi

Variasi Hasil yang

dikeluarkan oleh Lab
External Quality ??????

Assurance (EQA)
Programme
External Quality Assurance test COVID-19
- membandingkan peforma suatu lab dengan suatu kelompok
jejaring lab pemeriksaan

1. Proficiency Testing (PT):

Pengujian EQA dilakukan oleh penyedia jasa
(biasanya berbayar)
Beberapa diantarany :
- QCMD (https://www.randox.com/coronavirus-qcmd/),
- INSTAND (https://www.instand-ev.de/en/eqas/eqa-program.html),
- WHO Health, Emergencies and Global Influenza program
(https://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/external_quality_assessment _project/en/)
- ECDC/EVD-LabNet/ERLI-Net (https://www.ecdc.europa.eu/en/aboutus/
networks/disease-and-laboratory-networks/erlinet-influenza-lab-
qualitycontrol).
External Quality Assurance test COVID-19

2. On-site evaluation: Seorang evaluator ( mis. Staff

dari lab reference nasional) untuk menilai apakah
suatu lab telah memenuhi standard kualitas →
retest dan verifikasi beberapa hasil tes serta
memberikan saran untuk prosedur yang kurang
benar.

– Dimasa pandemic kunjungan antar lab sulit

dilakukan
3. Rechecking or retesting: sampel yang telah dites oleh suatu lab, di tes ulang oleh lab lain
(perbandingan inter-lab)

WHO merekomendasikan penggunaan 5 sampel posited dan 10 sampel negative. Hasil

dikonfirmasi oleh labr referens nasional/referral internasional [WHO, 2020a; WHO, 2020b].

Jika hasil pengujian selesai, dan memenuhi syarat, maka lab boleh mengerjakan tes, namun
masih berkolaborasi dengan lab reference nasional
 Pengumpulan
Sampel

Penerimaan dan
Pelaporan penilaian
sample
Pada tahap
Post analitik manakah
manajemen mutu
boleh diabaikan?
Pencatatan
hasil dan
manajemen Pengujian
data

QA and QC
Analisis Data → Kurva Sigmoid

TP-a slowing of the amplification

PP-the plateau phase is reached when there is little or n

increase in fluorescent signal despite continued cycling.

LP-log-linear phase of signal generated during the

exponential part of the PCR amplification;

Hubungan Ct dengan Jumlah Virus :

Semakin rendah nilai Ct, semakin tinggi
jumlah virus; dan sebaliknya

The crossing point or threshold cycle (CT)

Interpretasi Hasil
Panel CDC
Positif Covid-19

– Jika kontrol positif / internal kontrol (RP) tidak

menukjukkan kurva yang sigmoid, maka hasil tes
Invalid harus dilakukan pengulangan RT PCR

– Jika Internal control (RP) negative maka harus

dilakukan pengulangan ekstraksi dan RT PCR dan jika
hasil tetap negative maka perlu dilakukan pengulangan
pengambilan sampel
Inkonklusif
Interpretasi Hasil Panel CDC
Semua Sampel yang menunjukkan hasil ambigu (kurva tidak sigmoid) dilakukan konfirmasi ulang