Jurnal Praktikum Rancangan Obat

Nama Percobaan : Penambatan Molekuler (Molecular Docking)

Tanggal Percobaan : 09 Oktober 2020

Di laporkan oleh : CAROLIN ENJELIN RUMAIKEWI

Nim :182210101164

Kelompok : C2/5

I. Tujuan Percobaan
Mahasiswa dapat melakukan penambatan molekul ligan ke protein
II. Teori Dasar
Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi yang
bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang
menjadi targetnya pada uji in-vitro (Motiejunas & Wade, 2006). Rancangan obat
diterapkan dalam upaya untuk mendapatkan obat baru, berdasarkan penalaran
yang rasional dengan mengurangi faktor coba-coba. Secara tidak langsung akan
menghemat waktu,biaya,tenaga, dan pikiran. Penalaran yang rasional
mengandung pengertian tidak merasionalkan data yang telah ada,tetapi
cenderung pada hasil pengolahan data. Kesimpulan yang mengandung kekuatan
perkiraan jauh lebih berguna daripada hanya berupa ringkasan dari sekumpulan
pengamatan.
Secara umum, metode dalam desain obat mengikuti 2 pendekatan, yaitu
Desain Obat Berbasis Ligan (Ligand-based Drug Design, LBDD) dan Desain Obat
Berbasis Struktur Target (Target/Structure-based Drug Design, SBDD).
Perbedaannya terletak pada penggunaan informasi sebagai starting material
untuk proses perancangan obat. Pendekatan LBDD didasarkan pada informasi
struktur (2D/3D) ligan beserta aktivitas biologisnya, pendekatan SBDD
didasarkan pada informasi struktur 3D protein target. Metode yang populer
pada pendekatan LBDD adalah QSAR dan Pharmacophore Mapping, pada
pendekatan SBDD adalah Docking dan De novo Design. Dalam prakteknya,
kedua pendekatan seringkali digunakan bersama dan saling melengkapi agar
proses desain mempunyai kemampuan prediktif yang lebih baik.
Docking adalah metode dalam permodelan molekul untuk memprediksi
orientasi dan afinitas suatu ligan yang terikat dalam situs aktif suatu
makromolekul target untuk membentuk kompleks protein-ligan yang stabil.
Docking dapat diasumsikan sebagai problem “key and lock”. Docking biasanya
memperlakukan protein sebagai bagian dari rigid, sedangkan ligan
diperlakukan sebagai bagian dari fleksibel. Dalam docking, terdapat 2 problem
utama yang harus diselesaikan secara kumulatif, yaitu :
 1) Bagaimana pose/geometri (lokasi,konformasi,dan orientasi) ligan
terikat pada situs aktif protein targetnya?
2) Bagaimana menentukan kekuatan interaksi (afinitas) antara ligan
dengan protein targetnya?

Problem pertama diselesaikan dengan menerapkan algoritma pencarian

pose (searching/placement algorithm). Problem kedua diselesaikan dengan
menerapkan perhitungan menggunakan scoring function.

Kelebihan metode pemodelan molekul (molecular docking) adalah dapat

digunakan untuk memprediksi aktivitas suatu senyawa sebelum dilakukan
sintesis sehingga mengurangi penggunaan pelarut dan bahan bahan kimia yang
dapat mencemari lingkungan. Ada beberapa program komputer yang dapat
digunakan untuk molecular docking. Ada yang berbasis linux seperti Autodock
Vina, dan ada yang berbasis windows seperti Autodock, ArgusLab, Lead it,
Molegro Virtual Docker (MVD), ChemOffice Ultra, Hypercam, Accelrys, Discovery
Studio, Molecular Operating Environment (MOE), Maestro Schrodinger, SYBYL
dan lainlain (O’Boyle et al., 2011).

Pada tutorial ini, akan dicontohkan cara melakukan penambatan inhibitor

derivat kalkon pada Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) kinase
(1XKK.pdb). EFGR kinase merupakan protein regulator yang memainkan peran
penting dalam memediasi pertumbuhan sel. Oleh karena itu, protein ini menjadi
target yang potensial bagi pencarian obat-obatan anti kanker.

III. Alat dan Bahan

 Perangkat keras : Komputer PC
 Sistem Operasi : Windows
 Perangkat lunak : Molegro Virtual Docker
 Data : File PDB
IV. Cara Kerja
a. Mengimpor file

Pilih File | Import Molecules | IXKK.pdb

Pilih File ligan yang akan di import dan klik Open

Akan muncul Import Molecules

Klik Import. Protein dan ligan akan muncul pada Visualization window
b. Memprediksi tempat pengikatan

Klik preparation/Detect Cavitles

Klik OKE

c. Menjalankan simulasi penambatan molekuler co-crystal ligand

Jika ligan yang tersedia berjumlah lebih dari satu,

ligan aktif dipilih dengan klik kanan ligan pada
jendela pertama, lalu pilih set as Active Ligand

Dipilih menu Docking/Docking Wizard. Pilih ligan yang

sesuai sebagai Reference ligand

Klik next

Dipilih cavity yang sesuai pada bagian Binding Set

Diklik Next untuk memulai penambatan molekuler klik Start

d. Menjalankan simulasi penambatan molekuler ligan uji.

Import file ligan yang akan diuji.

Ubah nama ligan dengan mengklik kanan ligan,

lalu pilih Rename Ligand.

Pilih ligan sebagai ligan aktif.

Atur posisi ligan uji dengan cara mengklik 3 atom

pada ligan uji dan 3 atom pada co-crystal ligand. Lalu
klik kanan dan pilih Align To this Molecul.

Lakukan penambatan molekuler dengan tahapan yang

sama dengan simulasi penambatan molekuler co-
crystal ligand

e. Menampilkan ikatan Hidrogen.

Pilih ligan menjadi ligan aktif.

Klik View | Hydrogen Bond

Interaction.

Untuk mengembalikan tampilan,

klik View | Reset View.
 DAFTAR PUSTAKA

Siswandono dan Soekarjdo B. (Eds). (2006). Kimia Medisinal 1. Surabaya: Airlangga

University Press

Motiejunas, D., & Wade, R. (2006). Structural, Energetics, and Dynamic Aspects of
Ligand Receptor Interactions. In J. B. Taylor & D. J.

O’Boyle, N., Banck, M., James, C., Morley, C., van der Meersch, T., & Hutchison, G. R.
(2011). Open Babel: An Open Chemical Toolbox. Journal of Cheminformatics. 3(33).