Metodologi

Dalam skrining silico dari obat-obatan herbal Cina dengan potensi

langsung menghambat 2019 coronavirus novel

Abstrak
Tujuan: Dalam penelitian ini kami menjalankan layar rasional untuk mengidentifikasi ramuan
medis Cina yang umum digunakan dalam mengobati infeksi pernapasan virus dan juga
mengandung senyawa yang mungkin secara langsung menghambat 2019 novel coronavirus
(2019-nCoV), coronavirus novel yang sedang berlangsung yang menyebabkan pneumonia.
Metode: Ada dua langkah utama dalam proses penyaringan. Pada langkah pertama kami
melakukan literatur mencari senyawa alami yang telah dikonfirmasi secara biologis sebagai
terhadap pernafasan akut yang parah sindrom koronavirus atau koronavirus sindrom pernapasan
Timur Tengah. Senyawa yang dihasilkan adalah diperiksa silang untuk daftar dalam Database
Farmakologi Sistem Pengobatan Tradisional Tiongkok. Senyawa yang memenuhi kedua
persyaratan dikenakan penyerapan, distribusi, metabolisme dan evaluasi ekskresi (ADME) untuk
memverifikasi bahwa pemberian oral akan efektif. Selanjutnya, anal dockingysis digunakan
untuk menguji apakah senyawa tersebut memiliki potensi untuk interaksi protein langsung 2019-
nCoV. Pada langkah kedua kami mencari database herbal Cina untuk mengidentifikasi tanaman
yang mengandung senyawa yang dipilih. pound. Tanaman yang mengandung 2 atau lebih
senyawa yang diidentifikasi dalam layar kami kemudian diperiksa
katalog untuk penggunaan herbal klasik. Akhirnya, analisis farmakologi jaringan digunakan
untuk memprediksi efek in vivo umum dari setiap ramuan yang dipilih.
Hasil: Dari senyawa alami yang disaring, 13 yang ada dalam obat-obatan tradisional Tiongkok
juga ditemukan memiliki potensi aktivitas anti-2019-nCoV. Selanjutnya, 125 ramuan Cina
ditemukan mengandung 2 atau lebih dari 13 senyawa ini. Dari 125 ramuan ini, 26 di antaranya
dikategorikan sebagai mengobati virus infeksi saluran pernapasan. Analisis farmakologi jaringan
memprediksi bahwa peran in vivo umum ini 26 tanaman herbal terkait dengan pengaturan infeksi
virus, reaksi kekebalan / peradangan dan hipoksia tanggapan.
Kesimpulan: Pengobatan herbal Cina mungkin digunakan untuk mengobati infeksi saluran
pernapasan virus mengandung senyawa anti-2019-nCoV langsung.

1. Perkenalan
Menjelang akhir Desember 2019, sebuah coronavirus baru (2019-
nCoV) dengan penularan dari manusia ke manusia dan manusia yang parah
infeksi, yang berasal dari Wuhan, Cina, diidentifikasi [1]. Ini
virus telah mempengaruhi banyak orang di Cina dan menyebar ke negara lain
mencoba dalam waktu yang sangat singkat. Pada 30 Januari 2020, Direktur
Jenderal Organisasi Kesehatan Dunia menyatakan bahwa
istirahat 2019-nCoV merupakan keadaan darurat kesehatan masyarakat dari
keprihatinan nasional dan mengeluarkan rekomendasi sementara di bawah
yang IHR [2]. Menurut Harian
Laporan Komisi Kesehatan Nasional China, pada tulisan ini
pada 2 Februari 2020, 14.488 kasus, termasuk 304 kematian, telah terjadi
dikonfirmasi di Cina; 146 kasus, termasuk 1 kematian, juga telah terjadi
dilaporkan di antara 23 negara lainnya. Pandemi ini masih berlangsung,
sehingga sangat mendesak untuk menemukan agen pencegahan dan terapi baru
secepatnya. Selain itu, sepadan dengan risikonya, kuat.
ngkah-langkah untuk deteksi dini, isolasi dan pengobatan kasus, seperti
serta minimalisasi penularan melalui interaksi sosial
harus dilaksanakan.
