Replikasi DNA prokariota[sunting | sunting sumber]

Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan siklus

pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat buah tempat pengikatan
protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein DnaA ini
sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju
pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom
prokariota dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum
putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima
kromosom yang sebagian telah bereplikasi.

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40 buah molekul,
yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan mengelilingi kompleks
DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi superkoiling negatif DNA (pilinan kedua
untai DNA berbalik arah sehingga terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan
pembukaan tiga sekuens repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga
memungkinkan terjadinya pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu
enzim yang akan menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang
kedua untai DNA dan memisahkannya.

Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi

oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb) untuk
melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim DNA
primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer yang pendek
untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus
berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain DnaB. Hal ini karena pembukaan
heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru berupa superkoiling positif. Superkoiling
negatif yang terjadi secara alami ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga
diperlukan enzim lain, yaitu topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim
DNA girase ini merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat
mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai pengarah maupun pada
untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang disebut primosom akan
menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000 hingga 2.000 basa. Primosom
terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.
Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan
mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit
ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh lainnya bekerja
pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai akan berjalan dengan
kecepatan yang sama.

Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang
mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi
penyuntingan berupa eksonuklease 3’– 5’. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan
polimerase pada DNA.

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan segera
dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh DNA
polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5’ – 3’, eksonuklease 5’ – 3’, dan
eksonuklease penyuntingan 3’ – 5’. Eksonuklease 5’ - 3’ membuang primer, sedangkan
polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan
dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III
dan primosom diyakini membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom.
Dengan adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap detik.

Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180 °C dari ori. Di sekitar daerah
ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan garpu replikasi.
Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu inhibitor bagi helikase DnaB.
Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan
oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian
disegregasikan ke dalam kedua sel hasil pembelahan.

Transkripsi pada prokariota

Prokariota merupakan organisme sel tunggal yang belum memiliki membran inti dan organel
bermembran. Anggota dari kelompok ini adalah bakteri dan ganggang hijau biru. Mereka
memiliki DNA inti yang tidak terbungkus membran nukleus dan juga terdapat DNA
sitoplasma dalam bentuk plasmid.

Setiap gen pada DNA prokariota selalu diawali dengan promoter dan di akhiri dengan
terminator. Jadi strukturnya adalah sebagai berikut: promoter-gen-terminator. Promotor dan
terminator juga merupakan basa nukleotda namun bukan bagian yang akan diterjemahkan
menjadi RNA.

Transkripsi pada prokariota

Transkripsi bakteri dimulai ketika enzim RNA polimerase menempel pada bagian promoter,
hal ini menjadi penanda bahwa proses transkripsi akan segera dimulai. RNA polimerase akan
membuka rantai ganda DNA dan memungkinkan terciptanya RNA dari salah satu rantai
DNA yang digunakan sebagai cetakan. Tahap ini disebut dengan inisiasi.

Setelah itu RNA polimerase akan menggabungkan nukleotida bebas menjadi rantai RNA
yang sesuai dengan cetakan. RNA polimerase akan bergerak sepanjang gen yang akan
dicetak hingga proses pembentukan RNA selesai. Proses pembentukan RNA sepanjang
cetakan DNA ini disebut dengan tahap elongasi.

Setelah RNA terbentuk sempurna, RNA polimerase akan sampai pada bagian terminator yang
menandai berakhirnya proses transkripsi. RNA akan terlepas dan diikuti RNA polimerase
yang juga akan melepaskan diri dari DNA tersebut. Tahap ini disebut dengan terminasi.

