Adanya pemberontakan ini memberikan beragam hal baik itu dampak positif
maupun yang negatif. Berikut beberapa dampak pemberontakan APRA:
Salah satu dampak yang sangat disayangkan dan dirsakan secara langsung dnegan
adanya gerakan pemberontakan APRA adalah tewasnya banyak tentara
Indonesia. Banyaknya tentanra yang gugur ini menjadi salah satu dampak yang
negatif yang juga menjadi hal yang merugikan bagi pemerintahan RI kala itu.
Jumlah tentara yang gugur ini diakibatkan adanya pemberontakan dan
perlawanan yang terjadi dan salah satu korban diantara banyaknya tentara
tersebut adalah Letnan Kolonel Lembong.
Meninggalkan masalah kecaman dan rasa tidak nyaman akibat banyaknya yang
berguguran saat terjadinya pemberontakan APRA. Salah satu dampak positif yang
terjadi adalah adanya peningkatan dari rasa saling memiliki, persatuan dan
kesatuan dari seluruh masyarakat Indonesia kala itu. Bahkan rasa untuk saling
menjaga, berjuang dna mengayomi meningkat drastis setelah adanya tragedi
pemberontakan APRA. ini secara spontan memupuk rasa Partiotisme dan
Nasionalisme yang amat sangat tinggi.
Dampak lain dari pemberontakan APRA ini adalah masalah tersedotnya keungan
negara yang digunakan dalam pembiayaan operasi militer untuk menumpas APRA
kala itu.
(Halaman 24)
(Halaman 26)
Selain pesawat, CIA juga memberi bantuan sejumlah besar senjata, peralatan,
dana, ditambah tentara bayaran dari Taiwan, Polandia, Filipina, dan Amerika
Serikat.
Didorong oleh bantuan CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan
udara terhadap kota-kota di Sulawesi dan Maluku yang dipegang oleh pemerintah
pusat. Kota-kota yang dibom oleh pesawat pemberontak termasuk Balikpapan,
Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, pesawat-pesawat pemberontak
mengebom pasar Ambon, menewaskan banyak warga sipil yang menghadiri
kebaktian Minggu.
Menghadapi serangan Permesta ini, TNI melakukan operasi militer. Dalam salah
satu operasi ini, itu, sebuah pesawat pembom pemberontak B-26 ditembak jatuh
pada 18 Mei 1958 oleh pilot Ignatius Dewanto di Ambon. Pilot B-26 ini adalah
agen CIA, Allen Pope, yang ditangkap hidup-hidup. tertangkapnya Allen Pope
memperlihatkan keterlibatan CIA dalam pemberontakan Permesta.