Sementara vaksin spesifik dan agen antivirus adalah yang paling efektif
Metode untuk mencegah dan mengobati infeksi virus masih belum ada
perawatan efektif yang menargetkan 2019-nCoV. Perkembangan dari
perawatan ini mungkin memerlukan berbulan-bulan atau bertahun-tahun, yang berarti bahwa a
pengobatan yang lebih cepat atau mekanisme kontrol harus ditemukan
jika memungkinkan. Herbal yang digunakan dalam pengobatan Cina tradisional hadir a
sumber daya yang berpotensi berharga untuk tujuan ini. Efektivitas
pengobatan herbal untuk mengendalikan penyakit menular ditunjukkan
selama sindrom parah pernafasan akut (SARS) tahun 2003
istirahat [3]. Karena itu, pemerintah Cina mendorong
penggunaan tanaman herbal dalam memerangi pneumonia virus baru ini. Namun,
penerapan pengobatan herbal terutama dipandu oleh jenis
ramuan (berdasarkan katalog literatur klasik tentang tumbuhan) dan
gejala atau tanda-tanda pasien. Seringkali tidak ada informasi yang cukup
untuk menentukan sebelumnya apakah herbal yang dimaksud dapat langsung ditargetkan
penyebab virus, dengan kata lain, penggunaan herbal umumnya tidak dipandu
oleh patologi virus. Kami pikir pengetahuan lebih rinci tentang
efek antivirus langsung dari berbagai tanaman akan sangat membantu
ke dokter memilih mereka.
Bahkan, setelah pecahnya SARS, banyak kelompok berdedikasi
sendiri untuk menemukan agen anti-koronavirus, termasuk beberapa
senyawa ural yang ada dalam obat-obatan herbal Cina tradisional
[4–12] . Coronavirus mengkodekan lebih dari satu lusin protein,
beberapa di antaranya penting untuk entri dan replikasi virus. Antara
protein-protein ini, yang paling banyak dipelajari adalah protease mirip papain
(PLpro), protease seperti 3C (3CLpro) dan protein lonjakan. Coronavirus
PLpro tidak hanya memproses polipeptida virus menjadi pro- gram fungsional.
tetapi juga merupakan enzim pelembab yang dapat meredam inang
tanggapan anti-virus dengan membajak sistem ubiquitin (Ub). Untuk
Misalnya, SARS PLpro memecah ISG15, protein dua-domain Ub,
dan rantai polyUb terkait Lys48, merilis produk diUbLys48
[13,14] . SARS-3CLpro adalah sistein protease yang sangat diperlukan untuk
siklus hidup virus [15] . Protein lonjakan Coronavirus menggunakan angiotensin-
mengubah enzim 2 sebagai reseptor untuk membantu virus memasuki sel
[16]. Ketiga protein ini menjadi target obat yang menarik
pengembangan.
Melalui pengolahan silico dan biologis, serangkaian kecil
molekul, termasuk yang dari senyawa alami, telah
disaring dan dikonfirmasi untuk secara langsung menghambat ini penting
protein pada SARS atau sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS)
coronavirus [17-23] . Urutan gen 2019-nCoV telah
dirilis, yang menunjukkan kesamaan tinggi antara program utama
virus dalam virus ini dan yang sebelumnya diidentifikasi dalam SARS-Cov atau
MERS-Cov [24,25] . Dalam hal ini, yang dilaporkan sebelumnya anti-SARS-
Senyawa Cov atau anti-MERS-Cov dapat menjadi berharga
panduan untuk menemukan tanaman herbal anti-korona (2019-nCoV)
di antara ramuan Cina tradisional yang digunakan untuk mengobati pneumonia virus.
