berat yang termasuk dalam 11 berkas Komnas HAM: 1. Pembunuhan Massal 1965 Pada tahun 2012, Komnas HAM menyatakan penemuan adanya pelanggaran HAM berat usai terjadinya peristiwa Gerakan 30 September 1965. Adapun sejumlah kasus yang ditemukan antara lain adalah penganiayaan, pemerkosaan, pembunuhan, penghilangan paksa, hingga perbudakan. Kasus ini masih belum ditindaklanjuti kembali di Kejaksaan Agung. Korban dari peristiwa 1965 diperkirakan mencapai 1,5 juta orang di mana sebagian besar merupakan anggota PKI ataupun ormas yang berafiliasi dengannya.
2. Peristiwa Talangsari Lampung 1989 Pada Maret 2005,
Komnas HAM membentuk Komisi Penyelidik Pelanggaran HAM untuk melakukan penyelidikan terhadap peristiwa Talangsari Lampung tahun 1989. Kemudian, pada 19 Mei 2005, tim tersebut memperoleh kesimpulan bahwa ditemukan adanya unsur pelanggaran berat pada peristiwa ini. Berkas penyelidikan kemudian diserahkan ke Jaksa Agung pada tahun 2006 untuk ditindaklanjuti. Namun, kasus ini belum kunjung tuntas diusut hingga kini. Dalam peristiwa Talangsari, korban diperkirakan mencapai 803 orang. Peristiwa ini terjadi pada 7 Februari 1989. Menurut rilis yang dikeluarkan oleh KontraS, saat itu terjadi penyerbuan ke desa Talangsari yang dipimpin oleh Danrem Garuda Hitam 043, Kolonel Hendropriyono. Penyerbuan tersebut dilakukan atas dugaan makar ingin mengganti Pancasila dengan Al-Qur'an dan Hadits oleh jamaah pengajian Talangsari yang dimpimpin oleh Warsidi. Akibatnya, sejumlah jama'ah hingga kini dinyatakan hilang, perkampungan habis dibakar, dan ditutup untuk umum. Baca juga: Soal Kawin Tangkap di Sumba dan Budaya Kekerasan terhadap Perempuan...
3. Tragedi Penembakan Mahasiswa Trisakti 1998
Komnas HAM juga telah melakukan penyelidikan pada tragedi penembakan mahasiswa Trisakti 1998 dan selesai pada Maret 20002. Kasus ini sempat masuk ke Kejaksaan Agung berkali-kali. Namun, berkali-kali juga berkas kasus ini dikembalikan. Bahkan, berkas sempat dikatakan hilang pada 13 Maret 2008 oleh Jampidsus Kejaksaan Agung, Kemas Yahya Rahman. Tragedi penembakan Trisakti ini sendiri diperkirakan menyebabkan korban hingga 685 orang.