Translasi pada prokariota terdiri dari 3 tahap :

Inisiasi (initiation)
Tahap pertama pada inisiasi dimulai dengan disosiasi/pemisahan ribosom 70S menjadi
subunit besar (50S) dan subunit kecil (30S) dengan menggunakan faktor IF-1, kemudia pada
tahapan inisiasi ini subunit ribosom 30S terbebas dari ikatan dengan subunit 50S melalui
interaksinya dengan protein IF-3, kemudian terjadinya penggabungan mRNA, subunit 30S,
dan formilmetionil-tRNAf (fMet-tRNAf) membentuk kompleks inisiasi 30S dengan
membutuhkan GTP (guanosin triphosphat) dan beberapa protein/faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-
3) yang dilakukan oleh IF-2, IF-3. IF-3 tersebut akan mengikat pada subunit 30S (ribosom
kecil), setelah kompleks inisiasi 30S terbentuk selanjutnya subunit 50S (ribosom besar)
bergabung dan membentuk kompleks inisiasi 70S dengan menggunakan energi hasil
hidrolisis GTP yang terjadi pada waktu IF-1, IF-2 dan IF-3 terlepas dari kompleks, kompleks
inisiasi 70S inilah yang siap melakukan proses pemanjangan polipeptida.

Pemanjangan (elongation)
Proses pemanjangan polipeptida secara umum mempunyai mekanisme 3 tahapan: 1)
pengikatan aminoasil –tRNA pada sisi A yang ada di ribosom, 2) pemindahan rantai
polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P ke arah sisi A dengan membentuk
ikatan peptide, 4) translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang
ada di sisi A.

Di dalam kompleks ribosom, molekul fMet-tRNAf Met menempati sisi P (peptidil), sisi yang

lain pada ribosom, yaitu sisi A (aminoasil), masih kosong pada saat awal sintesis protein.
Berpasangannya triplet kodon inisiasi  (AUG/GUG) pada mRNA dengan antikodon pada
metionil-tRNAfMet di tapak P menentukan urutan triplet kodon dan aminoasil-
tRNAfMet berikutnya yang akan masuk ke tapak A. Pengikatan aminoasil-tRNA fMet berikutnya,
misalnya alanil- tRNAala, ke tapak A memerlukan protein-protein elongasi EF-Ts dan EF-
Tu. Pembentukan ikatan peptida antara gugus karboksil pada metionil-tRNA fMet di tapak P dan
gugus amino pada alanil-tRNAala di tapak A dikatalisis oleh enzim peptidil transferase, suatu
enzim yang terikat pada subunit ribosom 50S. Reaksi ini menghasilkan dipeptida yang terdiri
atas f-metionin dan alanin yang terikat pada tRNAala di tapak A. Langkah berikutnya adalah
translokasi, yang melibatkan
(1) perpindahan f-met-ala- tRNAala dari tapak A ke tapak P dan
(2) pergeseran posisi mRNA pada ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet kodon yang
semula berada di tapak A masuk ke tapak P. Dalam contoh ini triplet kodon yang bergeser
dari tapak A ke P tersebut adalah triplet kodon untuk alanin. Triplet kodon berikutnya,
misalnya penyandi serin, akan masuk ke tapak A dan proses seperti di atas hingga translokasi
akan terulang kembali. Translokasi memerlukan aktivitas faktor elongasi berupa enzim yang
biasa dilambangkan dengan EF-G. Pemanjangan atau elongasi rantai polipeptida akan terus
berlangsung hingga suatu tripet kodon yang menyandi terminasi memasuki tapak A, Sebelum
suatu rantai polipeptida selesai disintesis terlebih dahulu terjadi deformilisasi pada f-metionin
menjadi metionin.  yang kemudia berlanjut pada proses terminasi.
pengakhiran (termination)
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA,UGA,UAG)
yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dimana RF1 yang mengenali kodon
UAA atau UAG sehingga rantai kodon tersebut akan terlepas, kemudian RF 2 akan mengenali
kodon UAA atau UGA sehingga rantai kodon tersebut terlepas. Proses terminasi ditandai
oleh terlepasnya mRNA, tRNA di tapak P, dan rantai polipeptida dari ribosom. Selain itu
kedua subunit ribosompun memisah, pada terminasi diperlukan aktivitas dua protein yang
berperan sebagai faktor pelepas atau releasing factors, yaitu RF-1 dan RF-2 yang bekerja sama
dengan RF-3.