Merupakan tantangan untuk menyaring ramuan yang mengandung
senyawa coronavirus (2019-nCoV) dari sejumlah besar
yang mungkin digunakan untuk pasien yang terinfeksi patogen ini,
terutama dalam waktu yang sangat singkat. Di sini, kami mengusulkan dua prinsip untuk
memandu pekerjaan tersebut: efektivitas lisan dan perbandingan penggunaan tradisional
ibility. Prinsip pertama mengacu pada fakta bahwa kebanyakan herbal Cina
tanaman dicerna secara oral setelah direbus dengan air, artinya
bahan anti-coronavirus (2019-nCoV) pada tanaman tertentu
harus diserap melalui persiapan oral. Prinsip kedua
mengakui bahwa calon tanaman harus konsisten dengan
klasifikasi jenis untuk penggunaan herbal tradisional, karena dipandu oleh jenis
aplikasi merupakan bagian integral dari penggunaan herbal, seperti yang disebutkan di atas. Fol-
menurunkan dua prinsip ini, kami menggunakan proses seleksi 6 langkah
(3 untuk setiap prinsip), termasuk obat-suka, evaluasi lisan
bioavailabilitas, docking molekuler, analisis farmakologi jaringan
dan metode lain untuk mengidentifikasi tumbuhan yang memiliki kemungkinan tinggi
tu mengandung virus anti-korona yang efektif (2019-nCoV)
pound dan diklasifikasikan sebagai mengobati pernafasan yang disebabkan oleh virus
infeksi.
2. Bahan-bahan dan metode-metode
2.1. Pencarian literatur dan pemilihan senyawa
Literatur PubMed tentang senyawa alami melawan SARS
atau aktivitas MERS coronavirus dipilih menggunakan kueri
'' coronavirus AND inhibitor AND (SARS ATAU MERS ATAU SARS-CoV
ATAU MERS-CoV). " Setelah membaca dengan seksama studi dikembalikan oleh
pencarian ini, senyawa alami yang secara biologis dikonfirmasi
kegiatan antivirus dibandingkan dengan Cina Tradisional
Database Farmakologi Sistem Kedokteran (TCMSP, http: // www.
tcmspw.com/browse.php?qc=herbs), Ensiklopedia Tradi-
Pengobatan Tiongkok tradisional (ETCM, http://www.nrc.ac.cn:9090/
ETCM / ) dan
SymMap
(https://www.symmap.org/ ). Alam
senyawa yang keduanya terkait dengan aktivitas antivirus dan terkandung
dalam bumbu diperiksa pada langkah selanjutnya dari penelitian kami.
2.2. Penapisan ADME terhadap senyawa alami
Karena perawatan herbal Cina selalu diminum setelahnya
mendidih dengan air, sebuah model absorpsi integratif in silico
tribution, metabolisme dan ekskresi (ADME) digunakan untuk menyaring
senyawa alami yang mungkin bioaktif melalui pemberian oral.
Indeks yang digunakan untuk penyaringan termasuk evaluasi oral
bioavailabilitas, permeabilitas Caco-2, nilai seperti obat, dan obat
setengah hidup. Nilai ambang menunjukkan efektivitas untuk ini
empat indeks adalah> 30%,> À0.4,> 0.18 dan> 3 jam, masing-masing, sebagai
direkomendasikan oleh Hu et al [26] . Nilai-nilai dari keempat indeks ini
dapat diperoleh dari basis data TCMSP.
2.3. Docking protein-molekul
Kami menggunakan perangkat lunak docking molekuler AutoDock 4 untuk melakukan
analisis docking senyawa protein, menurut berikut
prosedur: (1) Kami membuat file struktur tiga dimensi (3D) dari
protein yang menarik. Kami menggunakan server online SWISS-MODEL
( https://swissmodel.expasy.org/ ) untuk membangun struktur 3D dari
protein yang diminati oleh pemodelan berbasis template, template ini
struktur menjadi struktur 3D yang dilaporkan terkait
protein dari SARS-CoV. Model yang dibangun adalah dari Protein Data
Format Bank (PDB). (2) Untuk mengambil file struktur 3D yang diperlukan
senyawa, format file data struktur (SDF) senyawa
diambil dari situs web PubChem dan kemudian dikonversi menjadi
Format PDB oleh Discovery Studio. (3) AutoDock 4.2 digunakan untuk
pare file format PDBQT untuk penyaringan target dan ligan (Target.
pdbqt dan Ligand.pdbqt) dan kisi dan file parameter docking
(a.gpf dan a.dpf). (4) Pengedokan molekuler dilakukan menggunakan Auto-
Berlabuh di Cygwin dan akhirnya hasilnya dianalisis. Proses
dan parameter yang digunakan dirinci oleh Rizvi et al [27].
2.4. Pemilihan tanaman
Herbal dipilih melalui tiga langkah. (1) Pemilihan utama:
molekul yang dipilih dari langkah-langkah di atas digunakan sebagai input untuk
TCMSP, ETCM dan SymMap untuk mencari tanaman yang mengandung itu
input dan tanaman disaring oleh jumlah antivirus
pound yang dikandungnya. Mereka yang mengandung 2 atau lebih antivirus pound dipilih untuk
langkah selanjutnya. (2) Penggunaan klasik katalog referensi silang: hanya Rempah secara
tradisional bekas untuk mengobati infeksi saluran pernapasan virus tetap dipertahankan untuk
penelitian lebih lanjut. (3) Predikasi efek umum in vivo dengan jaringan farmakolitik
analisis, yang dirinci sebagai berikut.
2.5. Analisis farmakologi jaringan
TCMSP menyediakan komponen utama setiap ramuan dan
target protein untuk setiap komponen. Kami mengidentifikasi yang dilaporkan
konstituen kimia untuk setiap pabrik dalam analisis akhir dan digunakan
indeks ADME yang tercantum di atas untuk menemukan yang dapat diserap secara oral dan
senyawa seperti obat untuk tanaman. Target protein ini
Senyawa diunduh dari basis data TCMSP. Semua pro-
target minum untuk setiap pabrik digunakan sebagai input untuk
String server online (https://string-db.org/) untuk melakukan protein–
analisis interaksi protein dan pengayaan jalur. Kyoto
Jalur Ensiklopedia Gen dan Genom (KEGG) diperkaya
(dengan P <0,01) oleh input diunduh.
Semua data diproses menggunakan bahasa statistik R (3.6.2),
kecuali ditentukan.
3. Hasil
3.1. Tumpang tindih senyawa alami secara biologis dikonfirmasi
anti-SARS atau anti-MERS coronavirus dalam literatur dan herbal Cina
basis data
Kami menerima 261 hit dari melakukan pencarian kami di
Database PubMed. Setelah evaluasi yang cermat dari abstrak dari
kutipan ini kami unduh dan hati-hati menganalisis teks lengkap
dari 23 makalah yang sangat relevan. Senyawa alami dilaporkan
telah mengkonfirmasi aktivitas anti-koronavirus secara biologis telah diidentifikasi.
Fied dan kemudian dibandingkan dengan bahan-bahan yang tercantum dalam tiga bahasa Cina
database herbal. Hasilnya adalah 115 bahan yang tumpang tindih,
yang kami gunakan untuk pengujian lebih lanjut (Fig. 1).
3.2. Filtrasi senyawa dipilih oleh ADME
Aktivitas antivirus dari 115 senyawa alami adalah
dilaporkan dikonfirmasi dengan berbasis enzim (bebas sel) atau berbasis sel
sistem eksperimental. Untuk dimanfaatkan sebagai obat herbal Cina,
mereka harus diserap melalui resep oral. Karena itu, kami
melakukan skrining ADME untuk 115 senyawa alami, reduksi
ing jumlah kandidat menjadi 13.
3.3. Docking antara senyawa yang dipilih dan target yang dilaporkan
Untuk melakukan analisis dok, file struktur 3D 2019-
nCoV PLpro, 3CLpro dan protein lonjakan dibangun berdasarkan pada
menanggapi template SARS-CoV, yaitu, PDB 5e6j, 1uj1 dan 6cad,
masing-masing. Kemudian, dilakukan docking molekul-protein
antara molekul dan target yang dilaporkan. Jika molekul
dilaporkan menghambat masuknya virus, mereka merapat dengan lonjakan
protein (Tabel 1). Setiap analisis terpisah menghasilkan hasil positif
(Tabel 1, Gambar. 2 dan Gambar tambahan online. S1 ), menunjukkan
senyawa alami yang kami pilih mungkin langsung menghambat 2019-
nCoV. Molekul yang dipilih untuk menargetkan PLpro (M2, M3, M7, M9,
M10, M11 dan M13) terutama terikat di wilayah antara
domain ibu jari dan telapak tangan, yang mungkin mengganggu media
memasuki situs aktif enzim ini, yang terletak di bagian bawah
dua domain [29]. Molekul dilaporkan menghambat 3CLpro (M1,
M2, M3, M4, M5, M7, M8, M10, M11, M12 dan M13) terutama
memasuki wilayah antara domain 2 dan 3, dan wilayah ini adalah
penting bagi 3CLpro untuk membentuk dimmer [30] . M6 dilaporkan ke
menghambat masuknya virus, karenanya mengikat fusi kerucut lonjakan
protein; struktur kerucut ini penting untuk fusi membran virus
[31] (Gambar. 2 dan Gambar tambahan online. S1).
3.4. Pemilihan tanaman herbal antivirus
13 molekul melewati proses seleksi tiga putaran
kemudian dibandingkan dengan tiga database herbal Cina, dan
kami menemukan 230 herbal yang mengandung molekul-molekul ini ( suplemen online
file mentary Tabel S1). Kami kemudian mengevaluasi ramuan ini untuk itu
mengandung 2 atau lebih dari 13 senyawa alami, meninggalkan 125
hasil. Kami merujuk silang hasil 125 dengan kategori klasik
penjatahan untuk penggunaan herbal dalam database TCMSP, akhirnya memilih
11 jenis yang secara tradisional digunakan untuk mengobati infeksi pernapasan virus
tions. Ada 26 tanaman herbal dalam 11 jenis. Kerangka waktu
selama infeksi virus yang masing-masing 26 herbal
tanaman (Meja 2) harus digunakan juga didokumentasikan dengan mencari
saran dari praktisi senior pengobatan Tiongkok tradisional.
Misalnya, tanaman yang terdaftar sebagai obat detoksifikasi antipiretik.

efek umum dari setiap tanaman harus diperiksa dengan menggabungkan

efek dari semua konsumsi oral dan secara biologis aktif
dients di dalamnya. Untuk mengevaluasi kemungkinan efek in vivo umum masing-masing
ramuan kami yang diidentifikasi, kami menggunakan indeks ADME yang tercantum di atas
untuk
memeriksa setiap bahan yang dapat diserap secara oral dan seperti obat
direkam dalam database TCMSP untuk setiap instalasi. Kami kemudian diekstraksi
protein target untuk setiap bahan yang telah melewati
proses penyaringan. Semua protein milik satu tanaman adalah
dikombinasikan sebagai input pada interaksi protein-protein online
Server ysis, String, untuk menemukan pengayaan jalur.
Untuk 26 ramuan, sekitar 1/3 dari 30 jalur yang diperkaya KEGG teratas
cara (rata-rata = 11) terkait dengan pengaturan infeksi virus,
reaksi imun / inflamasi dan respons hipoksia, menunjukkan
bahwa mereka berpotensi perawatan yang efektif untuk pernapasan virus
infeksi ( Gbr. 3 dan Gbr pelengkap online. S2 ). Perhatikan bahwa beberapa
dari tanaman herbal yang dipilih di sini telah dilaporkan efektif
untuk infeksi SARS-CoV pada tahun 2003 ( tambahan online Tabel S2).
4. Diskusi
Dalam pekerjaan ini, kami melakukan proses seleksi beberapa langkah
dan menyaring 26 tanaman herbal dengan probabilitas tinggi
langsung menghambat coronavirus baru (2019-nCoV), mungkin
menyediakan bantuan instan dalam pencegahan dan pengobatan
pneumonia yang dapat menyebabkannya. Sementara sebagian besar di Cina pada saat ini,
penyebaran virus sedang berlangsung dan telah memengaruhi orang di seluruh dunia.
Dua prinsip memandu pekerjaan pemutaran film kami. Yang pertama adalah bahwa
komponen anti-coronavirus (2019-nCoV) yang terkandung dalam sumber
tanaman harus dapat diserap melalui resep oral. Prinsip ini
mensyaratkan bahwa ramuan yang dipilih harus mengandung yang terbukti secara biologis
bahan anti-coronavirus (2019-nCoV), dan ini alami
senyawa harus melewati kemiripan obat dan bioavailabilitas oral
evaluasi. Oleh karena itu, kami melakukan penyaringan tiga langkah
cess. Pertama, kami mengekstraksi senyawa alami yang diverifikasi di PubMed
sebagai efektif dalam mengobati coronavirus SARS atau MERS dan kemudian
memeriksa silang senyawa-senyawa ini dalam database herbal Cina.
Ada 115 senyawa yang tumpang tindih. Metode ini adalah
cara cepat untuk mengidentifikasi komponen-komponen alami sekaligus
ada dalam pengobatan herbal Cina dan memiliki kemungkinan tinggi
aktivitas anti-coronavirus (2019-nCoV). Ini penting, karena
efek anti-coronavirus dari senyawa yang dipilih telah
dikonfirmasi secara biologis, dan kesamaan genetik antara
avirus (2019-nCoV) dan SARS atau MERS coronavirus tinggi
[24,25].
Efek anti-koronavirus dari senyawa alami disaring
dengan metode di atas telah dikonfirmasi secara in vitro secara langsung
memuat ke sel yang dikultur, sehingga tidak menjamin efeknya
tiveness in vivo , terutama dengan persiapan oral — kepala sekolah
cara di mana herbal Cina diberikan. Karena itu, untuk bertemu
prinsip pertama, kami menjalankan filter ADME pada senyawa alami
dipilih oleh 4 indeks, seperti yang digunakan oleh Hu et al. [26] . Di antara 115
senyawa disorot oleh langkah pertama kami, hanya 13 yang melewati ini
penyaringan, menunjukkan perlunya tes semacam itu.
Novel coronavirus memiliki beberapa mutasi jika dibandingkan dengan
SARS atau MERS coronavirus, sehingga senyawa alami efektif
terhadap dua coronavirus sebelumnya mungkin tidak ada dalam
virus baru. Untuk mengurangi risiko ini, dan sebagai langkah ketiga dari prinsip pertama kami
ciple, kami merekonstruksi struktur 3D dari coronavirus baru
menggunakan struktur yang dilaporkan dari SARS dan MERS coronavirus pro-
sebagai panduan, dan kemudian menggunakan teknologi docking molekuler untuk
mensimulasikan apakah 13 senyawa alami yang dipilih dapat
terikat dengan struktur yang kami bangun untuk coronavirus baru
protein. Semua 13 senyawa dapat mengikat protein seperti yang diperkirakan
untuk coronavirus baru. Kami percaya bahwa tingkat keberhasilan yang tinggi
skrining docking kami adalah karena kesamaan genetik yang tinggi
antara coronavirus baru dan virus SARS atau MERS [24,25] .
Prinsip kedua kami untuk penyaringan juga harus ditekankan
dan diuraikan lebih lanjut. Ini menyatakan bahwa tanaman herbal yang dipilih harus
sesuai dengan penggunaan tradisional. Ada banyak jenis Cina
herbal yang telah digunakan selama ribuan tahun. Berdasarkan ini
sejarah dan pengalaman yang kaya, obat-obatan herbal Cina dibagi dalam berbagai jenis,
masing-masing jenis didedikasikan untuk jenis
memudahkan. Mengabaikan pedoman pengelompokan ini dapat menyebabkan sisi serius
efek. Karena itu, sebagai syarat lanjut untuk penapisan obat
di sini, kami memverifikasi bahwa mereka telah secara rutin digunakan untuk mengobati virus
pneumonia. Untuk memenuhi prinsip ini, kami melakukan tiga
langkah proses penyaringan untuk tanaman herbal.
Pertama, kami mencari basis data pengobatan Tiongkok untuk
mempertahankan 13 senyawa alami yang diidentifikasi. Herbal mengandung di
Setidaknya 2 dari senyawa yang berpotensi bermanfaat ini dipilih, dan
total 125 tanaman herbal diidentifikasi. Langkah kedua dalam tar
pemilihan tanaman berdasarkan klasifikasi jenis. Dari 125
Hasilnya, hanya 26 herbal yang ditemukan secara rutin digunakan dalam pengobatan
infeksi pernapasan virus.
Akhirnya, analisis farmakologis jaringan dilakukan untuk
memprediksi efek terapi yang mungkin dari 26 tanaman ini. Karena
Obat-obatan herbal Cina mengandung banyak bahan, dan beragam
bahan yang dapat diserap dapat memberikan efeknya pada tubuh
efek umum dari herbal dapat ditentukan oleh semua yang dapat diserap
bahan yang dikandungnya. Dengan pertimbangan ini, kami
diekstraksi bahan-bahan yang direkam dari masing-masing tanaman yang dipilih
dari database pengobatan Tiongkok dan menyaring bahan-bahan ini
untuk keserupaan dengan obat dan ketersediaan oral (melalui filter ADME)
[26,32] . Protein target semua bahan yang melewati sel ADME
tion digunakan untuk pengayaan jaringan untuk memprediksi umum
efek dari tanaman herbal. Untuk semua tanaman yang dianalisis, hampir setengahnya
dari 30 jalur teratas yang diperkaya dalam KEGG terkait dengan antivirus,
menunjukkan respons imun / inflamasi dan respons hipoksia
bahwa ramuan ini cocok untuk penggunaan anti-virus. Bahkan, beberapa
tanaman herbal yang dipilih di sini telah dilaporkan efektif di Indonesia
terhadap infeksi SARS-CoV pada tahun 2003 ( tambahan online
Tabel S2 ). Kami berpikir bahwa antivirus umum dan kekebalan
efek flammasi yang diprediksi untuk 26 pabrik berkorelasi dengan
fakta bahwa tanaman ini dipilih menurut ramuan Cina
klasifikasi tipe.
Tentu saja, harus ditunjukkan bahwa ramuan Cina itu ada
mungkin belum diidentifikasi melalui proses penyaringan ini
efek menguntungkan. Selanjutnya, mengingat bahwa secara biologis
senyawa alami tanggal yang dilaporkan dalam literatur tidak dapat mencakup
semua senyawa alami antivirus, dan senyawa alami
termasuk dalam database pengobatan Cina tidak lengkap, itu
proses yang telah kami ikuti mungkin telah mengecualikan herbal itu
akan cocok untuk perawatan ini. Meski begitu, tujuannya
penapisan ini adalah untuk memberikan pendekatan rasional untuk pemilihan
Obat-obatan herbal Cina dengan khasiat potensial tinggi dalam pengobatan
2019-nCoV dan virus terkait. Dosis spesifik dan penggunaan
setiap ramuan harus ditentukan berdasarkan manifestasi pasien.
Akhirnya, langkah utama dalam penyaringan ini adalah docking molekuler. Itu
Struktur 3D dari protein yang digunakan di sini didasarkan pada gen yang dilaporkan
urutan Jika virus bermutasi saat transmisi, layar baru-
dianjurkan.
Sebagai kesimpulan, pekerjaan ini telah mengidentifikasi beberapa obat Cina
nal tanaman diklasifikasikan sebagai antivirus / efektif pneumonia yang mungkin
langsung menghambat coronavirus baru, 2019-nCoV. Selain itu,
kami mengusulkan prinsip dan metode penyaringan yang mungkin menyediakan
pedoman dalam skrining obat antivirus dari obat alami lainnya
basis data.